Scaling-up low input spatial proteomics using Evosep Eno on the timsUltra AIP
Postery | 2025 | Bruker | ASMSInstrumentace
Ultra nízký vstup v prostorové proteomice vyžaduje rychlou chromatografii s vysokou citlivostí a vysoký throughput pro detailní zachycení heterogenity tkání. Optimalizace chromatografických metod a režimů datového získávání na platformě Evosep Eno a timsUltra AIP otevírá cestu k masivnímu škálování analýz FFPE vzorků.
Cílem studie bylo zavést nové standardní metody Evosep Eno pro gradientové rychlosti od 500 do 30 vzorků za den (SPD) a porovnat jejich výkon s předchozími metodami. Zaměřeno bylo na analýzu laserově mikrodisekovaných FFPE vzorků myšího jaterního a lidského tonsilního tkání s přímou DIA analýzou prostřednictvím Spectronaut 19.
Vzorky o rozměrech 8 000 až 100 000 µm² byly připraveny na proteoCHIP EVO-96, redukovány, alkylovány a hydrolyzovány LysC/trypsinem na systému cellenONE. Peptidy byly separovány na Evotips pomocí Whisper Zoom metod (120, 80, 40 a 20 SPD) a standardních metod Evosep One. Hmotnostní analýza proběhla na timsUltra AIP v režimu dia-PASEF a diagonal-PASEF. Data byla vyhodnocena v Spectronaut 19 s directDIA+ workflow.
Nové metody Evosep Eno přinesly až o 30 % více identifikovaných proteinových skupin a o 40 % více peptidů při nejrychlejším režimu 500 SPD ve srovnání s Evosep One. V HeLa modelu bylo při 250 pg náloži identifikováno více než 1 500 proteinových skupin při 500 SPD a až 8 400 skupin při 30 SPD. Analýzy myšího jater a lidského tonsilu prokázaly robustní pokrytí od 2 800 do 5 800 proteinových skupin v závislosti na SPD. PCA i korelační analýzy potvrdily jasné rozlišení buněčných domén a vysokou konzistenci dat (až 11 datových bodů na špičce, DPPP, a korelace >0,9).
Metoda umožňuje vysokopropustné zpracování FFPE vzorků s ultra nízkým vstupem, podporuje studie velkých kohort a detailní prostorové mapování proteomu. Zkracuje dobu analýzy a zvyšuje kvalitu dat v biologickém i klinickém výzkumu.
Očekává se integrace s single cell proteomics, další zrychlování gradientů, rozšíření multieluentních formátů a pokrok v algoritmech DIA analýzy. Kombinace s dalšími omickými platformami a multiplexním značením zvýší citlivost, škálovatelnost a biologický dosah studií.
Evosep Eno na platformě timsUltra AIP nabízí vysoce citlivou, rychlou a robustní platformu pro prostorovou proteomiku ultra nízkých vzorků. Nové metody 500–30 SPD dramaticky zkracují dobu analýzy při zachování excelentního pokrytí proteomu.
LC/MS, LC/MS/MS, LC/TOF, LC/HRMS, Iontová mobilita
ZaměřeníProteomika
VýrobceBruker
Souhrn
Význam tématu
Ultra nízký vstup v prostorové proteomice vyžaduje rychlou chromatografii s vysokou citlivostí a vysoký throughput pro detailní zachycení heterogenity tkání. Optimalizace chromatografických metod a režimů datového získávání na platformě Evosep Eno a timsUltra AIP otevírá cestu k masivnímu škálování analýz FFPE vzorků.
Cíle a přehled studie
Cílem studie bylo zavést nové standardní metody Evosep Eno pro gradientové rychlosti od 500 do 30 vzorků za den (SPD) a porovnat jejich výkon s předchozími metodami. Zaměřeno bylo na analýzu laserově mikrodisekovaných FFPE vzorků myšího jaterního a lidského tonsilního tkání s přímou DIA analýzou prostřednictvím Spectronaut 19.
Použitá metodika a instrumentace
Vzorky o rozměrech 8 000 až 100 000 µm² byly připraveny na proteoCHIP EVO-96, redukovány, alkylovány a hydrolyzovány LysC/trypsinem na systému cellenONE. Peptidy byly separovány na Evotips pomocí Whisper Zoom metod (120, 80, 40 a 20 SPD) a standardních metod Evosep One. Hmotnostní analýza proběhla na timsUltra AIP v režimu dia-PASEF a diagonal-PASEF. Data byla vyhodnocena v Spectronaut 19 s directDIA+ workflow.
Hlavní výsledky a diskuse
Nové metody Evosep Eno přinesly až o 30 % více identifikovaných proteinových skupin a o 40 % více peptidů při nejrychlejším režimu 500 SPD ve srovnání s Evosep One. V HeLa modelu bylo při 250 pg náloži identifikováno více než 1 500 proteinových skupin při 500 SPD a až 8 400 skupin při 30 SPD. Analýzy myšího jater a lidského tonsilu prokázaly robustní pokrytí od 2 800 do 5 800 proteinových skupin v závislosti na SPD. PCA i korelační analýzy potvrdily jasné rozlišení buněčných domén a vysokou konzistenci dat (až 11 datových bodů na špičce, DPPP, a korelace >0,9).
Přínosy a praktické využití metody
Metoda umožňuje vysokopropustné zpracování FFPE vzorků s ultra nízkým vstupem, podporuje studie velkých kohort a detailní prostorové mapování proteomu. Zkracuje dobu analýzy a zvyšuje kvalitu dat v biologickém i klinickém výzkumu.
Budoucí trendy a možnosti využití
Očekává se integrace s single cell proteomics, další zrychlování gradientů, rozšíření multieluentních formátů a pokrok v algoritmech DIA analýzy. Kombinace s dalšími omickými platformami a multiplexním značením zvýší citlivost, škálovatelnost a biologický dosah studií.
Závěr
Evosep Eno na platformě timsUltra AIP nabízí vysoce citlivou, rychlou a robustní platformu pro prostorovou proteomiku ultra nízkých vzorků. Nové metody 500–30 SPD dramaticky zkracují dobu analýzy při zachování excelentního pokrytí proteomu.
Reference
- Makhmut Anuar et al Cell Systems Volume 14 Issue 11 1002-1014.e5 2024
- Skowronek P Mann M Mol Cell Proteomics 2022 21(9):100279
- Application Note Bruker Daltonics LCMS-193 1894933 2022; LCMS-194 1895627 2022; LCMS-206 1815135 2023; LCMS-213 1901456 2023; LCMS-222 1911577 2024; LCMS-228 1914261 2024; LCMS-233 1915345 2025; LCMS-238 1918674 2025
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Ultra-high sensitivity proteomics on the timsTOF SCP
2021|Bruker|Aplikace
Ultra-high sensitivity proteomics on the timsTOF SCP The sensitivity of the mass spectrometer plays a crucial role in analyzing low input samples and single cell proteomics. Abstract The timsTOF Pro platform, introduced in 2017, already featured a sensitivity boost from…
Klíčová slova
scp, scptimstof, timstofevosep, evoseppeptide, peptideion, ionwhisper, whisperloads, loadsmimicking, mimickingcell, cellresulting, resultingbeam, beamproteomics, proteomicsnanogram, nanogramsingle, singleoptic
High throughput 4D-Proteomics – Application of dia-PASEF® and the Evosep One for short gradients
2020|Bruker|Aplikace
High throughput 4D-Proteomics – Application of dia-PASEF® and the Evosep One for short gradients The timsTOF Pro offers a combination of two unique technologies, namely a 4th dimension provided by Trapped Ion Mobility Spectrometry (TIMS) to enhance ion separation and…
Klíčová slova
pasef, pasefdia, diaevosep, evoseptimstof, timstofresource, resourcemobility, mobilityspd, spddata, dataspectronaut, spectronautprecursor, precursorbruker, brukerlibrary, libraryspecific, specifictims, timsion
Pushing the boundaries for robust and high-throughput single cell analysis with Whisper Flow Technology powered by dia-PASEF
2023|Bruker|Postery
Pushing the boundaries for robust and high-throughput single cell analysis with Whisper Flow Technology powered by dia-PASEF Dorte B. Bekker-Jensen , Christoph Krisp², David Hartlmayr³, Anjali Seth³, Ole B. Hørning¹, Magnus Huusfeldt¹, Andreia Almeida⁴, Markus Lubeck², Gary Kruppa⁵, Jarrod Sandow⁴…
Klíčová slova
chip, chipgroups, groupscellenone, cellenonetransfer, transferevotips, evotipsprecursors, precursorssorted, sortedprotein, proteinhela, helapipette, pipettecalamari, calamariprotoype, protoypeseamless, seamlessrobust, robustproteochip
Enabling scalable single-cell proteomics by utilizing the unique analytical properties of the Evotip Pure with new Whisper Zoom methods
2024|Evosep|Postery
Enabling scalable single-cell proteomics by utilizing the unique analytical properties of the Evotip Pure with new Whisper Zoom methods Frederik Haugaard Vrdlovec Holck¹, David Hartlmayr , Anjali Seth , Danté Johnson , Ole B. Hørning¹, Dorte B. Bekker-Jensen¹, Nicolai Bache¹…
Klíčová slova
whisper, whisperevotip, evotipddm, ddmzoom, zoomspd, spdhela, helaprecursor, precursorsummed, summedscalable, scalableload, loadprecursors, precursorsintensity, intensityblank, blankpure, purescalability
