Agilent G2721AA/G2733AA Spectrum Mill MS Proteomics Workbench - Quick Start Guide

Význam tématu

V dnešní době hraje rychlá a spolehlivá identifikace proteinů a peptidů klíčovou roli v proteomických studiích. Agilent Spectrum Mill MS Proteomics Workbench umožňuje vysokopropustné zpracování MS/MS i MS-only dat, automatizaci předzpracování, vyhledávání v databázích, validaci výsledků, kvantitativní analýzu i de novo sekvenování, čímž šetří čas výzkumníků a zvyšuje reprodukovatelnost výsledků.

Cíle a přehled studie / článku

Tento Quick Start Guide představuje první kroky k nastavení a základnímu použití Spectrum Mill verze B.06.00. Popisuje instalaci a konfiguraci serveru a klienta, přenos dat, spuštění softwaru, základní i iterativní workflow pro zpracování MS/MS dat a využití nástrojů pro automatizaci a interaktivní zpracování.

Použitá metodika a instrumentace

Software poskytuje následující hlavní moduly:

• Data Extractor – spektrální předzpracování (filtrování, centroidace, přiřazení náboje).
• MS/MS Search – databázové vyhledávání peptidů a proteinů s podporou proměnných i fixních modifikací.
• Autovalidation – automatická validace výsledků podle zvoleného FDR (peptidový i proteinový režim).
• Protein/Peptide Summary – přehled, vizualizace, filtrování a export identifikovaných proteinů a peptidů.
• Workflow Automation – fronta úloh pro dávkové zpracování a scheduling.

Instrumentace a systémové požadavky:

• Agilent Spectrum Mill MS Proteomics Workbench B.06.00 na 64bit Windows (7, 10, Server 2008–2016).
• Java JRE 1.8u111 (32 i 64bit) a ActiveState Perl 5.18.4.
• IIS, ThermoFisher MSFileReader 64bit pro .raw soubory.
• Internet Explorer 11 pro klientskou konzoli.

Hlavní výsledky a diskuse

Verze B.06.00 přináší zásadní zrychlení MS/MS Search, konsolidaci výsledkových souborů (cpo/zip), nové filtry kvality spekter, podporu HLA motivů, vyhledávání polovinových enzimů, automatické vynechání peptidů kratších než pět aminokyselin, optimalizace FDR po opravě bugů B.05.00, rozšíření kvalifikačních metrik a podporu ion mobility dat (drift time, CCS). Vylepšena je správa FASTA databází (konkatenace, podpora nového NCBI formátu). K dispozici jsou také aktualizované nástroje pro TMT 10-plex korekce a generování spektrálních přehledů.

Přínosy a praktické využití metody

Významnou výhodou Spectrum Mill je možnost kompletní automatizace zpracování získaných dat, kterou lze provozovat jak v dávkovém režimu, tak interaktivně. Díky tomu je software vhodný pro rutinní QA/QC laboratoře, velké proteomické studie, diferenciální expresi, screening PTM i de novo sekvenování.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozšíření podpory ion mobility a víceúrovňové chromatografie, integrace s LIMS a cloudovými platformami, využití strojového učení pro zlepšení detekce modifikací a adaptivní dávkové workflow pro metody s rostoucí propustností.

Závěr

Agilent Spectrum Mill MS Proteomics Workbench B.06.00 představuje robustní a vysoce výkonné řešení pro komplexní proteomické analýzy s podporou široké škály technik a vysokou úrovní automatizace, což zkracuje dobu zpracování a zvyšuje kvalitu výsledků.

Reference

• Agilent Technologies. Agilent G2721AA/G2733AA Spectrum Mill MS Proteomics Workbench Quick Start Guide, Rev. A0, 2016.