Thermo Scientific™ UltiMate™ 3000 RSLCnano system with ProFlow™ technology

Význam tématu

Nano-LC-MS představuje klíčovou metodu v moderní proteomice, kde je třeba dosáhnout maximální citlivosti, přesné retence a vysoké reprodukovatelnosti při analýze komplexních biologických vzorků. Technologie ProFlow posouvá hranice nano-průtoku, zkracuje dobu předehřívání a zvyšuje stabilitu systému, což je zásadní pro rozsáhlé kohortní studie a kvantitativní aplikace.

Cíle a přehled studie / článku

Hlavním cílem bylo porovnat klasický nepřímý průtokový měřič s novou přímou technologií ProFlow v rámci systému UltiMate 3000 RSLCnano a demonstrovat její dopad na reprodukovatelnost retence, rozsah průtoku, systémovou robustnost a konečné proteomické pokrytí.

Použitá metodika a instrumentace

Bylo využito:

• Chromatografický systém Thermo Scientific UltiMate 3000 RSLCnano s přímým ProFlow průtokoměrem
• Mass spektrometr Q Exactive HF pracující v DDA režimu
• Kapilární kolony Thermo Scientific PepMap, průměr 75 μm, délky 15–75 cm
• Gradientní eluce 5–240 minut při průtocích 50–1500 nl/min

Hlavní výsledky a diskuse

ProFlow významně rozšířil rozsah průtoku na 50–1500 nl/min (oproti 50–1000 nl/min u klasiky) a umožnil provoz až do 900 bar (oproti 800 bar). Retenční čas RSD klesl pod 0,2 % a doba systémové ekvilibrace byla zkrácena na 1 hodinu. Chromatografická opakovatelnost se zdvojnásobila, což se projevilo ve vysoce překrývaných base peak chromatogramech při opakovaných injekcích plazmy. V proteomických experimentech na 75cm kolonách a 90min gradientu systém identifikoval až 31 000 peptidových skupin a více než 4 200 proteinových skupin (FDR 1 %). Optimalizace délky gradientů ukázala, že delší eluce (120–180 minut) dále zvyšuje proteomické pokrytí, zatímco krátké 5–30min gradienty umožňují vysokoprůtokové nasazení.

Přínosy a praktické využití metody

Přímá kalibrace bez nutnosti zásahu po změně rozpouštědla, biokompatibilita a rychlejší spuštění zajišťují vyšší provozní dostupnost a spolehlivost v rutinní i výzkumné laboratoři. Zlepšená přesnost retence podporuje label-free kvantifikaci, studium PTM a analýzu rozsáhlých klinických kohort.

Budoucí trendy a možnosti využití

V následujících letech lze očekávat širší nasazení dlouhých nano-LC kolon pro hlubokou proteomiku, integraci s automatizovanými workflow, rozšíření o multiplexní kvantifikační metody a využití pokročilých algoritmů strojového učení pro optimalizaci gradientů a datové interpretace.

Závěr

Technologie ProFlow v systému UltiMate 3000 RSLCnano zvyšuje flexibilitu průtoku, zkracuje dobu ekvilibrace a zdokonaluje reprodukovatelnost chromatografie. To vede k vyšší kvalitě a hloubce proteomických dat a umožňuje jak detailní „deep dive“ analýzy, tak efektivní high-throughput aplikace.

Reference

V původním textu nebyly uvedeny samostatné literární reference.