Agilent G2722AA Spectrum Mill Extractor for Thermo Fisher Scientific Ion Trap Data Files - Quick Start Guide

Význam tématu

V oblasti proteomické analýzy masovou spektrometrií představuje rychlé a spolehlivé předzpracování surových dat klíčovou fázi pro kvalitní identifikaci a kvantifikaci peptidů a proteinů. Extraktor Spectrum Mill pro Thermo Fisher Scientific iontové pasti umožňuje automatizované spojování, filtrování a vyhodnocení MS/MS i MS3 spekter přímo z formátu RAW, čímž zkracuje dobu analýzy a zvyšuje reproducibilitu výsledků.

Cíle a přehled studie / článku

Cílem dokumentu je představit postup instalace a základní pracovní postup (Quick Start Guide) pro Agilent G2722AA Spectrum Mill Extractor určený pro LCQ, LTQ, LTQ FT a LTQ Orbitrap soubory formátu *.raw. Průvodce popisuje:

• kopírování a správu složek s datovými soubory,
• spuštění Extraktoru ke konsolidaci MS/MS spekter a výpočtu chromatogramů,
• vytvoření indexů uživatelské databáze,
• vyhledávání v databázi (MS/MS Search),
• automatickou validaci výsledků (Autovalidation),
• souhrn identifikovaných proteinů a peptidů (Protein/Peptide Summary).

Použitá metodika a instrumentace

Workflow předzpracování zahrnuje:

• Extrahování a slučování spekter ze sousedních MS/MS dat se stejným prekurzorem (podporuje CID, ETD i spojování MS2 a MS3),
• Přiřazení prekurzorových nábojů a vypočtení spektrálních parametrů pro následné vyhledávání,
• Kvalitativní filtraci spekter a výpočet extrahovaných iontových chromatogramů pro kvantitativní aplikace,
• Vytváření a aktualizaci indexů proteinových databází formátu stdmix.

Pro akvizici a injekci datové soubory nutně vyžadují nainstalovaný software Xcalibur ve verzi shodné s verzí záznamu. Extrakce využívá Spectrum Mill MS Proteomics Workbench.

Hlavní výsledky a diskuse

Automatizovaný extraktor prokázal schopnost:

• redudantně slučovat spektra z iontové pasti a optimalizovat datovou velikost,
• selektivně filtrovat spektra dle kvality tím, že nastavuje minimální délku sekvenčního štítku a prahové hodnoty intenzit,
• rychle generovat extrahované iontové chromatogramy pro relativní kvantifikaci,
• efektivně validovat výsledky automatickými i manuálními režimy.

Kombinace těchto kroků vede k vyšší míře pokrytí proteomu a zkrácení celkového času analýzy.

Přínosy a praktické využití metody

Implementace Spectrum Mill Extractoru usnadňuje rutinní zpracování dat z iontových pastí v laboratorním a průmyslovém prostředí QA/QC. Klíčové přínosy:

• standardizace extrakce MS/MS spekter bez nutnosti manuálního zásahu,
• integrovaná podpora kvantifikace založené na EIC,
• modulární architektura umožňující rozšíření o vlastní databáze a modifikace,
• jednotné uživatelské rozhraní propojené se systémem online nápovědy.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se, že extrakce spektrálních dat bude dále obohacena o strojové učení pro predikci fragmentačních vzorců a adaptivní filtraci šumu. Další rozvoj:

• vylepšené modely protonové mobilitní analýzy pro vyšší selektivitu,
• integrované přístupy pro kombinaci dat z různých typů spektrometrů (hybridní přístupy),
• rozšíření platformy o cloudové a distribuované výpočty pro rozsáhlé proteomické projekty.

Závěr

Agilent Spectrum Mill Data Extractor pro Thermo Fisher Scientific iontové pasti představuje robustní a flexibilní řešení pro zpracování surových masově spektrometrických dat. Díky podpoře více režimů extrakce, automatické validace a kvantifikace nabízí efektivní nástroj pro proteomické laboratoře usilující o rychlé a přehledné výsledky.

Reference

V textu nebyly uvedeny formální literární reference.