Agilent G2721AA/G2733AA Spectrum Mill MS Proteomics Workbench

Význam tématu

Analytická proteomika založená na hromadném zpracování MS/MS dat je klíčová pro identifikaci a kvantifikaci proteinů v komplexních biologických vzorcích. Díky softwaru Spectrum Mill MS Proteomics Workbench lze zpracovat tisíce spekter během minut, což výrazně urychluje biologický výzkum, vývoj léčiv a klinickou diagnostiku.

Cíle a přehled studie / článku

Quick Start Guide představuje první kroky v nasazení a používání Spectrum Mill Workbench, verze B.04.01. Dokument shrnuje instalaci, import dat, základní i pokročilé workflow pro zpracování MS a MS/MS spekter, automatizaci úloh a rychlé reference pro nejdůležitější moduly.

Použitá metodika a instrumentace

Software zahrnuje následující metody a nástroje:

• Spectral preprocessing: filtrování kvality spekter, centroidace, přiřazení nábojových stavů.
• MS/MS a MS-only databázové vyhledávání: zahrnuje variabilní i identické módy a hledání posttranslačních modifikací.
• Autovalidace s detekcí falešné míry nálezů (FDR).
• De novo sekvenování pomocí Sherenga algoritmu.
• Summarizace výsledků: Protein/Peptide Summary, PMF Summary.
• Automatizace workflow: dávkové zpracování úloh na serveru a paralelní výpočty na vícejádrových procesorech.

Podporovaná instrumentace:

• Agilent Q-TOF (.d), Agilent TOF (.d), Agilent Q-TOF, Thermo (.raw), Applied Biosystems/MDS Sciex (.wiff)
• Thermo Q-Exactive
• Podpora TMT6 reagenčních sad a pokročilých kvantitativních metod

Hlavní výsledky a diskuse

Verze B.04.01 přináší řadu zlepšení:

• Vícejádrové MS/MS vyhledávání pro zrychlení analýzy.
• Rozšířená podpora výstupních formátů mzXML a mzML.
• Vylepšené filtrování a výběr peptidů pro tvorbu cílových seznamů (Peptide Selector).
• Vylepšené sumarizační módy a export do Excelu či Mass Profiler Professional.
• Nové nástroje pro odstraňování duplikovaných záznamů v databázi.

Diskuse podtrhuje, že integrace automatizovaného zpracování s bohatou sadou bioinformatických modulů umožňuje provádět komplexní proteomické studie s vysokou propustností a přesností.

Přínosy a praktické využití metody

• Radikální zkrácení doby analýzy dat oproti manuálním postupům.
• Modulární konstrukce umožňuje flexibilní nasazení v laboratořích s různými typy hmotnostních spektrometrů.
• Automatizace s frontou úloh a paralelním výpočtem podporuje vysokou kapacitu zpracování.
• Podpora komplexních workflow pro identifikaci modifikací, mutací i kvantitativní studie.

Budoucí trendy a možnosti využití

Vývoj proteomických nástrojů směřuje k integraci strojového učení a umělé inteligence pro vylepšenou interpretaci spekter, rozšíření cloudových řešení pro sdílení dat a zvýšení interoperability s dalšími databázemi a bioinformatickými platformami. Dále je očekávané rozšíření podpory multiplexních kvantitativních technik a real-time zpracování dat během akvizice.

Závěr

Spectrum Mill MS Proteomics Workbench představuje robustní a vysoce automatizované řešení pro hromadné zpracování MS a MS/MS dat. Verze B.04.01 nabízí řadu vylepšení v oblasti výkonu, flexibility i podpory nových kvantitativních metod. Díky modulární architektuře a paralelnímu zpracování je ideální pro moderní proteomické laboratoře.

Reference

Agilent Technologies. Agilent G2721AA/G2733AA Spectrum Mill MS Proteomics Workbench Quick Start Guide, verze B.04.01, 2014.