Identifikace neznámých látek v LC/MS pomocí MSMS knihoven - Část 2: Vyhledávací software a knihovny NIST

Mass Spec Interpretation Services/James Little: Vyhledávací software a knihovny NIST
MS/MS (tandemová) spektra lze použít k identifikaci neznámých látek pomocí vyhledávání v knihovně. Toho je dosaženo v podstatě stejným způsobem, jaký se používá pro EI GC-MS s vyhledávacím softwarem NIST. Součástí nejnovějšího vydání NIST knihovny 2020 je také vylepšená verze NIST Search 2.4.
V této 8-mi dílné sérii tréninkových webinářů se pokusím se seznámit uživatele s používáním vyhledávacího softwaru NIST verze 2.4 využívajícího NIST, Wiley, “crowd-sourced (MoNA)” a uživatelských knihoven pro identifikaci neznámých látek.
NIST má ambiciózní program na rozšíření svých již tak komplexních a vysoce kvalitních databází MS/MS.
Podívejte se na následující odkaz: NIST Pipeline for Extending MS/MS Libraries
To zahrnuje velmi komplexní proces výběru a nákupu příslušných sloučenin a jejich následné analýzy. Problém s variabilitou spekter se snižuje analýzou vzorků na různých přístrojích a na různých energetických úrovních (20 kroků). Kromě toho je charakterizováno mnoho různých prekurzorových iontů a fragmentových iontů (MSⁿ). To již vedlo k dostupnosti rozsáhlé a vysoce kvalitní knihovny přesných hmotnostních MS/MS spekter ve verzi vydané v roce 2020 (31K sloučenin/1,3 M spekter) a úsilí dále pokračuje.
Ve druhé části se podíváme na:
Prezentaci ke druhé části naleznete v knihovně LabRulezLCMS.
- Introduction to Presenter, James Little
- Table of Contents
- Series of Talks: LCMS Unknown Identifications Using MSMS Libraries
- Help Files for NIST Search
- NIST Software in General is “Windows Compliant”
- NIST Tandem Quick Start Guide
- Overview: NIST Mass Spectrometry Software and MSMS Libraries
- Limitations of MSMS Searches for Unknown Identifications
- Three Basic Types of NIST MSMS (Tandem) Searches
- Overall Description for Searching Libraries and Displaying Results
- NIST MSMS (Tandem) Libraries 2020 Release
- Minimizing Number of Results After Search Performed
- Two Types of Ions Filtered with MSMS Hit List Filter Option
- Setting Default Parameters for Similarity Search (7 Steps)
- Setting Default Parameters for Identify MS/MS Search (8 Steps)
- Setting Default Parameters for MS/MS Hybrid Search (9 Steps)
- Searching Demonstration (Live YouTube)
- Presentation References (Internet Hyperlinks)
- Acknowledgements
Dalších částech se zaměříme na:
- Část III: Podrobnější diskuse o hybridním MSMS vyhledávání
- Část IV: Import MSMS Spekter
- Část V: Hledání struktury v NIST
- Část VI: MS Interpreter korelace struktury pomocí MSMS iontů
- Část VII: Používání a vytváření dalších MSMS knihoven
- Část VIII: Identifikace neznámých látek pomocí „Spectraless“ knihoven
