Agilent G2723AA Spectrum Mill Data Extractor for Generic Peak List Files - Quick Start Guide

Shrnutí Agilent G2723AA Spectrum Mill Data Extractor – Quick Start Guide

Význam tématu

Metoda umožňuje rychlé a efektivní zpracování MS a MS/MS spekter z různých formátů špiček pro následnou identifikaci proteinů a peptidů a relativní kvantifikaci v proteomických aplikacích. Výstup z nástroje šetří čas a minimalizuje manuální konverze dat.

Cíle a přehled studie / článku

Průvodce popisuje nástroj Spectrum Mill Generic Data Extractor určený k přípravě exportovaných souborů špiček (*.pkl, *.dta, *.mgf) pro další zpracování ve Spectrum Mill workbench, včetně výpočtu spektrálních parametrů, filtrace kvality a rozdělení vícespektrálních souborů.

Použitá metodika a instrumentace

Metodika zahrnuje:

• Automatické rozpoznání a extrakci spekter z formátů pkl, dta a mgf
• Výpočet spektrálních charakteristik pro další programy Spectrum Mill
• Kvalitativní filtraci MS/MS spekter na základě délky sekvenčního tagu
• Generování samostatných spektrálních souborů z vícespektrálních výstupů

Instrumentace:

• ESI QTOF Generic pro proteomické analýzy
• MALDI-TOF-TOF pro vícenásobné TOF spektrální soubory

Hlavní výsledky a diskuse

Implementace nástroje prochází následujícími kroky:

1. Import a organizace dat (přenos souborů, nastavení adresářové struktury a oprávnění)
2. Extraktor provádí výpočet parametrů, filtraci kvality a rozdělení vícespektrálních souborů
3. Vytvoření indexů uživatelské databáze (např. NCBInr.stdmix) a jejich automatizované generování
4. MS/MS vyhledávání s dynamickým prahováním, reverzním skórováním a identifikačním módem
5. Autovalidace výsledků v režimech protein a peptid
6. Summarizace validních výsledků v přehledných tabulkách s možností exportu

Diskuse upozorňuje na kompromis mezi použitelností exportovaných špiček a přesností kvantifikace etiketovaných peptidů (omezená podpora 14N/15N, iTRAQ).

Přínosy a praktické využití metody

Metoda nabízí:

• Zrychlení předzpracování proteomických dat
• Kompatibilitu s různými zdrojovými formáty špiček
• Snadné generování jednospektrálních souborů pro další analýzu
• Integraci s LIMS, Excel, HTML či PowerPoint pro reporting

Budoucí trendy a možnosti využití

Možné směry vývoje:

• Rozšíření podpory kvantifikace exportovaných dat pro označené peptidy
• Použití strojového učení pro automatickou klasifikaci kvality spekter
• Integrace cloudových služeb pro škálovatelné zpracování a sdílenou databázi

Závěr

Spectrum Mill Generic Data Extractor zjednodušuje a zefektivňuje konverzi a filtraci MS/MS dat z běžných formátů špiček. I přes omezenou kvantitativní přesnost poskytuje rychlý a soustavný pracovní postup pro identifikaci proteinů a peptidů v proteomických studiích.

Reference

• Agilent Technologies Spectrum Mill Data Extractor for Generic Peak List Files Quick Start Guide, 2007.