Quantification of total nucleic acids from unknown sources (DNA eq)
Aplikace | 2020 | Unchained LabsInstrumentace
Stanovení celkového obsahu nukleových kyselin v extraktech neznámého původu je klíčové v molekulární biologii, mikrobiologii i průmyslové analýze. Přesná kvantifikace DNA/RNA ovlivňuje úspěšnost klonování, sekvenování i kontrolu kvality vzorků. Metoda založená na UV/Vis spektrometrii s využitím algoritmu Unmix umožňuje rychlé oddělení signálu nukleových kyselin od rušivých absorpčních složek.
Cílem dokumentu je představit aplikaci Nucleic Acids (DNA equiv.) na systémech Lunatic a Little Lunatic. Popisuje postup výběru aplikace, princip analýzy spektrálního tvaru vzorku a způsob výpočtu koncentrace nukleových kyselin vyjádřené jako ekvivalenty dsDNA.
Metoda využívá UV/Vis spektrofotometrii a algoritmus Unmix pro dekompozici spektra na komponenty: nukleové kyseliny, nečistoty a pozadí (turbiditu). Jako blanky se používá destilovaná voda. Instrumentace:
Aplikace úspěšně izoluje spektrum nukleových kyselin a vypočítá jejich koncentraci na základě hodnoty A260 a koncentračního faktoru dsDNA (50). Simultánně detekuje absorpci nečistot (např. fenol, thiocyanát, proteiny) a pozadí způsobené turbidity nebo barvivy (např. chlorofyl, hem). Parametr kvality fitu (RRSE) vyjadřuje procento neshod spektra a při hodnotě nad 2,5 % je generováno upozornění, obdobně při A260 pod 0,5 OD260 není detailní rozbor nečistot k dispozici. Výsledky jsou vizualizovány ve formě průběhů spektrálních tvarů a doplněny o kvantitativní údaje.
Metoda nabízí rychlou, spolehlivou a plně automatizovanou kvantifikaci nukleových kyselin z různorodých vzorků (bakterie, kvasinky, rostliny, plazmidy). Minimalizuje zásahy uživatele, zkracuje dobu analýzy a poskytuje bohaté výstupní formáty, což je výhodné pro rutinní i výzkumné laboratoře.
Další rozvoj může zahrnovat rozšíření databází absorpčních profilů pro nové typy nečistot, integraci s datovými platformami pro sledování kvality v reálném čase a nasazení strojového učení pro pokročilé rozpoznávání vzorků. Kombinace s dalšími analytickými metodami (fluorescenční detekce, PCR) umožní komplexní charakterizaci nukleových kyselin.
Aplikace Nucleic Acids (DNA equiv.) na platformách Lunatic a Little Lunatic představuje efektivní nástroj pro kvantifikaci celkových nukleových kyselin. Díky algoritmu Unmix a širokým reportovacím možnostem zajišťuje vysokou přesnost, rychlost a přehlednost výsledků, což zvyšuje efektivitu laboratorních procesů.
Unchained Labs. Quantification of total nucleic acids from unknown sources (DNA equiv.), Application Note, Rev B, 2020
Charakterizace částic, UV–VIS Spektrofotometrie
ZaměřeníProteomika
VýrobceUnchained Labs
Souhrn
Význam tématu
Stanovení celkového obsahu nukleových kyselin v extraktech neznámého původu je klíčové v molekulární biologii, mikrobiologii i průmyslové analýze. Přesná kvantifikace DNA/RNA ovlivňuje úspěšnost klonování, sekvenování i kontrolu kvality vzorků. Metoda založená na UV/Vis spektrometrii s využitím algoritmu Unmix umožňuje rychlé oddělení signálu nukleových kyselin od rušivých absorpčních složek.
Cíle a přehled studie / článku
Cílem dokumentu je představit aplikaci Nucleic Acids (DNA equiv.) na systémech Lunatic a Little Lunatic. Popisuje postup výběru aplikace, princip analýzy spektrálního tvaru vzorku a způsob výpočtu koncentrace nukleových kyselin vyjádřené jako ekvivalenty dsDNA.
Použitá metodika a instrumentace
Metoda využívá UV/Vis spektrofotometrii a algoritmus Unmix pro dekompozici spektra na komponenty: nukleové kyseliny, nečistoty a pozadí (turbiditu). Jako blanky se používá destilovaná voda. Instrumentace:
- Lunatic systém s možností výstupu do HTML, XML, TXT, CSV, XLSX a PDF.
- Little Lunatic se zabudovanými pevnými šablonami reportů.
Hlavní výsledky a diskuse
Aplikace úspěšně izoluje spektrum nukleových kyselin a vypočítá jejich koncentraci na základě hodnoty A260 a koncentračního faktoru dsDNA (50). Simultánně detekuje absorpci nečistot (např. fenol, thiocyanát, proteiny) a pozadí způsobené turbidity nebo barvivy (např. chlorofyl, hem). Parametr kvality fitu (RRSE) vyjadřuje procento neshod spektra a při hodnotě nad 2,5 % je generováno upozornění, obdobně při A260 pod 0,5 OD260 není detailní rozbor nečistot k dispozici. Výsledky jsou vizualizovány ve formě průběhů spektrálních tvarů a doplněny o kvantitativní údaje.
Přínosy a praktické využití metody
Metoda nabízí rychlou, spolehlivou a plně automatizovanou kvantifikaci nukleových kyselin z různorodých vzorků (bakterie, kvasinky, rostliny, plazmidy). Minimalizuje zásahy uživatele, zkracuje dobu analýzy a poskytuje bohaté výstupní formáty, což je výhodné pro rutinní i výzkumné laboratoře.
Budoucí trendy a možnosti využití
Další rozvoj může zahrnovat rozšíření databází absorpčních profilů pro nové typy nečistot, integraci s datovými platformami pro sledování kvality v reálném čase a nasazení strojového učení pro pokročilé rozpoznávání vzorků. Kombinace s dalšími analytickými metodami (fluorescenční detekce, PCR) umožní komplexní charakterizaci nukleových kyselin.
Závěr
Aplikace Nucleic Acids (DNA equiv.) na platformách Lunatic a Little Lunatic představuje efektivní nástroj pro kvantifikaci celkových nukleových kyselin. Díky algoritmu Unmix a širokým reportovacím možnostem zajišťuje vysokou přesnost, rychlost a přehlednost výsledků, což zvyšuje efektivitu laboratorních procesů.
Reference
Unchained Labs. Quantification of total nucleic acids from unknown sources (DNA equiv.), Application Note, Rev B, 2020
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Quantification of total nucleic acids from unknown sources (RNA eq)
2020|Unchained Labs|Aplikace
Application Note Quantification of total nucleic acids from unknown sources (RNA eq) Introduction In this note, we describe how to use the Nucleic Acids (RNA equiv.) application on the Lunatic systems. This Unmix application is used to analyze the UV/Vis…
Klíčová slova
unmix, unmixapp, appnucleic, nucleicrna, rnadetailing, detailingvis, visreported, reportedunknown, unknownacids, acidsbackground, backgroundspectral, spectralrrse, rrsethreshold, thresholdtotal, totalsources
Quantification of mammalian gDNA
2020|Unchained Labs|Aplikace
Application Note Quantification of mammalian gDNA Introduction In this note, we describe how to use the DNA mammalian application on the Lunatic systems. This Unmix application is used to analyze the UV/Vis spectral shape of the sample to isolate the…
Klíčová slova
unmix, unmixgdna, gdnadna, dnamammalian, mammalianpicogreen, picogreenapp, appspectrum, spectrumdetailing, detailingvis, visnucleic, nucleicchemagen, chemagenchemagic, chemagicqiasymphony, qiasymphonyselection, selectionextracted
Quantification of purified PCR samples
2020|Unchained Labs|Aplikace
Application Note Quantification of purified PCR samples Introduction In this note, we describe how to use the Purified PCR application on the Lunatic systems. This Unmix application is used to analyze the UV/Vis spectral shape of the sample to isolate…
Klíčová slova
unmix, unmixapp, apppcr, pcrpurified, purifiedquantification, quantificationnucleic, nucleicspectral, spectralimage, imagesamples, samplesrrse, rrsevis, visshown, shownfluorescence, fluorescenceunderestimates, underestimatesphage
Fast & accurate DNA quantification with Lunatic
2020|Unchained Labs|Technické články
Technical Note Fast & accurate DNA quantification with Lunatic Introduction A Fluorescent dye-based assays are one of the predominant methods for quantifying nucleic acids, but they’re bogged down by a lot of steps. If anything goes wrong along the way,…
Klíčová slova
lunatic, lunaticdna, dnanucleic, nucleicquadruplicate, quadruplicatefluorescent, fluorescentqubit, qubitpicogreen, picogreenunmix, unmixdsdna, dsdnaspectrum, spectrumvis, visquantification, quantificationacid, acidline, lineconcentration
