Vědci z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR pronikají do detailů genové transkripce. Popsali dosud neznámý molekulární mechanismus, kterým může začínat přepis genetické informace z deoxyribonukleové kyseliny (DNA) do ribonukleové kyseliny (RNA). Zaměřili se na zvláštní molekuly nazývané alarmony, které se vyskytují v buňkách napříč organismy a jejichž hladina se často zvyšuje při buněčném stresu. Výsledky výzkumu zveřejnil prestižní vědecký časopis Nature Chemical Biology.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_bc2bfffa6c.jpg" alt="ÚOCHB/Tomáš Belloň: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Dr. Hana Cahová, vedoucí vědecké skupiny Chemická biologie nukleových kyselin." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_bc2bfffa6c.jpg 234w," sizes="100vw" width="2000" height="1335"><div>RNA molekuly mohou nést na jednom konci různé chemické modifikace, označované jako tzv. „čepičky“. U eukaryotních organismů, kam patří i lidské buňky, je nejznámější čepička, která se podílí na stabilitě RNA a regulaci jejího dalšího osudu. V posledních letech se však ukazuje, že existují i alternativní, nekanonické RNA čepičky, jejichž vznik a mechanismus připojení k RNA se zatím vymyká lidským znalostem. Mezi ně patří například tzv. alarmonové čepičky, tvořené molekulami dinukleosidpolyfosfátu, alarmonů, které chrání buněčnou RNA ve chvílích, kdy je buňka v ohrožení.Tým <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://cahova.group.uochb.cz/cs">Dr. Hany Cahové</a> se ve své studii zaměřil na RNA polymerázu z bakterií a sledoval, jakým způsobem může tento enzym zahájit transkripci za využití dinukleosidpolyfosfátů (NpNs) místo běžných stavebních bloků RNA. Vědci vůbec poprvé popsali na atomární úrovni, jak může vznikat RNA s alarmonovou čepičkou přímo při zahájení přepisu genu. Navíc pozorovali, že se NpnNs vážou jiným typem párování, než je obvyklé.Na práci se zásadně podílely Valentina Serianni z týmu Hany Cahové, která prokázala schopnost dinukleosidpolyfosfátů zahajovat přepis genu, a Jana Škerlová, která se zaměřila na strukturální analýzu RNA polymerázy a na základě dat z kryogenní elektronové mikroskopie ukázala, jak se molekuly dinukleosidpolyfosfátů váží do aktivního místa RNA polymerázy, tedy do srdce enzymu, kde se genetická informace přepisuje. Jejich studie pomáhá odhalovat procesy, které provázejí přepis genetické informace z DNA do RNA.Hana Cahová k tomu dodává: „Popisujeme něco, co se v buňkách skutečně děje a co nyní dokážeme pozorovat přímo na úrovni jednotlivých molekul. Získáváme tak odpovědi na zásadní otázky týkající se buněčných procesů, například jak se buňky přizpůsobují stresu. Právě RNA totiž přenáší kaskádu informací, které stojí za jakoukoli buněčnou reakcí, např. na stav ohrožení způsobený nedostatkem živin či teplotním šokem.“<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_2_0fe88ff9e9.jpg" alt="ÚOCHB/Tomáš Belloň: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Dr. Tomáš Kouba, vedoucí core facillity skupiny Kryogenní elektronová mikroskopie." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_2_0fe88ff9e9.jpg 234w," sizes="100vw" width="2000" height="1335"><div>Klíčovou roli v projektu sehrála kryogenní elektronová mikroskopie (cryo-EM), kterou vedl Dr. Tomáš Kouba, jeden z autorů článku. „Kryoelektronová mikroskopie umožňuje zmrazit biologické molekuly skoro v jejich přirozené formě a následné získat trojrozměrnou strukturu takových molekul. Díky tomu můžeme nahlédnout přímo do aktivního centra enzymů a sledovat jejich fungování až na atomární úrovni,“ vysvětluje Tomáš Kouba.ÚOCHB vloni otevřel nové <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://cryoem.group.uochb.cz/cs">centrum cryo-EM</a>, které je v českém prostředí unikátní. Špičkové kryogenní elektronové mikroskopy našly zázemí ve speciálně navržené budově a umožňují studium biologických procesů s mimořádnou strukturální přesností.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_3_4d881e7a58.jpg" alt="ÚOCHB: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Tato práce ukazuje, jak malé molekuly NpnN pomáhají bakteriím zahájit přepis genetické informace. Detailní zobrazení pomocí kryogenní elektronové mikroskopie odhaluje, jak se vážou na genetickou šablonu a fungují jako nekanonické „čepičky“ RNA." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_3_4d881e7a58.jpg 245w," sizes="100vw" width="2000" height="1077"><blockquote><h4>Původní článek</h4><h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.nature.com/articles/s41589-025-02134-5#citeas">Molekulární vhled do 5′ zakončení RNA pomocí NpnNs zprostředkovaného bakteriální RNA polymerázou</a></h4>Valentina M. Serianni, Jana Škerlová, Anna Knopp Dubánková, Anton Škríba, Hana Šváchová, Tereza Vučková, Anatolij Filimoněnko, Milan Fábry, Pavlína Řezáčová, Tomáš Kouba &amp; Hana Cahova&nbsp;Nat. Chem. Biol. 21 (2026)<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://doi.org/10.1038/s41589-025-02134-5">https://doi.org/10.1038/s41589-025-02134-5</a><h6>licencováno pod <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">CC-BY 4.0</a></h6></blockquote><h4>Abstrakt</h4>RNA zakončená dinukleosidovými polyfosfáty byla u bakterií i eukaryot objevena teprve nedávno. Pravděpodobný mechanismus tohoto specifického typu zakončení RNA spočívá v přímém začlenění dinukleosidových polyfosfátů RNA polymerázou jako nekanonických iniciačních nukleotidů. Dosud však nebylo známo, jakým způsobem se tyto sloučeniny vážou do aktivního místa RNA polymerázy během zahájení transkripce. V této práci jsme in vitro studovali iniciaci transkripce za použití série DNA templátů v kombinaci s dinukleosidovými polyfosfáty a modelovou RNA polymerázou z bakterie Thermus thermophilus. Zjistili jsme, že místo zahájení transkripce se může lišit v závislosti na kompatibilitě konkrétního templátu a použitého dinukleosidového polyfosfátu. Struktury iniciačních transkripčních komplexů s dinukleosidovými polyfosfáty získané pomocí kryogenní elektronové mikroskopie odhalily, že obě nukleové báze v molekule mohou párovat s DNA templátem. První kódovaný nukleotid se páruje kanonickým Watsonovým–Crickovým způsobem, zatímco druhá nukleová báze se váže nekanonicky prostřednictvím reverzního Watsonova–Crickova párování. Tato práce tak poskytuje strukturní vysvětlení mechanismu, kterým dinukleosidové polyfosfáty zahajují transkripci RNA.</div></div>

Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace

🎤 Přednášející: Michal Belianský<h3>VIZE 2025: Empower Method Validation Manager</h3><h4>Empower Method Validation Manager (MVM): moderní přístup k validaci chromatografických metod</h4>Validace analytických metod je klíčovým požadavkem regulovaných laboratoří v oblasti farmacie, biotechnologií i kontroly kvality. Software Empower Method Validation Manager (MVM) od společnosti Waters představuje komplexní nástroj, který umožňuje provádět validaci chromatografických metod systematicky a plně v souladu s požadavky lékopisů a regulačních autorit.MVM je rozšířením chromatografického datového systému <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/627">Empower</a>, díky čemuž propojuje vývoj, validaci, zpracování dat i reporting do jednoho uceleného workflow.<h4>Automatizované výpočty a System Suitability</h4>Jednou z hlavních výhod Empower MVM je využití automaticky generovaných chromatografických parametrů, jako jsou:<ul><li>rozlišení (Resolution),</li><li>faktor symetrie a tailing,</li><li>počet teoretických pater (Plate Count),</li><li>výška a šířka píku,</li><li>poměr signál/šum (S/N).</li></ul>Tyto parametry jsou vyhodnocovány v souladu s požadavky USP, EP i JP a mohou být přímo použity v rámci testů System Suitability, čímž se minimalizuje riziko manuálních chyb a zvyšuje konzistence výsledků.<h4>Podpora chemických struktur a specifických aplikací</h4>Empower MVM nabízí také rozšíření Chemical Structures, které je integrováno ve spolupráci s ACD/Labs. Díky tomu lze přímo v prostředí Empoweru:<ul><li>kreslit a upravovat chemické struktury,</li><li>vytvářet knihovny sloučenin,</li><li>vkládat struktury do tabulek komponent a zahrnovat je do reportů.</li></ul>Další specializovaná rozšíření pokrývají například:<ul><li>Dissolution – automatizované vyhodnocení disolučních testů včetně výpočtů f1, f2 a Q faktoru,</li><li>GPC/SEC pro polymerní analýzu – výpočty molekulových hmotností (Mw, Mn, Mp, Mz) a kombinaci dat z RI a LS detektorů,</li><li>Sample Weight Importer – přímý přenos hmotností ze vah do Empoweru s plnou auditní stopou.</li></ul><h4>Validace metod krok za krokem v MVM</h4>Empower Method Validation Manager strukturuje validaci do tří hlavních fází:<ol><li>Validation Protocol Definice validačních požadavků, akceptačních kritérií, typů testů a schvalovacích procesů.</li><li>Validation Study Řízení celé validační studie v jednom projektu – akvizice dat, jejich zpracování, statistické výpočty a průběžné hodnocení souladu s kritérii.</li><li>Reporting Automatizovaná tvorba validačních reportů z předdefinovaných šablon, včetně elektronických podpisů a plné sledovatelnosti změn.</li></ol>Software podporuje všechny klíčové validační testy, jako jsou linearita, přesnost, správnost, specificita, LOD/LOQ, opakovatelnost, mezilehlá přesnost, robustnost či stabilita metody<h4>Integrace, migrace dat a monitoring systémů</h4>Součástí ekosystému Empoweru jsou i nástroje pro migraci dat z jiných CDS (např. Agilent ChemStation/OpenLab, Thermo Chromeleon, MassLynx) pomocí modulu Waters Data Converter.Díky platformě <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/1544">waters_connect</a> System Monitoring mají uživatelé přehled o stovkách chromatografických a LC-MS systémů, mohou sledovat jejich stav v reálném čase, dostávat automatické notifikace a efektivně plánovat využití přístrojů, což významně zvyšuje produktivitu laboratoře.<h4>Závěr</h4>Empower Method Validation Manager představuje robustní a regulatorně připravené řešení pro validaci chromatografických metod od A do Z. Automatizace výpočtů, jednotné řízení validačních studií, pokročilé reportingové nástroje a hluboká integrace s CDS Empower činí z MVM silný nástroj pro laboratoře, které kladou důraz na kvalitu dat, efektivitu práce a plnou shodu s regulačními požadavky.

Waters VIZE 2025: Empower Method Validation Manager

V týdnu od 9. února na Vás čekají v oblasti kapalné fáze a především HPLC a LC/MS následující webináře.<blockquote><h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.lcms.cz/webinars">👉 DETAILY A REGISTRACE V SEKCI WEBINÁŘE</a></h4></blockquote><blockquote>👉 Vyhledávejte a filtrujte v největší globální databázi s více než 5 000 GC, HPLC, MS a spektroskopickými webináři.</blockquote><h5>1. SelectScience: High-throughput stability screening strategies for antibody formulation</h5><ul><li>Út, 10. 2. 2026 17:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5807">Registrace</a></li></ul>Webinář představuje využití vysokokapacitních technik DLS/SLS a rychlého DSC screeningu pro urychlení hodnocení stability vysoce koncentrovaných protilátkových formulací.<h5>2. Phenomenex: Big Scale, Big Wins: Prep Chromatography Explained</h5><ul><li>St, 11. 2. 2026 10:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5793">Registrace</a></li></ul>Praktický přehled přenosu analytických metod do preparativní HPLC, včetně limitů preparativních kolon a klíčových aspektů farmaceutických aplikací.<h5>3. ALS Czech Republic: PFAS in Food &amp; Food Contact Material</h5><ul><li>St, 11. 2. 2026 15:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5816">Registrace</a></li></ul>Webinář přináší přehled regulací EU a USA, analytických výzev a osvědčených strategií testování PFAS v potravinách a materiálech pro styk s potravinami.<h5>4. New Food magazine: The Science of Next-Gen Ingredients: Fermentation, Formulation and Function</h5><ul><li>St, 11. 2. 2026 16:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5720">Registrace</a></li></ul>Pohled na fermentační inovace nové generace a jejich roli při vývoji funkčních potravinářských ingrediencí se zlepšenou chutí, funkčností a stabilitou.<h5>5. SCIEX: Accurate Mass Fundamentals – Interpreting and Applying Your Data</h5><ul><li>St, 11. 2. 2026 19:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5772">Registrace</a></li></ul>Třetí díl série zaměřený na interpretaci přesné hmotnosti, potvrzení identity sloučenin a řešení problematických HRMS výsledků v praxi.<h5>6. Agilent Technologies: Process Analytical Techniques: Online HPLC for Real Time Monitoring and Control of Bioprocesses</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 06:30 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5834">Registrace</a></li></ul>Webinář ukazuje využití online PAT HPLC pro téměř reálné monitorování kritických kvalitativních atributů v bioprocesní výrobě.<h5>7. Thermo Fisher Scientific: Introducing the Orbitrap Excedion Pro Hybrid MS</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 11:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5889">Registrace</a></li></ul>Představení nové generace Orbitrap MS s rozšířeným hmotnostním rozsahem, ETD/EThcD fragmentací a robustními workflow pro charakterizaci proteinů.<h5>8. Waters Corporation: Planning Your NuGenesis Upgrade: Insights and Best Practices for a Smooth Transition</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 19:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5833">Registrace</a></li></ul>Doporučení pro upgrade softwaru NuGenesis, přechod na Windows 11 a využití nových dashboardů pro přehled dat v reálném čase.<h5>9. Thermo Fisher Scientific: Comprehensive Analytical Strategies for Peptides Therapeutics and GLP-1 Agonist</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 19:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5814">Registrace</a></li></ul>Komplexní přehled analytických strategií pro peptidová terapeutika a GLP-1 agonisty, zahrnující vývoj metod, kontrolu kvality a LC-MS workflow.<h5>10. Agilent Technologies: Moving from R&amp;D and Limited QC on a UV-Vis-NIR Instrument to Large Scale QC Using an Autosampler</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 20:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/2104">Registrace</a></li></ul>Webinář se zaměřuje na rozšíření UV-Vis-NIR analýzy z výzkumu do rutinní kontroly kvality pomocí autosampleru.<h5>11. Agilent Technologies: LC Method Transfer: Hidden Challenges &amp; Absolute Solution</h5><ul><li>Pá, 13. 2. 2026 06:30 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5787">Registrace</a></li></ul>Detailní rozbor skrytých úskalí přenosu LC metod mezi systémy a strategií, jak zajistit robustní a reprodukovatelné výsledky.<h5>12. Altium International (HPST): Příprava vzorků pro analýzu vitamínů rozpustných v tucích – tipy a aplikace</h5><ul><li>Pá, 13. 2. 2026 10:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5891">Registrace</a></li></ul>Praktické tipy pro přípravu vzorků vitamínů rozpustných v tucích v komplexních lipidových matricích se zaměřením na kvalitu a spolehlivost dat.

Webináře LabRulezLCMS týden 07/2026

Webináře

Přednáška

Věda a výzkum

Video

Článek

Produkt

ÚOCHB AV ČR je přední mezinárodně uznávaná vědecká instituce, jejímž hlavním posláním je základní výzkum v oblasti chemické biologie a medicinální chemie, organické a materiálové chemie, chemie přírodních látek, biochemie a molekulární biologie, fyzikální chemie, teoretické chemie a analytické chemie.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR

Vše ze světa analytické chemie na jednom místě. Propojujeme lidi při řešení jejich problémů. U nás naleznete všechny potřebné informace snadno, rychle a přehledně. Přestaňte hledat a začněte nacházet.

LabRulez

Firmu Waters založil v roce 1958 pan James Waters. Od té doby se společnost Waters specializuje na kapalinovou chromatografii a hmotnostní spektrometrii. Divize TA Instruments působí na poli termální analýzy. V České republice je Waters zastoupen přímou pobočkou, která sídlí v Praze.

Waters Gesellschaft

Agilent Technologies

With the addition of MS detection to HPLC analyses, certain considerations must be made in selecting columns and conditions.
In this seminar we will:
<ul>
<li>Discuss the fundamentals and applications of various LC/MS techniques.
</li>
<li>Look at column choices and mobile phase selection for LC separations as well as for MS sensitivity
</li>
<li>Address specific challenges to LC/MS analyses, such as interferences and ion suppression, will be addressed.
</li>
<li>The importance of sample preparation in minimizing problems with interferences will also be covered.
</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Mark Powell (Application Engineer, Agilent Technologies, Inc.)
</blockquote>
<blockquote>
Mark Powell is an Applications Engineer located at Agilent’s Little Falls site in Wilmington, DE. Before joining Agilent in 2011, Mark worked in the pharmaceutical industry synthesizing, purifying and analyzing drug candidates. He provides applications assistance and technical support for Agilent’s HPLC columns and consumables.
</blockquote>

Agilent Technologies: Making LC Methods MS Friendly

Making LC Methods MS Friendly

With the addition of MS detection to HPLC analyses, certain considerations must be made in selecting columns and conditions.

If you’re doing food testing and want to find ways to do more with less while getting consistent accurate results this seminar is for you.
We will walk through a sample application – multi-residue pesticides in fish using LC/MS – from sample prep to data analysis, and point out tips for saving both time and money and improving results. Key topics covered will be column selection, tips for extending column life and “just enough” sample prep solutions that reduce time spent on sample prep.
<blockquote>
Presenter: Mark Powell (Application Engineer, Agilent Technologies, Inc.)
</blockquote>
<blockquote>
Mark Powell is an Applications Engineer located at Agilent’s Little Falls site in Wilmington, DE. Before joining Agilent in 2011, Mark worked in the pharmaceutical industry synthesizing, purifying and analyzing drug candidates. He provides applications assistance and technical support for Agilent’s HPLC columns and consumables.
</blockquote>

Agilent Technologies: New:Troublefree Food Testing - Technologies to Improve Uptime and Productivity

Troublefree Food Testing - Technologies to Improve Uptime and Productivity

Sample application – multi-residue pesticides in fish using LC/MS.

Technologies to Improve Uptime and Productivity

The technique of Gel Permeation Chromatography is conceptually simple: It is a separation based on size where no enthalpic interactions are observed.
In practice, GPC is often much more involved yielding involved method development and data that can be difficult to interpret. Though GPC can seem mystifying at times 90% of the success is achieved by using the proper columns for your application.
During this e-seminar we will discuss what is new in GPC column technology, different types of stationary phases, and how to choose the best columns which yield:
<ul>
<li>Improved resolution
</li>
<li>Improved reproducibility
</li>
<li>Improved accuracy
</li>
<li>Improved analysis time
</li>
</ul>
The goal of the e-seminar is to illustrate how proper GPC column selection can make the difference between good and great chromatography.
<blockquote>
Presenter: Michael Kruger (Application Engineer, Agilent Technologies, Inc.)
</blockquote>

Agilent Technologies: Achieving Superior GPC Results Through the Correct Column Selection

Achieving Superior GPC Results Through the Correct Column Selection

What is new in GPC column technology, different types of stationary phases, and how to choose the best columns.

LCMS webináře se zaměřením na Kolony - strana 32