Comprehending COVID-19: Distinct Identification of the SARS-CoV-2 Delta Variant Using the SARS-CoV-2 LC-MS Kit (RUO)

Význam tématu

Pandemie COVID-19 neustále podléhá genetickým mutacím, přičemž varianta Delta (B.1.617.2) dosáhla globální dominance během roku 2021. Precizní detekce a rozlišování nových mutací je zásadní pro efektivní sledování epidemiologického vývoje a validaci analytických metod.

Cíle a přehled studie

Cílem studie bylo prokázat, že SARS-CoV-2 LC-MS Kit (RUO) umožňuje zachycení a kvantifikaci signálních tryptických peptidů z nukleokapsidového proteinu (NCAP) varianty Delta a jejich selektivní odlišení od peptidů divokého typu prostřednictvím chromatografického rozlišení a monitorování MRM přechodů.

Použitá metodika a instrumentace

Protokol zahrnoval denaturaci, tryptickou digesci, obohacení peptidů pomocí techniky SISCAPA a následnou analýzu na ACQUITY UPLC I-Class spojeném s triplovým kvadrupólem Xevo TQ-XS. Data pro návrh specifických MRM přechodů byla připravena v softwaru Skyline. Syntetické peptidy představující variantní sekvence (D377Y, R385K, D377Y/R385K) byly přidány do virového transportního média.

Hlavní výsledky a diskuse

Chromatografické rozlišení zajišťuje odlišení peptidů AYETQALPQR (D377Y), ADETQALPQK (R385K) a AYETQALPQK (D377Y/R385K) od divokého typu ADETQALPQR, přičemž pro variantní sekvence byly identifikovány specifické MRM přechody. Dvojitá mutace vykazuje sníženou analytickou citlivost, přesto je dosažena konzistentní detekce při koncentracích ≥10 amol/µl s relativní reprodutibilitou (RSD ≤8,9 %).

Přínosy a praktické využití metody

Metoda poskytuje robustní platformu pro přímou analýzu NCAP peptidů varianty Delta ve výzkumných i kontrolních laboratořích, umožňuje adaptivní sledování nově vznikajících mutací a podporuje vývoj cílených diagnostických nástrojů.

Budoucí trendy a možnosti využití

• Rozšíření monitorování dalších aktuálních a emergentních variant SARS-CoV-2
• Multiplexní analýzy pro souběžné sledování více peptidových biomarkerů
• Integrace s vysoce propustnými screeningovými platformami pro rychlejší odezvu
• Využití dat pro digitální epidemiologii a modelování šíření infekce

Závěr

Výsledky potvrzují, že SARS-CoV-2 LC-MS Kit (RUO) umožňuje citlivou a selektivní detekci NCAP peptidů varianty Delta a jejich odlišení od divokého typu, čímž se metoda stává cenným nástrojem pro klinický výzkum a sledování vývoje viru.

Reference

1. Foley D, Wardle R, Ferries S, Pattison R, Warren J, Calton L. Advancing Research with the SARS-CoV-2 LC-MS Kit (RUO). Waters Application Note 720007266, May 2021.
2. GISAID database. Dostupné z https://www.gisaid.org/hcov19-variants/.