Identifikace neznámých látek v LC/MS pomocí MSMS knihoven - Část 3: Podrobnější diskuse o hybridním MSMS vyhledávání

MS/MS (tandemová) spektra lze použít k identifikaci neznámých látek pomocí vyhledávání v knihovně. Toho je dosaženo v podstatě stejným způsobem, jaký se používá pro EI GC-MS s vyhledávacím softwarem NIST. Součástí nejnovějšího vydání NIST knihovny 2020 je také vylepšená verze NIST Search 2.4.

V této 8mi dílné sérii tréninkových webinářů se pokusím se seznámit uživatele s používáním vyhledávacího softwaru NIST verze 2.4 využívajícího NIST, Wiley, “crowd-sourced (MoNA)” a uživatelských knihoven pro identifikaci neznámých látek.

NIST má ambiciózní program na rozšíření svých již tak komplexních a vysoce kvalitních databází MS/MS.

Podívejte se na následující odkaz: NIST Pipeline for Extending MS/MS Libraries

To zahrnuje velmi komplexní proces výběru a nákupu příslušných sloučenin a jejich následné analýzy. Problém s variabilitou spekter se snižuje analýzou vzorků na různých přístrojích a na různých energetických úrovních (20 kroků). Kromě toho je charakterizováno mnoho různých prekurzorových iontů a fragmentových iontů (MSⁿ). To již vedlo k dostupnosti rozsáhlé a vysoce kvalitní knihovny přesných hmotnostních MS/MS spekter ve verzi vydáné v roce 2020 (31K sloučenin/1,3 M spekter) a úsilí dále pokračuje.

Ve třetí části se podíváme na:

Prezentaci ke třetí části naleznete v knihovně LabRulezLCMS.

• Introduction to Presenter, James Little
• Table of Contents
• Series of Talks: LCMS Unknown Identifications Using MSMS Libraries
• Help Files for NIST Search
• NIST Software in General is “Windows Compliant”
• Presentation Topics
• Program Description and My Personal Experience
• Comparison to Standard versus Neutral Loss Spectrum
• Hybrid Search Results for Example
• Using DotProduct Instead of Score for Viewing Results
• DeltaMass Table
• Simple Examples Using Structures to Show DeltaMass
• Viewing Peak Matching Results by Sorting in Hybrid Search Results
• Merging Hybrid with Peak Matching Results
• Detailed Explanation of Hybrid Head to Tail Display
• Alternate Neutral Loss Comparison in Head to Tail Format
• Other Things to Consider with Hybrid Search for Unknown Identification
• Setting Up CriticalDefault Parameters for MS/MS Hybrid Search
• Live Searching Demonstration YouTube Video
• Acknowledgements

Dalších částech se zaměříme na:

• Část IV: Import MSMS Spekter
• Část V: Hledání struktury v NIST
• Část VI: MS Interpreter korelace struktury pomocí MSMS iontů
• Část VII: Používání a vytváření dalších MSMS knihoven
• Část VIII: Identifikace neznámých látek pomocí „Spectraless“ knihoven