ExD AQ-25x Option for Agilent LC/Q-TOF - Quick Start Guide

Význam tématu

ExD AQ-25x Option umožňuje aplikaci elektronové fragmentace (ECD) na LC/Q-TOF platformách, čímž rozšiřuje analytické možnosti v top-down proteomice, lokalizaci post-translačních modifikací a detailní charakterizaci biomolekul.

Cíle a přehled průvodce

Rychlý úvod do základního nastavení a ovládání ExD AQ-25x Option pomocí softwarů MassHunter Acquisition a ExDControl v nejpoužívanějších verzích. Obsahuje doporučené postupy pro každodenní provoz, profilování ExD buněk a optimalizaci signálu.

Použitá instrumentace

• Agilent 6500 LC/Q-TOF vybavený ExD AQ-25x Option
• MassHunter Acquisition verze 11
• ExDControl verze 3.6
• Standardní tune směsi Tunemix a polypeptid Substance P

Použitá metodika

• Správa ExD buněk v ExDControl: tvorba a přepínání profilů pro MS1 (Total Ion) a MS2 (Isolation)
• Autotuning voltů na elektrostatických čočkách (L1, L2, L4, L6, L7), permanentně polarizovaných magnetech (LM3, LM5) a filamentu (FB)
• Postupy ladění pro režimy přenosu iontů (MS1, MS2) a ECD fragmentaci
• Spolupráce ExDControl a MassHunter pro tunery systému (TOF, kvadrupól) a jemné dolaďování filamentového proudu

Hlavní výsledky a diskuse

Popis iterativního ladění profilu MS1 pro optimální přenos, následné nastavení MS2 pro přenos po izolaci a specifický tuning pro ECD se Substance P. Diskuse o dopadu filamentového proudu a autotune metod (Coarse, Fine, Refine, Extended) na signálovou intenzitu a reprodukovatelnost výsledků.

Přínosy a praktické využití metody

Metoda poskytuje vysokou účinnost ECD fragmentace i při nízkých abundancích iontů, zlepšuje prostorové mapování disulfidických můstků a post-translačních modifikací. Díky automatizovanému ladění lze zkrátit čas přípravy analýzy a zvýšit reproducibilitu mezi experimenty.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozšíření automatizace ladění profilů řízené strojovým učením, integrace ExDOption s dalšími hyphenovanými technikami (např. ion mobility) a vývoj pokročilých algoritmů pro analýzu komplexních ECD spekter. Potenciál v oblasti metabolomiky, glykomiky a studia proteinových komplexů.

Závěr

ExD AQ-25x Option v kombinaci s MassHunter Acquisition a ExDControl nabízí robustní workflow pro elektronovou fragmentaci na Q-TOF přístrojích. Správné nastavení profilů, pravidelné ladění a dodržování best practices zajišťují vysokou kvalitu dat a efektivní provoz v rutinní i výzkumné analytické praxi.

Reference

• ExD AQ-25x Option User Guide
• ExDControl Software User Guide
• Application Note: Top-down Disulfide Mapping, Revision R001, July 2021
• Application Note: Modification Localization, Revision R002, May 2022
• J. S. Beckman et al., J. Am. Soc. Mass Spectrom., Apr. 2021, doi:10.1021/jasms.0c00482