Enhanced Sensitivity and Reproducibility for HLA-Class I & II Immunopeptidomics Utilizing dia-PASEF Workflow
Postery | 2025 | Bruker | ASMSInstrumentace
Analýza immunopeptidů prostřednictvím hmotnostní spektrometrie je klíčová pro pochopení prezentace antigenů a vývoj imunoterapeutik.
DIA-PASEF kombinuje data independent acquisition s iontovou mobilitou, což nabízí vyšší citlivost, reprodukovatelnost a rychlost oproti klasickému DDA přístupu.
Cílem byla komparativní evaluace dia-PASEF oproti standardnímu dda-PASEF pro identifikaci HLA třídy I a II peptidů.
Studie porovnává výkon při různém množství buněčného vstupu (1–5 × 10^6 buněk) a různé analytické workflow (library free directDIA+ vs. library based přístup).
Vzorek: obohacení HLA-I a HLA-II peptidů z IM9 B-lymfocytární buněčné linie.
Separace a detekce:
DirectDIA+ identifikovalo až 17 000 nonamerů z 5 × 10^6 buněk, zatímco library based přístup dosáhl přibližně 18 500 precursorů a dda-PASEF kolem 15 000 nonamerů.
U HLA-II peptidů byl library based dia-PASEF výkonnější než directDIA+ (dosud neaplikováno directDIA+ pro HLA-II).
Výsledky ukazují vysokou shodu v charge state a délce peptidů mezi metodami, velmi podobné sekvenční motify a vynikající překryv identifikací napříč workflow.
Porovnání MS/MS anotací dokládá ekvivalentní kvalitu spekter mezi dda- a dia-PASEF, včetně diagnostických immoniových iontů.
dia-PASEF umožňuje rozšířit pokrytí peptidomu při nižším vzorkovém vstupu a kratších analytických cyklech.
Zvýšená reprodukovatelnost a citlivost usnadňuje aplikace ve výzkumu imunopeptidomiky a farmaceutickém vývoji.
Workflow directDIA+ zkracuje čas potřebný pro tvorbu spektrálních knihoven.
Integrace rychlých iontově mobilitních technik s pokročilými algoritmy strojového učení pro automatizované zpracování.
Rozšíření directDIA+ na HLA-II a jiné posttranslační modifikace.
Možnost aplikace ve vysoce propustných screeningových platformách a klinických studiích.
dia-PASEF na platformě timsTOF Ultra 2 nabízí významné zlepšení citlivosti a reproducibility identifikace HLA třídy I a II peptidů.
DirectDIA+ kombinuje vysokou identifikační kapacitu s výhodou library free přístupu a kratším časem analýzy.
Metoda představuje perspektivní nástroj pro immunopeptidomické studie a vývoj imunoterapeutik.
LC/MS, LC/MS/MS, LC/TOF, LC/HRMS, Iontová mobilita
ZaměřeníProteomika
VýrobceBruker
Souhrn
Význam tématu
Analýza immunopeptidů prostřednictvím hmotnostní spektrometrie je klíčová pro pochopení prezentace antigenů a vývoj imunoterapeutik.
DIA-PASEF kombinuje data independent acquisition s iontovou mobilitou, což nabízí vyšší citlivost, reprodukovatelnost a rychlost oproti klasickému DDA přístupu.
Cíle a přehled studie
Cílem byla komparativní evaluace dia-PASEF oproti standardnímu dda-PASEF pro identifikaci HLA třídy I a II peptidů.
Studie porovnává výkon při různém množství buněčného vstupu (1–5 × 10^6 buněk) a různé analytické workflow (library free directDIA+ vs. library based přístup).
Použitá metodika a instrumentace
Vzorek: obohacení HLA-I a HLA-II peptidů z IM9 B-lymfocytární buněčné linie.
Separace a detekce:
- nanoElute 2 LC systém
- Bruker timsTOF Ultra 2 se trapped ion mobility spectrometry a QTOF detektorem
- Doba gradientu: 60 min pro dda-PASEF, 45 min pro dia-PASEF
- dia-PASEF schémata optimalizována pro HLA třídu I (33 oken, m/z 100–1700, mobilita 0,68–1,7 1/K0) a třídu II (34 oken, m/z 100–1700, mobilita 0,70–1,3 1/K0)
- dda-PASEF: Bruker Proteoscape s TIMSrescore algoritmem
- Spectral library: Spectronaut 19 (Pulsar Search)
- Library free directDIA+: Spectronaut 20
Hlavní výsledky a diskuse
DirectDIA+ identifikovalo až 17 000 nonamerů z 5 × 10^6 buněk, zatímco library based přístup dosáhl přibližně 18 500 precursorů a dda-PASEF kolem 15 000 nonamerů.
U HLA-II peptidů byl library based dia-PASEF výkonnější než directDIA+ (dosud neaplikováno directDIA+ pro HLA-II).
Výsledky ukazují vysokou shodu v charge state a délce peptidů mezi metodami, velmi podobné sekvenční motify a vynikající překryv identifikací napříč workflow.
Porovnání MS/MS anotací dokládá ekvivalentní kvalitu spekter mezi dda- a dia-PASEF, včetně diagnostických immoniových iontů.
Přínosy a praktické využití metody
dia-PASEF umožňuje rozšířit pokrytí peptidomu při nižším vzorkovém vstupu a kratších analytických cyklech.
Zvýšená reprodukovatelnost a citlivost usnadňuje aplikace ve výzkumu imunopeptidomiky a farmaceutickém vývoji.
Workflow directDIA+ zkracuje čas potřebný pro tvorbu spektrálních knihoven.
Budoucí trendy a možnosti využití
Integrace rychlých iontově mobilitních technik s pokročilými algoritmy strojového učení pro automatizované zpracování.
Rozšíření directDIA+ na HLA-II a jiné posttranslační modifikace.
Možnost aplikace ve vysoce propustných screeningových platformách a klinických studiích.
Závěr
dia-PASEF na platformě timsTOF Ultra 2 nabízí významné zlepšení citlivosti a reproducibility identifikace HLA třídy I a II peptidů.
DirectDIA+ kombinuje vysokou identifikační kapacitu s výhodou library free přístupu a kratším časem analýzy.
Metoda představuje perspektivní nástroj pro immunopeptidomické studie a vývoj imunoterapeutik.
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Exploring the power of the timsTOF Ultra to investigate the HLA immunopeptidome with high sensitivity and accuracy, allowing for smaller sample sizes while maintaining a robust immunopeptidome Benoit FATOU1, Diego ASSIS1, Nicholas CHEUNG2, Darshit SHAH2, Robert SALZLER2, Matthew WILLETTS1 1…
Klíčová slova
binders, bindersdia, diapasef, pasefallele, allelecells, cellshla, hlanumber, numberpeptides, peptidesspectronaut, spectronautweak, weaktotal, totalinitial, initialtimstof, timstofstripped, strippedpercent
High throughput 4D-Proteomics – Application of dia-PASEF® and the Evosep One for short gradients
2020|Bruker|Aplikace
High throughput 4D-Proteomics – Application of dia-PASEF® and the Evosep One for short gradients The timsTOF Pro offers a combination of two unique technologies, namely a 4th dimension provided by Trapped Ion Mobility Spectrometry (TIMS) to enhance ion separation and…
Klíčová slova
pasef, pasefdia, diaevosep, evoseptimstof, timstofresource, resourcemobility, mobilityspd, spddata, dataspectronaut, spectronautprecursor, precursorbruker, brukerlibrary, libraryspecific, specifictims, timsion
dia-PASEF® applied on different gradient lengths
2020|Bruker|Technické články
dia-PASEF® applied on different gradient lengths Data Independent Acquisition (DIA) workflows have gained in popularity as they overcome the issue of stochastic selection of peptide precursors encountered in typical data-dependent approaches (DDA) and thereby promise reproducible and accurate protein identification…
Klíčová slova
pasef, pasefdia, diahela, helayeast, yeastmobility, mobilitycumulative, cumulativeprotein, proteinlibrary, librarycoverage, coveragepeptides, peptideswindows, windowsspectronaut, spectronaution, iontims, timsgroups
diaPASEF: label-free quantification of highly complex proteomes
2019|Bruker|Aplikace
diaPASEF: label-free quantification of highly complex proteomes The timsTOF Pro with diaPASEF provides reproducible and accurate qualitative and quantitative results in complex proteomics samples – making it perfectly suited for data-independent acquisition approaches. Abstract Data-independent acquisition (DIA) promises reproducible and…
Klíčová slova
hye, hyediapasef, diapasefdia, diaspectronaut, spectronauttimstof, timstofpasef, pasefproteomics, proteomicstriply, triplywindows, windowsproteomes, proteomesapproaches, approachesion, ionprotein, proteinpro, promobility
