Large Panel Targeted Proteomics for Low-amount Samples Using an Enhanced Nanoflow 6495D LC/TQ System
Postery | 2025 | Agilent Technologies | ASMSInstrumentace
Cílená proteomika s vysokou citlivostí je klíčová pro analýzu vzorků s nízkým množstvím proteinů, včetně single cell proteomu. Precizní a přesná kvantifikace umožňuje objev biomarkerů a hloubkovou charakterizaci proteinových sítí na úrovni jednotlivých buněk.
Cílem studie bylo optimalizovat nanoflow LC/TQ systém pro rozsáhlé panelové cílené proteomické analýzy nízko množných vzorků. Kombinací Evosep One LC, modifikovaného Newomics UniESI iontového zdroje a Agilent 6495D triple kvadrupolu autoři vyvinuli workflow pro kvantifikaci až 1000 proteinů bez použití těžkých izotopových standardů.
Workflow zahrnovalo:
Metoda nabízí kombinaci vysoké selektivity, citlivosti a propustnosti, vhodnou pro objevy proteinových biomarkerů v klinických a výzkumných aplikacích bez nutnosti nákladných izotopových standardů.
Implementace vylepšeného nanoflow LC/TQ systému výrazně zlepšuje kvantitativní analýzu nízkých množství proteinů. Studie prokázala, že vyvinuté workflow je rychlé, ekonomické a schopné detekovat proteiny na úrovni single cell bez použití izotopových standardů.
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
ZaměřeníProteomika
VýrobceAgilent Technologies
Souhrn
Význam tématu
Cílená proteomika s vysokou citlivostí je klíčová pro analýzu vzorků s nízkým množstvím proteinů, včetně single cell proteomu. Precizní a přesná kvantifikace umožňuje objev biomarkerů a hloubkovou charakterizaci proteinových sítí na úrovni jednotlivých buněk.
Cíle a přehled studie
Cílem studie bylo optimalizovat nanoflow LC/TQ systém pro rozsáhlé panelové cílené proteomické analýzy nízko množných vzorků. Kombinací Evosep One LC, modifikovaného Newomics UniESI iontového zdroje a Agilent 6495D triple kvadrupolu autoři vyvinuli workflow pro kvantifikaci až 1000 proteinů bez použití těžkých izotopových standardů.
Použitá instrumentace
- Evosep One nanoflow LC
- Newomics UniESI 2.0 iontový zdroj
- Agilent 6495D triple kvadrupolový LC/MS
- Agilent AssayMAP Bravo platforma
- IonOpticks Aurora Elite XT kolona (15 cm x 75 μm, 1.7 μm C18)
Použitá metodika
Workflow zahrnovalo:
- Vytvoření dMRM metody v Skyline (1 peptide/protein, 8 přechodů)
- Bez použití stabilních izotopových standardů
- Optimalizace retenčních časů a kolizních energií pomocí endogenních referenčních peptidů
- Analýza sérií naředění K562 proteomového standardu (31.25 pg–64 ng)
Hlavní výsledky a diskuse
- Detekce 1000 proteinů s celkem 7942 dMRM přechody
- 98.5 % shoda retenčních časů mezi MRM a DDA potvrzuje vysokou přesnost
- Střední CV plošného signálu peptidek dosáhl 7.5 % pro 64 ng
- Lineární kalibrace umožnila kvantifikaci od 31.25 pg on-column (R2 > 0.99), odpovídající single cell úrovni
Přínosy a praktické využití metody
Metoda nabízí kombinaci vysoké selektivity, citlivosti a propustnosti, vhodnou pro objevy proteinových biomarkerů v klinických a výzkumných aplikacích bez nutnosti nákladných izotopových standardů.
Budoucí trendy a možnosti využití
- Integrace stabilizovaných izotopů pro další zlepšení kvantifikace
- Automatizace přípravy vzorků a rozšíření analýzy na posttranslační modifikace
- Hlubší proteomické pokrytí a aplikace ve single cell proteomice
Závěr
Implementace vylepšeného nanoflow LC/TQ systému výrazně zlepšuje kvantitativní analýzu nízkých množství proteinů. Studie prokázala, že vyvinuté workflow je rychlé, ekonomické a schopné detekovat proteiny na úrovni single cell bez použití izotopových standardů.
Reference
- A Rapid and Economical Workflow for Protein Biomarker Discovery Using Agilent 6495D Triple Quadrupole LC/MS System
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Large-Panel Targeted Proteomics with Single-Cell-Equivalent Sensitivity Using Nanoflow 6495D LC/TQ
2025|Agilent Technologies|Aplikace
Application Note Proteomics Large-Panel Targeted Proteomics with Single-Cell-Equivalent Sensitivity Using Nanoflow 6495D LC/TQ K562 Automated sample loading on Evotips Method development An optimized 1,000-protein dMRM method Data acquisition Agilent AssayMAP Bravo Authors Linfeng Wu and Anding Fan Agilent Technologies, Inc.…
Klíčová slova
protein, proteinskyline, skylinepeptides, peptidesapproximating, approximatingionopticks, ionoptickspeptide, peptidemethod, methodquantification, quantificationconcurrent, concurrentcell, celltargeted, targetedmrm, mrmdmrm, dmrmtransitions, transitionsevotips
A Rapid and Economical Workflow for Protein Biomarker Discovery Using Agilent 6495D Triple Quadrupole LC/MS System
2024|Agilent Technologies|Postery
Poster Reprint ASMS 2024 Poster number ThP 076 A Rapid and Economical Workflow for Protein Biomarker Discovery Using Agilent 6495D Triple Quadrupole LC/MS System Linfeng Wu, Ian Edwards Agilent Technologies, Inc., Santa Clara, CA, USA Introduction The advancement of triple…
Klíčová slova
skyline, skylineplugin, pluginsils, silspeptides, peptidesplasma, plasmapooled, pooledautomation, automationpeptide, peptideworkflow, workflowrts, rtsagilent, agilentdmrm, dmrmeconomical, economicaluniprot, uniprotmrm
Comprehensive Protein Quantification in Plasma Using the Agilent 6495D Triple Quadrupole LC/MS System
2023|Agilent Technologies|Aplikace
Application Note Proteomics Comprehensive Protein Quantification in Plasma Using the Agilent 6495D Triple Quadrupole LC/MS System Author Linfeng Wu Agilent Technologies, Inc. Abstract This application note highlights the ultrahigh performance of the novel Agilent 6495D triple quadrupole liquid chromatography/mass spectrometry…
Klíčová slova
submillisecond, submillisecondpeptides, peptidessis, sisskyline, skylineresponse, responsetime, timeprotein, proteinatehlstlsek, atehlstlsekmrm, mrmacquisition, acquisitionpeptide, peptidedwell, dwellquantification, quantificationamol, amolplasma
Quantification of Host Cell Protein Impurities Using the Agilent 1290 Infinity II LC Coupled with the 6495B Triple Quadrupole LC/MS System
2018|Agilent Technologies|Aplikace
Application Note Biotherapeutics Quantification of Host Cell Protein Impurities Using the Agilent 1290 Infinity II LC Coupled with the 6495B Triple Quadrupole LC/MS System Authors Linfeng Wu and Yanan Yang Agilent Technologies, Inc. Santa Clara, CA, USA Introduction Host Cell…
Klíčová slova
protein, proteinsil, silpeptide, peptideskyline, skylinecounts, countstargeted, targetedamol, amolassaymap, assaymappeptides, peptideshcp, hcpquantification, quantificationvfdviir, vfdviirdpgvldr, dpgvldrllleyleek, llleyleekbravo
