Identifikace neznámých látek v LC/MS pomocí MSMS knihoven - Část 5: Vyhledávání struktury v NIST
Mass Spec Interpretation Services/James Little: Vyhledávání struktury v NIST
MS/MS (tandemová) spektra lze použít k identifikaci neznámých látek pomocí vyhledávání v knihovně. Toho je dosaženo v podstatě stejným způsobem, jaký se používá pro EI GC-MS s vyhledávacím softwarem NIST. Součástí nejnovějšího vydání NIST knihovny 2020 je také vylepšená verze NIST Search 2.4.
V této 8mi dílné sérii tréninkových webinářů se pokusím se seznámit uživatele s používáním vyhledávacího softwaru NIST verze 2.4 využívajícího NIST, Wiley, “crowd-sourced (MoNA)” a uživatelských knihoven pro identifikaci neznámých látek.
NIST má ambiciózní program na rozšíření svých již tak komplexních a vysoce kvalitních databází MS/MS.
Podívejte se na následující odkaz: NIST Pipeline for Extending MS/MS Libraries
To zahrnuje velmi komplexní proces výběru a nákupu příslušných sloučenin a jejich následné analýzy. Problém s variabilitou spekter se snižuje analýzou vzorků na různých přístrojích a na různých energetických úrovních (20 kroků). Kromě toho je charakterizováno mnoho různých prekurzorových iontů a fragmentových iontů (MSⁿ). To již vedlo k dostupnosti rozsáhlé a vysoce kvalitní knihovny přesných hmotnostních MS/MS spekter ve verzi vydáné v roce 2020 (31K sloučenin/1,3 M spekter) a úsilí dále pokračuje.
V páté části se podíváme na:
Prezentaci k páté části naleznete v knihovně LabRulezLCMS.
- Introduction of Presenter, James Little
- Table of Contents
- Series Topics
- Help Files for NIST Search
- NIST Software in General is “Windows Compliant”
- Session Topics and Choice of Drawing Program
- Critical Settings for Similar Structure Searches
- Critical Settings for Exact Structure Searches
- Critical Settings Turn Off Any Filtering Options Initially
- Obtaining Structure from Drawing Program
- Pasting Structure into NIST Search
- Search for Similar Structures after Inserting Clipboard Structure
- Search for Exact Structures
- Tips for Displaying Similar and Exact Search Result with DeltaMass
- Reverse Process: Sending Structures from NIST to Drawing Program
- Using Compare Window to Display Multiple Spectra
- Sending Structures Directly to Drawing Program
- Live Demo YouTube Presentation
- Presentation References (Internet Links)
- Acknowledgements
Dalších částech se zaměříme na:
- Část VI: MS Interpreter korelace struktury pomocí MSMS iontů
- Část VII: Používání a vytváření dalších MSMS knihoven
- Část VIII: Identifikace neznámých látek pomocí „Spectraless“ knihoven
