Agilent AssayMAP Bravo Platform - Automated protein and peptide sample preparation for mass spec analysis

Význam tématu

Proteomická a biopharmaceutická analýza vyžaduje vysoce reprodukovatelnou a škálovatelnou přípravu proteinových a peptidových vzorků pro hmotnostní spektrometrii. Ruční kroky jsou časově náročné a variabilní, což limituje kvalitu dat a produktivitu laboratoře. Automatizovaná platforma AssayMAP Bravo přináší standardizaci procesů a možnost paralelní přípravy až 96 vzorků s chromatografickými výhodami.

Cíle a přehled studie

Cílem je představit kompletní řešení pro automatizovanou přípravu vzorků, které zahrnuje:

• Popis klíčových komponent a chemie kartáčků
• Přehled softwarových protokolů pro různé proteomické workflow
• Demonstraci výkonu v aplikacích kvantifikace, mapování peptidů, obohacení fosfopeptidů a přípravě N-glykanů

Použitá metodika a instrumentace

Platforma AssayMAP Bravo kombinuje přesné dávkování kapaliny, zastudena plněné packed-bed kartáčky a intuitivní software Protein Sample Prep Workbench:

• 96 pozitivně vytlačovaných stříkaček s téměř nulovým mrtvým objemem
• Kartáčky (5 a 25 µL) s různou povrchovou chemií:
  
  • PA-W, PG-W, SA-W (afinitní pryskyřice)
  • RP-W, PR-S/C18 (reverzní fáze)
  • SCX (silná kationtová výměna), TiO2, Fe(III)-NTA
• Software s laboratorně ověřenými protokoly pro afinitní purifikaci, enzymatické štěpení, odsrážení, frakcionaci, obohacení fosfopeptidů a glykanů
• Propojení s Agilent LC/MS systémy:
  
  • 1290 Infinity II UHPLC s AdvanceBio kolonkami
  • 6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF
  • MassHunter BioConfirm pro analýzu intact mass a sekvenční potvzení

Hlavní výsledky a diskuse

Automatizace vedla k významnému snížení variability a zkrácení času přípravy z dní na hodiny. Klíčové poznatky:

• Reprodukovatelná vazba, mytí a eluace s lineární závislostí signálu (A280) až do jednotek µg/mL
• Efektivní kvantifikace proteinů a peptidů v komplexních matricích (buněčné lyzáty, séra)
• End-to-end protokoly pro mapování peptidů a post-translační modifikace včetně obohacení fosfopeptidů (Fe(III)-NTA, TiO2) a N-glykanů
• Snížení spotřeby vzorku a činidel při zachování vysoké výtěžnosti

Přínosy a praktické využití metody

Platforma přináší následující benefity:

• Vyšší propustnost (throughput) bez kompromisu na kvalitě dat
• Minimalizace manuálních chyb a variability operátora
• Snadné sdílení a přenos protokolů mezi laboratořemi
• Uvolnění kapacit personálu pro hodnotovější úlohy
• Konzistentní výtěžky i při nízkých objemech vzorku

Budoucí trendy a možnosti využití

Další směřování aplikace a vývoje platformy zahrnuje:

• Rozšíření chemie kartáčků pro specifické biomolekulární interakce
• Integraci s pokročilou datovou analýzou a umělou inteligencí pro optimalizaci protokolů
• Miniaturizaci a low-volume workflow pro vzácné vzorky
• Automatizované end-to-end linkování s vysoce výkonnými LC/MS systémy

Závěr

Agilent AssayMAP Bravo nabízí komplexní a snadno použitelné řešení pro automatizovanou přípravu proteinových a peptidových vzorků. Díky vysoké reprodukovatelnosti, flexibilitě a široké škále aplikací představuje klíčový nástroj pro moderní proteomické a biopharmaceutické laboratoře.

Reference

• Agilent Technologies. AssayMAP Bravo Platform User Guide (5991-6273EN), 2019.
• Agilent Technologies. Cartridge Selection Guide (5991-4863EN).