Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 mass spectrometer - Quantitation–widest range of quantitative strategies that deliver biological insights
Technické články | 2020 | Thermo Fisher ScientificInstrumentace
Analytická kvantifikace proteinů hraje klíčovou roli ve výzkumu biologických procesů, farmaceutickém vývoji i kvalitativní kontrole. Přesné, citlivé a reprodukovatelné stanovení absolutního i relativního množství proteinů umožňuje pochopit dynamiku proteomu, odhalit biomarkery či optimalizovat terapeutické postupy.
V předkládaném dokumentu je demonstrována univerzální použitelnost hmotnostního spektrometru Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 pro široké spektrum kvantitativních workflow. Studie porovnává tři hlavní kvantitativní přístupy: label-free kvantifikaci (LFQ), multiplexní stanovení izobarickými značkami TMT/TMTpro a cílené měření pomocí paralelního detekčního monitoringu (PRM).
Všechny experimenty využívají vysokorozlišovací, přesnou Orbitrap™ technologii a data-dependent akvizici pro maximální kvalitu spekter a kvantifikace. Workflow zahrnuje:
Orbitrap Exploris 240 MS poskytuje flexibilitu pro základní i aplikované proteomické studie. LFQ je vhodné pro objevné mapování proteomu, TMT multiplexing urychluje analýzu rozsáhlých sad vzorků a PRM nabízí referenční úroveň přesnosti pro biomarkerovou validaci. Kombinace vysoké citlivosti, rozlišení a FAIMS zvyšuje hloubku pokrytí a důvěryhodnost kvantifikovaných dat.
Očekává se širší aplikace kombinace HRAM Orbitrap měření s plynnou separací FAIMS pro single-cell proteomiku, dynamické sledování posttranslačních modifikací a rychlé screenovací assays. Další vývoj ve směru vyšší multiplexace TMTpro a zlepšené SW pipeline podpoří rozsáhlé klinické a biotechnologické studie.
Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 MS se ukazuje jako všestranný nástroj pro kvantitativní proteomiku, kombinující vysokou přesnost, citlivost a reprodukovatelnost napříč label-free, izobarickými tagy a cílenými metodami PRM. Implementace FAIMS Pro dále rozšiřuje aplikační možnosti a zvyšuje kvalitu výsledků.
Thermo Fisher Scientific Application Note: Proof of performance Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer, 2020.
Iontová mobilita, LC/HRMS, LC/MS, LC/MS/MS, LC/Orbitrap
ZaměřeníVýrobceThermo Fisher Scientific
Souhrn
Význam tématu
Analytická kvantifikace proteinů hraje klíčovou roli ve výzkumu biologických procesů, farmaceutickém vývoji i kvalitativní kontrole. Přesné, citlivé a reprodukovatelné stanovení absolutního i relativního množství proteinů umožňuje pochopit dynamiku proteomu, odhalit biomarkery či optimalizovat terapeutické postupy.
Cíle a přehled studie / článku
V předkládaném dokumentu je demonstrována univerzální použitelnost hmotnostního spektrometru Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 pro široké spektrum kvantitativních workflow. Studie porovnává tři hlavní kvantitativní přístupy: label-free kvantifikaci (LFQ), multiplexní stanovení izobarickými značkami TMT/TMTpro a cílené měření pomocí paralelního detekčního monitoringu (PRM).
Použitá metodika a instrumentace
Všechny experimenty využívají vysokorozlišovací, přesnou Orbitrap™ technologii a data-dependent akvizici pro maximální kvalitu spekter a kvantifikace. Workflow zahrnuje:
- Chromatografie: Thermo Scientific EASY-nLC 1200, IonOpticks Aurora (250 mm × 75 µm) nebo EASY-Spray kolony (150–500 mm × 75 µm), gradientové metody 40–120 min.
- Ionizace: Nanospray Flex™ nebo EASY-Spray™ zdroj.
- Separace interferencí: FAIMS Pro™ rozhraní pro zlepšení selektivity prekurzorů u LFQ i TMT.
- Detekce: Orbitrap Exploris 240 MS ve vysokém rozlišení pro HRAM měření, DDA (LFQ, TMT) nebo PRM (cílené kvantifikace).
- Analýza dat: Proteome Discoverer™ 2.4 (1 % PSM FDR) a Skyline pro PRM.
Hlavní výsledky a diskuse
- Label-free kvantifikace dosahuje lineární odezvy a opakovatelnosti napříč dynamickým rozsahem od proměnlivých poměrů HeLa/ kvasinkového proteinu až po nízké hladiny (koeficient variability CV < 15 %).
- Multiplexní TMT11plex měření s FAIMS Pro poskytuje vysokou kvantitativní přesnost (Interference Free Index průměr 0,89) a reproducibilní počty kvantifikovaných peptidů (cca 11 000) a proteinů (> 2300).
- PRM analýza 30 cílených peptidů z AKT signální dráhy vykazuje vynikající přesnost (průměrný CV 1,36 %) a lineární kvantifikaci přes pět dekád (od stovek fmol po nízké attomoly).
Přínosy a praktické využití metody
Orbitrap Exploris 240 MS poskytuje flexibilitu pro základní i aplikované proteomické studie. LFQ je vhodné pro objevné mapování proteomu, TMT multiplexing urychluje analýzu rozsáhlých sad vzorků a PRM nabízí referenční úroveň přesnosti pro biomarkerovou validaci. Kombinace vysoké citlivosti, rozlišení a FAIMS zvyšuje hloubku pokrytí a důvěryhodnost kvantifikovaných dat.
Budoucí trendy a možnosti využití
Očekává se širší aplikace kombinace HRAM Orbitrap měření s plynnou separací FAIMS pro single-cell proteomiku, dynamické sledování posttranslačních modifikací a rychlé screenovací assays. Další vývoj ve směru vyšší multiplexace TMTpro a zlepšené SW pipeline podpoří rozsáhlé klinické a biotechnologické studie.
Závěr
Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 MS se ukazuje jako všestranný nástroj pro kvantitativní proteomiku, kombinující vysokou přesnost, citlivost a reprodukovatelnost napříč label-free, izobarickými tagy a cílenými metodami PRM. Implementace FAIMS Pro dále rozšiřuje aplikační možnosti a zvyšuje kvalitu výsledků.
Reference
Thermo Fisher Scientific Application Note: Proof of performance Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer, 2020.
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Thermo Scientific Orbitrap Exploris 480 mass spectrometer
2020|Thermo Fisher Scientific|Brožury a specifikace
Extraordinary simplified Orbitrap Exploris 480 mass spectrometer Now, achieving the extraordinary is easier Obtaining comprehensive, high-confidence research insights requires new levels of instrument performance, robustness, and ease of use. Welcome to the extraordinary accuracy, certainty, confidence, and simplicity of the…
Klíčová slova
faims, faimssurequant, surequantmtor, mtorsil, silssdeengppsspdldr, ssdeengppsspdldrendo, endoprotein, proteinakt, akthyl, hyltmt, tmtpeptide, peptidepeptides, peptideshela, helaturbotmt, turbotmtφsdm
Grant application resource: Using the Orbitrap Exploris 480 mass spectrometer to accelerate fundamental research
2020|Thermo Fisher Scientific|Aplikace
WHITE PAPER 65659 Grant application resource: Using the Orbitrap Exploris 480 mass spectrometer to accelerate fundamental research Keywords: Single Cell Sensitivity, TMT & TMTpro Multiplexing, SureQuant Method, Quantitative Proteomics, Orbitrap Exploris 480 MS, FAIMS Pro interface, Mass Spectrometry Goal This…
Klíčová slova
faims, faimssurequant, surequantpro, prointerface, interfacetemplates, templatestmt, tmtprm, prmdda, ddaboxcar, boxcartargeted, targetedproteomics, proteomicsprotein, proteinquantitation, quantitationacquisition, acquisitionpeptides
Quantitative proteomics—the new benchmark
2021|Thermo Fisher Scientific|Brožury a specifikace
Go beyond To gain new biological insights Quantitative proteomics—the new benchmark Biology is quantitative Harness the power of quantitative proteomics to gain insights on the dynamic processes that drive the biology of cells, tissues and organisms. By collaborating with key…
Klíčová slova
quantitation, quantitationproteomics, proteomicssurequant, surequantorbitrap, orbitrapsilac, silacfaims, faimsprotein, proteinproteins, proteinsproteome, proteometargeted, targetedmass, massaltis, altisquantitative, quantitativescientific, scientificthermo
Accelerating high-confidence insights for small- and large-molecule research using the Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer
2020|Thermo Fisher Scientific|Technické články
WHITE PAPER 65937 Grant Application Resource Accelerating high-confidence insights for small- and large-molecule research using the Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer Authors: Maciej Bromirski, Aaron Robitaille, Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA, USA Keywords: Orbitrap Exploris 240 Mass Spectrometer, FAIMS…
Klíčová slova
orbitrap, orbitrapprotein, proteinmass, massthermo, thermoscientific, scientificevosep, evosepacquirex, acquirexexploris, explorishram, hramquantitation, quantitationhigh, highintact, intactdda, ddaproteome, proteomeuhtppp
