Zpracování dat pomocí softwaru Thermo Freestyle s vyhledáváním NIST MSMS pro identifikaci sloučenin (alternativní "méně efektivní" přístupy)

Tato série webinářů ukazuje použití softwaru Thermo Freestyle 1.8 SP2 QF1 pro zpracování LCMS hmotnostních spekter produktových s iontů pomocí programu NIST 23 Mass Spectral Search Program (v.3.0). Spektra se snadno exportují ze softwaru Freestyle do programu NIST Search pro identifikaci jednotlivých složek s využitím knihoven NIST MSMS a všech dalších dostupných uživatelských, veřejných a komerčních MSMS knihoven. Freestyle je velmi pohodlný softwarový balík pro zpracování dat získaných pomocí přístrojů LCMS Orbitrap. V jedné analýze lze získat spektra MS1 i MS2 v režimu pozitivních i negativních iontů. Lze také snadno zobrazit PAD a UV-VIS data pro zaměření požadovaných látek z LC analýz.

Materiály ke stáhnutí pro celou sérii

• Část 1: Můj oblíbený režim zpracování ve Freestyle
• Část 1A: Používání vylepšeného režimu zpracování „Nearby Precursor“ v aplikaci FreeStyle
• Část 2: Alternativní režimy zpracování ve Freestyle
• Část 3: Nastavení základních nastavení ve Freestylu a vyhledávání NIST
• Část 4: Demonstrace různých vyhledávání NIST MSMS
• Část 5: Zpracování prvků v Thermo Freestyle

Část 2: Zpracování dat pomocí softwaru Thermo Freestyle s vyhledáváním NIST MSMS pro identifikaci sloučenin (alternativní "méně efektivní" přístupy)

Vybavení a software

• Thermo Orbitrap MSMS
• Software Thermo Freestyle
• Vyhledávání NIST MSMS

Efektivní identifikace sloučenin pomocí Thermo Orbitrap MSMS

V tomto díle James Little popisuje metody zpracování dat hmotnostní spektrometrie pomocí softwaru Thermo Freestyle v kombinaci s NIST MSMS Search. Zaměřuje se na interpretaci dat získaných ze systémů Thermo Orbitrap LC-MS pracujících v pozitivním i negativním ionizačním režimu s využitím detekce fotodiodového pole (PDA) a UV-VIS detekce.

Preferovaný pracovní postup zpracování dat

Ačkoli je v systému Freestyle k dispozici více přístupů, příručka zdůrazňuje preferovanou metodu sdílenou kolegou - pracovní postup, který se po dokončení počátečního nastavení ukázal jako efektivnější.

Klíčové kroky:

• Otevřete datový soubor a zobrazte celkový iontový chromatogram (TIC).
• Kliknutím levým tlačítkem myši vyberte pík a poté pomocí klávesových šipek „projděte“ chromatografický pík.
• Podle záhlaví v dolní části zobrazení spektra zkontrolujte polaritu a stav MS1/MS2.
• Požadované spektrum MS2 odešlete do vyhledávače NIST MSMS Search pro identifikaci sloučeniny.

James Little: Přístup s využitím klávesových šipek, který umožňuje procházet celkový iontový chromatogram, který není rozdělen na samostatné chromatogramy

Alternativní pracovní postup - ruční otevírání oken

• Klikněte na ikonu Skenovací filtry v pracovní oblasti Freestyle > karta Zpracování.
• Vyberte ze seznamu pozitivních a negativních iontů MS1 v dolní části.
• Vložte stopy (např. PDA nebo UV) pomocí možnosti Insert Trace
• Přístup ke stopám PDA/UV prostřednictvím karty Detektor.

James Little: Alternativní pracovní postup - ruční otevírání oken

Příklad sloučeniny: Uvinul 3000

• Molekulová hmotnost: 214
• Demonstrace s použitím zařízení Thermo Orbitrap s LC-MS i necílenými MSMS analýzami (pozitivní a negativní režim) s detektorem PDA (Photo Array Detector) a UV-VIS analýzami.

James Little: Uvinul 3000