Analysis of Synthetic DNA

Význam tématu

Analýza syntetických oligonukleotidů je zásadní pro farmaceutický výzkum a vývoj, kde je klíčové ověření čistoty, integrity a správné sekvence DNA. Reverzně-fázová LC-MS technologie umožňuje citlivou detekci a charakterizaci těchto molekul, což přispívá k rychlé a spolehlivé kontrole kvality a podpůrnému vývoji nových terapeutických oligonukleotidů.

Cíle a přehled studie

Cílem studie je demonstrovat efektivitu a opakovatelnost reverzně-fázové LC-MS metody pro separaci a identifikaci syntetických DNA fragmentů. K tomu byla využita kolona Shim-pack Scepter Claris C18-120 v kombinaci s chromatografickým systémem Nexera XS inert a hmotnostním spektrometrem LCMS-2050.

Použitá metodika a instrumentace

• HPLC systém: Nexera XS inert
• Kolona: Shim-pack Scepter Claris C18-120, 100 mm × 2,1 mm I.D., částice 1,9 µm
• Mobilní fáze A: 95,4 mM HFIP a 7,1 mM TEA ve vodě
• Mobilní fáze B: 95,4 mM HFIP a 7,1 mM TEA v methanolu
• Gradient: 5 % B (0–2 min) → 35 % B (15 min) → 80 % B (16–17 min) → 5 % B (18–25 min)
• Teplota kolony: 50 °C
• Objem injekce: 2,33 µL (10 pmol)
• Detekce PDA: 200–400 nm
• MS: LCMS-2050, ionizace ESI/APCI (DUIS), negativní mód, scan m/z 600–2000
• Rozprášovací plyn: N₂ 2,0 L/min; sušící plyn: N₂ 5,0 L/min; vyhřívací plyn: N₂ 7,0 L/min
• Teplota DL: 200 °C; desolvační teplota: 450 °C; napětí rozhraní: −2,0 kV

Hlavní výsledky a diskuse

• Metoda dosahuje vysokého rozlišení a reprodukovatelných retenčních časů oligonukleotidů.
• Umožňuje spolehlivou detekci cílových fragmentů i nežádoucích vedlejších produktů.
• Citlivost metody v nízkých pmol úrovních zajišťuje kvantifikaci s dobrou přesností.
• Doba analýzy cca 25 minut optimalizuje propustnost vzorků v rutinní kontrole kvality.

Přínosy a praktické využití metody

• Rychlá a citlivá analýza syntetické DNA pro vývoj oligonukleotidových léčiv.
• Flexibilní použití pro různé délky a chemické modifikace oligonukleotidů.
• Jednoduchá příprava vzorku a vynikající reprodukovatelnost výsledků.

Budoucí trendy a možnosti využití

• Integrace ultravysoce výkonné LC (UHPLC) s vysoko-rozlišujícím MS pro detailní charakterizaci sekvencí a modifikací.
• Automatizace procesů a high-throughput platformy pro vysoce propustnou rutinní analýzu.
• Vývoj pokročilých softwarových nástrojů pro rychlou interpretaci hmotnostních spekter oligonukleotidů.

Závěr

Reverzně-fázová LC-MS metoda s kolónou Shim-pack Scepter Claris C18-120 a hmotnostním spektrometrem LCMS-2050 nabízí robustní, citlivý a vysoce reprodukovatelný postup pro analýzu syntetických oligonukleotidů, což významně podporuje vývoj a kontrolu kvality farmaceutických DNA produktů.

Reference

• Application News 01-00662 (JP, ENG)