Robust Label Free Proteomics Performance with New Orbitrap Exploris 240 with Improved Separation
Postery | 2020 | Thermo Fisher Scientific | ASMSInstrumentace
Proteomika založená na LC MS/MS bez použití značení umožňuje identifikaci a kvantifikaci tisíců proteinů v komplexních biologických vzorcích. Robustní přístroje se snadným ovládáním a vysokou reprodukovatelností jsou klíčové pro aplikace v translaci výzkumu i průmyslové kontrole kvality.
Cílem studie bylo ověřit výkonnost nové generace kvadrupólového orbitrapu Thermo Scientific Orbitrap Exploris 240 ve spojení s FAIMS Pro rozhraním. Analýza proběhla na čtyřech přístrojích ve třech laboratořích za účelem zhodnocení reproducibility, citlivosti a přesnosti label free datově závislé akvizice.
Vzorky HeLa Protein Digest Standard byly připraveny v rozpouštědle s acetonitrilem, trifluoroctovou a kyselinou mravenčí. Pro mezilaboratorní testy byla použita dávka 1 μg na 60min gradient, pro LFQ série gradienty 30 až 120 minut a dávky 10 až 1000 ng. Metoda DDA Top20 s dvěma kompenzačními napětími FAIMS (-70 a -50 V) podporovala optimalizované šablony pro kvantitativní analýzu.
Mezilaboratorní reproducibilita byla vynikající s průměrem 5379 identifikovaných proteinů (CV 2,6 %) a 49 521 peptidů (CV 5,9 %) při 1 μg vzorku. Použití FAIMS Pro zvýšilo pokrytí proteomu o více než 15 % a počet peptidů o 20 %. LFQ analýza prokázala lineární citlivost od 10 ng do 1000 ng a vysokou kvantitativní přesnost v poměru 1:10 až 1:100.
Orbitrap Exploris 240 s FAIMS Pro poskytuje robustní platformu pro rozsáhlé proteomické studie s vysokou spolehlivostí napříč pracovišti. Optimalizované metodické šablony podporují široké spektrum aplikací včetně gelových výřezů, imunoprecipitací, multiplexního značení TMT i cílených PRM metod.
Očekává se rozšíření využití pro analýzy nízkých dávkových vzorků, single cell proteomiku a integraci s umělou inteligencí pro analýzu velkých dat. Další rozvoj mobilních rozhraní iontové separace a zvýšení průchodnosti rozšíří možnosti průmyslových a klinických aplikací.
Thermo Scientific Orbitrap Exploris 240 s FAIMS Pro rozhraním ukázal vynikající citlivost, přesnost a reprodukovatelnost pro label free proteomiku. Díky snadné obsluze a metodickým šablonám je vhodný pro multidisciplinární laboratoře i velké screeningové studie.
LC/HRMS, LC/MS, LC/MS/MS, LC/Orbitrap
ZaměřeníProteomika
VýrobceThermo Fisher Scientific
Souhrn
Význam tématu
Proteomika založená na LC MS/MS bez použití značení umožňuje identifikaci a kvantifikaci tisíců proteinů v komplexních biologických vzorcích. Robustní přístroje se snadným ovládáním a vysokou reprodukovatelností jsou klíčové pro aplikace v translaci výzkumu i průmyslové kontrole kvality.
Cíle a přehled studie
Cílem studie bylo ověřit výkonnost nové generace kvadrupólového orbitrapu Thermo Scientific Orbitrap Exploris 240 ve spojení s FAIMS Pro rozhraním. Analýza proběhla na čtyřech přístrojích ve třech laboratořích za účelem zhodnocení reproducibility, citlivosti a přesnosti label free datově závislé akvizice.
Použitá instrumentace
- Orbitrap Exploris 240
- FAIMS Pro iontová mobilitní separace
- EASY nLC 1200 kapalinová chromatografie
- EASY Sprays RSLC C18 50 cm kolona
- Aurora kolona Ionopticks pro LFQ
- Proteome Discoverer 2.4 software
Použitá metodika
Vzorky HeLa Protein Digest Standard byly připraveny v rozpouštědle s acetonitrilem, trifluoroctovou a kyselinou mravenčí. Pro mezilaboratorní testy byla použita dávka 1 μg na 60min gradient, pro LFQ série gradienty 30 až 120 minut a dávky 10 až 1000 ng. Metoda DDA Top20 s dvěma kompenzačními napětími FAIMS (-70 a -50 V) podporovala optimalizované šablony pro kvantitativní analýzu.
Hlavní výsledky a diskuse
Mezilaboratorní reproducibilita byla vynikající s průměrem 5379 identifikovaných proteinů (CV 2,6 %) a 49 521 peptidů (CV 5,9 %) při 1 μg vzorku. Použití FAIMS Pro zvýšilo pokrytí proteomu o více než 15 % a počet peptidů o 20 %. LFQ analýza prokázala lineární citlivost od 10 ng do 1000 ng a vysokou kvantitativní přesnost v poměru 1:10 až 1:100.
Přínosy a praktické využití metody
Orbitrap Exploris 240 s FAIMS Pro poskytuje robustní platformu pro rozsáhlé proteomické studie s vysokou spolehlivostí napříč pracovišti. Optimalizované metodické šablony podporují široké spektrum aplikací včetně gelových výřezů, imunoprecipitací, multiplexního značení TMT i cílených PRM metod.
Budoucí trendy a možnosti využití
Očekává se rozšíření využití pro analýzy nízkých dávkových vzorků, single cell proteomiku a integraci s umělou inteligencí pro analýzu velkých dat. Další rozvoj mobilních rozhraní iontové separace a zvýšení průchodnosti rozšíří možnosti průmyslových a klinických aplikací.
Závěr
Thermo Scientific Orbitrap Exploris 240 s FAIMS Pro rozhraním ukázal vynikající citlivost, přesnost a reprodukovatelnost pro label free proteomiku. Díky snadné obsluze a metodickým šablonám je vhodný pro multidisciplinární laboratoře i velké screeningové studie.
Reference
- Pfammatter S et al Molecular Cellular Proteomics 2018
- Schweppe D K Anal Chem 2019
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 mass spectrometer - Quantitation–widest range of quantitative strategies that deliver biological insights
2020|Thermo Fisher Scientific|Technické články
Proof of performance Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer Quantitation–widest range of quantitative strategies that deliver biological insights Summary This document presents the versatility of the Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 mass spectrometer to deliver comprehensive quantitative workflows. From label-free quantitation…
Klíčová slova
quantitation, quantitationprotein, proteinyeast, yeastquantified, quantifiedprm, prmakt, aktfaims, faimsinterference, interferencepeptide, peptidesurequant, surequantfmol, fmolquantitative, quantitativetmt, tmtmultiplexing, multiplexinghela
Accelerating high-confidence insights for small- and large-molecule research using the Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer
2020|Thermo Fisher Scientific|Technické články
WHITE PAPER 65937 Grant Application Resource Accelerating high-confidence insights for small- and large-molecule research using the Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer Authors: Maciej Bromirski, Aaron Robitaille, Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA, USA Keywords: Orbitrap Exploris 240 Mass Spectrometer, FAIMS…
Klíčová slova
orbitrap, orbitrapprotein, proteinmass, massthermo, thermoscientific, scientificevosep, evosepacquirex, acquirexexploris, explorisquantitation, quantitationhram, hramhigh, highintact, intactdda, ddauhtppp, uhtpppproteome
Label-free proteomics performance with the Orbitrap Exploris 480 mass spectrometer with single-cell sensitivity
2021|Thermo Fisher Scientific|Technické články
TECHNICAL NOTE 65944 Label-free proteomics performance with the Orbitrap Exploris 480 mass spectrometer with single-cell sensitivity Author: Khatereh Motamedchaboki1, Aaron Gajadhar1, Aman Makaju1, Aaron M. Robitaille1, Joshua J. Nicklay2, Jenny Ho3, Sebastien Gallien4, Min Huang5, Yue Zhou5, David Horn1, Tabiwang…
Klíčová slova
faims, faimsgroups, groupspeptide, peptideprotein, proteinhela, helapsms, psmspro, procoefficient, coefficientjose, josecompromising, compromisingdigest, digestwithout, withoutinterface, interfacesan, sanvariation
Performance Evaluation of a Modified Quadrupole Orbitrap Mass Spectrometer
2019|Thermo Fisher Scientific|Postery
Performance Evaluation of a Modified Quadrupole Orbitrap Mass Spectrometer Tabiwang N. Arrey1, Rosa Jersie-Christensen Rakownikow1, Julia Kraegenbring1, Kerstin Strupat1, Markus Kellmann1, Catharina Crone1, Thomas Moehring1, Alexander Harder1 1Thermo Fisher Scientific, Bremen, Bremen, Germany Results: The novel Orbitrap Exploris 480 mass…
Klíčová slova
protein, proteinpeptides, peptidesgroups, groupsyeast, yeastcompensention, compensentionnofiams, nofiamsunique, uniquenofaims, nofaimsmpi, mpimin, minnew, newaabg, aabgrouting, routingorbitrap, orbitrapfaims
