Optimizing Selectivity and Ion Utilization for Trapped Ion Mobility Spectrometry for Enhanced DIA Performance
Postery | 2025 | Bruker | ASMSInstrumentace
V proteomice je zásadní zvýšit selektivitu a pokrytí vzorku, což DIA spojené s Trapped Ion Mobility Spectrometry (TIMS) umožňuje. Zlepšená separace před kvadrupólovou izolací vede k vyšší citlivosti a opakovatelnosti analýz.
Porovnat různé přístupy diagonal-PASEF (fixní i variabilní výřezy) s optimalizovanou metodou py_diAID dia-PASEF pro zlepšení využití iontů a selektivity zejména při vyšších množstvích vzorku (400 ng).
Analýza probíhala na přístroji timsTOF HT (Bruker) s directDIA zpracováním v Spectronaut v19.8.
Separace nanoHPLC při 300 nl/min na sloupcích 8 cm a 25 cm (IonOpticks) s gradientem 10 min (HeLa, kvasinky, E.coli) nebo 22 min (HeLa).
Vyhodnoceny byly statické (12×20 Da, 12×30 Da) i variabilní slice diagonal-PASEF metody.
Další optimalizace slice stratégií, automatizace nastavení a rozšíření na další analytické aplikace zvýší flexibilitu a výkon TIMS-DIA přístupů.
Diagonal-PASEF představuje perspektivní alternativu k dia-PASEF umožňující zvýšit využití iontů a selektivitu při zachování rychlých cyklů. Systematická optimalizace výřezů slibuje další zlepšení citlivosti a hloubky analýzy.
Ve zdrojovém textu nebyly uvedeny explicitní reference
LC/MS, LC/MS/MS, LC/TOF, LC/HRMS, Iontová mobilita
ZaměřeníProteomika
VýrobceBruker
Souhrn
Význam tématu
V proteomice je zásadní zvýšit selektivitu a pokrytí vzorku, což DIA spojené s Trapped Ion Mobility Spectrometry (TIMS) umožňuje. Zlepšená separace před kvadrupólovou izolací vede k vyšší citlivosti a opakovatelnosti analýz.
Cíle a přehled studie
Porovnat různé přístupy diagonal-PASEF (fixní i variabilní výřezy) s optimalizovanou metodou py_diAID dia-PASEF pro zlepšení využití iontů a selektivity zejména při vyšších množstvích vzorku (400 ng).
Použitá instrumentace a metodika
Analýza probíhala na přístroji timsTOF HT (Bruker) s directDIA zpracováním v Spectronaut v19.8.
Separace nanoHPLC při 300 nl/min na sloupcích 8 cm a 25 cm (IonOpticks) s gradientem 10 min (HeLa, kvasinky, E.coli) nebo 22 min (HeLa).
Vyhodnoceny byly statické (12×20 Da, 12×30 Da) i variabilní slice diagonal-PASEF metody.
Hlavní výsledky a diskuse
- Statická diagonal-PASEF 12×20 Da překonala dia-PASEF ve výtěžku proteinových skupin při 10 min gradientu.
- Rozšíření na širší plochu 12×30 Da u 400 ng vzorku nezvedlo počet identifikací.
- Variabilní slice schémata zkrátila cyklus na ~0,8 s versus 1,2 s u statické a py_diAID dia-PASEF.
- Diagonal-PASEF dosahuje srovnatelného výkonu s dia-PASEF, zejména při kratších cyklech a optimalizovaných výřezech.
Přínosy a praktické využití metody
- Větší selektivita pro komplexní proteomické vzorky.
- Rychlejší cykly a vyšší datová hustota zlepšují pokrytí a kvantifikaci.
- Vhodné pro rutinní i výzkumné laboratoře usilující o hlubokou proteomickou charakterizaci.
Budoucí trendy a možnosti využití
Další optimalizace slice stratégií, automatizace nastavení a rozšíření na další analytické aplikace zvýší flexibilitu a výkon TIMS-DIA přístupů.
Závěr
Diagonal-PASEF představuje perspektivní alternativu k dia-PASEF umožňující zvýšit využití iontů a selektivitu při zachování rychlých cyklů. Systematická optimalizace výřezů slibuje další zlepšení citlivosti a hloubky analýzy.
Reference
Ve zdrojovém textu nebyly uvedeny explicitní reference
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Benchmarking diagonal-PASEF data acquisition for high-throughput proteomics applications
2025|Bruker|Postery
ASMS2025, TP192 Benchmarking diagonal-PASEF data acquisition for high-throughput proteomics applications Christopher Below1, Oliver M. Bernhardt1, Stephanie Kaspar-Schoenefeld2, Roland Bruderer1, Shourjo Ghose3, Tejas Gandhi1, Jonathan Krieger4, Markus Lubeck2, Lukas Reiter1 More details: 1Biognosys AG, Zurich, Switzerland, 2Bruker Daltonics GmbH & Co…
Klíčová slova
pasef, pasefdiagonal, diagonalidentifications, identificationspeptide, peptidequantitative, quantitativemethods, methodsdia, diaprotein, proteinprecision, precisionacquisition, acquisitionoverall, overallnotably, notablyslices, slicesbenchmarking, benchmarkingspectronaut
Deep proteome coverage at scale combined with reproducible quantitation on the timsTOF HT
2024|Bruker|Postery
US HUPO 2024 Deep proteome coverage at scale combined with reproducible quantitation on the timsTOF HT Stephanie Kaspar-Schoenefeld1, Andreas Schmidt1, Markus Lubeck1, Pierre-Olivier Schmit2, Torsten Mueller1 and Narayanaganesh Balasubramanian3 (A) (B) Fig. 1: Reproducible and in-depth protein identification from yeast…
Klíčová slova
proteome, proteomepasef, paseftimstof, timstofdia, diaprotein, proteinyeast, yeastquantitation, quantitationcomplex, complexcoverage, coveragereproducible, reproducibleproteomics, proteomicsdigest, digestvariation, variationmixtures, mixturescoefficient
dia-PASEF® applied on different gradient lengths
2020|Bruker|Technické články
dia-PASEF® applied on different gradient lengths Data Independent Acquisition (DIA) workflows have gained in popularity as they overcome the issue of stochastic selection of peptide precursors encountered in typical data-dependent approaches (DDA) and thereby promise reproducible and accurate protein identification…
Klíčová slova
pasef, pasefdia, diahela, helayeast, yeastmobility, mobilitycumulative, cumulativeprotein, proteinlibrary, librarycoverage, coveragepeptides, peptideswindows, windowsspectronaut, spectronaution, iontims, timsgroups
diaPASEF: label-free quantification of highly complex proteomes
2019|Bruker|Aplikace
diaPASEF: label-free quantification of highly complex proteomes The timsTOF Pro with diaPASEF provides reproducible and accurate qualitative and quantitative results in complex proteomics samples – making it perfectly suited for data-independent acquisition approaches. Abstract Data-independent acquisition (DIA) promises reproducible and…
Klíčová slova
hye, hyediapasef, diapasefdia, diaspectronaut, spectronauttimstof, timstofpasef, pasefproteomics, proteomicstriply, triplywindows, windowsproteomes, proteomesapproaches, approachesion, ionprotein, proteinpro, promobility
