<h3>O nás</h3>
Naše laboratoř je vybavena špičkovými hmotnostními spectrometry a nabízíme služby v oblasti PROTEOMIKY a METABOLOMIKY.
<h5>Naše služby:</h5>
<ul>
<li>Příprava vzorků pro analýzu (buňky, tělesné tekutiny, tkáně, rostliny atd.)</li>
<li>Cílená nebo necílená proteomická a metabolomická analýza</li>
<li>Analýza dat a základní statistické vyhodnocení</li>
<li>Konzultace návrhu experimentu a výsledků</li>
</ul>
<blockquote>
Naše služby jsou dostupné pro všechny z akademické i neakademické oblasti.
</blockquote>
<blockquote>
Před začátkem vašeho prvního experiment nás kontaktujte: +420 325 873 925!
</blockquote>
<blockquote>
23.7.2024 Čekací doba od „vzorku k výsledku“ je přibližně 6-8 týdnů.
</blockquote>
<h5>Proteomika:</h5>
Jsme moderně vybavená laboratoř disponující technickým zázemím pro provedení většiny v současnosti používaných <a href="https://www.biocev.eu/cs/sluzby/omics-servisni-oddeleni-hmotnostni-spektrometrie.6/necilena-proteomika.24?t=s">necílených</a> a <a href="https://www.biocev.eu/cs/sluzby/omics-servisni-oddeleni-hmotnostni-spektrometrie.6/cilena-proteomika.25?t=s">cílených</a> proteomických měření. Zákazníkům poskytujeme plný proteomický servis zahrnující izolaci proteinů z dodaného vzorku až po vyhodnocení a konzultaci naměřených dat. Od roku 2015 odbavujeme zhruba 300 zakázek ročně (zhruba 3000 vzorků). Výsledky zakládající se na měření z naší laboratoře byly použity v desítkách publikací. Pro konzultaci Vašeho projektu kontaktujte prosím <a href="mailto:karel.harant@natur.cuni.cz">Karla Haranta</a> nebo <a href="mailto:pavel.talacko@natur.cuni.cz">Pavla Talacka</a>.
<h5>Metabolomika:</h5>
Servisně provádíme <a href="https://www.biocev.eu/cs/sluzby/omics-servisni-oddeleni-hmotnostni-spektrometrie.6/cilena-metabolomika.26?t=s">cílenou</a> i <a href="https://www.biocev.eu/cs/sluzby/omics-servisni-oddeleni-hmotnostni-spektrometrie.6/necilena-metabolomika.30?t=s">necílenou</a> analýzu malých molekul. Díky kombinaci vybavení pro LC-MS a GCxGC-MS je možné měřit široké spektrum látek. Na LC používáme několik druhů kolon se stacionární fází C18 a HILIC. Pro GC disponujeme rovněž kolonami pro různé typy analytů. Jednotlivá měření je vždy třeba předem konzultovat, pro každou skupinu látek je potřeba zvolit individuální přístup a metodu. Kontaktujte prosím <a href="mailto:souckoo@natur.cuni.cz">Olgu Součkovou</a> pro LC-MS nebo <a href="mailto:zacek@natur.cuni.cz">Petra Žáčka</a> pro GCxGC-MS.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/BIOCEV_OMICS_Servisni_oddeleni_hmotnostni_spektrometrie_924795d3e3.jpg" alt="BIOCEV: OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie."/>
<h3><a href="https://www.biocev.eu/cs/sluzby/omics-servisni-oddeleni-hmotnostni-spektrometrie.6#core-facility-services">Služby</a></h3>
Naše laboratoř nabízí tyto služby:
<ul>
<li>Příprava vzorků na analýzu</li>
<li>Necílená a cílená proteomika</li>
<li>Necílená a cílená metabolomika</li>
<li>Analýza dat a základní statistické zpracování</li>
<li>Konzultace návrhu experimentu a naměřených výsledků</li>
</ul>
Více informací v odkazu &quot;<a href="https://www.biocev.eu/cs/sluzby/omics-servisni-oddeleni-hmotnostni-spektrometrie.6#core-facility-services">SLUŽBY</a>&quot;.
<h4>Necílená proteomika</h4>
<h5>Až 8000 identifikovaných proteinů v jednom nástřiku.</h5>
Základní typ proteomického experimentu. Pokud možno co nejkompletnější lyzát je štěpen trypsinem. Vzniklé peptidy jsou odsoleny a separovány na koloně s reverzní fází. Vzhledem k nízkým množstvím proteinů a vysoké komplexitě vzorku se v současnosti používá nejčastěji kapalinová chromatografie v nano průtoku - stovky nanolitrů za minutu. Kapalinová chromatografie je přímo spojena s elektrosprejem hmotnostního spektrometru Orbitrap Fusion nebo Orbitrap Ascend. Hmotnostní spektrometr meří střídavě ve dvou režimech: MS1 kdy jsou v Orbitrapu změřeny hmoty peptidů s vysokým rozlišením a přesností a MS2, ve kterém jsou fragmentovány peptidy vybrané z předchozího MS1 scanu. Ty jsou měřeny buď opět v Orbitrapu a nebo v iontové pasti. Iontová past poskytuje oproti Orbitrapu nižší přesnost a rozlišení, ale je rychlejší a citlivější. 
<blockquote>
Nabízíme měření necílené proteomiky a analýzu posttranslačních modifikací v různých typech vzorků (buňky, tkáně, tělní tekutiny, vzorky rostlin atd.).
</blockquote>
<blockquote>
Nově nabízíme &quot;Thermal proteome profiling (TPP)&quot;, který umožňuje přímou detekci interakcí ligand-protein v živých buňkách.
</blockquote>
<h5>Příklady analýz:</h5>
<ul>
<li>LFQ (Label free quantification)</li>
<li>TMT (tandem mass tags)</li>
<li>TPP (Thermal proteome profiling)</li>
<li>phosphoproteome profiling</li>
<li>pull-down experiments</li>
</ul>
<h5>Tipy pro manipulaci se vzorky:</h5>
<ul>
<li>nepoužívejte trypsin pro sklízení buněk</li>
<li>informujte nás o přítomnosti detergentu</li>
<li>dbejte na stejnou nanášku proteinu při pull-down experimentech (např. koimunoprecipitace)</li>
<li>nepoužívejte inhibitory fosfatáz pro fosfoproteomické experimenty</li>
</ul>
<h4>Cílená proteomika</h4>
<h5>Přesná kvantifikace vybraných proteinů.</h5>
Cílená proteomika je experimet zaměřený na validaci výsledků necíleneného přístupu a měření probíhá na trojitém kvadrupólu v SRM módu (Thermo Quantiva) nebo s použitím MRM metody na Orbitrapu. Tento přístup je alternativou k běžným přístupům pro ověřování výsledků necíleného proteomického experimentu (western blot atd.). Výhodou tohoto přístupu je možnost analyzovat několik proteinů (řádově až desítky) najednou během jednoho nástřiku. Odpadá tak problém se sháněním vhodných protilátek.
<blockquote>
Služba cílené proteomiky je vždy specifická pro každý projekt a nabízíme ji po předchozí domluvě se zákazníkem.
</blockquote>
Nezbytností je paralelní analýza peptidů značených těžkými aminokyselinami. Ty slouží jako vnitřní standard. 
Množství proteinů, které je možno cíleně analyzovat v jednom nástřiku za použití trojitého kvadrupólu, je silně závislé zejména na koncentraci cílových proteinů ve vzorku. Čím nižší je exprese cílových proteinů, tím méně je možné jich analyzovat v jednom nástřiku z důvodu potřeby vyšších plnících časů. Pro tento experiment je také důležitá informace o fragmentačních vlastnostech cílových peptidů. Ta je obvykle získávána z necíleného experimentu, který by měl cílené proteomické analýze předcházet. Pokud nebyl protein zájmu detekován během necíleného experimentu, pak je jeho cílená analýza velice obtížná. V některých případech je možné informace o fragmentaci získat z veřejně přístupných databází.
<h5>Tipy pro manipulaci se vzorky:</h5>
<ul>
<li>nepoužívejte trypsin pro sklízení buněk</li>
<li>informujte nás o přítomnosti detergentu</li>
<li>dbejte na stejnou nanášku proteinu při pull-down experimentech (např. koimunoprecipitace)</li>
<li>nepoužívejte inhibitory fosfatáz pro fosfoproteomické experimenty</li>
</ul>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/BIOCEV_Introducing_BIOCEV_OMICS_Mass_Spectrometry_Core_Facility_Targeted_proteomics_1_f0605d8efc.jpg" alt="BIOCEV: Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie - Cílená proteomika."/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/BIOCEV_Introducing_BIOCEV_OMICS_Mass_Spectrometry_Core_Facility_Targeted_proteomics_2_f1af260d27.jpg" alt="BIOCEV: Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie - Cílená proteomika."/>
<h4>Necílená metabolomika</h4>
Cílem necílené metabolomiky je pokrytí co nejširšího spektra metabolitů ve vzorku, jejich identifikace a kvantifikace. Rozvoj tohoto přístupu analýzy byl umožněn pokrokem v přístrojové technice a výpočetní technice. Vybavení naší laboratoře umožňuje provádět necílené analýzy metodami kapalinové a plynové chromatografie s hmotnostními spektrometry.
<blockquote>
Nabízíme necílené analýzy metabolitů v různých biologických matricích a základní statistické vyhodnocení dat (Obrázek 2, 3, 4).
</blockquote>
<blockquote>
Naší nejnovější službou je stable isotope tracing (Obrázek 1).
</blockquote>
HPLC-MS/MS (Obrázek 2): Analýzy provádíme na vybavení od společnosti Thermo Scientific na kapalinovém chromatografu Ultimate 3000 spojeného s hmotnostním detektorem Orbitrap Fusion. Naměřená data jsou vyhodnocována softwarem Compound Discoverer. 
GCxGC-MS (Obrázek 3): Analýzy provádíme na dvourozměrném komprehensivním chromatografu spojeného s hmotnostním detektorem Pegasus 4D. Data vyhodnocujeme v softwaru ChromaTOF v4.5. 
Metoda kapalinové chromatografie pokrývá látky netěkavé, obecně polární, rozpustné ve vodě a polárních organických rozpouštědlech (methanol, acetonitril...). Metoda plynové chromatografie je vhodnější pro analýzu stabilních těkavých nepolárních látek do hmotnosti cca 1000 Da. Rozsah měřených látek lze pro obě metody zvětšit například pomocí chemických modifikací (derivatizací) analyzovaných molekul, které upraví jejich polaritu a těkavost (pro GC) a nebo stabilitu (pro LC). Vhodnou techniku, nebo kombinace více technik volíme na základě předchozí konzultace se zákazníkem. 
Výsledkem necílené analýzy je seznam nalezených látek ve vzorcích, návrh pravděpodobných struktur a údajů o kvantitě jednotlivých sloučenin. Rovněž poskytujeme základní statistické vyhodnocení se zaměřením na nalezení rozdílů mezi testovanými skupinami vzorků (Obrázek 4).
<h5>Tipy pro manipulaci se vzorky:</h5>
<ul>
<li>nepoužívat ve vzorku fosfátové pufry</li>
<li>informujte nás o tipu vzorku, růstového média, použitých chemikáliích atd.</li>
</ul>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/BIOCEV_Introducing_BIOCEV_OMICS_Mass_Spectrometry_Core_Facility_Untargeted_metabolomics_Fig_1_11750e6992.jpg" alt="BIOCEV: Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie - Necílená metabolomika - Obr. 1."/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/BIOCEV_Introducing_BIOCEV_OMICS_Mass_Spectrometry_Core_Facility_Untargeted_metabolomics_Fig_2_5ca1521705.jpg" alt="BIOCEV: Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie - Necílená metabolomika - Obr. 2."/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/BIOCEV_Introducing_BIOCEV_OMICS_Mass_Spectrometry_Core_Facility_Untargeted_metabolomics_Fig_3_f4f1050fc5.jpg" alt="BIOCEV: Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie - Necílená metabolomika - Obr. 3."/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/BIOCEV_Introducing_BIOCEV_OMICS_Mass_Spectrometry_Core_Facility_Untargeted_metabolomics_Fig_4_b3e198dbc9.jpg" alt="BIOCEV: Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie - Necílená metabolomika - Obr. 4."/>
<h4>Cílená metabolomika</h4>
Cílená metabolomika zahrnuje analýzy vybraných metabolitů, které jsou pak detekovány selektivně a s větší citlivostí, než při necíleném přístupu. Rovněž je možné látky kvantifikovat jako relativně, tak absolutně. V případě absolutní kvantifikace je nutné dodat vhodný značený analog stanovované látky.
<blockquote>
Nabízíme analýzu primárních buněčných metabolitů - viz Seznam látek.
</blockquote>
<blockquote>
Metabolity analyzujeme v tkáních, buněčných peletách, inkubačních médiích a tělních tekutinách (plasma, moč...).
</blockquote>
<blockquote>
Dále nabízíme možnost vývoje metody pro analýzu látek, které nejsou v přiloženém seznamu, nebo pro jiné matrice.
</blockquote>
Přiložený seznam obsahuje látky, s jejichž analýzou máme zkušenosti. Každou metodu přizpůsobujeme typu experimentu a matrici. V podstatě jsme schopni vyvinout metodu pro jakoukoliv látku, nebo skupinu, která může být detekovaná technikami kapalinové a plynové chromatografie (obě spojené s hmotnostním detektorem, nebo UV detektorem u kapalinové chromatografie). V případě vývoje nové metody je nutné dodání standardů těchto látek.
<h5>Tipy pro manipulaci se vzorky:</h5>
<ul>
<li>nepoužívat ve vzorku fosfátové pufry</li>
<li>informujte nás o tipu vzorku, růstového média, použitých chemikáliích atd.</li>
</ul>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/BIOCEV_Introducing_BIOCEV_OMICS_Mass_Spectrometry_Core_Facility_Targeted_metabolomics_List_of_substances_a6a4198b34.jpg" alt="BIOCEV: Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie - Cílená metabolomika - Seznam látek."/>
<h3><a href="https://www.biocev.eu/cs/sluzby/omics-servisni-oddeleni-hmotnostni-spektrometrie.6/cilena-metabolomika.26?t=s#core-facility-equipment">Vybavení</a></h3>
<h4>Hmotnostní spektrometry</h4>
<h5><a href="https://lcms.cz/products/748">Orbitrap Ascend</a></h5>
<ul>
<li><a href="https://lcms.cz/library?instrumentationItems=30-32-31-33&amp;mainauthorItems=3&amp;search=Ascend">Aplikace v knihovně LabRulezLCMS</a></li>
</ul>
Hmotnostní spektrometr Thermo Scientific Orbitrap Ascend Tribrid nabízí nové možnosti pro multiplexní proteomiku a charakterizaci nativních proteinů. Tento přístroj umožňuje lepší propustnost vzorků, všestrannost a snadné použití – produkování vysoce kvalitních dat s jednoduchostí. Při nižších koncentracích lze analyzovat více vzorků, což umožňuje rychlejší a citlivější analýzu a nyní lze dosáhnout experimentů s makromolekulami, které dříve nebyly možné. Nový Auto-Ready iontový zdroj pro kalibraci maximalizuje pohodlí a umožňuje uživateli strávit více času na výsledcích a méně času na nastavování přístroje.
<h5><a href="https://lcms.cz/products?manufacturerItems=3&amp;search=Fusion">Orbitrap Fusion</a></h5>
<ul>
<li><a href="https://lcms.cz/library?instrumentationItems=30-32-31-33&amp;mainauthorItems=3&amp;search=Fusion">Aplikace v knihovně LabRulezLCMS</a></li>
</ul>
Hmotnostní spektrometr kombinující Quadrupól, Iontovou past a Orbitrap. Quadrupól je používán jako hmotnostní filtr pro výběr prekurzorů, za ním se přístroj větví a ionty mohou cestovat buď do Orbitrapu - velmi přesného a vysokorozlišovacího hmotnostního analyzátotu využívajícího pro určení jejich hmoty Fourierovu transformaci nebo do kolizní cely, kde mohou být fragmentovány. Odtud vede cesta buď zpět do Orbitrapu a nebo dále do lineární iontové pasti. Ta slouží jako druhý hmotnostní analyzátor v přístroji. Je méně přesná a nízkorozlišovací, poskytuje však větší citlivost a možnost fragmentace iontů. Produkty fragmentace mohou být v pasti izolovány a znovu fragmentovány. Tak je umožněna analýza v MS³ a i vyšších stupních fragmentace.
<h5>Trojitý quadrupól Thermo Quantiva</h5>
<ul>
<li><a href="https://lcms.cz/library?instrumentationItems=32-31-35&amp;mainauthorItems=3&amp;search=Quantiva">Aplikace v knihovně LabRulezLCMS</a></li>
</ul>
Trojitý kvadrupól disponující vysokokapacitním iontovým zdrojem. První a třetí kvadrupól slouží jako hmotnostní filtry pro izolaci prekursoru respektive fragmentu. Druhý kvadrupól slouží jako argonová kolizní cela.
Minimální izolační okno prekurzoru 0,2Da zajištuje vysokou selektivitu. Je možné měřit až 500 přechodů za vteřinu. Přepínání polarity 25ms.
<h5><a href="https://gcms.cz/products/37">Leco - Pegasus® 4D GCxGC-TOFMS</a></h5>
<ul>
<li><a href="https://gcms.cz/library?instrumentationItems=3-2-13&amp;mainauthorItems=24&amp;search=4D">Aplikace v knihovně LabRulezGCMS</a></li>
</ul>
2D plynová chromatografie kombinovaná s TOF hmotnostním analyzátorem vybavená robotem pro nástřik a přípravu vzorků Gerstel.
<h4>Kapalinová chromatografie</h4>
<ul>
<li>nano LC Thermo Dionex Ultimate 3000</li>
<li>LC Thermo Dionex Ultimate 3000</li>
</ul>
<h4>Příprava vzorků</h4>
<ul>
<li>KingFisher Flex</li>
<li>Vakuová odparka</li>
<li>Low flow fraction collector - Spider</li>
<li>Bioruptor pico - sonikační lázeň</li>
</ul>
<h4>Software</h4>
<ul>
<li>Spectronaut 19</li>
<li>FreeStyle</li>
<li>ChromaTOF 4.5</li>
<li>Proteome Discoverer 2.2</li>
<li>Scaffold Q+S 4.6.1</li>
<li>Compound Discoverer 3.3</li>
<li>TraceFinder</li>
</ul>
<h5>Software - volně dostupný</h5>
<ul>
<li>LipidHunter</li>
<li>MaxQuant</li>
<li>Perseus</li>
<li>Skyline</li>
</ul>
<h3><a href="https://www.biocev.eu/cs/sluzby/omics-servisni-oddeleni-hmotnostni-spektrometrie.6/cilena-metabolomika.26?t=s#core-facility-team">Tým</a></h3>
<h5>Mgr. Karel Harant</h5>
<ul>
<li>Vedoucí proteomické servisní laboratoře</li>
</ul>
<h5>Mgr. Pavel Talacko</h5>
<ul>
<li>Necílená proteomika, cílená proteomika</li>
</ul>
<h5>RNDr. Petr Žáček, Ph.D.</h5>
<ul>
<li>GC/MS specialista, analýza malých molekul</li>
</ul>
<h5>Mgr. Veronika Ševců</h5>
<ul>
<li>vědecký pracovník, příprava proteomických vzorků</li>
</ul>
<h5>Ing. Olga Součková, Ph.D.</h5>
<ul>
<li>LC/MS specialista, analýza malých molekul</li>
</ul>

Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie

V dnešní době se trendy ve vývoji hmotnostní spektrometrie posouvají raketovou rychlostí - farmaceutický průmysl, bioléčiva, moderní léčba nádorových a imunitních onemocnění – to vše tlačí naše nástroje k dokonalosti. V&nbsp;přednášce se dozvíte nejen o těchto trendech, ale hlavně odhalíte neskutečné možnosti hvězdných hybridních spektrometrů: Orbitrap Astral a Stellar posunují hranici vědy zase o krůček vpřed.Použití hmotnostních spektrometrů bylo vždy úzce spjato s trendem jejich rozvoje a prošlo celou řadou etap, kdy na počátku stál vývoj obdivuhodného nástroje pro studium fyzikálně-chemických dějů v plynné fázi. Mimořádná technika poskytující informaci o hmotnosti sledované molekuly a jejich fragmentů tvořila posléze ideální pár s neméně informačně hodnotným strukturně analytickým nástrojem spektrometrie nukleární magnetické rezonance. Bez těchto analytických technik by jistě nedošlo k mohutnému rozvoji a objevům nových molekul používaných v lékařství, potravinářství, ale i v elektrotechnice a také v armádě.I když je aplikační nasazení samostatných hmotnostních spektrometrů v současné době stále hojně využíváno, díky objevu elegantního spojení se separační technikou a tedy s možností studovat strukturní charakteristiky analytů ve složitějších směsích, nabrala hmotnostní spektrometrie na významu. Vzhledem k tomu, že spektrometrie nukleární magnetické rezonance tomuto napojení odolala z mnoha technických důvodů, tlak na hodnotnější strukturní informaci plynoucí z hmotnostních spekter se razantně zvýšil. Progres precizně soustružených hyperbolických kvadrupólů a ideálně modelované iontové pasti nakonec vyústil v oslavný nástup moderních vysokorozlišujících analyzátorů. Mít dostupný hmotnostní spektrometr s rozlišením atakujícím vyšší desítky tisíc s předřazenou separační technikou byl splněným snem všech analytiků.<figure class="image"><img style="aspect-ratio:1866/1050;" src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Trendy_moderni_lecby_f64ded01f8.jpg" alt="Pragolab: Trendy moderní léčby" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Trendy_moderni_lecby_f64ded01f8.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050"></figure>Studované směsi mohly být stále komplexnější a s nástupem <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/library?categoryItems=7&amp;mainauthorItems=3">proteomiky</a> a <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/library?categoryItems=9&amp;mainauthorItems=3">metabolomiky</a> složitost předmětných soustav dosáhla instrumentálních limitů. Požadavky necílené analýzy směsí s mnoha tisíci analyty přes několik koncentračních řádů tlačilo a tlačí vývojáře hmotnostních spektrometrů k nutným vylepšením. A tlak je značný, neboť přichází se slibnými možnostmi zvyšování kvality našich životů od vědců, lékařů a farmaceutických expertů. I když se instrumentální rozvoj řídí zejména poptávkou po hlubším, přesnějším či rychlejším popisu systémů živých organismů, nově nachází mimořádné uplatnění i v chemickém a farmaceutickém průmyslu, v potravinářství či ve studiu a monitoringu životního prostředí.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Hmotnostni_spektrometrie_v_moderni_lecbe_6d2777c323.jpg" alt="Pragolab: Hmotnostní spektrometrie v moderní léčbě" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Hmotnostni_spektrometrie_v_moderni_lecbe_6d2777c323.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050">Složitost vzorků nemusí být dána jen komplexností směsi, ale též velikostí studovaných molekul. Zatímco v roce 1997 bylo v žebříčku deseti nejpoužívanějších léčivých látek deset „malých“ molekul (do MW 500), v roce 2023 to byly už jen tři. Nástup monoklonálních protilátek, fúzních proteinů, polypeptidů či oligonukleotidů byl vskutku mohutný. Bylo by to možné bez rozvoje instrumentace hmotnostní spektrometrie? A naopak, trošku kacířsky, nebrzdí náhodou výzkum a pokrok v léčbě závažných onemocnění samotná hmotnostní spektrometrie, která v objevování biomarkerů, léčivých látek a diagnostice hraje dominantní a zřejmě i nenahraditelnou roli? Tlak na vyšší rozlišení, větší rychlost, nižší detekční limity či větší dynamický rozsah přístrojů se zdá být enormní a neutuchající.Pro představu jeden příklad z nového oboru - <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/library?mainauthorItems=3&amp;search=immunopeptidomics">imunopeptidomiky</a>: Moderní přístup k léčbě rakoviny je vyvolání specifické imunitní reakce vedoucí k destrukci nádorové buňky, žádné jiné. Povrch nádorové buňky obsahuje patogenní polypeptid, tzv. neoantigen, který je třeba identifikovat (u každého jedince může být jiný), syntetizovat a podat léčenému ve formě vakcíny, která bouřlivou, ale cílenou imunitní reakci vyvolá. Identifikovat v tomto kontextu znamená hledat jehličku v kupce sena, tedy najít analyt v extrémně bohaté a koncentračně různorodé směsi a precizně jej charakterizovat tak, aby mohl být in-vitro syntetizován a poté podán.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Imunopeptidomika_2a68f585fa.jpg" alt="Pragolab: Imunopeptidomika" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Imunopeptidomika_2a68f585fa.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050">Thermo Fisher Scientific, jakožto lídr rozvoje hmotnostních spektrometrů, vsadil na cestu použití více analyzátorů a zpracování iontů v instrumentu paralelně. Vznikly tak komerční zařízení hybridního uspořádání s více analyzátory jako je kvadrupól, lineární iontová past, orbitální past a multi-reflexní analyzátor doby letu Astral.Absolutní novinkou na trhu je Stellar, hvězdný spektrometr, který kombinuje kvadrupólový analyzátor a lineární iontovou past. Stellar disponuje novým iontovým zdrojem OptaMax plus. Za zmínku stojí iontový zdroj pro kalibraci, který je zabudován do iontové optiky.Prvním analyzátorem je kvadrupólový analyzátor, který je schopný izolovat prekurzor až do 0,4 Da bez nutnosti optimalizace. Jako úplná novinka je iontově koncentrační multipól, který slouží pro fragmentaci a zároveň pro akumulaci produktových iontů. Koncentrace těchto iontů je řízena pomocí AGC (Automatic Gain Control), jako u Orbitrapu.Druhým analyzátorem je lineární iontová past, která je složena z vysokotlaké části, která slouží pro ukládání iontů, manipulaci iontových balíčků a fragmentaci pomocí CID, a nízkotlaké části, kde dochází k detekci iontů.Stellar je zlatý standard v cílené analýze bohatých směsí. Díky paralelizaci procesu výběru prekurzoru, jeho fragmentace a akumulace a analýzy celého fragmentačního spektra (PRM) nedochází k prodlevám při nastavení dalšího přechodu jako u trojitých kvadrupólů, navíc lineární iontová past disponuje mnohokrát vyšší skenovací rychlostí.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Rozvoj_instrumentace_hmotnostni_spektrometrie_07a4c17ab3.jpg" alt="Pragolab: Rozvoj instrumentace hmotnostní spektrometrie" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Rozvoj_instrumentace_hmotnostni_spektrometrie_07a4c17ab3.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050">Orbitrap Astral není jen další přístroj ve vaší laboratoři. Je to průlom, který navždy změní vaše analytické schopnosti. Tento unikátní hybridní spektrometr, kombinující orbitální past a multi-reflexní průletový analyzátor, dosahuje dechberoucího rozlišení a rychlosti. S rozlišením až 480 000 FWHM (Orbitrap) a frekvencí sběru dat 200 spekter za sekundu (Astral) se stává nepostradatelným nástrojem pro každého, kdo touží po těch nejlepších výsledcích. Proč byste měli zvolit Orbitrap Astral? Protože jeho technologie není pouhým vylepšením – je to revoluce.Díky brilantní úpravě paralelních iontových zrcadel na konvergující s kompenzačními elektrodami a implementací nízko ztrátových iontových pastí, přináší Orbitrap Astral neporovnatelnou citlivost a přesnost. Tento přístroj řeší problém iontových aberací, které byly dosud Achillovou patou tradičních průletových analyzátorů. Nyní můžete s jistotou detekovat o 50 % více proteinových skupin ve stejném vzorku a čase než s jakýmkoliv jiným dostupným nástrojem.Je čas udělat krok směrem k budoucnosti vědeckého výzkumu. Nečekejte, až vás konkurence předběhne – buďte vy tím, kdo udává směr.Neváhejte nás kdykoliv kontaktovat: Ing. Lukáš Plaček, Ph.D. <a href="(placek@pragolab.cz">(placek@pragolab.cz</a>), Ing. Roman Hájek, Ph.D. <a href="(hajek@pragolab.cz">(hajek@pragolab.cz</a>)Přednáška v PDF ke stažení: <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Skola_MS_Hvezdne_hybridni_spektrometry_b0cbdb6397.pdf">25. Škola MS 2024: „Hvězdné“ hybridní spektrometry (Lukáš Plaček &amp; Roman Hájek)</a><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Hmotnostni_spektrometry_s_nizkym_rozlisenim_b6ae0a424f.jpg" alt="Pragolab: Hmotnostní spektrometry s nízkým rozlišením" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Hmotnostni_spektrometry_s_nizkym_rozlisenim_b6ae0a424f.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050"><h3>Hmotnostní spektrometry s nízkým rozlišením</h3><ul><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/413">Thermo Scientific ISQ EC/EM Hmotnostní spektrometr s jednoduchým kvadrupólem</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/414">Thermo Scientific TSQ Quantis Hmotnostní spektrometr s trojitým kvadrupólem</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/411">Thermo Scientific TSQ Quantis Plus Hmotnostní spektrometr s trojitým kvadrupólem</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/404">Thermo Scientific TSQ Altis Plus Hmotnostní spektrometr s trojitým kvadrupólem</a></li></ul><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Hmotnostni_spektrometry_s_vysokym_rozlisenim_I_ecd5feeb6c.jpg" alt="Pragolab: Hmotnostní spektrometry s vysokým rozlišením - I" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Hmotnostni_spektrometry_s_vysokym_rozlisenim_I_ecd5feeb6c.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050"><h3>Hmotnostní spektrometry s vysokým rozlišením</h3><ul><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/1149">Thermo Scientific Stellar hmotnostní spektrometr</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/836">Thermo Scientific Orbitrap Astral hmotnostní spektrometr</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/748">Thermo Scientific Orbitrap Ascend Tribrid hmotnostní spektrometr</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/403">Thermo Scientific Orbitrap Exploris 120 Hmotnostní spektrometr</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/402">Thermo Scientific Orbitrap Exploris 240 Hmotnostní spektrometr</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/401">Thermo Scientific Orbitrap Exploris 480 Hmotnostní spektrometr</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/564">Thermo Scientific Orbitrap Eclipse Tribrid hmotnostní spektrometr</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/563">Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos Tribrid hmotnostní spektrometr</a></li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/562">Thermo Scientific Orbitrap Fusion Tribrid hmotnostní spektrometr</a></li></ul><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Hmotnostni_spektrometry_s_vysokym_rozlisenim_II_3595dde7c6.jpg" alt="Pragolab: Hmotnostní spektrometry s vysokým rozlišením - II" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Hmotnostni_spektrometry_s_vysokym_rozlisenim_II_3595dde7c6.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050"><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Hmotnostni_spektrometr_Stellar_06dc9dea55.jpg" alt="Pragolab: Hmotnostní spektrometr Stellar" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Hmotnostni_spektrometr_Stellar_06dc9dea55.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050"><h3>Thermo Scientific Stellar hmotnostní spektrometr</h3><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/1149">Thermo Scientific Stellar MS</a> - jedinečné propojení kvadrupólu, iontově koncentračního multipólu a dvojtlaké lineární iontové pasti přináší dosud nevídanou rychlost a přesnost analýz.<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/library?instrumentationItems=31-30-32&amp;mainauthorItems=3&amp;search=Stellar">Knihovna LabRulezLCMS</a><ul><li>Development and implementation of a comprehensive fecal metabolites LC-MS library for dietary intervention studies using the Thermo Scientific Stellar mass spectrometer (Aplikace | 2024)</li><li>High throughput targeted metabolomics library generation on a novel mass spectrometer applied to microbiome analysis (Postery | 2024)</li><li>Thermo Scientific Stellar mass spectrometer (Brožury a specifikace | 2024)</li><li>Transitioning biomarkers from discovery to validation at unprecedented scale with the Stellar mass spectrometer (Technické články | 2024)</li><li>Carbon and Nitrogen Positional Isotopomer Determination in Metabolites using Orbitrap IQ-X and Stellar MS - a novel hybrid nominal mass instrument (Postery | 2024)</li><li>Evaluation of Parallel Reaction Monitoring assays at discovery scale on a new hybrid nominal mass instrument for phosphoproteomics studies (Postery | 2024)</li></ul><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Pragolab_Hmotnostni_spektrometr_Orbitrap_Astral_9893e49287.jpg" alt="Pragolab: Hmotnostní spektrometr Orbitrap Astral" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Pragolab_Hmotnostni_spektrometr_Orbitrap_Astral_9893e49287.jpg 245w," sizes="100vw" width="1866" height="1050"><h3>Thermo Scientific Orbitrap Astral hmotnostní spektrometr</h3><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/836">Hmotnostní spektrometr Thermo Scientific Orbitrap Astral</a> dokáže výrazně rozšířit škálu proteomických experimentů díky kombinaci tří hmotnostních analyzátorů a přináší tak větší propustnost, vyšší citlivost a přesnou kvantifikaci.<h5><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/library?instrumentationItems=33&amp;mainauthorItems=3&amp;publicationTypeItems=1-5-4&amp;search=Astral">Knihovna LabRulezLCMS</a></h5><ul><li>Orbitrap Astral mass spectrometer - Rethink what is possible (2023 year in review) (Příručky | 2024)</li><li>Deeper proteome coverage and faster throughput for single-cell samples on the Orbitrap Astral mass spectrometer (Technické články | 2024)</li><li>Exploring your proteomics universe with the Thermo Fisher Scientific proteomics solution (Příručky | 2023)</li><li>Deeper proteome coverage and faster throughput for low input samples on the Thermo Scientific Orbitrap Astral mass spectrometer (Aplikace | 2023)</li><li>Simultaneous Quantitation and Discovery (SQUAD) analysis: Combining targeted and untargeted metabolomics on Orbitrap-based mass spectrometers (Aplikace | 2023)</li><li>New standards for plasma proteomics—Balancing throughput for large sample cohorts and depth of analysis for biomarker discovery (Aplikace | 2023)</li><li>High-throughput high-resolution data-independent acquisition workflow on an Orbitrap Ascend Tribrid mass spectrometer for accurate label-free quantitation (Technické články | 2024)</li></ul>

„Hvězdné“ hybridní spektrometry (Škola MS 2024)

Přednáška

Článek

Laboratoře

Produkt

Video

V kontextu české (i evropské) vědy představuje BIOCEV špičkovou komplexní platformu pro rozvoj moderních biotechnologií a biomedicíny. Díky vzniku tohoto centra se podařilo propojit tradiční silné obory z oblasti technických a přírodních věd, jako jsou virologie nebo chemie.

BIOCEV

Jsme jedním z lídrů na českém a slovenském trhu v oblasti laboratorních zařízení a svým zákazníkům přinášíme špičkové přístroje z oboru analytické chemie a fyzikálních měření více než 25 let.

Pragolab

Pragolab s.r.o.

Jsme česká společnost dodávající kvalitní laboratorní přístroje z oboru analytické chemie a fyzikálních měření. Již 30 let máme zastoupení na českém a slovenském trhu.

Orbitrap Ascend Tribrid mass spectrometer - Product specifications 

Grant application resource - Orbitrap Ascend Tribrid mass spectrometer

Thermo Scientific™ Orbitrap™ Tribrid™ MS Series: Instrument Control Software v.4.0 Overview

Simultaneous Quantitation and Discovery (SQUAD) metabolomics workflow implementing parallel analysis on Thermo Ascend Tribrid instrument

Thermo Scientific Orbitrap Exploris Series 4.2 SP1 Instrument Control Software Release Notes

Development of a systematic approach for improving tryptic digestion, recovery and chromatographic performance for mAb analysis

Simultaneous Quantitation and Discovery (SQUAD) analysis: Combining targeted and untargeted metabolomics on Orbitrap-based mass spectrometers

Characterization of adeno-associated viral proteins proteoforms using a top-down MS approach on a UHPLC-Orbitrap Ascend Tribrid mass spectrometer

Confident intact mass analysis of the tRNA isodecoders of phenylalanine by UHPLC-HRAM-MS and BioPharma Finder software

High-throughput high-resolution data-independent acquisition workflow on an Orbitrap Ascend Tribrid mass spectrometer for accurate label-free quantitation

Orbitrap Ascend MultiOmics Tribrid mass spectrometer

Orbitrap Ascend Structural Biology Tribrid mass spectrometer

Orbitrap Ascend BioPharma Tribrid mass spectrometer

Unikátní společnost, která se věnuje vědě a pomáhá našim zákazníkům zvyšovat produktivitu a získavat výsledky rychleji. Prostřednictvím našich předních značek - Thermo Scientific, Applied Biosystems, Invitrogen, Fisher Scientific a Unity Lab Services. 

Thermo Fisher Scientific

Thermo Scientific Orbitrap Ascend Tribrid hmotnostní spektrometr

Hmotnostní spektrometr Orbitrap Ascend Tribrid s novou architekturou uspořádání kvadrupólu, lineární iontové pasti a orbitrapu.

Thermo Scientific Orbitrap Ascend Tribrid spektrometr

Hmotnostní spektrometr Orbitrap Ascend Tribrid s novou architekturou uspořádání kvadrupólu, lineární iontové pasti a orbitrapu, která čítá i dvě pomocné pasti typu Ion Routing Multipole nabízí to nejlepší pro:
<ul>
<li>komplexní i single cell proteomiku</li>
<li>charakterizaci nativních proteinů</li>
<li>biofarmaceutických preparátů</li>
</ul>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Thermo_Scientific_Orbitrap_Ascend_Tribrid_hmotnostni_spektrometr_3_03576fcf9a/Thermo-Scientific-Orbitrap-Ascend-Tribrid-hmotnostni-spektrometr_3.jpg" alt="Pragolab: Klíčové hardwarové inovace systému Thermo Scientific Orbitrap Ascend Tribrid"/>

Thermo Scientific Orbitrap Ascend Tribrid hmotnostní spektrometr

Novinky

„Hvězdné“ hybridní spektrometry (Škola MS 2024)

Představujeme BIOCEV OMICS Servisní oddělení hmotnostní spektrometrie

Aplikace (undefined)

Brožury (undefined)

Manuály (undefined)

Ostatní (undefined)

Webináře

Live from the Lab: Solutions for biotherapeutics

Single-cell spatial metabolomics and lipidomics using AP-SMALDI and Orbitrap technology

LC-Orbitrap MS Workflow for Targeted and Non-Targeted Analysis of over 40,000 PFAS Compounds in Environmental and Food Contact Material Samples

Live from the Lab: Solutions for Multi-Omics research