ADDING COST EFFECTIVE MASS DETECTION FOR IMPROVED PRODUCTIVITY IN OLIGONUCLEOTIDE SCREENING ASSAYS
Postery | 2016 | WatersInstrumentace
Vývoj efektivních analytických postupů pro kvalitativní a kvantitativní screening syntetických oligonukleotidů je klíčový pro farmaceutický výzkum a validaci léčivých kandidátů.
Integrace optické (UV) a hmotnostní detekce v jediném běhu zvyšuje produktivitu a spolehlivost výsledků.
Studie představuje nákladově dostupný postup pro paralelní akvizici UV a hmotnostních dat při analýze oligonukleotidů.
Cílem je demonstrovat výkon integrovaného systému Waters ACQUITY UPLC H-Class s in-line hmotnostním detektorem QDa a komplementárními softwarovými nástroji MassLynx a ProMass HR.
Metoda iontově-párové reverzní fáze (IP-RPLC) se spárovaným UV detektorem a hmotnostním spektrometrem pracujícím v negativním režimu.
Gradientní separace na kolóně OST BEH C18 při 60 °C s mobilní fází obsahující 15 mM triethylaminu (TEA), 400 mM HFIP a methanol.
Analýza polyT standardů (15–35 nukleotidů) vykázala detekci více nábojových stavů ve skenovací oblasti QDa.
Reprodukovatelnost m/z hodnot byla v rámci specifikace ±0,2 Da s RSD <0,02.
Dekonvoluce dat MassLynxem přinesla absolutní odchylky do +0,7 Da, srovnatelnou přesnost zajišťuje i ProMass HR (-0,1 až +0,5 Da).
Vyhodnocení pomocí ProMass HR potvrdilo kompatibilitu a možnost hromadného zpracování dat pro zvýšení propustnosti analýzy.
Integrovaná UV/MS detekce umožňuje rychlé potvrzení identity a čistoty oligonukleotidů při nízkých nákladech.
Minimální požadavky na obsluhu a údržbu zkracují dobu zaškolení a zvyšují denní produktivitu laboratoře.
Rozšíření workflow o další sekvenční a modifikační analýzy pomocí hmotnostních detektorů s vyšším rozlišením.
Automatizace zpracování dat a nasazení pokročilých algoritmů strojového učení pro predikci struktury a modifikací.
Popsaný přístup poskytuje robustní, rychlý a ekonomicky výhodný způsob kombinované UV a MS analýzy oligonukleotidů.
Výsledná vysoká reprodukovatelnost a jednoduchá obsluha přispívají k významnému zlepšení rutinních screeningových postupů v biofarmaceutickém výzkumu.
Birdsall R.E., McCarthy S.M., Berger S.J., Terasaki M., Hirose K., Yu Y.Q. Adding cost effective mass detection for improved productivity in oligonucleotide screening assays. Waters Corporation, 2016.
LC/MS, LC/SQ
ZaměřeníFarmaceutická analýza
VýrobceWaters
Souhrn
Význam tématu
Vývoj efektivních analytických postupů pro kvalitativní a kvantitativní screening syntetických oligonukleotidů je klíčový pro farmaceutický výzkum a validaci léčivých kandidátů.
Integrace optické (UV) a hmotnostní detekce v jediném běhu zvyšuje produktivitu a spolehlivost výsledků.
Cíle a přehled studie / článku
Studie představuje nákladově dostupný postup pro paralelní akvizici UV a hmotnostních dat při analýze oligonukleotidů.
Cílem je demonstrovat výkon integrovaného systému Waters ACQUITY UPLC H-Class s in-line hmotnostním detektorem QDa a komplementárními softwarovými nástroji MassLynx a ProMass HR.
Použitá metodika a instrumentace
Metoda iontově-párové reverzní fáze (IP-RPLC) se spárovaným UV detektorem a hmotnostním spektrometrem pracujícím v negativním režimu.
Gradientní separace na kolóně OST BEH C18 při 60 °C s mobilní fází obsahující 15 mM triethylaminu (TEA), 400 mM HFIP a methanol.
- LC systém: ACQUITY UPLC H-Class
- UV detektor: ACQUITY UPLC TUV (260 nm)
- Hmotnostní detektor: ACQUITY QDa
- Software pro dekonvoluci: MassLynx (MaxEnt1) a ProMass HR
Hlavní výsledky a diskuse
Analýza polyT standardů (15–35 nukleotidů) vykázala detekci více nábojových stavů ve skenovací oblasti QDa.
Reprodukovatelnost m/z hodnot byla v rámci specifikace ±0,2 Da s RSD <0,02.
Dekonvoluce dat MassLynxem přinesla absolutní odchylky do +0,7 Da, srovnatelnou přesnost zajišťuje i ProMass HR (-0,1 až +0,5 Da).
Vyhodnocení pomocí ProMass HR potvrdilo kompatibilitu a možnost hromadného zpracování dat pro zvýšení propustnosti analýzy.
Přínosy a praktické využití metody
Integrovaná UV/MS detekce umožňuje rychlé potvrzení identity a čistoty oligonukleotidů při nízkých nákladech.
Minimální požadavky na obsluhu a údržbu zkracují dobu zaškolení a zvyšují denní produktivitu laboratoře.
Budoucí trendy a možnosti využití
Rozšíření workflow o další sekvenční a modifikační analýzy pomocí hmotnostních detektorů s vyšším rozlišením.
Automatizace zpracování dat a nasazení pokročilých algoritmů strojového učení pro predikci struktury a modifikací.
Závěr
Popsaný přístup poskytuje robustní, rychlý a ekonomicky výhodný způsob kombinované UV a MS analýzy oligonukleotidů.
Výsledná vysoká reprodukovatelnost a jednoduchá obsluha přispívají k významnému zlepšení rutinních screeningových postupů v biofarmaceutickém výzkumu.
Reference
Birdsall R.E., McCarthy S.M., Berger S.J., Terasaki M., Hirose K., Yu Y.Q. Adding cost effective mass detection for improved productivity in oligonucleotide screening assays. Waters Corporation, 2016.
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Adding Mass Detection to Synthetic Oligonucleotide Analyses with the ACQUITY QDa Detector
2016|Waters|Aplikace
Adding Mass Detection to Synthetic Oligonucleotide Analyses with the ACQUITY QDa Detector Robert E. Birdsall and Ying Qing Yu Waters Corporation, Milford, MA, USA A P P L I C AT I O N B E N E F I…
Klíčová slova
qda, qdaacquity, acquitydetector, detectoroligonucleotide, oligonucleotiderplc, rplcmass, masssynthetic, syntheticanalyses, analysestuv, tuvadding, addingoligonucleotides, oligonucleotidesdeconvoluted, deconvolutedphases, phasesmeans, meansuplc
High-throughput Screening of Oligonucleotides for Identity and Purity Assessment Using the ACQUITY QDa Detector and ProMass for MassLynx
2016|Waters|Aplikace
High-throughput Screening of Oligonucleotides for Identity and Purity Assessment Using the ACQUITY QDa Detector and ProMass for MassLynx Robert E. Birdsall and Ying Qing Yu Waters Corporation, Milford, MA, USA A P P L I C AT I O N…
Klíčová slova
oligonucleotides, oligonucleotidespromass, promassacquity, acquityqda, qdapurity, purityidentity, identitystrand, strandassessment, assessmentthroughput, throughputdata, datasynthetic, syntheticmass, massscreening, screeningmasslynx, masslynxuplc
APPLICATION SOLUTIONS FOR OLIGONUCLEOTIDES - APPLICATION NOTEBOOK
2017|Waters|Příručky
[ APPLICATION NOTEBOOK ] APPLICATION SOLUTIONS FOR OLIGONUCLEOTIDES Table of Contents Introduction – UPLC Analysis of Synthetic Oligonucleotides......................................................................................................................... 4 [ HPLC & UPLC Separations ] Real-Time Analysis of RNAi Duplexes ....................................................................................................................................................................... 8 Semi-Preparative Scale Single-Stranded RNA Purification .......................................................................................................................... 11 Oligonucleotide…
Klíčová slova
oligonucleotides, oligonucleotidesuplc, uplcoligonucleotide, oligonucleotideacquity, acquityrnai, rnaiost, ostpromass, promassduplex, duplexwaters, watersduplexes, duplexessirna, sirnaqda, qdaanalysis, analysisrna, rnaseparation
Developing a Novel, Integrated LC-MS Workflow for High-resolution Monitoring and Characterization of Oligonucleotides
2016|Waters|Aplikace
[ APPLICATION NOTE ] Developing a Novel, Integrated LC-MS Workflow for High-resolution Monitoring and Characterization of Oligonucleotides Henry Shion, Robert Birdsall, and Ying Qing Yu Waters Corporation, Milford, MA, USA APPLICATION BENEFITS ■■ ■■ Optimized RP-UPLC mobile phase Methods that…
Klíčová slova
promass, promassoligonucleotide, oligonucleotideost, ostuplc, uplcpolyt, polytoligonucleotides, oligonucleotidesacquity, acquitymasslynx, masslynxstrand, strandwaters, watersladder, ladderbio, biomass, massnote, notemassprep
