Vědci z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR pronikají do detailů genové transkripce. Popsali dosud neznámý molekulární mechanismus, kterým může začínat přepis genetické informace z deoxyribonukleové kyseliny (DNA) do ribonukleové kyseliny (RNA). Zaměřili se na zvláštní molekuly nazývané alarmony, které se vyskytují v buňkách napříč organismy a jejichž hladina se často zvyšuje při buněčném stresu. Výsledky výzkumu zveřejnil prestižní vědecký časopis Nature Chemical Biology.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_bc2bfffa6c.jpg" alt="ÚOCHB/Tomáš Belloň: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Dr. Hana Cahová, vedoucí vědecké skupiny Chemická biologie nukleových kyselin." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_bc2bfffa6c.jpg 234w," sizes="100vw" width="2000" height="1335"><div>RNA molekuly mohou nést na jednom konci různé chemické modifikace, označované jako tzv. „čepičky“. U eukaryotních organismů, kam patří i lidské buňky, je nejznámější čepička, která se podílí na stabilitě RNA a regulaci jejího dalšího osudu. V posledních letech se však ukazuje, že existují i alternativní, nekanonické RNA čepičky, jejichž vznik a mechanismus připojení k RNA se zatím vymyká lidským znalostem. Mezi ně patří například tzv. alarmonové čepičky, tvořené molekulami dinukleosidpolyfosfátu, alarmonů, které chrání buněčnou RNA ve chvílích, kdy je buňka v ohrožení.Tým <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://cahova.group.uochb.cz/cs">Dr. Hany Cahové</a> se ve své studii zaměřil na RNA polymerázu z bakterií a sledoval, jakým způsobem může tento enzym zahájit transkripci za využití dinukleosidpolyfosfátů (NpNs) místo běžných stavebních bloků RNA. Vědci vůbec poprvé popsali na atomární úrovni, jak může vznikat RNA s alarmonovou čepičkou přímo při zahájení přepisu genu. Navíc pozorovali, že se NpnNs vážou jiným typem párování, než je obvyklé.Na práci se zásadně podílely Valentina Serianni z týmu Hany Cahové, která prokázala schopnost dinukleosidpolyfosfátů zahajovat přepis genu, a Jana Škerlová, která se zaměřila na strukturální analýzu RNA polymerázy a na základě dat z kryogenní elektronové mikroskopie ukázala, jak se molekuly dinukleosidpolyfosfátů váží do aktivního místa RNA polymerázy, tedy do srdce enzymu, kde se genetická informace přepisuje. Jejich studie pomáhá odhalovat procesy, které provázejí přepis genetické informace z DNA do RNA.Hana Cahová k tomu dodává: „Popisujeme něco, co se v buňkách skutečně děje a co nyní dokážeme pozorovat přímo na úrovni jednotlivých molekul. Získáváme tak odpovědi na zásadní otázky týkající se buněčných procesů, například jak se buňky přizpůsobují stresu. Právě RNA totiž přenáší kaskádu informací, které stojí za jakoukoli buněčnou reakcí, např. na stav ohrožení způsobený nedostatkem živin či teplotním šokem.“<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_2_0fe88ff9e9.jpg" alt="ÚOCHB/Tomáš Belloň: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Dr. Tomáš Kouba, vedoucí core facillity skupiny Kryogenní elektronová mikroskopie." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_2_0fe88ff9e9.jpg 234w," sizes="100vw" width="2000" height="1335"><div>Klíčovou roli v projektu sehrála kryogenní elektronová mikroskopie (cryo-EM), kterou vedl Dr. Tomáš Kouba, jeden z autorů článku. „Kryoelektronová mikroskopie umožňuje zmrazit biologické molekuly skoro v jejich přirozené formě a následné získat trojrozměrnou strukturu takových molekul. Díky tomu můžeme nahlédnout přímo do aktivního centra enzymů a sledovat jejich fungování až na atomární úrovni,“ vysvětluje Tomáš Kouba.ÚOCHB vloni otevřel nové <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://cryoem.group.uochb.cz/cs">centrum cryo-EM</a>, které je v českém prostředí unikátní. Špičkové kryogenní elektronové mikroskopy našly zázemí ve speciálně navržené budově a umožňují studium biologických procesů s mimořádnou strukturální přesností.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_3_4d881e7a58.jpg" alt="ÚOCHB: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Tato práce ukazuje, jak malé molekuly NpnN pomáhají bakteriím zahájit přepis genetické informace. Detailní zobrazení pomocí kryogenní elektronové mikroskopie odhaluje, jak se vážou na genetickou šablonu a fungují jako nekanonické „čepičky“ RNA." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_3_4d881e7a58.jpg 245w," sizes="100vw" width="2000" height="1077"><blockquote><h4>Původní článek</h4><h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.nature.com/articles/s41589-025-02134-5#citeas">Molekulární vhled do 5′ zakončení RNA pomocí NpnNs zprostředkovaného bakteriální RNA polymerázou</a></h4>Valentina M. Serianni, Jana Škerlová, Anna Knopp Dubánková, Anton Škríba, Hana Šváchová, Tereza Vučková, Anatolij Filimoněnko, Milan Fábry, Pavlína Řezáčová, Tomáš Kouba &amp; Hana Cahova&nbsp;Nat. Chem. Biol. 21 (2026)<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://doi.org/10.1038/s41589-025-02134-5">https://doi.org/10.1038/s41589-025-02134-5</a><h6>licencováno pod <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">CC-BY 4.0</a></h6></blockquote><h4>Abstrakt</h4>RNA zakončená dinukleosidovými polyfosfáty byla u bakterií i eukaryot objevena teprve nedávno. Pravděpodobný mechanismus tohoto specifického typu zakončení RNA spočívá v přímém začlenění dinukleosidových polyfosfátů RNA polymerázou jako nekanonických iniciačních nukleotidů. Dosud však nebylo známo, jakým způsobem se tyto sloučeniny vážou do aktivního místa RNA polymerázy během zahájení transkripce. V této práci jsme in vitro studovali iniciaci transkripce za použití série DNA templátů v kombinaci s dinukleosidovými polyfosfáty a modelovou RNA polymerázou z bakterie Thermus thermophilus. Zjistili jsme, že místo zahájení transkripce se může lišit v závislosti na kompatibilitě konkrétního templátu a použitého dinukleosidového polyfosfátu. Struktury iniciačních transkripčních komplexů s dinukleosidovými polyfosfáty získané pomocí kryogenní elektronové mikroskopie odhalily, že obě nukleové báze v molekule mohou párovat s DNA templátem. První kódovaný nukleotid se páruje kanonickým Watsonovým–Crickovým způsobem, zatímco druhá nukleová báze se váže nekanonicky prostřednictvím reverzního Watsonova–Crickova párování. Tato práce tak poskytuje strukturní vysvětlení mechanismu, kterým dinukleosidové polyfosfáty zahajují transkripci RNA.</div></div>

Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace

Falšování potravin je fenomén s dlouhou historií, který v dnešní době díky globalizaci potravinových řetězců a vysokým ekonomickým tlakům nabývá na významu. Ať už jde o ředění olivového oleje levnými oleji, přidávání cukru do medu, nebo skryté používání náhražek v bílkovinových doplňcích, výsledkem je ztráta důvěry spotřebitelů a v některých případech i ohrožení zdraví. Analytická chemie zde hraje klíčovou roli: poskytuje metody a technologie, které dokážou identifikovat a kvantifikovat cílové látky i nechtěné impurity v rozsáhlém spektru potravinových matrik.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Watrex_Praha_Falsovani_potravin_a_jak_ho_odhali_analyticka_chemie_6912db5492.jpg" alt="Watrex Praha: Falšování potravin a jak ho odhalí analytická chemie" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Watrex_Praha_Falsovani_potravin_a_jak_ho_odhali_analyticka_chemie_6912db5492.jpg 245w," sizes="100vw" width="1600" height="900"><h4>Role chromatografie ve forenzní potravinářské analýze</h4>Chromatografie, zejména kapalinová chromatografie (HPLC), je mezi analytickými metodami jedním z nejefektivnějších nástrojů pro separaci komplexních směsí molekul.Umožňuje:<ul><li>kvalitativní identifikaci jednotlivých složek ve vzorku,</li><li>kvantitativní stanovení jejich koncentrací,</li><li>detekci nečistot a nečekaných složek, které mohou signalizovat falšování.</li></ul>V praxi se často kombinuje HPLC s různými typy detektorů (UV/VIS, DAD, refraktometrické detektory) nebo dalšími technikami (např. hmotnostní spektrometrií) pro zvýšení selektivity a citlivosti.<h4>Izokratické vs. gradientní eluce</h4>Při analýze potravinových vzorků se chromatografické metody volí podle cíle analýzy:<ul><li>Izokratická HPLC používá jednu konstantní mobilní fázi během celé analýzy – je jednoduchá, robustní a ideální pro rutinní rutiny s dobře definovanými cílovými analyty (např. stanovení cukrů nebo vitamínů).</li><li>Gradientní HPLC mění složení mobilní fáze během separace – umožňuje lepší rozlišení složitých směsí s širokým rozsahem polarity látek (např. peptidů nebo fenolických sloučenin).</li></ul>Gradientní metody jsou obzvláště užitečné, když analyty mají velmi rozdílné vlastnosti a je potřeba dosáhnout vysoké účinnosti separace.<h4>Watrex Praha a přínos moderních systémů pro potravinářskou analytiku</h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://watrex.com/?utm_source=labrulez&amp;utm_medium=propagace&amp;utm_campaign=labrulez_clanky_HPLCsystemy">Watrex Praha, s.r.o.</a> patří mezi významné české výrobce a distributory systémů a přístrojů pro kapalinovou chromatografii, s dlouhou tradicí sahající do roku 1990. Firma úspěšně transformovala svou roli z distributora na výrobce vlastních HPLC a příbuzných technologií, přičemž klade důraz na modulární systémy robustní konstrukce vhodné i pro náročné analytické úlohy.Jejich <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products?manufacturerItems=93&amp;search=streamline">řada Streamline™</a> zahrnuje několik koncepcí HPLC systémů vhodných pro potravinářské aplikace:<ul><li>Izokratický HPLC systém – jednoduchá, ale přesná konfigurace s jedním čerpadlem, kolonovým termostatem a UV/VIS detektorem; vhodný pro rutinní stanovení známých analytů (např. základní sacharidy, přídatné látky).</li><li>Binární gradientní HPLC systém – disponuje dvěma čerpadly a umožňuje tvorbu gradientů mobilní fáze, což zvyšuje separační schopnost při analýze komplexních směsí (např. fenolické profily vína, složky aromatických extraktů).</li><li>GPC/SEC systém (gelová permeační chromatografie) – specializované řešení pro stanovení makromolekul a polymerů, avšak i relevantní pro analýzu vysokomolekulárních složek v potravinách (např. polysacharidů).</li></ul><blockquote>👉<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.labrulez.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Watrex_catalog_2024_ba97395f92.pdf">Produktový katalog ZDE</a></blockquote>Díky modulární povaze těchto systémů mohou analytici snadno přizpůsobit konfiguraci specifickému analytickému problému, od jednoduchých rutinních analýz až po komplexní charakterizace potravinových vzorků.<h4>Praktické příklady falšování odhalené HPLC</h4><ul><li>Detekce ředění olivového oleje: Pomocí HPLC lze separovat a kvantifikovat charakteristické triacylglyceroly a mastné kyseliny; neobvyklé vzory pak ukazují na příměsi levnějších olejů.</li><li>Odhad přídavku cukru v medu: Izokratické HPLC s refraktometrickým detektorem může stanovit profily cukrů (glukóza, fruktóza, sacharóza), které ukazují na ředění nebo přidání cukerných sirupů.</li><li>Identifikace aromatických adulterantů ve víně: Gradientní HPLC s PDA detektorem odhalí fenolické a aromatické profily, které mohou být narušeny přídavkem syntetických látek.</li></ul><h4>Závěr</h4>Falšování potravin je stále aktuálním problémem, který vyžaduje spolehlivé a citlivé analytické metody. Kapalinová chromatografie a zejména moderní HPLC systémy , představují jeden z nejúčinnějších nástrojů pro odhalování nežádoucích přídatných látek, nečistot či nečekaných složek v komplexních potravinových vzorcích. Výrobci, jako je <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://watrex.com/?utm_source=labrulez&amp;utm_medium=propagace&amp;utm_campaign=labrulez_clanky_HPLCsystemy">Watrex Praha</a>, nabízejí flexibilní chromatografické platformy, které pokrývají široké spektrum analytických úloh: od jednoduchých izokratických až po pokročilé gradientní a GPC/SEC aplikace, a tím podporují analytiky při zajišťování kvality potravin a ochraně spotřebitelů.<blockquote>Zaujal Vás článek? Pro více zajímavých témat sledujte <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://watrex.com/?utm_source=labrulez&amp;utm_medium=propagace&amp;utm_campaign=labrulez_clanky_HPLCsystemy">Watrex Praha </a>na jejich sociálních sítích (<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.linkedin.com/company/watrex/?viewAsMember=true">LinkedIn</a> a <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.facebook.com/WatrexPrague">Facebook</a>).</blockquote>

Falšování potravin a jak ho odhalí analytická chemie?

🎤 Přednášející: Michal Belianský<h3>VIZE 2025: Empower Method Validation Manager</h3><h4>Empower Method Validation Manager (MVM): moderní přístup k validaci chromatografických metod</h4>Validace analytických metod je klíčovým požadavkem regulovaných laboratoří v oblasti farmacie, biotechnologií i kontroly kvality. Software Empower Method Validation Manager (MVM) od společnosti Waters představuje komplexní nástroj, který umožňuje provádět validaci chromatografických metod systematicky a plně v souladu s požadavky lékopisů a regulačních autorit.MVM je rozšířením chromatografického datového systému <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/627">Empower</a>, díky čemuž propojuje vývoj, validaci, zpracování dat i reporting do jednoho uceleného workflow.<h4>Automatizované výpočty a System Suitability</h4>Jednou z hlavních výhod Empower MVM je využití automaticky generovaných chromatografických parametrů, jako jsou:<ul><li>rozlišení (Resolution),</li><li>faktor symetrie a tailing,</li><li>počet teoretických pater (Plate Count),</li><li>výška a šířka píku,</li><li>poměr signál/šum (S/N).</li></ul>Tyto parametry jsou vyhodnocovány v souladu s požadavky USP, EP i JP a mohou být přímo použity v rámci testů System Suitability, čímž se minimalizuje riziko manuálních chyb a zvyšuje konzistence výsledků.<h4>Podpora chemických struktur a specifických aplikací</h4>Empower MVM nabízí také rozšíření Chemical Structures, které je integrováno ve spolupráci s ACD/Labs. Díky tomu lze přímo v prostředí Empoweru:<ul><li>kreslit a upravovat chemické struktury,</li><li>vytvářet knihovny sloučenin,</li><li>vkládat struktury do tabulek komponent a zahrnovat je do reportů.</li></ul>Další specializovaná rozšíření pokrývají například:<ul><li>Dissolution – automatizované vyhodnocení disolučních testů včetně výpočtů f1, f2 a Q faktoru,</li><li>GPC/SEC pro polymerní analýzu – výpočty molekulových hmotností (Mw, Mn, Mp, Mz) a kombinaci dat z RI a LS detektorů,</li><li>Sample Weight Importer – přímý přenos hmotností ze vah do Empoweru s plnou auditní stopou.</li></ul><h4>Validace metod krok za krokem v MVM</h4>Empower Method Validation Manager strukturuje validaci do tří hlavních fází:<ol><li>Validation Protocol Definice validačních požadavků, akceptačních kritérií, typů testů a schvalovacích procesů.</li><li>Validation Study Řízení celé validační studie v jednom projektu – akvizice dat, jejich zpracování, statistické výpočty a průběžné hodnocení souladu s kritérii.</li><li>Reporting Automatizovaná tvorba validačních reportů z předdefinovaných šablon, včetně elektronických podpisů a plné sledovatelnosti změn.</li></ol>Software podporuje všechny klíčové validační testy, jako jsou linearita, přesnost, správnost, specificita, LOD/LOQ, opakovatelnost, mezilehlá přesnost, robustnost či stabilita metody<h4>Integrace, migrace dat a monitoring systémů</h4>Součástí ekosystému Empoweru jsou i nástroje pro migraci dat z jiných CDS (např. Agilent ChemStation/OpenLab, Thermo Chromeleon, MassLynx) pomocí modulu Waters Data Converter.Díky platformě <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/1544">waters_connect</a> System Monitoring mají uživatelé přehled o stovkách chromatografických a LC-MS systémů, mohou sledovat jejich stav v reálném čase, dostávat automatické notifikace a efektivně plánovat využití přístrojů, což významně zvyšuje produktivitu laboratoře.<h4>Závěr</h4>Empower Method Validation Manager představuje robustní a regulatorně připravené řešení pro validaci chromatografických metod od A do Z. Automatizace výpočtů, jednotné řízení validačních studií, pokročilé reportingové nástroje a hluboká integrace s CDS Empower činí z MVM silný nástroj pro laboratoře, které kladou důraz na kvalitu dat, efektivitu práce a plnou shodu s regulačními požadavky.

Waters VIZE 2025: Empower Method Validation Manager

Potraviny

Přednáška

Věda a výzkum

Video

Článek

Produkt

ÚOCHB AV ČR je přední mezinárodně uznávaná vědecká instituce, jejímž hlavním posláním je základní výzkum v oblasti chemické biologie a medicinální chemie, organické a materiálové chemie, chemie přírodních látek, biochemie a molekulární biologie, fyzikální chemie, teoretické chemie a analytické chemie.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR

Firmu Waters založil v roce 1958 pan James Waters. Od té doby se společnost Waters specializuje na kapalinovou chromatografii a hmotnostní spektrometrii. Divize TA Instruments působí na poli termální analýzy. V České republice je Waters zastoupen přímou pobočkou, která sídlí v Praze.

Waters Gesellschaft

Watrex Praha je přední český výrobce a distributor systémů a příslušenství zejména pro kapalinovou chromatografii. Distribuujeme produkty mnoha chemických firem a máme vlastní řadu systémů za rozumnou cenu.

Watrex Praha

Pragolab s.r.o.

Thermo Fisher Scientific

Nitrosamine (genotoxic) impurities have been found in some angiotensin II receptor blocker (ARB) medicines, such as valsartan, and more recently in histamine-2 receptor blocker medicines, such as ranitidine, drawing close scrutiny from FDA, the European Medicines Agency (EMA) and other regulatory bodies leading to product recalls.
Gas chromatography–mass spectrometry (GC-MS) has typically been the detection technique of choice; however, not all nitrosamines can be analyzed this way. As the number of known nitrosamines requiring trace level quantitation increases, the greater the need for robust, sensitive, and high-throughput assays to provide a cost-sensitive approach of a single analysis capable of accurately measuring all compounds. The use of liquid chromatography with high-resolution MS (LC-HRMS) allows low level detection and high confidence of a wider range of nitrosamine impurities.
<h3>Session breakdown:</h3>
<h5>11:00 CEST, 10 minutes + Q &amp; A</h5>
Introduction to impurity analysis challenges and regulatory requirements in Europe
Presenter: Jon Bardsley,Pharmaceutical Marketing Manager , Thermo Fisher Scientific
<h5>11:20 CEST, 20 minutes + Q &amp; A</h5>
Chromatography and Mass Spectrometry software for GMP impurity testing
Presenter: Darren Barrington-Light, Software Product Marketing Manager, Thermo Fisher Scientific
This session will give an overview of the current landscape of impurity testing in general and with a focus on nitrosamines and the European regulations. We will then cover our software, Chromeleon for Mass Spectrometry with an overview and focus on data integrity and compliance. You will have a chance to ask questions to our specialists on these topics.
<h3>Key Learning Objectives:</h3>
<ul>
<li>Why is the analysis of genotoxic impurities important?</li>
<li>Method development considerations for trace level impurities</li>
<li>What are the current regulations in Europe?</li>
<li>The role of compliance in data software with mass spectrometry</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Darren Barrington-Light (Senior Product Marketing Manager, Enterprise Chromatography Data Systems, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Having worked in Chromatography throughout his careerin the fieldsof analytical chemistry, chromatography hardware and computer software,specifically Chromatography Data Systems,for over25years, Darren has a unique understanding of the requirements of organizations that rely on chromatography data to manage their day to day operations. As capabilities have advanced, Darren has worked with clients across multiple industries to show them how Thermo Scientific Chromeleon CDS software can help them to improve their day to day operations and drive fast, informed decisions.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Jon Bardsley (Pharma &amp; BioPharma Manager, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Jon Bardsley has over a decade of experience of small-molecule pharmaceutical DMPK and regulated bioanalytical studies within with large Pharmaceutical environments. His passion for development of robust and accurate analytical methods for high-throughput studies has seen him also gain experience in contract research organizations. Jon sits on the ReidBioAnalyticalcommittee of the Chromatography Society and is a subject matter expert in the bioanalysis community. Following a period as Senior Applications Specialist for Chromatography, Jon now holds the position of Vertical Marketing Specialist for Pharma &amp;BioPharmawithin Thermo Fisher Scientific, with a view to bringing relevant technologies together to help solve customer challenges.
</blockquote>

Thermo Fisher Scientific: Virtual seminar session 1: Impurity analysis with a focus on nitrosamines

Virtual seminar session 1: Impurity analysis with a focus on nitrosamines

Proteomics and metabolomics have become widely adopted techniques, often multi-disciplinary, requiring the collaboration of biologists and medical doctors, of protein chemists, mass spectrometrists and bioinformaticians delivering the value of innovative applications and novel workflows as fresh knowledge on health, disease and biology. This field relies on the scientific community pushing the limits of mass spectrometry (MS) technology to gain understanding in various disease areas that can lead to effective diagnostics, treatments and vaccines. Over this day, we will highlight several of these cutting-edge developments and results in single cell analysis, spatial omics and clinical research deploying artificial intelligence for improved data acquisition and interpretation. Our specialists will also share their recommendations for achieving outmost performance with our instruments and software.
<h5>9:00 BST (10:00 CEST - Prague) | Plenary 1 | Your fast-track to confident results in multi-omics: Thermo Scientific Orbitrap Exploris product family expanded</h5>
<ul>
<li>Speaker: Thomas Moehring, Sr Director Marketing LSMS, Thermo Fisher Scientific</li>
</ul>
<h5>9:30 BST (10:30 CEST - Prague) | Plenary 2 | Latest developments in native ambient mass spectrometry</h5>
<ul>
<li>Speaker: Helen Cooper, Professor of Mass Spectrometry, Deputy Head of School, EPSRC Established Career Fellow, Birmingham University</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Thomas Moehring (Sr Director Marketing LSMS, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Dr. Thomas Moehring studied Chemistry and Environmental Science at the Carl von Ossietzky University Oldenburg, Germany, and completed his Ph.D. project at the Institute of Chemistry and Biology of Marine Environment (ICBM) Oldenburg, Germany.
</blockquote>
<blockquote>
He then became the Team Leader Peptidomics technology at BioVisioN (Hannover, Germany). In 2004 he joined Thermo Fisher Scientific as application/demo chemist, followed by various roles in Product Management.
</blockquote>
<blockquote>
Thomas is currently leading global Product Management efforts for Life Science Mass Spectrometry as Senior Director of Hardware Platform Management.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Helen Cooper (Professor of Mass Spectrometry, Deputy Head of School, EPSRC Established Career Fellow, Birmingham University)
</blockquote>
<blockquote>
Professor Helen J. Cooper is an expert in the gas-phase ion chemistry of peptides and proteins. She is a world-leader in the field of electron capture dissociation mass spectrometry and is responsible for establishing the University of Birmingham as a centre of excellence in mass spectrometry research. Professor Cooper has published extensively in peer-reviewed journals and serves on a number of national and international committees including the Editorial Board for the Journal of the American Society for Mass Spectrometry and the British Mass Spectrometry Society.
</blockquote>

Thermo Scientific: LC-MS User Meeting 2020 - Omics - Plenary Session

LC-MS User Meeting 2020 - Omics - Plenary Session

Proteomics and metabolomics have become widely adopted techniques, often multi-disciplinary, requiring the collaboration of biologists and medical doctors, of protein chemists, mass spectrometrists and bioinformaticians delivering the value of innovative applications and novel workflows as fresh knowledge on health, disease and biology. This field relies on the scientific community pushing the limits of mass spectrometry (MS) technology to gain understanding in various disease areas that can lead to effective diagnostics, treatments and vaccines. Over this day, we will highlight several of these cutting-edge developments and results in single cell analysis, spatial omics and clinical research deploying artificial intelligence for improved data acquisition and interpretation. Our specialists will also share their recommendations for achieving outmost performance with our instruments and software.
<h5>11:00 BST (12:00 CEST - Prague) | Optimal workflows for spatial proteomics on the Orbitrap Eclipse Tribrid Mass Spectrometer</h5>
<ul>
<li>Speaker: Prof. Kathryn Lilley, Research Group Head, University of Cambridge, UK</li>
</ul>
<h5>11:30 BST (12:30 CEST - Prague) | Pushing the Limits of Sensitivity: Micropillar Array-Based Chromatography Coupled to a Quadrupole Orbitrap Mass Spectrometer and FAIMS for Low-Input Proteomics</h5>
<ul>
<li>Speaker: Karl Mechtler, Head of Protein Chemistry Facility bei Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Vienna Biocore Facilities, Austria</li>
</ul>
<h5>12:00 BST (13:00 CEST - Prague) | Mass spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome (Mergner et al Nature 2020)</h5>
<ul>
<li>Speaker: Dr. Julia Mergner, Head of Proteomics, TU - Munich, Germany</li>
</ul>
<h5>12:30 BST (13:30 CEST - Prague) | MS Based Approach for Low Amount Tissue Proteome Profile</h5>
<ul>
<li>Speaker: Alessandro Cuomo, Coordinator Mass Spectrometry Unit, IEO Research - Milano, Italy</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Prof. Kathryn Lilley (Research Group Head, University of Cambridge, UK)
</blockquote>
<blockquote>
Kathryn Lilley is a Professor in the Department of Biochemistry and a member of the Milner Therapeutics Institute.She is also Director of theCambridge Centre for Proteomics, and a Director of Studies at Jesus College.
</blockquote>
<blockquote>
Kathryn&#39;s research specialisesin the development of cutting edge proteomics technologies. Her research group is exploring waysto:
</blockquote>
<ul>
<li>Defineresidents of organelles and protein complexes within cells</li>
<li>Usea combination of high throughput mass spectrometry and pattern recognition methods to define genuine residents of complexes and organelles</li>
<li>Monitor concerted changes in location upon cellular perturbation such as drug treatment, mutation etc.</li>
</ul>
<blockquote>
These methods are being used to locate proteins involved in stem cell pluripotency maintenance both in terms of sub cellular location and involvement in multi protein complexes.
</blockquote>
<blockquote>
She is also interested in what controls the location of proteins in cells and is developing methods to determine the spatial location of translation (where proteins are synthesised).
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Karl Mechtler (Head of Protein Chemistry Facility bei Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Vienna Biocore Facilities, Austria)
</blockquote>
<blockquote>
Main Research Areas
</blockquote>
<ul>
<li>Major topics: Proteomics, Mass Spectrometry, Bioinformatics</li>
<li>Specialized in: Analysis of post-translational modifications, cross-linking mass spectrometry, single cell proteomics</li>
<li>Development of new mass spectrometry methods to increase sensitivity, accuracy and precision of protein identification and quantification.</li>
<li>Development of novel algorithms to increase the number of identified peptides, determine the localization of post-translational modifications and for label-free quantification.</li>
</ul>
<blockquote>
Main Research Achievements
</blockquote>
<ul>
<li>Establishment of the first Proteomics Core Facility in Austria in 2000, which is embedded in the Campus Vienna Biocenter and available to scientists from the Research Institute of Molecular Pathology (IMP), the Institute of Molecular Biotechnology (IMBA) and the Gregor Mendel Institute (GMI) today.</li>
<li>Development of methods for the analysis of post-translational modifications (phosphorylated arginine, glycoproteomics)</li>
<li>Development of different algorithms for qualitative and quantitative MS data analysis (available at http://ms.imp.ac.at), that are increasingly used by proteomics labs world-wide</li>
<li>(Co-)Author of more than 180 publications including contributions in Nature, Cell and Science.</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Dr. Julia Mergner (Head of Proteomics, TU - Munich, Germany)
</blockquote>
<blockquote>
I am a molecular biologist running a newly established proteomic competence center at the hospital campus of the TU Munich. I am applying label-free, tandem-mass-tag and targeted proteomic techniques to study global proteome expression, protein complex compositions and PTM site localizations. The aim of my research is to advance technologies for the detection and quantification of proteins and post-translational modifications using liquid-chromatography-based tandem mass spectrometry.
</blockquote>
<blockquote>
Career
</blockquote>
<blockquote>
Professional experience
</blockquote>
<ul>
<li>2020 – present Head of Proteomics at the Bavarian Center for Biomolecular Mass Spectrometry at Klinikum rechts der Isar (BayBioMS@MRI), TU Munich, Germany</li>
<li>2015 - 2020 Post-Doc at the Chair of Proteomics and Bioanalytics, TU Munich, Germany</li>
<li>Research project “The Arabidopsis proteome”, Proteomic Z-project coordinator for SFB924 “Molecular mechanisms regulating yield and yield stability in plants”</li>
</ul>
<blockquote>
Education
</blockquote>
<ul>
<li>2010 - 2015 PhD in Molecular Biology at the Chair of Plant Systems Biology, TU Munich, Germany</li>
<li>Project “Characterization of DENEDDYLASE1 function in Arabidopsis”</li>
<li>2004 - 2010 Biology training at the Albert-Ludwigs-University Freiburg i. Breisgau, Germany</li>
<li>Diploma thesis “Ontogenetic changes in biomechanics and functional morphology of weeping plants”</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Alessandro Cuomo (Coordinator Mass Spectrometry Unit, IEO Research - Milano, Italy)
</blockquote>
<blockquote>
Alessandro is the Head of <a href="https://www.research.ieo.it/research-and-technology/technological-units/proteomics-unit/">Mass Spectrometry Unit (MSU) at European Institute of Oncology (IEO), Department of Experimental Oncology (DEO).</a>
</blockquote>
<blockquote>
Education and Training
</blockquote>
<ul>
<li>January 2015: Staff Scientist at European Institute of Oncology (IEO)</li>
<li>April-October 2012: Visiting Scientist:Max Plank Institute (MPI)-</li>
</ul>
<blockquote>
M. Mann Lab
</blockquote>
<ul>
<li>October 2008: Post-Doc position: European Institute of Oncology (IEO).</li>
<li>October 2008: Doctor of Philosophy (PhD) in Molecular Medicine (SEMM program- http://www.semm.it).</li>
<li>April 2007- Sept. 2008: Visiting Scientist:Utrecht University (The Netherlands) - A. J. Heck Lab</li>
<li>January 2004-Dec. 2004: Temporary staff: CEINGE Biotechnology Institute, School of medicine Naples.</li>
<li>Oct. 2002-Dec. 2003: Temporary staff: DSTB School of medicine of Udine.</li>
<li>June 2002: B. Sc. (Laurea) Chemistry, University of Naples “Federico II”.</li>
</ul>

Thermo Scientific: LC-MS User Meeting 2020 - Omics - Proteomics Morning Session

LC-MS User Meeting 2020 - Omics/Proteomics Morning Session

Vážení přátelé,
připravili jsme pro Vás sérii jedinečných bezplatných seminářů. které byly z důvodu preventivních opatření změněny na sérii webinářů.
Představení novinek v analytické instrumentaci bude prošpikováno řadou aplikačních řešení.
<h3>Program:</h3>
<h5>24. 03. 2020 od 10.00 hod</h5>
<ul>
<li>LC/MS kvantitativní analýza s iontovou mobilitou – Jan Buček</li>
<li>Stanovení reologických vlastností „nejen“ v průmyslové praxi – Petra Volfová</li>
</ul>
<h5>26. 03. 2020 od 10.00 hod</h5>
<ul>
<li>Charakterizace polydisperzních částic pomocí DLS – Anna Pleskačová</li>
<li>Svět moderních separačních technik a jejich zastřešující software – Jaroslav Novák</li>
</ul>
<h5>31. 03. 2020 od 10.00 hod</h5>
<ul>
<li>Novinky a trendy v přípravě vzorku + chromatografické kolony - Michaela Barycharová/Zuzana Snížková</li>
<li>Analýza povrchů materiálů – Pavel Janderka</li>
</ul>
<h5>02. 04. 2020 od 10.00 hod</h5>
<ul>
<li>ICP-MS: překonávání interferencí s trojitým kvadrupólem, teorie a aplikace – Lucie Krajcarová</li>
<li>Tipy a triky v charakterizaci minoritních organických nečistot - Lukáš Plaček</li>
</ul>
<h5>07. 04. 2020 od 10.00 hod</h5>
<ul>
<li>Automatizace v práci se vzorkem – Magdalena Voldřichová</li>
<li>UV a UV-VIS spektrofotometrie a její využití + Lyofilizace: kde všude nám může prospět – David Petráš</li>
</ul>
Prezentace jsou dostupné ke stažení <a href="https://www.pragolab.cz/udalosti/detail/222">na webu společnosti Pragolab</a> a prezentace z oblasti chromatografie a hmotnostní spektrometrie také v knihovnách <a href="https://gcms.cz/library?search=pragolab">LabRulezGCMS</a> a <a href="https://lcms.cz/library?search=Pragolab">LabRulezLCMS</a>.

LCMS webináře se zaměřením na LC/Orbitrap - strana 17