Identifikace neznámých látek v LC/MS pomocí MSMS knihoven - Část 7: Používání a vytváření dalších MSMS knihoven
Mass Spec Interpretation Services/James Little: Používání a vytváření dalších MSMS knihoven
MS/MS (tandemová) spektra lze použít k identifikaci neznámých látek pomocí vyhledávání v knihovně. Toho je dosaženo v podstatě stejným způsobem, jaký se používá pro EI GC-MS s vyhledávacím softwarem NIST. Součástí nejnovějšího vydání NIST knihovny 2020 je také vylepšená verze NIST Search 2.4.
V této 8mi dílné sérii tréninkových webinářů se pokusím se seznámit uživatele s používáním vyhledávacího softwaru NIST verze 2.4 využívajícího NIST, Wiley, “crowd-sourced (MoNA)” a uživatelských knihoven pro identifikaci neznámých látek.
NIST má ambiciózní program na rozšíření svých již tak komplexních a vysoce kvalitních databází MS/MS.
Podívejte se na následující odkaz: NIST Pipeline for Extending MS/MS Libraries
To zahrnuje velmi komplexní proces výběru a nákupu příslušných sloučenin a jejich následné analýzy. Problém s variabilitou spekter se snižuje analýzou vzorků na různých přístrojích a na různých energetických úrovních (20 kroků). Kromě toho je charakterizováno mnoho různých prekurzorových iontů a fragmentových iontů (MSⁿ). To již vedlo k dostupnosti rozsáhlé a vysoce kvalitní knihovny přesných hmotnostních MS/MS spekter ve verzi vydáné v roce 2020 (31K sloučenin/1,3 M spekter) a úsilí dále pokračuje.
V sedmé části se podíváme na:
Prezentaci k šesté části naleznete v knihovně LabRulezLCMS.
- Introduction to Presenter, James Little
- Table of Contents
- Series of Talks: LCMS Unknown Identifications Using MSMS Libraries
- Read This Before Utilizing Handout
- Philosophy on Incorporating User and Commercial Libraries in Identifications
- User Libraries Converted and Approach
- NIST Lib2NIST Utility for Library Conversions
- Accessing Lib2NIST Utility
- Quality of MoNA and Converting to NIST format
- Low Resolution (lr_) versus High Resolution MSMS NIST Libraries
- Problems Converting and Searching User Libraries and “Work-Arounds”
- Composition of the MoNA Libraries and Structures in MoNA GCMS Library
- Conversion of Wiley Commercial Libraries with Lib2NIST
- Conversion of Personal User Library with no Precursor_m/z field
- PowerShell Script for Adding Precursor_m/z to Personal User Library
- Creating/Adding User Library within NIST Search Program
- What If My Imported Library Spectrum Contained No Precursor_m/z Field?
- What IF I Need to Add Several Different Fields for a Set of Spectra?
- “Re(Index)” Library Indices After Additions or Creating New Library
- Automatic Distribution of Eastman Libraries Over Network
- Live Demo on YouTubeWebinar References (Internet Links)
- Acknowledgements
Dalších částech se zaměříme na:
- Část VIII: Identifikace neznámých látek pomocí „Spectraless“ knihoven
V předchozích částech Semináře jsme se zaměžili na:
