Quantification of purified PCR samples
Aplikace | 2020 | Unchained LabsInstrumentace
Quantifikace PCR produktů po purifikaci je klíčová v molekulární biologii. Rychlá a přesná měření koncentrace DNA zajišťují spolehlivost následných aplikací, jako jsou sekvenování, klonování nebo qPCR. Metody založené na UV/Vis spektru nabízejí jednoduchou, bezbarvící alternativu k fluorimetrickým testům.
Popis aplikace Purified PCR na systémech Lunatic a Little Lunatic firmy Unchained Labs. Hlavním cílem je přesně oddělit signál ampliconu od nežádoucích absorpčních složek a určit koncentraci amplifikované DNA.
Metoda Purified PCR na systémech Lunatic nabízí spolehlivý, rychlý a automatizovaný přístup k kvantifikaci PCR produktů. Díky dekonvoluci UV/Vis spektra se dosahuje vysoké přesnosti a reprodukovatelnosti, což ocení výzkumná i průmyslová pracoviště.
Charakterizace částic, UV–VIS Spektrofotometrie
ZaměřeníProteomika
VýrobceUnchained Labs
Souhrn
Význam tématu
Quantifikace PCR produktů po purifikaci je klíčová v molekulární biologii. Rychlá a přesná měření koncentrace DNA zajišťují spolehlivost následných aplikací, jako jsou sekvenování, klonování nebo qPCR. Metody založené na UV/Vis spektru nabízejí jednoduchou, bezbarvící alternativu k fluorimetrickým testům.
Cíle a přehled studie
Popis aplikace Purified PCR na systémech Lunatic a Little Lunatic firmy Unchained Labs. Hlavním cílem je přesně oddělit signál ampliconu od nežádoucích absorpčních složek a určit koncentraci amplifikované DNA.
Použitá metodika a instrumentace
- Systémy Lunatic a Little Lunatic (Unchained Labs)
- Modul Unmix pro UV/Vis spektrální dekonvoluci
- Blank: čistá voda pro kalibraci
- Výpočet koncentrace: A260 peak x faktor 50 µg/ml pro dsDNA
- Hodnocení kvality fitu: Reziduum (RRSE) s limitem 2,5 %
Hlavní výsledky a diskuse
- Amplicon, nečistoty a pozadí jsou rozpoznány jako samostatné komponenty
- Reziduum (% neshody) signalizuje nutnost přešetření při hodnotách nad 2,5 %
- Porovnání s A260 a fluorescenční metodou ukázalo dobrou shodu mezi Unmix aplikací na Little Lunatic a fluorescenčním testem
- Metoda je méně závislá na délce fragmentu oproti fluorescenčnímu stanovení, které podhodnocuje fragmenty < 1000 bp
Přínosy a praktické využití metody
- Rychlá a bezbarvící kvantifikace DNA bez potřeby standardních křivek
- Automatizace vyhodnocení a generování reportů v různých formátech (HTML, XML, TXT, CSV, XLSX, PDF)
- Minimální uživatelský vstup zvyšuje reprodukovatelnost a snižuje chyby
Budoucí trendy a možnosti využití
- Integrace s laboratořními informačními systémy (LIMS)
- Rozšíření dekonvolučních aplikací na další biomolekuly
- Využití strojového učení pro zlepšení přesnosti spektrální analýzy
- Přenosné systémy pro nasazení v terénu nebo bodu péče
Závěr
Metoda Purified PCR na systémech Lunatic nabízí spolehlivý, rychlý a automatizovaný přístup k kvantifikaci PCR produktů. Díky dekonvoluci UV/Vis spektra se dosahuje vysoké přesnosti a reprodukovatelnosti, což ocení výzkumná i průmyslová pracoviště.
Reference
- Choppee‐Bortz PD, Wamhoff BR (2011) Fragment length bias in fluorescence-based DNA quantification. PLoS ONE 6(10): e26015 doi:10.1371/journal.pone.0026015
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Quantification of mammalian gDNA
2020|Unchained Labs|Aplikace
Application Note Quantification of mammalian gDNA Introduction In this note, we describe how to use the DNA mammalian application on the Lunatic systems. This Unmix application is used to analyze the UV/Vis spectral shape of the sample to isolate the…
Klíčová slova
unmix, unmixgdna, gdnadna, dnamammalian, mammalianpicogreen, picogreenapp, appspectrum, spectrumdetailing, detailingvis, visnucleic, nucleicchemagen, chemagenchemagic, chemagicqiasymphony, qiasymphonyselection, selectionextracted
Quantification of total nucleic acids from unknown sources (DNA eq)
2020|Unchained Labs|Aplikace
Application Note Quantification of total nucleic acids from unknown sources (DNA eq) Introduction In this note, we describe how to use the Nucleic Acids (DNA equiv.) application on the Lunatic systems. This Unmix application is used to analyze the UV/Vis…
Klíčová slova
unmix, unmixapp, appdna, dnanucleic, nucleicdetailing, detailingvis, visreported, reportedunknown, unknownacids, acidsbackground, backgroundspectral, spectralrrse, rrsethreshold, thresholdtotal, totalsources
Quantification of total nucleic acids from unknown sources (RNA eq)
2020|Unchained Labs|Aplikace
Application Note Quantification of total nucleic acids from unknown sources (RNA eq) Introduction In this note, we describe how to use the Nucleic Acids (RNA equiv.) application on the Lunatic systems. This Unmix application is used to analyze the UV/Vis…
Klíčová slova
unmix, unmixapp, appnucleic, nucleicrna, rnadetailing, detailingvis, visreported, reportedunknown, unknownacids, acidsbackground, backgroundspectral, spectralrrse, rrsethreshold, thresholdtotal, totalsources
Quantification of Cy3/Cy5 labeled RNA and ssDNA
2020|Unchained Labs|Aplikace
Application Note Quantification of Cy3/Cy5 labeled RNA and ssDNA Introduction In this note, we describe how to use the RNA Cy3/Cy5 and ssDNA Cy3/Cy5 applications on the Lunatic systems. These Unmix applications are used to analyze the UV/Vis spectral shape…
Klíčová slova
app, appunmix, unmixnucleic, nucleicssdna, ssdnarna, rnaisolate, isolatespectral, spectralrrse, rrsevis, visresidue, residueprofile, profileshape, shapeapps, appscollectively, collectivelyisn’t
