Analysis of Glycopeptides in Protein Digests by LC/HDMSE
Technické články | 2011 | WatersInstrumentace
Glykozylace patří mezi klíčové posttranslační modifikace proteinů, ovlivňuje jejich stabilitu, funkci i biologickou distribuci. Precizní charakterizace a oddělení glykosidovaných peptidů od nativních peptidů je nezbytná pro biomedicínský výzkum, diagnostiku nádorových markerů a kontrolu kvality biotechnologických léčiv.
Hlavním cílem studie bylo ověřit, zda lze díky rozdílům v kolizních průřezech glykosidovaných a nemodifikovaných peptidů dosáhnout jejich selektivní separace v rámci LC/HDMSE analýzy. Modelovým systémem byl trypticky štěpený digest bovinního fetuinu a směs digestu E. coli s přidaným fetuinem.
Pro přípravu vzorku:
Data ukázala odlišné trendové linie MH+/driftového času pro nabité typické peptidy (1+, 2+, 3+) a glykosidované peptidy (4+). Glykosidované peptidy vykazují kratší driftové časy než nemodifikované peptidy stejné hmotnosti, což odráží jejich kompaktnější, větvenou strukturu. Tato segregace byla potvrzena i v komplexní směsi digestu E. coli s fetuinem.
LC/HDMSE přináší cílenou separaci a charakterizaci glykosidovaných peptidů ve složitých proteomických maticích bez potřeby izolace. Metoda je vhodná pro QC biofarmaceutik, biomarkerovou identifikaci a hlubokou glykoproteomickou analýzu.
Přístup lze rozšířit o integraci s pokročilou datovou analýzou a strojovým učením pro automatizované rozpoznávání glykosidovaných vzorců. Vysoká propustnost a kombinace s dalšími separačními technikami otevírá cestu k podrobné mapě glykoproteomů a klinicky orientovaným aplikacím.
HDMSE s iontovou mobilitou efektivně rozlišuje glykosidované peptidy ve složitých digestech díky odlišnému koliznímu průřezu. Metoda představuje cenný nástroj pro proteomickou charakterizaci glykosylace a zajištění kvality bioterapeutik.
LC/TOF, LC/HRMS, LC/MS, LC/MS/MS
ZaměřeníProteomika
VýrobceWaters
Souhrn
Význam tématu
Glykozylace patří mezi klíčové posttranslační modifikace proteinů, ovlivňuje jejich stabilitu, funkci i biologickou distribuci. Precizní charakterizace a oddělení glykosidovaných peptidů od nativních peptidů je nezbytná pro biomedicínský výzkum, diagnostiku nádorových markerů a kontrolu kvality biotechnologických léčiv.
Cíle a přehled studie
Hlavním cílem studie bylo ověřit, zda lze díky rozdílům v kolizních průřezech glykosidovaných a nemodifikovaných peptidů dosáhnout jejich selektivní separace v rámci LC/HDMSE analýzy. Modelovým systémem byl trypticky štěpený digest bovinního fetuinu a směs digestu E. coli s přidaným fetuinem.
Použitá metodika a instrumentace
Pro přípravu vzorku:
- Redukce a alkylační ošetření proteinu, štěpení trypsinem za přítomnosti surfaktantu RapiGest.
- Separace nanoLC pomocí nanoACQUITY UPLC s lineárním gradientem acetonitrilu.
- Detekce pomocí HDMSE na SYNAPT G2 Mass Spectrometru: kombinace nízké a vysoké kolizní energie s iontovou mobilitou.
- Analýza dat v DriftScope (driftové časy) a ProteinLynx Global SERVER s vizualizací v Spotfire DecisionSite.
Hlavní výsledky a diskuse
Data ukázala odlišné trendové linie MH+/driftového času pro nabité typické peptidy (1+, 2+, 3+) a glykosidované peptidy (4+). Glykosidované peptidy vykazují kratší driftové časy než nemodifikované peptidy stejné hmotnosti, což odráží jejich kompaktnější, větvenou strukturu. Tato segregace byla potvrzena i v komplexní směsi digestu E. coli s fetuinem.
Přínosy a praktické využití metody
LC/HDMSE přináší cílenou separaci a charakterizaci glykosidovaných peptidů ve složitých proteomických maticích bez potřeby izolace. Metoda je vhodná pro QC biofarmaceutik, biomarkerovou identifikaci a hlubokou glykoproteomickou analýzu.
Budoucí trendy a možnosti využití
Přístup lze rozšířit o integraci s pokročilou datovou analýzou a strojovým učením pro automatizované rozpoznávání glykosidovaných vzorců. Vysoká propustnost a kombinace s dalšími separačními technikami otevírá cestu k podrobné mapě glykoproteomů a klinicky orientovaným aplikacím.
Závěr
HDMSE s iontovou mobilitou efektivně rozlišuje glykosidované peptidy ve složitých digestech díky odlišnému koliznímu průřezu. Metoda představuje cenný nástroj pro proteomickou charakterizaci glykosylace a zajištění kvality bioterapeutik.
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Structural Analysis of an O-Glycopeptide Derived from Recombinant Erythropoiet in by SYNAPT High Definit ion Mass Spectrometry (HDMS)
2009|Waters|Aplikace
S t r u c t u r a l A n a lys i s o f a n O - G lyc o p e p t i d e D e r i v e d f…
Klíčová slova
pep, pepglycosylation, glycosylationglycans, glycanswave, wavefragmentation, fragmentationcollision, collisionhdms, hdmssynapt, synaptglycopeptide, glycopeptideglycan, glycanhexnac, hexnacsite, sitedrift, driftaligned, alignedions
Application Solutions for Biopharmaceuticals - A Focus on Protein Therapeutics
2012|Waters|Příručky
ApplicAtion SolutionS for BiophArmAceuticAlS A Focus on Protein Therapeutics Introduction: Key Challenges in Biopharmaceutical Characterization .............................................................................................5 7 PROTEIN mass aNalysIs comprehensive and routine characterization of proteins and peptides by lc/mS and lc/mS e ...............................................................9 characterization of an igG1 monoclonal Antibody…
Klíčová slova
uplc, uplcpeptide, peptideprotein, proteinwaters, watersacquity, acquityglycan, glycanantibody, antibodymass, massglycans, glycanspeptides, peptidessystem, systemanalysis, analysismapping, mappingintact, intactbiopharmalynx
UTILISATION OF CYCLIC ION MOBILITY WITH MULTIPLE PASS ACQUISITION FOR THE ANALYSIS OF GLYCOPEPTIDES AND GLYCOFORMS ASSOCIATED WITH SARS-COV-2
2021|Waters|Postery
UTILISATION OF CYCLIC ION MOBILITY WITH MULTIPLE PASS ACQUISITION FOR THE ANALYSIS OF GLYCOPEPTIDES AND GLYCOFORMS ASSOCIATED WITH SARS-COV-2 Christopher J. Hughes1, Lee A Gethings1, Robert S. Plumb2 1 Waters Corporation, Wilmslow, United Kingdom; 2Waters Corporation, Milford, MA INTRODUCTION …
Klíčová slova
pep, peppass, passglycoforms, glycoformstic, ticcyclic, cyclictqsllivnnatnvvik, tqsllivnnatnvvikglycosylation, glycosylationimmune, immuneims, imsprotein, proteinhdmse, hdmseglycopeptide, glycopeptidedifferentiation, differentiationbmax, bmaxsdgptlys
Enhanced Glycopeptide Identification Using the SYNAPT XS Q-ToF with Ion Mobility Enabled Wideband Enhancement
2020|Waters|Aplikace
[ TECHNOLOGY BRIEF ] Enhanced Glycopeptide Identification Using the SYNAPT XS Q-ToF with Ion Mobility Enabled Wideband Enhancement Christopher J. Hughes,¹ Sakari Joenväärä,² Robert S. Plumb,³ Lee A. Gethings,¹ and Risto Renkonen⁴ ¹Waters Corporation, Wilmslow, UK; ²Haartman Institute, University of…
Klíčová slova
wideband, widebandenhancement, enhancementsynapt, synaptsingly, singlymobility, mobilitycharged, chargedglycopeptide, glycopeptidebrief, briefions, ionsglycopeptides, glycopeptidesobserved, observedenabled, enabledtof, toftechnology, technologyion
