Agilent G2724AA Spectrum Mill Extractor for Applied Biosystems/MDS Sciex QSTAR Data Files - Quick Start Guide

Význam tématu

Vysokokapacitní zpracování hmotnostně spektrometrických dat je klíčové pro moderní proteomiku. Extrakce spekter z QSTAR *.wiff souborů a jejich předzpracování šetří čas a zlepšuje kvalitu identifikací proteinů a peptidů. Integrace s prostředím Spectrum Mill usnadňuje komplexní workflow zahrnující identifikaci i kvantifikaci.

Cíle a přehled studie / článku

Cílem Quick Start Guide je ukázat, jak používat Agilent G2724AA Spectrum Mill Extractor pro Applied Biosystems/MDS Sciex QSTAR Data Files k předzpracování surových dat MS a MS/MS. Průvodce popisuje celý proces od přenosu dat na server až po automatizovanou validaci výsledků a jejich sumarizaci.

Použitá metodika a instrumentace

Metodika zahrnuje:

• Extrahování a slučování blízkých MS/MS spekter se stejným prekurzorovým iontem
• Přidělování nábojových stavů prekurzorů
• Centroidaci MS/MS spekter
• Výpočet spektrálních parametrů pro další kroky v Spectrum Mill
• Filtraci spekter podle kvality
• Výpočet extrahovaných iontových chromatogramů (EIC) pro kvantitativní analýzu
• Pro data MS-only extrakce, průměrování a centroidace

Proces je rozdělen do následujících kroků: přenos a organizace souborů, nastavení parametrů extraktoru, spuštění extrakce, tvorba databázových indexů, vyhledávání spekter, automatická validace a sumarizace.

Hlavní výsledky a diskuse

Průvodce ukázal, že po správné instalaci a přiřazení licencí je možné rychle zpracovat QSTAR data. Extraktor automaticky detekuje typ vstupního souboru, zajistí spojení a centroidaci MS/MS spekter a připraví je k databázovým vyhledáváním. Autovalidace odfiltruje vysoce kvalitní shody bez manuální kontroly. Výsledná sumarizace zobrazuje počet identifikovaných peptidů a proteinů spolu s jejich relativními intenzitami.

Přínosy a praktické využití metody

Metoda umožňuje:

• Výraznou úsporu času při přípravě a čištění dat
• Automatizaci rutinních úloh v proteomických workflow
• Spolehlivou identifikaci peptidů a relativní kvantifikaci proteinů
• Snadnou integraci s databázemi a validačními postupy

Využití v laboratořích pro výzkum i QA/QC procesy přináší konzistentní a reprodukovatelné výsledky.

Budoucí trendy a možnosti využití

Budoucí směry zahrnují rozšíření extrakčního softwaru o umělou inteligenci pro lepší de novo sekvenování, integraci s cloudovými platformami a podpůrné nástroje pro více typů spektrometrů. Zároveň se očekává vylepšení algoritmů filtrace a další automatizace pro komplexní PTM analýzy.

Závěr

Agilent G2724AA Spectrum Mill Extractor pro QSTAR data představuje efektivní řešení pro předzpracování MS a MS/MS dat. Umožňuje vysokou propustnost, spolehlivou automatizovanou validaci a připravenost dat pro databázová vyhledávání a kvantifikaci. Díky jednoduchému nastavení a integraci do Spectrum Mill workbenche zkracuje čas potřebný k získání biologicky relevantních výsledků.

Použitá instrumentace

• Agilent G2724AA Spectrum Mill Extractor for Applied Biosystems/MDS Sciex QSTAR Data Files
• Applied Biosystems/MDS Sciex QSTAR hmotnostní spektrometr
• Software Analyst QS (verze rovnocenná nebo novější než verze akviziční)