Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 mass spectrometer - Faster time to results–intelligent data acquisition and processing with applications software

Význam tématu

Multiplexní kvantifikace proteinů pomocí izobarických značek TMTpro 16plex v kombinaci s vysokorozlišovacím Orbitrap Exploris 240 MS zkracuje čas analýz a zvyšuje objem získaných dat. Rychlá cesta od vzorku k výsledkům a spolehlivá kvantifikace jsou klíčové pro velkoplošné proteomické studie v biomedicíně i průmyslu.

Cíle a přehled studie

Prezentovaná studie demonstruje výkon Orbitrap Exploris 240 MS při analýze 16 multiplexovaných vzorků označených TMTpro 16plex. Cílem bylo ukázat zvýšenou propustnost, robustnost a přesnost kvantifikace oproti tradičním workflow.

Použitá metodika a instrumentace

• Biologický model: HeLa buňky za čtyř různých podmínek, 3 technické replikáty a jeden pooled vzorek pro normalizaci
• Označení vzorků: Thermo Scientific TMTpro 16plex Label Reagent Set
• Chromatografie: Thermo Scientific EASY-nLC 1200 se 25 cm IonOpticks Aurora kolonkou, 120 min gradient, fáze A 0,1 % FA, fáze B 80 % ACN v 0,1 % FA
• Ionizace: NanoSpray Flex a EASY-Spray Source
• MS detekce: Orbitrap Exploris 240 MS s rozlišením dostatečným pro baseline rozlišení TMTpro izotopologů
• Dodatečná separace: FAIMS Pro interface (kompensační napětí -60 V a -80 V)
• Software: Proteome Discoverer 2.4 pro identifikaci, TMT kvantifikaci a statistickou analýzu (1 % FDR)

Hlavní výsledky a diskuse

• Quantifikováno přibližně 4000 proteinů napříč 16 vzorky během jediného 120min LC-MS běhu bez chybějících hodnot
• PCA analýza ukázala jasné shlukování vzorků podle genetických podmínek (PC1 pokrývá 58,2 % variance, PC2 35,8 %)
• Hierarchická shluková analýza prokázala konzistentní proteomické profily odpovídající jednotlivým experimentálním podmínkám

Přínosy a praktické využití metody

• Výrazné zkrácení doby od přípravy vzorku po výsledky díky optimalizovanému workflow
• Vysoká propustnost: až 16 vzorků v jediném běhu bez kompromisů na kvalitě dat
• Připravené šablony metod a automatizované procesy usnadňují implementaci v rutinních i výzkumných laboratořích

Budoucí trendy a možnosti využití

Metoda je perspektivní pro rozsáhlé srovnávací studie v biomedicínském výzkumu, farmacii i průmyslové QA/QC. Integrace strojového učení a pokročilých statistických algoritmů do zpracování HRAM dat dále zvýší informační výtěžnost a usnadní interpretaci komplexních proteomických datasetů.

Závěr

Orbitrap Exploris 240 MS v kombinaci s TMTpro 16plex nabízí vynikající poměr rychlosti, propustnosti a kvality kvantitativních proteomických dat. Optimalizované metody akvizice a software umožňují rychlý přechod od vzorku k hodnotným výsledkům v náročných výzkumných i průmyslových aplikacích.

Reference

Ve zdrojovém dokumentu nebyly uvedeny žádné literární reference.