Identifikace neznámých látek v LC/MS pomocí MSMS knihoven - Část 2: Vyhledávací software a knihovny NIST

MS/MS (tandemová) spektra lze použít k identifikaci neznámých látek pomocí vyhledávání v knihovně. Toho je dosaženo v podstatě stejným způsobem, jaký se používá pro EI GC-MS s vyhledávacím softwarem NIST. Součástí nejnovějšího vydání NIST knihovny 2020 je také vylepšená verze NIST Search 2.4.

V této 8mi dílné sérii tréninkových webinářů se pokusím se seznámit uživatele s používáním vyhledávacího softwaru NIST verze 2.4 využívajícího NIST, Wiley, “crowd-sourced (MoNA)” a uživatelských knihoven pro identifikaci neznámých látek.

NIST má ambiciózní program na rozšíření svých již tak komplexních a vysoce kvalitních databází MS/MS.

Podívejte se na následující odkaz: NIST Pipeline for Extending MS/MS Libraries

To zahrnuje velmi komplexní proces výběru a nákupu příslušných sloučenin a jejich následné analýzy. Problém s variabilitou spekter se snižuje analýzou vzorků na různých přístrojích a na různých energetických úrovních (20 kroků). Kromě toho je charakterizováno mnoho různých prekurzorových iontů a fragmentových iontů (MSⁿ). To již vedlo k dostupnosti rozsáhlé a vysoce kvalitní knihovny přesných hmotnostních MS/MS spekter ve verzi vydáné v roce 2020 (31K sloučenin/1,3 M spekter) a úsilí dále pokračuje.

Ve druhé části se podíváme na:

Prezentaci ke druhé části naleznete v knihovně LabRulezLCMS.

• Introduction to Presenter, James Little
• Table of Contents
• Series of Talks: LCMS Unknown Identifications Using MSMS Libraries
• Help Files for NIST Search
• NIST Software in General is “Windows Compliant”
• NIST Tandem Quick Start Guide
• Overview: NIST Mass Spectrometry Software and MSMS Libraries
• Limitations of MSMS Searches for Unknown Identifications
• Three Basic Types of NIST MSMS (Tandem) Searches
• Overall Description for Searching Libraries and Displaying Results
• NIST MSMS (Tandem) Libraries 2020 Release
• Minimizing Number of Results After Search Performed
• Two Types of Ions Filtered with MSMS Hit List Filter Option
• Setting Default Parameters for Similarity Search (7 Steps)
• Setting Default Parameters for Identify MS/MS Search (8 Steps)
• Setting Default Parameters for MS/MS Hybrid Search (9 Steps)
• Searching Demonstration (Live YouTube)
• Presentation References (Internet Hyperlinks)
• Acknowledgements

Dalších částech se zaměříme na:

• Část III: Podrobnější diskuse o hybridním MSMS vyhledávání
• Část IV: Import MSMS Spekter
• Část V: Hledání struktury v NIST
• Část VI: MS Interpreter korelace struktury pomocí MSMS iontů
• Část VII: Používání a vytváření dalších MSMS knihoven
• Část VIII: Identifikace neznámých látek pomocí „Spectraless“ knihoven