Vědci z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR pronikají do detailů genové transkripce. Popsali dosud neznámý molekulární mechanismus, kterým může začínat přepis genetické informace z deoxyribonukleové kyseliny (DNA) do ribonukleové kyseliny (RNA). Zaměřili se na zvláštní molekuly nazývané alarmony, které se vyskytují v buňkách napříč organismy a jejichž hladina se často zvyšuje při buněčném stresu. Výsledky výzkumu zveřejnil prestižní vědecký časopis Nature Chemical Biology.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_bc2bfffa6c.jpg" alt="ÚOCHB/Tomáš Belloň: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Dr. Hana Cahová, vedoucí vědecké skupiny Chemická biologie nukleových kyselin." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_bc2bfffa6c.jpg 234w," sizes="100vw" width="2000" height="1335"><div>RNA molekuly mohou nést na jednom konci různé chemické modifikace, označované jako tzv. „čepičky“. U eukaryotních organismů, kam patří i lidské buňky, je nejznámější čepička, která se podílí na stabilitě RNA a regulaci jejího dalšího osudu. V posledních letech se však ukazuje, že existují i alternativní, nekanonické RNA čepičky, jejichž vznik a mechanismus připojení k RNA se zatím vymyká lidským znalostem. Mezi ně patří například tzv. alarmonové čepičky, tvořené molekulami dinukleosidpolyfosfátu, alarmonů, které chrání buněčnou RNA ve chvílích, kdy je buňka v ohrožení.Tým <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://cahova.group.uochb.cz/cs">Dr. Hany Cahové</a> se ve své studii zaměřil na RNA polymerázu z bakterií a sledoval, jakým způsobem může tento enzym zahájit transkripci za využití dinukleosidpolyfosfátů (NpNs) místo běžných stavebních bloků RNA. Vědci vůbec poprvé popsali na atomární úrovni, jak může vznikat RNA s alarmonovou čepičkou přímo při zahájení přepisu genu. Navíc pozorovali, že se NpnNs vážou jiným typem párování, než je obvyklé.Na práci se zásadně podílely Valentina Serianni z týmu Hany Cahové, která prokázala schopnost dinukleosidpolyfosfátů zahajovat přepis genu, a Jana Škerlová, která se zaměřila na strukturální analýzu RNA polymerázy a na základě dat z kryogenní elektronové mikroskopie ukázala, jak se molekuly dinukleosidpolyfosfátů váží do aktivního místa RNA polymerázy, tedy do srdce enzymu, kde se genetická informace přepisuje. Jejich studie pomáhá odhalovat procesy, které provázejí přepis genetické informace z DNA do RNA.Hana Cahová k tomu dodává: „Popisujeme něco, co se v buňkách skutečně děje a co nyní dokážeme pozorovat přímo na úrovni jednotlivých molekul. Získáváme tak odpovědi na zásadní otázky týkající se buněčných procesů, například jak se buňky přizpůsobují stresu. Právě RNA totiž přenáší kaskádu informací, které stojí za jakoukoli buněčnou reakcí, např. na stav ohrožení způsobený nedostatkem živin či teplotním šokem.“<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_2_0fe88ff9e9.jpg" alt="ÚOCHB/Tomáš Belloň: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Dr. Tomáš Kouba, vedoucí core facillity skupiny Kryogenní elektronová mikroskopie." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_2_0fe88ff9e9.jpg 234w," sizes="100vw" width="2000" height="1335"><div>Klíčovou roli v projektu sehrála kryogenní elektronová mikroskopie (cryo-EM), kterou vedl Dr. Tomáš Kouba, jeden z autorů článku. „Kryoelektronová mikroskopie umožňuje zmrazit biologické molekuly skoro v jejich přirozené formě a následné získat trojrozměrnou strukturu takových molekul. Díky tomu můžeme nahlédnout přímo do aktivního centra enzymů a sledovat jejich fungování až na atomární úrovni,“ vysvětluje Tomáš Kouba.ÚOCHB vloni otevřel nové <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://cryoem.group.uochb.cz/cs">centrum cryo-EM</a>, které je v českém prostředí unikátní. Špičkové kryogenní elektronové mikroskopy našly zázemí ve speciálně navržené budově a umožňují studium biologických procesů s mimořádnou strukturální přesností.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_3_4d881e7a58.jpg" alt="ÚOCHB: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Tato práce ukazuje, jak malé molekuly NpnN pomáhají bakteriím zahájit přepis genetické informace. Detailní zobrazení pomocí kryogenní elektronové mikroskopie odhaluje, jak se vážou na genetickou šablonu a fungují jako nekanonické „čepičky“ RNA." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_3_4d881e7a58.jpg 245w," sizes="100vw" width="2000" height="1077"><blockquote><h4>Původní článek</h4><h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.nature.com/articles/s41589-025-02134-5#citeas">Molekulární vhled do 5′ zakončení RNA pomocí NpnNs zprostředkovaného bakteriální RNA polymerázou</a></h4>Valentina M. Serianni, Jana Škerlová, Anna Knopp Dubánková, Anton Škríba, Hana Šváchová, Tereza Vučková, Anatolij Filimoněnko, Milan Fábry, Pavlína Řezáčová, Tomáš Kouba &amp; Hana Cahova&nbsp;Nat. Chem. Biol. 21 (2026)<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://doi.org/10.1038/s41589-025-02134-5">https://doi.org/10.1038/s41589-025-02134-5</a><h6>licencováno pod <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">CC-BY 4.0</a></h6></blockquote><h4>Abstrakt</h4>RNA zakončená dinukleosidovými polyfosfáty byla u bakterií i eukaryot objevena teprve nedávno. Pravděpodobný mechanismus tohoto specifického typu zakončení RNA spočívá v přímém začlenění dinukleosidových polyfosfátů RNA polymerázou jako nekanonických iniciačních nukleotidů. Dosud však nebylo známo, jakým způsobem se tyto sloučeniny vážou do aktivního místa RNA polymerázy během zahájení transkripce. V této práci jsme in vitro studovali iniciaci transkripce za použití série DNA templátů v kombinaci s dinukleosidovými polyfosfáty a modelovou RNA polymerázou z bakterie Thermus thermophilus. Zjistili jsme, že místo zahájení transkripce se může lišit v závislosti na kompatibilitě konkrétního templátu a použitého dinukleosidového polyfosfátu. Struktury iniciačních transkripčních komplexů s dinukleosidovými polyfosfáty získané pomocí kryogenní elektronové mikroskopie odhalily, že obě nukleové báze v molekule mohou párovat s DNA templátem. První kódovaný nukleotid se páruje kanonickým Watsonovým–Crickovým způsobem, zatímco druhá nukleová báze se váže nekanonicky prostřednictvím reverzního Watsonova–Crickova párování. Tato práce tak poskytuje strukturní vysvětlení mechanismu, kterým dinukleosidové polyfosfáty zahajují transkripci RNA.</div></div>

Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace

Falšování potravin je fenomén s dlouhou historií, který v dnešní době díky globalizaci potravinových řetězců a vysokým ekonomickým tlakům nabývá na významu. Ať už jde o ředění olivového oleje levnými oleji, přidávání cukru do medu, nebo skryté používání náhražek v bílkovinových doplňcích, výsledkem je ztráta důvěry spotřebitelů a v některých případech i ohrožení zdraví. Analytická chemie zde hraje klíčovou roli: poskytuje metody a technologie, které dokážou identifikovat a kvantifikovat cílové látky i nechtěné impurity v rozsáhlém spektru potravinových matrik.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Watrex_Praha_Falsovani_potravin_a_jak_ho_odhali_analyticka_chemie_6912db5492.jpg" alt="Watrex Praha: Falšování potravin a jak ho odhalí analytická chemie" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Watrex_Praha_Falsovani_potravin_a_jak_ho_odhali_analyticka_chemie_6912db5492.jpg 245w," sizes="100vw" width="1600" height="900"><h4>Role chromatografie ve forenzní potravinářské analýze</h4>Chromatografie, zejména kapalinová chromatografie (HPLC), je mezi analytickými metodami jedním z nejefektivnějších nástrojů pro separaci komplexních směsí molekul.Umožňuje:<ul><li>kvalitativní identifikaci jednotlivých složek ve vzorku,</li><li>kvantitativní stanovení jejich koncentrací,</li><li>detekci nečistot a nečekaných složek, které mohou signalizovat falšování.</li></ul>V praxi se často kombinuje HPLC s různými typy detektorů (UV/VIS, DAD, refraktometrické detektory) nebo dalšími technikami (např. hmotnostní spektrometrií) pro zvýšení selektivity a citlivosti.<h4>Izokratické vs. gradientní eluce</h4>Při analýze potravinových vzorků se chromatografické metody volí podle cíle analýzy:<ul><li>Izokratická HPLC používá jednu konstantní mobilní fázi během celé analýzy – je jednoduchá, robustní a ideální pro rutinní rutiny s dobře definovanými cílovými analyty (např. stanovení cukrů nebo vitamínů).</li><li>Gradientní HPLC mění složení mobilní fáze během separace – umožňuje lepší rozlišení složitých směsí s širokým rozsahem polarity látek (např. peptidů nebo fenolických sloučenin).</li></ul>Gradientní metody jsou obzvláště užitečné, když analyty mají velmi rozdílné vlastnosti a je potřeba dosáhnout vysoké účinnosti separace.<h4>Watrex Praha a přínos moderních systémů pro potravinářskou analytiku</h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://watrex.com/?utm_source=labrulez&amp;utm_medium=propagace&amp;utm_campaign=labrulez_clanky_HPLCsystemy">Watrex Praha, s.r.o.</a> patří mezi významné české výrobce a distributory systémů a přístrojů pro kapalinovou chromatografii, s dlouhou tradicí sahající do roku 1990. Firma úspěšně transformovala svou roli z distributora na výrobce vlastních HPLC a příbuzných technologií, přičemž klade důraz na modulární systémy robustní konstrukce vhodné i pro náročné analytické úlohy.Jejich <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products?manufacturerItems=93&amp;search=streamline">řada Streamline™</a> zahrnuje několik koncepcí HPLC systémů vhodných pro potravinářské aplikace:<ul><li>Izokratický HPLC systém – jednoduchá, ale přesná konfigurace s jedním čerpadlem, kolonovým termostatem a UV/VIS detektorem; vhodný pro rutinní stanovení známých analytů (např. základní sacharidy, přídatné látky).</li><li>Binární gradientní HPLC systém – disponuje dvěma čerpadly a umožňuje tvorbu gradientů mobilní fáze, což zvyšuje separační schopnost při analýze komplexních směsí (např. fenolické profily vína, složky aromatických extraktů).</li><li>GPC/SEC systém (gelová permeační chromatografie) – specializované řešení pro stanovení makromolekul a polymerů, avšak i relevantní pro analýzu vysokomolekulárních složek v potravinách (např. polysacharidů).</li></ul><blockquote>👉<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.labrulez.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Watrex_catalog_2024_ba97395f92.pdf">Produktový katalog ZDE</a></blockquote>Díky modulární povaze těchto systémů mohou analytici snadno přizpůsobit konfiguraci specifickému analytickému problému, od jednoduchých rutinních analýz až po komplexní charakterizace potravinových vzorků.<h4>Praktické příklady falšování odhalené HPLC</h4><ul><li>Detekce ředění olivového oleje: Pomocí HPLC lze separovat a kvantifikovat charakteristické triacylglyceroly a mastné kyseliny; neobvyklé vzory pak ukazují na příměsi levnějších olejů.</li><li>Odhad přídavku cukru v medu: Izokratické HPLC s refraktometrickým detektorem může stanovit profily cukrů (glukóza, fruktóza, sacharóza), které ukazují na ředění nebo přidání cukerných sirupů.</li><li>Identifikace aromatických adulterantů ve víně: Gradientní HPLC s PDA detektorem odhalí fenolické a aromatické profily, které mohou být narušeny přídavkem syntetických látek.</li></ul><h4>Závěr</h4>Falšování potravin je stále aktuálním problémem, který vyžaduje spolehlivé a citlivé analytické metody. Kapalinová chromatografie a zejména moderní HPLC systémy , představují jeden z nejúčinnějších nástrojů pro odhalování nežádoucích přídatných látek, nečistot či nečekaných složek v komplexních potravinových vzorcích. Výrobci, jako je <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://watrex.com/?utm_source=labrulez&amp;utm_medium=propagace&amp;utm_campaign=labrulez_clanky_HPLCsystemy">Watrex Praha</a>, nabízejí flexibilní chromatografické platformy, které pokrývají široké spektrum analytických úloh: od jednoduchých izokratických až po pokročilé gradientní a GPC/SEC aplikace, a tím podporují analytiky při zajišťování kvality potravin a ochraně spotřebitelů.<blockquote>Zaujal Vás článek? Pro více zajímavých témat sledujte <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://watrex.com/?utm_source=labrulez&amp;utm_medium=propagace&amp;utm_campaign=labrulez_clanky_HPLCsystemy">Watrex Praha </a>na jejich sociálních sítích (<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.linkedin.com/company/watrex/?viewAsMember=true">LinkedIn</a> a <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.facebook.com/WatrexPrague">Facebook</a>).</blockquote>

Falšování potravin a jak ho odhalí analytická chemie?

🎤 Přednášející: Michal Belianský<h3>VIZE 2025: Empower Method Validation Manager</h3><h4>Empower Method Validation Manager (MVM): moderní přístup k validaci chromatografických metod</h4>Validace analytických metod je klíčovým požadavkem regulovaných laboratoří v oblasti farmacie, biotechnologií i kontroly kvality. Software Empower Method Validation Manager (MVM) od společnosti Waters představuje komplexní nástroj, který umožňuje provádět validaci chromatografických metod systematicky a plně v souladu s požadavky lékopisů a regulačních autorit.MVM je rozšířením chromatografického datového systému <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/627">Empower</a>, díky čemuž propojuje vývoj, validaci, zpracování dat i reporting do jednoho uceleného workflow.<h4>Automatizované výpočty a System Suitability</h4>Jednou z hlavních výhod Empower MVM je využití automaticky generovaných chromatografických parametrů, jako jsou:<ul><li>rozlišení (Resolution),</li><li>faktor symetrie a tailing,</li><li>počet teoretických pater (Plate Count),</li><li>výška a šířka píku,</li><li>poměr signál/šum (S/N).</li></ul>Tyto parametry jsou vyhodnocovány v souladu s požadavky USP, EP i JP a mohou být přímo použity v rámci testů System Suitability, čímž se minimalizuje riziko manuálních chyb a zvyšuje konzistence výsledků.<h4>Podpora chemických struktur a specifických aplikací</h4>Empower MVM nabízí také rozšíření Chemical Structures, které je integrováno ve spolupráci s ACD/Labs. Díky tomu lze přímo v prostředí Empoweru:<ul><li>kreslit a upravovat chemické struktury,</li><li>vytvářet knihovny sloučenin,</li><li>vkládat struktury do tabulek komponent a zahrnovat je do reportů.</li></ul>Další specializovaná rozšíření pokrývají například:<ul><li>Dissolution – automatizované vyhodnocení disolučních testů včetně výpočtů f1, f2 a Q faktoru,</li><li>GPC/SEC pro polymerní analýzu – výpočty molekulových hmotností (Mw, Mn, Mp, Mz) a kombinaci dat z RI a LS detektorů,</li><li>Sample Weight Importer – přímý přenos hmotností ze vah do Empoweru s plnou auditní stopou.</li></ul><h4>Validace metod krok za krokem v MVM</h4>Empower Method Validation Manager strukturuje validaci do tří hlavních fází:<ol><li>Validation Protocol Definice validačních požadavků, akceptačních kritérií, typů testů a schvalovacích procesů.</li><li>Validation Study Řízení celé validační studie v jednom projektu – akvizice dat, jejich zpracování, statistické výpočty a průběžné hodnocení souladu s kritérii.</li><li>Reporting Automatizovaná tvorba validačních reportů z předdefinovaných šablon, včetně elektronických podpisů a plné sledovatelnosti změn.</li></ol>Software podporuje všechny klíčové validační testy, jako jsou linearita, přesnost, správnost, specificita, LOD/LOQ, opakovatelnost, mezilehlá přesnost, robustnost či stabilita metody<h4>Integrace, migrace dat a monitoring systémů</h4>Součástí ekosystému Empoweru jsou i nástroje pro migraci dat z jiných CDS (např. Agilent ChemStation/OpenLab, Thermo Chromeleon, MassLynx) pomocí modulu Waters Data Converter.Díky platformě <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/1544">waters_connect</a> System Monitoring mají uživatelé přehled o stovkách chromatografických a LC-MS systémů, mohou sledovat jejich stav v reálném čase, dostávat automatické notifikace a efektivně plánovat využití přístrojů, což významně zvyšuje produktivitu laboratoře.<h4>Závěr</h4>Empower Method Validation Manager představuje robustní a regulatorně připravené řešení pro validaci chromatografických metod od A do Z. Automatizace výpočtů, jednotné řízení validačních studií, pokročilé reportingové nástroje a hluboká integrace s CDS Empower činí z MVM silný nástroj pro laboratoře, které kladou důraz na kvalitu dat, efektivitu práce a plnou shodu s regulačními požadavky.

Waters VIZE 2025: Empower Method Validation Manager

Potraviny

Přednáška

Věda a výzkum

Video

Článek

Produkt

ÚOCHB AV ČR je přední mezinárodně uznávaná vědecká instituce, jejímž hlavním posláním je základní výzkum v oblasti chemické biologie a medicinální chemie, organické a materiálové chemie, chemie přírodních látek, biochemie a molekulární biologie, fyzikální chemie, teoretické chemie a analytické chemie.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR

Firmu Waters založil v roce 1958 pan James Waters. Od té doby se společnost Waters specializuje na kapalinovou chromatografii a hmotnostní spektrometrii. Divize TA Instruments působí na poli termální analýzy. V České republice je Waters zastoupen přímou pobočkou, která sídlí v Praze.

Waters Gesellschaft

Watrex Praha je přední český výrobce a distributor systémů a příslušenství zejména pro kapalinovou chromatografii. Distribuujeme produkty mnoha chemických firem a máme vlastní řadu systémů za rozumnou cenu.

Watrex Praha

New Food magazine

Agilent Technologies

Bruker

Thermo Fisher Scientific

SelectScience

Evosep Biosystems

Join this webinar to learn how to simplify, speed-up, and standardize your proteomics sample preparation for LC-MS.
The PreOmics team will introduce the PreOmics easy-to-use iST technology. This fast 3-step workflow is designed to be a great support for both those new to proteomics and experts alike. The all-in-one iST kits are compatible with a variety of starting materials, including mammalian and plant samples, different types of tissue and cells, as well as various biological fluids in label-free and chemical labelling applications.The protocols promise an incredibly fast processing time (&lt;2.5 hours) and are easily applicable without compromising sample quality or proteomic depth. Furthermore, iST can be fully automated to further increase standardization, reproducibility, and throughput.
The speakers will also introduce PreON, a fully automated sample preparation platform, as well as different levels of automation for established liquid handling platforms. The varying applications for the iST technology ranging from global proteomics to pre-clinical studies will also be discussed.
<h5>Key learning objectives</h5>
<ul>
<li>Discover best practices for proteomics sample preparation with solutions for new users and proteomics experts alike</li>
<li>Learn more about fast, easy, and reliable sample preparation protocols for LC-MS-based proteomics</li>
<li>Explore automation, standardization, and upscaling of proteomics sample preparation</li>
<li>Learn more about the applications of iST sample preparation kits and solutions in global proteomics as well as pre-clinical research</li>
</ul>
<h5>Who should attend?</h5>
<ul>
<li>Users working with proteomics sample preparation for LC-MS:</li>
<li>Researchers, scientists, principal investigators, group leaders and department heads, lab assistants from biotech/pharma industry, CROs, university hospitals as well as academia</li>
<li>Biomedical and clinical scientists in translational and pre-clinical research</li>
<li>Application scientists and technical support</li>
<li>Distributors of sample preparation systems for LC-MS</li>
<li>Scientists looking for a straightforward approach to start with proteomics</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Dr. Ingrid Albrecht-Walz (PreOmics GmbH)
</blockquote>
<blockquote>
Dr. Ingrid Albrecht-Walz joined PreOmics in 2022 as Product Manager for Kits &amp; Reagents. She received her Ph.D. in Biology from the University of Munich, Germany, working on the interaction of different viruses. For the past 10 years, Dr. Albrecht-Walz has worked in the field of in vitro diagnostics of infectious diseases. Since proteomics is a highly promising tool for preclinical and diagnostic applications, Dr. Albrecht-Walz decided in 2022 to follow this opportunity at PreOmics.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Dr. Vincenzo Romaniello (PreOmics GmbH)
</blockquote>
<blockquote>
Dr. Vincenzo Romaniello joined PreOmics in 2021 as Product Manager for Automation Systems. He received his Ph.D. in molecular physiology from the University of Göttingen, Germany. During the past 5 years, Dr. Romaniello has worked in both technical and application support roles for automated sample preparation workflows with major biotech and human diagnostics scientific suppliers. As a result, he has experience in PreOmics automation solutions, and Tecan and Eppendorf systems.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Dr. Zuzana Demianova (PreOmics GmbH)
</blockquote>
<blockquote>
Dr. Demianova joined PreOmics in 2021 as a Market Development Manager BioPharma and scientific advisor. Assessing proceedings and challenges in the pharma and biopharma field Dr. Demianova introduces PreOmics’ solutions in customer workflows to enable scientific discovery. She thereby partakes also in the development and market introduction of new products as well as optimization and application of established solutions. Prior to PreOmics, Dr. Demianova was application support specialist at Sciex, concentrating on customer support and training. Later on, she was promoted to a global leader in proteomics, which finally led up to her new role as a biopharma application scientist with a focus on “-omics” and biopharma applications using CE and LC-MS technologies.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Blake Forman (SelectScience)
</blockquote>
<blockquote>
Blake studied chemistry at the University of Surrey, UK, and further went on to study a master’s in chemistry at the University of Southampton, UK. Blake has previously worked in the Medicines and Healthcare Products Regulatory Agency (MHRA) lab at LGC and as a technical sales specialist for Waters. As a member of the Editorial team, he now plays an integral role in shaping the content on SelectScience.
</blockquote>

SelectScience: Next generation solutions for proteomics sample preparation

Next generation solutions for proteomics sample preparation

Join this webinar to learn how to simplify, speed-up, and standardize your proteomics sample preparation for LC-MS.

A novel spatial technique, DISCO-MS, combines whole-organ/whole-organism clearing and imaging, deep-learning-based image analysis, robotic tissue extraction, and ultra-high-sensitivity mass spectrometry with the Bruker timsTOF instrument family. This combination enables DISCO-MS to perform unbiased proteome analysis of preclinical and clinical tissues from quantity-limited materials after unbiased imaging of entire specimens in 3D.
In this webinar, you will learn about a new experimental approach that combines whole tissue clearing, dia-PASEF®, and trapped ion mobility spectrometry (TIMS) mass spectrometry to analyze the spatial proteome of complex tissue structures. The webinar will detail how with this technique, researchers were able to:
<ul>
<li>Analyze the proteome of preclinical and clinical tissues after identification of regions of interest using 3D imaging, followed by robotic tissue extraction</li>
<li>Achieve early unbiased detection and characterization of subtle tissue perturbations across pathologies</li>
<li>Benefit from the use of ultra-high sensitivity and robust timsTOF mass spectrometers</li>
</ul>
<h5>Key learning objectives</h5>
<ul>
<li>Discover the new experimental approach that combines whole tissue clearing, dia-PASEF®, and TIMS mass spectrometers can be used to analyze the spatial proteome of complex tissue structures</li>
<li>Understand how researchers were able to analyze the proteome of specific tissue regions following 3D imaging to enable robotic tissue extraction</li>
<li>Learn about the unparalleled sensitivity and robustness the timsTOF platform offers with 4D-Proteomics™ which enables researchers to delve deeper into proteome analysis and gain greater insights</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Dr. Harsharan Singh Bhatia (Institute for Tissue Engineering and Regenerative Medicine (iTERM))
</blockquote>
<blockquote>
Dr. Harsharan Singh Bhatia is the Omics technologies team leader at the Institute for Tissue Engineering and Regenerative Medicine (iTERM), Helmholtz Munich. He completed his Ph.D. at the University of Freiburg, Germany, studying the neuroprotective role of dietary antioxidants. Bhatia worked as a postdoctoral researcher at UCLA, where he investigated the impact of dietary manipulations on rodent behavior. He later returned to the University of Freiburg to work as a research associate at the University Clinic, exploring epigenetic factors&#39; regulation of microglial function. In 2017, Bhatia joined iTERM to study chronic neuroinflammation using DISCO tissue clearing and spatial-omics tools.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Jemima Arnold (Editorial Team, SelectScience)
</blockquote>
<blockquote>
Jemima studied Cellular and Molecular Medicine at the University of Bristol, UK, and as a member of the Editorial team, she now plays an integral role in shaping the content on SelectScience.
</blockquote>

SelectScience: Spatial proteomics in three-dimensional intact specimens

Spatial proteomics in three-dimensional intact specimens

A new experimental approach that combines whole tissue clearing, dia-PASEF®, and TIMS MS to analyze the spatial proteome of complex tissue structures.

Webinar in collaboration with the Polish Society of Metabolomics.
<h3>14:00 - 14:20 Benefits of Trapped Ion Mobility Spectrometry (TIMS) for Metabolomics and Lipidomics</h3>
<ul>
<li>Presenter: Dr. Stefanie Wernisch ( Business Development Manager Metabolomics/Multiomics, Bruker Daltonics Bremen, Germany)</li>
</ul>
After revolutionizing the area of proteomics, trapped ion mobility spectrometry (TIMS) is now conquering the fields of metabolomics and lipidomics. Bruker&#39;s unique timsTOF technology addresses the complexity of biological samples by adding an orthogonal dimension of separation before mass spectrometric analysis, thus reducing the complexity of MS/MS data and improving annotation confidence for untargeted analysis. The ability to determine Collisional Cross Sections (CCS) can further aid identification and outlier detection in lipidomics studies.
<h3>14:20 - 14:40 SpatialOMx® for in-depth 4D-Lipidomics™</h3>
<ul>
<li>Presenter: Dr. Janina Oetjen (Application Specialist MALDI Imaging, Bruker Daltonics Bremen, Germany)</li>
</ul>
The combined possibilities of ESI and MALDI in one instrument enables powerful SpatialOMx® applications. In short, ion mobility-based annotation can connect confident LC-TIMS-MS/MS identification with meaningful spatial information from MALDI Imaging, specifically in the field of lipidomics. Further, segmentation results based on lipid imaging can define specific regions of interest for subsequent, in-depth analysis. Thus, the information content of MALDI Imaging can be enhanced with SpatialOMx® workflows on the timsTOF fleX platform.
<h3>14:40 - 15:00 Application Round-up: 4D-Metabolomics™ and 4D-Lipidomics™</h3>
<ul>
<li>Presenter: Dr. Matthias Szesny (Application Scientist Metabolomics, Bruker Daltonics Bremen, Germany)</li>
</ul>
We will highlight the capabilities of the timsTOF platform and introduce new applications, method developments, and software solutions in the field of metabolomics and lipidomics. Those help scientists gain a faster and deeper understanding of diverse research areas such as health and disease as well as agriculture.

Bruker: Expanding the Horizons of 4D-Metabolomics and 4D-Lipidomics

Expanding the Horizons of 4D-Metabolomics and 4D-Lipidomics

Benefits of TIMS for Metabolomics and Lipidomics. SpatialOMx for in-depth 4D-Lipidomics, Application Round-up: 4D-Metabolomics and 4D-Lipidomics.

TBD
<blockquote>
Presenter: Mark Sartain, Ph.D. (LC/MS Applications Scientist, Agilent Technologies, Inc.)
</blockquote>
<blockquote>
Mark has developed a diverse array of targeted and nontargeted mass-spectrometry based metabolomics and lipidomics applications since joining Agilent in 2012, with a focus on complete hardware/software workflows. Mark began utilizing mass spectrometry in his graduate work to characterize glycoproteins, and later established a novel LC/MS strategy to comprehensively profile and identify complex lipids of Mycobacterium tuberculosis in his postdoctoral fellowship at Colorado State University. He continued designing a wide range of MS-based techniques to measure metabolites and lipids for diverse projects as a Research Scientist at the Institute of Systems Biology (Seattle, WA) prior to joining Agilent.
</blockquote>

Agilent Technologies: LC/TQ Solutions to Give Your Lab Multi-omic Biological Insights

LC/TQ Solutions to Give Your Lab Multi-omic Biological Insights

LC/TQ to Give Your Lab Multi-omic Biological Insights

TBD
<blockquote>
Presenter: Mark Sartain, Ph.D. (LC/MS Applications Scientist, Agilent Technologies, Inc.)
</blockquote>
<blockquote>
Mark has developed a diverse array of targeted and nontargeted mass-spectrometry based metabolomics and lipidomics applications since joining Agilent in 2012, with a focus on complete hardware/software workflows. Mark began utilizing mass spectrometry in his graduate work to characterize glycoproteins, and later established a novel LC/MS strategy to comprehensively profile and identify complex lipids of Mycobacterium tuberculosis in his postdoctoral fellowship at Colorado State University. He continued designing a wide range of MS-based techniques to measure metabolites and lipids for diverse projects as a Research Scientist at the Institute of Systems Biology (Seattle, WA) prior to joining Agilent.
</blockquote>

Agilent Technologies: Elucidating Cellular Metabolism with a Full Suite of Next-Generation Omics Tools

Elucidating Cellular Metabolism with a Full Suite of Next-Generation Omics Tools

Cellular Metabolism with a Next-Generation Omics Tools

Join this webinar to hear from Dr Lin Qingsong, Principle Research Fellow, Director, Protein and Proteomics Centre, National University of Singapore and be informed about up-to-date risk assessment considerations of alternative proteins.
About this webinar
Alternative proteins are gaining momentum as a viable and sustainable option to traditional animal-based proteins. In this webinar, we will focus on the applications and potential of omics in key research areas, which drive innovation and food safety in alternative proteins.
Learning points:
<ul>
<li>Be informed about up-to-date risk assessment considerations of alternative proteins</li>
<li>Understand how multi-omics can study novel foods (alternative proteins)</li>
<li>Understand how omics output can help in improving and creating new food safety guidelines to ensure safe alternative proteins for consumers</li>
</ul>
Technical highlights:
<ul>
<li>Protein extraction and proteomics digestion considerations for alternative protein samples</li>
<li>Data processing and databases for discovery proteomics in novel foods</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Dr Lin Qingsong (Principal Research Fellow (Research Associate Professor), Director, Protein and Proteomics Centre)
</blockquote>
<blockquote>
<ul>
<li>2002 PhD University of Toronto, Canada (major in Clinical Biochemistry)</li>
<li>1994 MSc Xiamen University, China (major in Enzymology)</li>
<li>1991 BSC Xiamen University, China (major in Biochemistry)</li>
</ul>
</blockquote>
<blockquote>
Proteomics and mass spectrometry, Cancer biomarker discovery and cancer biology, Chemical proteomics and drug target identification, Mechanisms of water desalination in mangrove plants and euryhaline fish, Aquaporin biomimetic membrane for water desalination and reuse.
</blockquote>

SCIEX: Omics in the rapidly developing field of alternative proteins: innovation and safety

Omics in the rapidly developing field of alternative proteins: innovation and safety

Join this webinar and be informed about up-to-date risk assessment considerations of alternative proteins.

Omics in developing field of alternative proteins

L-asparaginase (ASNase) is an enzyme-drug that is approved for the treatment of pediatric acute lymphoblastic leukemia (ALL) but is too toxic for adults. To elucidate potentially targetable mechanisms of toxicity with the ultimate goal of decreasing ASNase toxicity and extending its use to adults, we performed multi-omic profiling of the response to ASNase in adult (16-week-old) mice. We administered a range of sub-toxic and toxic doses of ASNase to healthy mice, collected whole blood samples, processed them to plasma, and used a novel sample preparation with just 20 µL mouse plasma as input. We analyzed the extracts using a multi-omic, bioanalytical LC/MS platform capable of measuring 500+ metabolites, 750+ lipids, and 375 peptides.
A Bio-LC was used with three different separations for metabolites, lipids, and peptides. A fast, sensitive, robust, 6495 LC/TQ MS system was used with comprehensive databases for pathway analysis. The results suggested that ASNase induces multi-modal cell death as evidenced by metabolite-, lipid-, and peptide/protein-level changes that occurred in a dose-dependent manner. 
Future studies will test the hypothesis that inhibiting those modes of cell death will decrease ASNase toxicity while preserving anticancer activity. Overall, our findings provide proof-of-concept that multi-omic analysis of drug mechanisms at the protein-, lipid-, and metabolite-levels can unveil toxicity-associated pathways that can be targeted to potentially improve a drug’s therapeutic index.
<blockquote>
Presenter: Ian Edwards (LC/TQ Product Manager, Agilent Technologies, Inc.)
</blockquote>
<blockquote>
Ian holds a Ph.D. from the Centre for Proteome Research at the University of Liverpool.He has spent time as a pre- and post-sales MS applications specialist focused on MS imaging and proteomics, as a field marketing manager for -omics, and as a global pharmaceutical marketing manager. Ian joined Agilent recently as LC/TQ Product Manager.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Philip Lorenzi, Ph.D. (Associate Professor, Department of Bioinformatics and Computational Biology, The University of Texas MD Anderson Cancer Center)
</blockquote>
<blockquote>
I’m an Associate Professor in the Department of Bioinformatics and Computational Biology at The University of Texas MD Anderson Cancer Center. My laboratory focuses on the development of metabolic therapies for the treatment of cancer (with an emphasis on nutrient metabolism), and I’m also Director of the Proteomics Core Facility and Director of the Metabolomics Core Facility. I’ve co-authored 71 peer-reviewed publications. I co-wrote and was Co-Investigator on a successfully completed $4.5M CPRIT Core Facility Award, managed staff and the budget, and oversaw development of bioanalytical services using current equipment and protocols that we have optimized thoroughly. We’ve developed novel mass spectrometry-based methods for: 1) increasing the accuracy of glutamine and glutamate measurements by minimizing in-source conversion to pyroglutamate; 2) normalizing data based on the DNA content of cell- and tissue-based samples; 3) measuring amino acids from as little as 2 µL of mouse plasma or whole blood; 4) detection of over 2,000 annotated metabolites and lipids per biological sample (including just 2 mg of tissue); 5) stable isotope tracer analyses in vitro and in vivo including methods for measuring energy metabolism; 6) determining the extent and position of 13C incorporation into specific amino acids; and 7) diagnosing and correcting batch effects in metabolomic data. Our multidisciplinary team provides full service contract research in a state-of-the art facility.
</blockquote>

Agilent Technologies: Multi-Omic, Mass Spectrometry-Based Elucidation of Mech. of L-asparaginase Toxicity in a Mouse Model

Multi-Omic, Mass Spectrometry-Based Elucidation of Mech. of L-asparaginase Toxicity in a Mouse Model

We analyzed the extracts using a multi-omic, bioanalytical LC/MS platform capable of measuring 500+ metabolites, 750+ lipids, and 375 peptides.

Multi-Omic, Mass Spectrometry-Based Elucidation of Mech

It’s an exciting time to be a proteomics researcher without a doubt. For years the biggest challenge has been the sheer volume of samples to be analysed. The recent launch of the Thermo Scientific™ Orbitrap™ Astral™ mass spectrometer has promised to be a true game-changer.
For the first time ever, an instrument is available which offers the capability to do high throughput studies of large cohort samples without compromising performance. Join us for this review of presentations from the recent BSPR-EuPA conference showcasing the latest innovations.
Learning points:
<ul>
<li>Latest advances in high throughput proteomics
</li>
<li>Latest advances in large cohort analysis
</li>
<li>Revolutionary instrumentation for deeper proteome coverage
</li>
</ul>
Who should attend:
<ul>
<li>Director, Managers and Researchers in Proteomics
</li>
<li>Director, Managers and Researchers in Cancer Research facilities
</li>
<li>Current users of Orbitrap technology &amp; QTOF MS analysing plasma proteins
</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Prof Michael MacCoss (Director of MacCoss Lab, University of Washington, Department of Genome Sciences)
</blockquote>
<blockquote>
Michael J MacCoss was born in western Canada to British parents, before relocating to Freehold, New Jersey where he grew up. Mike attended the University of Vermont as an undergrad, receiving a Bachelor of Arts in Chemistry. However, his passion for research only truly came to be after an internship in Dr. Patrick Griffin’s protein mass spectrometry lab at Merck Research Laboratories, and he began pursuing a path in biotechnology.
</blockquote>
<blockquote>
Eventually, Mike obtained a Ph.D. with Professor Dwight Matthews, also at the University of Vermont, and followed that with a post-doc at Scripps Research Institute with Professor John R. Yates III. In 2004 he started the MacCoss lab at the University of Washington with a major emphasis on developing robust and quantitative protein assays.
</blockquote>
<blockquote>
Over the last 14 years, Mike and his team have become leaders in the field of quantitative proteomics. The focus of his lab is the development of methods and software for generating and disseminating quantitative protein assays.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Dr. Jo Kirkpatrick (Senior Product Specilaist, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Jo has a degree in Chemistry from the University of York and a PhD in analytical chemistry from the University of Reading. Following a post-doc in mass spectrometry in the Chemistry department at Oxford, and working as an application scientist at Waters, she has worked in and ran Proteomics Core Facilities in the UK and Germany, including the EMBL in Heidelberg, the Leibniz Institute on Aging in Jena, The Francis Crick Institute in London and CRUK Cambridge.
</blockquote>
<blockquote>
After many years as an experienced Thermo customer, Jo joined the company earlier this year as a Technical Sales Specialist, supporting the whole of the UK/Ireland, Benelux and Nordic regions, in all things proteomics.
</blockquote>
<blockquote>
When she&#39;s not talking about proteomics and mass spectrometry, Jo enjoys ceroc dancing, tennis, scuba diving, travelling, and spending time with her cats, who like to join in on Teams meetings whenever she works from home.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Dr. Paul Humphrey (EMEA Senior Regional Marketing Manager, LSMS, Omics and ClinTox, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Paul has a degree in Analytical Chemistry and a PhD in Secondary Ion Mass Spectrometry from the University of Manchester.
</blockquote>
<blockquote>
He previously managed a contract analysis laboratory for several years before moving into a career in the scientific instrument manufacturing industry.
</blockquote>
<blockquote>
Initially an application chemist and product manager he moved into international scientific marketing when he joined Thermo Fisher Scientific in 1997. Since then he has worked in a variety of roles within factory, field marketing and sales office organisations. He has travelled and presented extensively and has been responsible for business in EMEA, North America and Asia/Pacific regions.
</blockquote>
<blockquote>
He lives in the UK and when not working he enjoys travelling, photography, cookery and scuba-diving.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Robert van Ling (Product Manager, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Robert started his low flow chromatography career as an intern from the Technical School in Amsterdam, The Netherlands, at LC Packings in the mid-90s.
</blockquote>
<blockquote>
Since those early years, Robert has been part of the teams introducing and supporting a wide range of our nano- and capLC products, such as the UltiMate and UltiMate 3000 nanoLC systems, PepMap and EASY-Spray columns. In recent years, he has introduced our new µPAC Neo HPLC column line, an innovative and unique approach to significantly improve the performance and reliability in low flow proteomic separations.
</blockquote>
<blockquote>
Robert still lives in the wider Amsterdam region, and when not talking low flow separations very much enjoys reading fantasy, jigsaw puzzling and listening to prog and hard rock.
 
</blockquote>

Thermo Scientific: Proteomics unleashed: exclusive insights and updates from BSPR-EuPA

Proteomics unleashed: exclusive insights and updates from BSPR-EuPA

Review of presentations from the recent BSPR-EuPA conference showcasing the latest innovations.

Exclusive insights and updates from BSPR-EuPA

Immunopeptidomics is an emerging field that combines proteomics and immunology to study the complex repertoire of peptides presented by major histocompatibility complex (MHC) molecules on the cell surface.
These MHC-bound peptides, known as immunopeptidomes, play crucial roles in immune recognition and activation, influencing various physiological and pathological processes such as immune surveillance, infectious diseases, autoimmunity, and cancer.
Join our webinar to explore recent advancements, challenges, and applications in immunopeptidomics. Discover how Evosep One accelerates discoveries, and support the understanding of immune responses and diseases.
<blockquote>
Presenter: Anthony Purcell (Professor, Purcell Lab, Monsah University)
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Nicolai Bache (Head of Applications at Evosep)
</blockquote>

Advancing Immunopeptidomics

Recent advancements, challenges, and applications in immunopeptidomics.

Immunopeptidomics is a field that combines proteomics and immunology to study the complex repertoire of peptides presented by major histocompatibility complex (MHC) molecules on the cell surface.
These MHC-bound peptides, known as immunopeptidomes, play crucial roles in immune recognition and activation, influencing various physiological and pathological processes such as immune surveillance, infectious diseases, autoimmunity, and cancer.
Join our webinar to explore recent advancements, challenges, and applications in immunopeptidomics. Discover how EvosepOne accelerates discoveries, and support the understanding of immune responses and diseases.
<h4>IMMUNOPEPTIDOMICS ON THE EVOSEP ONE – NEW LEVELS OF SAMPLE THROUGHPUT AND PRODUCTIVITY</h4>
Immunopeptidomics is the study of peptide antigens that are bound to and presented on the cell surface by molecules encoded by the Major Histocompatibility, a highly polymorphic region of the genome that encode molecules involved in immune responses. These peptides are derived from both intracellular and extracellular degradation of the parental proteins, generating a highly complex repertoire of peptide ligands, including peptides derived from pathogens, tissue specific and cancer specific antigens when relevant. In humans, human leukocyte antigen (HLA) class I and class II molecules are of particular interest for immunopeptidomic analysis. These molecules are encoded by several loci and constitute thousands different alleles that vary between individuals. Thus, immunopeptidomes are highly individualized and almost impossible to accurately predict. This predicates the empirical measurement of the complexity and diversity of immunopeptidomes using mass spectrometry. Due to the relatively small amounts of material available for analysis the use of nanoflow LC-MS for immunopeptidome analysis is critical. Here I explore the implementation of the high throughput EvoSEP one platform couples to a Bruker timsTOF Pro 2 for robust analysis of immunopeptidomes across a variety of tissues and cell lines. Using the Whisper 20SPD method data quality and depth is maintained whilst sample carryover is negligible allowing more productive use of instrument time; I highlight significant improvements in throughput with over 1500 immunopeptidomes characterised in just 3 months.
<blockquote>
Presenter: Anthony Purcell (Professor, Purcel Lab, Monsah University)
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Nicolai Bache (Head of Applications at Evosep)
</blockquote>
<h4>MAPPS: High throughput immunopeptidomics for the assessment of the immunogenic potential of protein biotherapeutics</h4>
Biologics, mostly monoclonal antibodies and recombinant proteins, are a class of drugs used to treat some particularly difficult conditions. These proteins, when recognized as non-self by the immune system, can elicit unwanted immunogenicity. One of the first steps in this cascade is the presentation of fragments of this protein by MHC complexes on antigen presenting cells, which might ultimately lead to generation of anti-drug antibodies (ADAs). These ADAs can lower the therapeutic efficiency and can lead to severe immunogenic effects. To bring safe biotherapeutics to the market it is critical to thoroughly assess the immunogenic profile of a biotherapeutic. MAPPS (MHC associated peptides proteomics) assays are the method of choice to define all potential immunogenic regions of a protein. ImmuneSpec, an advanced immunopeptidomics platform, offers MAPPS as a service. Here we show how the combination of high-throughput MHC peptide purification, fast LC using EvoSep, and high sensitive MS addresses these needs.
<blockquote>
Presenter: Kurt Boonen (Assistant Professor, Deparment of biomedical sciences, University of Antwerp)
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Nicolai Bache (Head of Applications at Evosep)
</blockquote>

Evosep: ADVANCING IMMUNOPEPTIDOMICS: LEVERAGING EVOSEP ONE FOR HIGH-THROUGHPUT ANALYSIS AND DISCOVERY

LCMS webináře se zaměřením na OMICS - strana 17

ADVANCING IMMUNOPEPTIDOMICS: LEVERAGING EVOSEP ONE FOR HIGH-THROUGHPUT ANALYSIS AND DISCOVERY