Empowering High-Throughput Proteomics Workflows with the Agilent ProteoAnalyzer System

Význam tématu

Proteomické studie se opírají o spolehlivou kontrolu kvality (QC) proteinových vzorků, která je klíčová pro získání kvalitních omických dat. Tradiční metody jako SDS-PAGE často vyžadují časově i personálně náročné postupy s omezenou citlivostí a lineárním rozsahem, což omezuje škálovatelnost a automatizaci v moderních vysokopropustných laboratořích.

Cíle a přehled studie / článku

Cílem byla demonstrace využití systému Agilent ProteoAnalyzer v provozu laboratoře Majorbio pro automatizovanou a vysoce propustnou QC proteinových vzorků. Studie porovnala tradiční SDS-PAGE workflow s novým přístupem založeným na kapilární elektroforéze a vyhodnocení vnitřních markerů.

Použitá metodika a instrumentace

Systém ProteoAnalyzer využívá kapilární elektroforézu se dvěma vnitřními markery (LM 6 kDa, UM 240 kDa) pro reprodukovatelné určení velikosti a kvantifikaci proteinů. Postup zahrnuje:

• Přípravu vzorků s označením protein broad range reagentem (Protein Broad Range P240 kit)
• Denaturaci při 85 °C a krátkou inkubaci při pokojové teplotě
• Automatické naložení 1 µl vzorku do kapilár a analýzu
• Vyhodnocení dat pomocí softwaru Agilent ProSize

Hlavní výsledky a diskuse

Porovnání s SDS-PAGE odhalilo zásadní výhody ProteoAnalyzeru: detekční limit až 1 ng/µl, širší lineární kvantifikační rozsah (tři řády), výrazné zkrácení doby analýzy (0,5–1 h oproti 4–6 h) a minimalizaci manuálních kroků. Digitální gelové obrazy a překryvy elektroferogramů pro humánní buňky ukázaly vysokou reprodukovatelnost a shodu s tradičními výsledky. Systém prokázal kompatibilitu s širokou škálou vzorků (živočišné a rostlinné tkáně, mikroorganismy, řasy) a umožnil rychlou analýzu velkých souborů (např. 92 vzorků myší jater) s jednotným objemem 1 µl a automatickým dávkováním markerů.

Přínosy a praktické využití metody

• Snížení pracovní náročnosti z dvou operátorů na jednoho
• Úspora laboratorního prostoru a eliminace potřeby digestoře či zobrazovacího zařízení
• Vysoce citlivá a široce lineární kvantifikace bez předchozího BCA měření
• Automatizovaná a kontinuální analýza batch vzorků s integrovanou správou dat
• Rychlé rozhodování o kvalitě vzorků před hmotnostní spektrometrií

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozšíření integrace ProteoAnalyzeru do laboratorních informačních systémů (LIMS) a automatizovaných workflow, včetně klinické proteomiky a farmaceutického vývoje. Další vývoj reagencií a softwarových algoritmů podpoří vyšší multiplexní možnosti a rozšíření analýz i na PTM (post-translační modifikace) a komplexní proteinové interakce.

Závěr

Agilent ProteoAnalyzer představuje efektivní a spolehlivé řešení pro QC proteinových vzorků v moderních vysokopropustných proteomických laboratořích. Automatizace, rychlost a přesnost této technologie významně zvyšují kvalitu dat a zkracují dobu potřebnou pro přípravu vzorků.

Reference

1. Agilent Protein Broad Range P240 Kit. Agilent Technologies quick guide, publication number D0031125, 2023.
2. Protein Sizing and Quantification with the Agilent ProteoAnalyzer System. Agilent Technologies technical overview, publication number 5994-6718EN, 2023.
3. Quality Analysis Using the Agilent ProteoAnalyzer System and SDS-PAGE. Agilent Technologies technical overview, publication number 5994-6934EN, 2023.