Použití NIST MS Search se softwarem Agilent OpenLab pro identifikace neznámých látek

Software OpenLab společnosti Agilent představuje velmi užitečný nástroj pro integraci analytického pracovního postupu při hmotnostně spektroskopických analýzách. Lze jej snadno použít s vyhledávačem NIST 2023 Search a souvisejícími knihovnami pro identifikace neznámých látek.

• Několik tipů k použití vyhledávání NIST MS Search pro neznámé identifikace
• Vyhledávání pomocí Agilent GC MSD/OpenLab CDS převedené do NIST MS Search
• Informace poskytnuté společností Agilent (Emily Adams, inženýrka podpory produktů).

Diskutovaná témata

1. Odesílání spekter pro vyhledávání z OpenLab do externího programu NIST MS Search
2. Zpracování souborů OpenLab v programu Agilent MassHunter
3. Export souborů ve formátu netCDF (AIA) pro zpracování pomocí AMDIS, Wiley KnowItAll atd.
4. Umístění datových souborů v adresářích souborů OpenLab
5. Vyhledávání pomocí NIST dll s výsledky vrácenými pro interní zobrazení v OpenLabu.
6. Formát knihovny podporovaný programem OpenLab a vzájemná konverze formátů knihoven pomocí obslužného programu NIST Lib2NIST.
7. Přidání záznamu do stávající uživatelské knihovny nebo vytvoření prvního záznamu v nové uživatelské knihovně
8. Počáteční nastavení pro vyhledávání NIST Search V3.0 v režimech EI a MSMS (tandem)
9. Rozsáhlá uživatelská nápověda, kterou najdete na webové stránce „Agilent OpenLab Help & Learning“.

1) Lze odesílat spektra do programu NIST MS Search?

Ano! Nejjednodušší způsob je kliknout pravým tlačítkem myši na spektrum v OpenLab CDS a vybrat Send spectrum to NIST MS Search program. (Všimněte si, že tato možnost je šedá, dokud není balík NIST MS Search nainstalován na stejném počítači jako OpenLab CDS).

James Little: Can you send spectra to NIST’s MS Search program.

1) Tím se otevře program NIST MS Search a načte se odeslané spektrum.

Poznámka: Když kliknete na tlačítko „Send spectrum to NIST MS program“ (Odeslat spektrum do programu NIST MS). MSP se vygeneruje textový soubor, který se uloží do dočasné složky (C:Usrs\<CurrentUser>\AppData\ Local\Temp\SPECTRA.MSP), pokud byste k němu potřebovali získat přístup.

James Little: This will open NIST MS Search and load the spectrum you sent

2) Můžete zpracovat OpenLab MS soubor v programu MassHunter?

Ano, data CDS z programu OpenLab můžete převést do formátu MassHunter. Převedená data pak můžete analyzovat v MassHunter Quant, Qual a Unknowns Analysis. Nelze je otevřít v aplikaci MSD ChemStation Data Analysis. Existuje nástroj pro konverzi, ke kterému máte přístup od verze MassHunter Quant 11.1.

James Little: Can you process the OpenLab mass spec file in MassHunter

3) Lze převádět soubory OpenLab do formátu netCDF (AIA)?

Ano, funkce exportu AIA v zásuvných modulech pro následné zpracování umožňuje export ve formátu NetCDF. Pokud byste například chtěli použít program AMDIS od NIST nebo Wiley KnowItAll, můžete takto exportovat svá data.

James Little: Can you convert OpenLab to netCDF (AIA) files

4) Umístění datových souborů v OpenLab

• Systém CDS je organizován v souborech výsledků - soubory jsou seskupeny podle sekvence, s níž byly spuštěny, do složek nazvaných <MyResultName>.rslt (nebo <MyResultName>.sirslt pro jednotlivé injekce). Tato složka *.rslt nebo *.sirslt obsahuje všechna data a informace o zpracování potřebné k rekonstrukci analýzy (způsob získání, způsob zpracování, nezpracovaná data, výsledky atd.).
• Surová data jsou uložena v souborech *.dx. Výsledky jsou uloženy v souborech *.rx. Každá injekce bude mít jeden soubor *.dx a jeden soubor *.rx.
• MS data jsou uložena ve stejném formátu, jaký používá MassHunter - konkrétně pro GCMS single quads existují dva binární soubory, které obsahují surová data - *.MSPeak.bin a *.MSScan.bin.

James Little: Data File Locations in OpenLab

5) Lze vyhledávání v knihovnách provádět pomocí NIST dll a poté je vrátit do OpenLab pro zobrazení?

Ano, viz strana 29 v následujícím odkazu na dokumentaci společnosti Agilent.

James Little: Can library searches be performed with NIST dll and then returned to OpenLab for Display

6) Jaké formáty knihoven se používají v OpenLab?

OpenLab CDS může používat pouze knihovny ve formátu NIST - proto uživatele se stávajícími knihovnami .L (PBM) odkazujeme na konverzi pomocí nástroje Lib2NIST od NIST. knihovny mslibrary.xml lze také konvertovat, pokud je nejprve odešlete do formátu JCAMP a poté použijete Lib2NIST.

Informace najdete také v části 5 následující příručky, zde je odkaz

James Little: What library formats are used with OpenLab

7) Jak přidám nebo vytvořím uživatelskou knihovnu?

1. Všechny knihovny používané v OpenLabu jsou ve formátu NIST
2. Chcete-li tedy přidat záznam do knihovny nebo vytvořit první záznam v nové uživatelské knihovně, nejprve odešlete spektrum do programu NIST MS Search z programu OpenLab pomocí příkazu „Send spectrum to NIST MS program“ (Odeslat spektrum do programu NIST MS).
3. Poté se v dolní části programu NIST MS Search vybere záložka Librarian (Knihovník).
4. Zbývající podrobnosti najdete v mých videích se souvisejícími příručkami na mé webové stránce
5. Knihovny EI MS, Efektivní využití databází hmotnostních spekter EI při identifikaci neznámých látek - část V: Vytváření a sdílení uživatelských EI a MS/MS knihoven.
6. MSMS knihovny, Identifikace neznámých látek v LC/MS pomocí MSMS knihoven - Část 7: Používání a vytváření dalších MSMS knihoven.

James Little: How do I add to or create a user library

8) Počáteční nastavení pro NIST Search V3.0 v režimech EI a MSMS (tandem)

• Při prvním použití vyhledávání NIST MS Search je třeba nastavit mnoho nastavení
• Po nastavení uživatel uloží konfiguraci, která usnadňuje obnovení, pokud se během zpracování změní.
• Stručný průvodce nastavením EI Odkaz
• Rychlá příručka pro nastavení MSMS (tandem) Odkaz

9) Nápověda a školení Agilent OpenLab

• Skvělý zdroj informací pro velkou skupinu témat
• https://openlab.help.agilent.com/
• Po výběru jazyka lze najít např. informace o vyhledávání v knihovně.
• https://openlab.help.agilent.com/
• Snadné vyhledávání užitečných témat, např. hledání informací o exportu souborů AIA netCDF, jak je uvedeno níže na pravé straně obrazovky.

James Little: Agilent OpenLab Help & Learning