Quantification of total nucleic acids from unknown sources (RNA eq)

Význam tématu

Správné stanovení koncentrace nukleových kyselin ve vzorcích z biologických materiálů je nezbytné pro molekulární biologii, kontrolu kvality a výzkumné aplikace. Přesná a rychlá kvantifikace eliminuje přebytek manipulace se vzorkem, zlepšuje reprodukovatelnost výsledků a minimalizuje vliv interferujících látek.

Cíle a přehled studie / článku

Cílem poznámky je ukázat postup použití aplikace Nucleic Acids (RNA equiv.) na systémech Lunatic a Little Lunatic (Unchained Labs) pro měření celkových nukleových kyselin v RNA ekvivalentech. Text popisuje volbu vzorku, spuštění algoritmu Unmix a interpretaci výsledků na obrazovce i v generovaných reportech.

Použitá metodika a instrumentace

• Princip: UV/Vis spektroskopie s dekonvolučním algoritmem Unmix pro oddělení absorpčních profilů nukleových kyselin, nečistot a pozadí.
• Instrumenty: Lunatic a Little Lunatic (Unchained Labs).
• Pro blanky se používá ultrapure voda; žádné další vstupy kromě názvu vzorku nejsou nutné.

Hlavní výsledky a diskuse

• Spektrální profily: nukleové kyseliny (fialově), nečistoty (modře) a pozadí (šedě), obsahový spektrální průběh po odečtu pozadí.
• Výpočet koncentrace nukleových kyselin: A260 profil × faktor 40 oznamuje hodnoty v ng/µl RNA ekvivalentu.
• Nečistoty jsou kvantifikovány v OD260 a detailovány při překročení prahových hodnot (phenol, thiokyanát, pufry, detergenty, bílkoviny).
• Pozadí (turbidita, barviva) se hlásí v OD260 při překročení prahových hodnot (částice, hem, chlorofyl).
• Kvalita fitu (RRSE) udává procento nediagnostikovaného spektra; varování nad 2,5 % nebo A260 < 0,5 OD signalizuje vysokou turbidity, neznámé příměsi nebo nízkou koncentraci.

Přínosy a praktické využití metody

Aplikace Unmix umožňuje rychlou, bezznačkovou kvantifikaci nukleových kyselin přímo ze surového spektra, minimalizuje chybovost při přítomnosti interferujících látek a zkracuje dobu analýzy. Generované reporty ve formátu HTML, XML, TXT, CSV, XLSX či PDF podporují integraci do laboratorních informačních systémů a dokumentaci výsledků.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se rozšíření algoritmu pro kvantifikaci dalších biomolekul, vylepšení pomocí strojového učení pro přesnější dekonvoluci spekter, automatizované on-line monitorování experimentů a hlubší integrace s LIMS. Miniaturizace a cloudové zpracování by mohly dále zrychlit a zpřístupnit tuto technologii širokému okruhu uživatelů.

Závěr

Aplikace Nucleic Acids (RNA equiv.) na systémech Lunatic a Little Lunatic nabízí spolehlivý, rychlý a uživatelsky přívětivý nástroj pro kvantifikaci celkových nukleových kyselin. Díky dekonvolučnímu přístupu a flexibilním reportům je metoda vhodná pro rutinní analýzy v akademických i průmyslových laboratořích.

Reference

• Unchained Labs. Quantification of total nucleic acids from unknown sources (RNA eq). Application Note Rev B, 2020.