Software Platform for Glycan Quantification and Qualification by LCMS-8060/8050 - Erexim Application Suite

Význam tématu

Glykanová heterogenita proteinu hraje klíčovou roli v biologických funkcích a kvalitě bioterapeutik. Site-specific analýza glykosylace umožňuje pochopit vliv jednotlivých glykosylovacích míst na stabilitu, účinnost a imunogenicitu proteinů.

Cíle a přehled studie / článku

Tento článek představuje Erexim Application Suite, softwarovou platformu pro kvantitativní a kvalitativní analýzu N-glykanů pomocí LCMS-8060/8050. Cílem je usnadnit analýzu glykánů na úrovni peptidových míst díky připraveným metodám, automatizaci vytváření MRM metod a zpracování dat.

Použitá metodika

Analýza N-glykanů a glykopeptidů zahrnuje enzymatickou digesci trypsinem, chromatografické oddělení a MS/MS detekci s využitím Erexim profilů získaných při sériích kolizních energií (CE). MRM Method Maker generuje přechody pro cílové struktury a Data Analyzer automatizuje integraci a kombinaci více nábojových stavů pro přesnou kvantifikaci a vizualizaci.

Použitá instrumentace

• Hmotnostní spektrometr LCMS-8060/8050 s triple kvadrupólem a ultrarychlým skenováním
• Chromatografická kolona Aeris Peptide XB-C18, 2.1 × 150 mm
• Softwarové moduly Erexim Application Suite: MRM Method Maker, Profile Database Manager, Data Analyzer
• SPE kartuše Supel-Select HLB pro očistu Fc-glykosylovaných peptidů

Hlavní výsledky a diskuse

Při analýze komerčního IgG Fc-glykosylovaného peptidu bylo automaticky vygenerováno přes 20 MRM přechodů pro různé glykanové izomery. Kvantifikace odhalila hlavní zastoupení biantennárních forem s galaktozou a fukózou. Erexim profil dokázal rozlišit izomery na základě rozdílů v závislosti intenzity oxoniových iontů na kolizní energii, což potvrzuje schopnost metody objektivně definovat struktury s identickou hmotností.

Přínosy a praktické využití metody

• Zvýšení produktivity díky automatizaci návrhu MRM metod a zpracování LC/MS dat
• Detailní site-specific analýza glykánové heterogenity bez časově náročných manuálních úprav
• Vysoká kvantitativní přesnost a opakovatelnost díky robustní triple kvadrupólové detekci

Budoucí trendy a možnosti využití

Integrace rozsáhlých databází glykanových profilů a rozšíření o nové struktury umožní nepřetržitou aktualizaci metod. Implementace strojového učení pro vyhodnocení Erexim profilů zvýší míru automatizace identifikace izomerů a zrychlí výzkum glykoproteomiky.

Závěr

Erexim Application Suite nabízí komplexní řešení pro site-specific analýzu N-glykanů, spojující rychlou a přesnou instrumentaci LCMS-8060/8050 s přizpůsobitelnými softwarovými nástroji pro vysokou propustnost, spolehlivost a detailní charakterizaci glykosylace.

Reference

A. Toyama et al., Analytical Chemistry, 2012, 84, 9655–9662.