Ústav je přímým pokračovatelem Státního ústavu hydrologického, založeného v roce 1919.Ve své současné organizační podobě byl zřízen Ministerstvem životního prostředí opatřenímč. 12/06 ze dne 12. 12. 2006 o vydání zřizovací listiny veřejné výzkumné instituce, a to od 1. 1. 2007.

Zaměření ústavu:

Účel, ke kterému je VÚV TGM, v. v. i., zřízen, zahrnuje:

• výzkum stavu, užívání a změn vodních ekosystémů a jejich vazeb v krajiněa souvisejících environmentálních rizik, hospodaření s odpady,
• odbornou podporu ochrany vod, protipovodňové prevence a hospodařenís odpady, založenou na uvedeném výzkumu.

Jeho hlavní působnost se soustřeďuje na výzkumnou, koncepční, odbornou a metodickou činnost,včetně vytváření a provozování informačních systémů, v oblasti ochrany jakosti a množství povrchovýcha podzemních vod a jejich užívání v technických, ekonomických a ostatních souvislostech a ve vzájemnýchinterakcích. Jde o objektivní odbornou službu poskytovanou přednostně pro veřejnou správu zejména podle vodního zákona a pro tvorbu a uplatňování státní politiky v oblasti vod. Mezi aktivity ústavu patří i výzkumná, odborná a metodická činnost a podpora informačních subsystémů pro výkon státní správy v oblastech nakládání s odpady a integrovaného přístupu k prevenci znečištění životního prostředí.

Součástí činnosti ústavu je publikační činnost, která má ve VÚV TGM, v. v. i., dlouhou tradici.První publikaci s hydrologickou tematikou vydal již v roce 1926. V současné době je ústav vydavatelemodborného dvouměsíčníku Vodohospodářské technicko-ekonomické informace/VTEI (ISSN 0322-8916a ISSN 1805-6555 – on-line) a vydává i odborné recenzované publikace, pro které jsou zřízeny ediční řadyPráce a studie (ISSN 1211-3727), Výzkum pro praxi (ISSN 1211-3751) a Sborník prací VÚV TGM (ISSN 1802-4742).