An Ultra High-throughput Plasma Protein Profiling (uHTPPP) Workflow Using a Modified Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer
Postery | 2020 | Thermo Fisher Scientific | ASMSInstrumentace
Analýza plazmatických proteinů je klíčová pro objev biomarkerů a sledování onemocnění. Vysoká variabilita a široký dynamický rozsah plazmatického proteomu však představují výzvu. Standardizovaný a vysoce propustný přístup významně zrychluje zpracování vzorků a zvyšuje reprodukovatelnost výsledků, což je zásadní pro studie na velkých kohortách.
Cílem bylo vyvinout a validovat workflow uHTPPP (ultra High-throughput Plasma Protein Profiling) kombinující automatizaci přípravy vzorků, vysokopropustnou chromatografii a nový Orbitrap Exploris 240 MS k rychlé a spolehlivé analýze plasmatických proteinů pro translaciální výzkum.
Workflow zahrnovalo:
Standardizované uHTPPP řešení prokázalo:
Workflow nabízí:
Rozvoj uHTPPP naznačuje:
uHTPPP na Orbitrap Exploris 240 představuje vysoce propustné a reprodukovatelné řešení pro analýzu plazmatických proteinů. Automatizovaná příprava, robustní LC-MS instrumentace a pokročilá datová analýza zajišťují konzistentní výsledky potřebné pro translaciální výzkum a objev biomarkerů.
Thermo Fisher Scientific: An Ultra High-throughput Plasma Protein Profiling Workflow Using a Modified Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer, 2020.
LC/HRMS, LC/MS, LC/MS/MS, LC/Orbitrap
ZaměřeníProteomika
VýrobceThermo Fisher Scientific
Souhrn
Význam tématu
Analýza plazmatických proteinů je klíčová pro objev biomarkerů a sledování onemocnění. Vysoká variabilita a široký dynamický rozsah plazmatického proteomu však představují výzvu. Standardizovaný a vysoce propustný přístup významně zrychluje zpracování vzorků a zvyšuje reprodukovatelnost výsledků, což je zásadní pro studie na velkých kohortách.
Cíle a přehled studie / článku
Cílem bylo vyvinout a validovat workflow uHTPPP (ultra High-throughput Plasma Protein Profiling) kombinující automatizaci přípravy vzorků, vysokopropustnou chromatografii a nový Orbitrap Exploris 240 MS k rychlé a spolehlivé analýze plasmatických proteinů pro translaciální výzkum.
Použitá metodika a instrumentace
Workflow zahrnovalo:
- Automatizovanou přípravu vzorků pomocí EasyPep™ 96 well kit a Hamilton STARLet robotu.
- Depleci abundatních proteinů (Top14) z plicního séra.
- Vysoce propustnou kromatografii s EvoSep One LC a EASY-Spray ES806A kolonkou (150 µm × 15 cm) s integrovaným topným emitorovým systémem.
- Analýzu na Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 MS v módu DDA.
- Datovou analýzu v Proteome Discoverer™ 2.5 s využitím spektrální knihovny a feature mappingu.
Hlavní výsledky a diskuse
Standardizované uHTPPP řešení prokázalo:
- Reprodukovatelnost přípravy vzorků s CV < 10 % (příprava) a < 5 % (detekce proteinů).
- Stabilní hmotnostní přesnost orbitrapu pod 5 ppm po 5 dnech kontinuálního provozu.
- Méně než 6 % CV pro retenční časy u PRTC standardu.
- Detekci více než 500 proteinů z Top14 depleovaného séra s > 60 % proteinů kvantifikovaných při CV < 20 %.
- Významný průtok 30–60 vzorků/den při 21–44min gradientu bez ztráty citlivosti.
Přínosy a praktické využití metody
Workflow nabízí:
- Rychlou a robustní přípravu stovek vzorků denně s minimem manuálních kroků.
- Vysokou přesnost a konzistenci kvantifikace pro biomarkerovou studii.
- Škálovatelnost pro velké kohorty a celochromatografickou stabilitu díky integrovanému ohřevu kolonky.
Budoucí trendy a možnosti využití
Rozvoj uHTPPP naznačuje:
- Další zkrácení gradientů s cílem zvýšit propustnost bez kompromisů v kvalitě dat.
- Integraci umělé inteligence pro automatizovanou interpretaci výsledků a prediktivní biologie.
- Rozšíření platformy o cílené MRM metody pro validaci biomarkerů.
Závěr
uHTPPP na Orbitrap Exploris 240 představuje vysoce propustné a reprodukovatelné řešení pro analýzu plazmatických proteinů. Automatizovaná příprava, robustní LC-MS instrumentace a pokročilá datová analýza zajišťují konzistentní výsledky potřebné pro translaciální výzkum a objev biomarkerů.
Reference
Thermo Fisher Scientific: An Ultra High-throughput Plasma Protein Profiling Workflow Using a Modified Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer, 2020.
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Thermo Scientific™ Orbitrap Exploris™ 240 mass spectrometer - Plasma profiling–reliable large cohort analysis with a fully automated workflow
2020|Thermo Fisher Scientific|Technické články
Proof of performance Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer Plasma profiling–reliable large cohort analysis with a fully automated workflow Summary Here we present an Ultra-High Throughout Plasma Protein Profiling (uHTPPP) workflow (Figure 1), from automated sample preparation to high-resolution, accurate-mass (HRAM)…
Klíčová slova
evosep, evosepexploris, explorisorbitrap, orbitrapone, oneuhtppp, uhtpppworkflow, workflowpeptide, peptidecohort, cohortsample, sampleautomated, automatedprotien, protienstarlet, starletprep, prepdipvpkpk, dipvpkpklsseapalfqfdlk
A robust mass spectrometer for precision medicine – the Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer for large-scale plasma protein profiling
2021|Thermo Fisher Scientific|Aplikace
APPLICATION NOTE 65952 A robust mass spectrometer for precision medicine – the Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer for large-scale plasma protein profiling Authors: Michelle L Dubuke1, Sitara Chauhan1, Sarah Trusiak1, and Emily I. Chen1 1 Thermo Fisher Scientific Precision Medicine…
Klíčová slova
evosep, evosepprotein, proteinplasma, plasmagroups, groupsprofiling, profilingworkflow, workflowproteins, proteinsorbitrap, orbitrapswissprot, swissprotserum, serumfasta, fastahuman, humansolution, solutionweeks, weeksthermo
Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer delivers significantly increased lab productivity and reproducibility of human plasma proteome profiling from large human cohort studies
2021|Thermo Fisher Scientific|Ostatní
CASE STUDY 66002 Orbitrap Exploris 240 mass spectrometer delivers significantly increased lab productivity and reproducibility of human plasma proteome profiling from large human cohort studies “For large clinical cohort studies where hundreds of plasma samples are to be analyzed, a…
Klíčová slova
plasma, plasmauncg, uncggreensboro, greensborocarolina, carolinapmsc, pmscuhtppp, uhtppphundreds, hundredssamples, sampleshuman, humanprofiling, profilingcohort, cohortbiomedical, biomedicalreproducibility, reproducibilitylaboratory, laboratorynorth
Sampling the human population – ultra-high- throughput plasma protein profiling (uHTPPP) sample preparation for translational proteomics
2020|Thermo Fisher Scientific|Aplikace
APPLICATION NOTE 65727 Sampling the human population – ultra-highthroughput plasma protein profiling (uHTPPP) sample preparation for translational proteomics Authors: Sarah Trusiak,1 Sergei Snovida,2 Bhavin Patel,2 Ryan Bomgarden,2 Emily I. Chen,1 1 Thermo Fisher Scientific Precision Medicine Science Center, Cambridge, MA,…
Klíčová slova
uhtppp, uhtppppeptide, peptideserum, serumhamilton, hamiltoneasypep, easypepworkflow, workflowplate, platerecovery, recoveryspin, spinthermo, thermoscript, scriptplasma, plasmapipetting, pipettingsample, samplepooled
