Zpracování dat pro vyhledávání NIST MSMS pomocí softwaru Thermo Freestyle (můj oblíbený přístup)

Tato série webinářů ukazuje použití softwaru Thermo Freestyle 1.8 SP2 QF1 pro zpracování LCMS hmotnostních spekter produktových s iontů pomocí programu NIST 23 Mass Spectral Search Program (v.3.0). Spektra se snadno exportují ze softwaru Freestyle do programu NIST Search pro identifikaci jednotlivých složek s využitím knihoven NIST MSMS a všech dalších dostupných uživatelských, veřejných a komerčních MSMS knihoven. Freestyle je velmi pohodlný softwarový balík pro zpracování dat získaných pomocí přístrojů LCMS Orbitrap. V jedné analýze lze získat spektra MS1 i MS2 v režimu pozitivních i negativních iontů. Lze také snadno zobrazit PAD a UV-VIS data pro zaměření požadovaných látek z LC analýz.

Poznámky pro celou sérii

• Část 1: Můj oblíbený režim zpracování ve Freestyle
• Část 1A: Používání vylepšeného režimu zpracování „Nearby Precursor“ v aplikaci FreeStyle
• Část 2: Alternativní režimy zpracování ve Freestyle
• Část 3: Nastavení základních nastavení ve Freestylu a vyhledávání NIST
• Část 4: Demonstrace různých vyhledávání NIST MSMS
• Část 5: Zpracování prvků v Thermo Freestyle

Část 1: Zpracování dat pro vyhledávání NIST MSMS pomocí softwaru Thermo Freestyle (můj oblíbený přístup)

Tento návod popisuje můj preferovaný způsob zpracování dat v softwaru Thermo Freestyle pro vyhledávání NIST MSMS. Tyto kroky zjednodušují zpracování dat a zajišťují přesnou interpretaci hmotnostních spekter pro LC-MS a MSMS analýzy.

Vybavení a software

• Thermo Orbitrap MSMS
• Software Thermo Freestyle
• Tandemová knihovna NIST 2023

Orbitrap Data One Acquisition

• Analýzy LC-MS a MSMS
• Necílená MSMS akvizice
• Pozitivní a negativní režim
• Analýzy s PDA a UV-VIS
• Příklady sloučenin:
  • Uvinul 3000 ( MW 214)
  • Tinuvin 234 ( MW 447)

James Little: NIST 2023 Tandem Library Great Resource for Unknown Identifications

Můj oblíbený pracovní postup zpracování dat

• o který se se mnou podělil kolega

Krok 1: Nastavení oken Freestyle 

Optimalizace pracovního prostoru pro zpracování dat:

1. Otevřete tři okna v dolní části Freestylu:
   • V horním okně: 1: MS1: Pozitivní ionty
   • Druhé okno: Záporný iont MS2
   • Spodní okno: UV nebo PDA stopa
2. Toto rozložení uložte v položce Workspace Options/Layouts, abyste zajistili automatické rozčlenění při otevírání nových souborů.
3. Přidejte funkci Nearby Precursors (Blízké prekurzory) pro zjednodušení výběru MSMS (s výjimkou zprůměrovaných MS spekter).

James Little: Step 1 - Setting Up Freestyle Windows

Krok 2: Úprava rozložení okna

1. Pomocí funkce Select Filter (Vybrat filtr):
   • Změňte horní okno na pozitivní ionty
   • Změnit druhé okno na záporný ion
   • Zvolit PDA nebo UV pro spodní okno
2. V okně spektra se zobrazí vybraná data MS/MS pro další zpracování.

James Little: Step 2 - Adjusting the Window Layout

Krok 3: Zpracování MSMS dat

1. Klepněte levým tlačítkem myši do horního okna pro chromatogram s pozitivním iontem.
2. Kliknutím pravým tlačítkem myši zprůměrujte spektrum v okně Spektrum.
3. V případě potřeby před průměrováním odečtěte pozadí .
4. Vyplňte pole Avg Range a vyberte Range 1.
5. Přejděte na položku Chromatogram pozitivních iontů, zadejte rozsah a potvrďte.
6. Vyhněte se průměrování spekter MS2 při exportu do vyhledávání NIST, protože dojde k převodu přesné hmotnosti na nominální hmotnost.

James Little: Step 3 - Processing MSMS Data

James Little: Step 3 - Processing MSMS Data

James Little: Step 3 - Processing MSMS Data

Krok 4: Výběr MS2 spektra pro vyhledávání NIST

1. Určete hodnotu m/z, která vás zajímá (např. m/z 215,0702).
2. Použijte filtr rozsahu chromatogramu k izolaci cílového iontu.
3. Spektrum MS2 nahradí chromatogram MS1 v horním okně.
4. Kliknutím na pík zájmu vygenerujte spektrum MS2.
5. Opakujte postup pro spektrum negativního iontu MS2 (MSMS) .
6. Odeslání spekter do vyhledávání NIST MS pro identifikaci sloučeniny.

James Little: Step 4 - Selecting an MS2 Spectrum for NIST Search

Závěr

Pomocí tohoto pracovního postupu software Thermo Freestyle účinně zpracovává data LC-MS/MS pro vyhledávání NIST, čímž zajišťuje přesnou identifikaci neznámých sloučenin. Uložením vlastních rozložení a zamezením průměrování MS2 spekter tato metoda maximalizuje přesnost a účinnost.