<h4><strong>2. výroční mezinárodní konference NETPHARM: Od špičkového vybavení k excelentním výsledkům v polovině cesty projektu</strong></h4><p>Ve dnech 15.–16. dubna 2026 se v Kudowa-Zdróji, Polsku, uskutečnil druhý ročník mezinárodní výroční konference projektu „Nové technologie pro translační výzkum ve farmaceutických vědách“ (NETPHARM). Setkání, kterého se zúčastnilo více než 100 vědeckých pracovníků, potvrdilo, že po dvou letech realizace projekt úspěšně plní své ambiciózní cíle v oblasti propojování základního výzkumu s klinickou praxí.</p><p><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_2_vyrocni_mezinarodni_konference_NETPHARM_2_43bd581d3d.jpg" alt="Mgr. Martina Kopecká Jurčeková: 2. výroční mezinárodní konference NETPHARM" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_2_vyrocni_mezinarodni_konference_NETPHARM_2_43bd581d3d.jpg 234w," sizes="100vw" width="1200" height="800"></p><h4><strong>Vědecká excelence a mezinárodní přesah</strong></h4><p>Odborný program konference se zaměřil na pokroky v pěti klíčových výzkumných záměrech (VZ1–VZ5), přičemž vedoucí jednotlivých sekcí prezentovali dosažené milníky, vědecké výsledky a synergie svých týmů za uplynulý rok. Za oblast farmaceutické a analytické chemie (VZ1) vystoupila <strong>prof. Kateřina Vávrová</strong>, zatímco pokroky ve farmakologii a toxikologii (VZ2) shrnul <strong>prof. František Štaud</strong>. <strong>Prof. Martin Hrubý </strong>prezentoval výsledky v oblasti nových systémů pro doručování léčiv a formulací (VZ3) a <strong>doc. Daniela Fialová</strong> (VZ4) představila v rámci geriatrické klinické farmacie výzkumné práce zaměřené na systematické přehledy literatury, algoritmy individualizované farmakoterapie a pilotní depreskribční intervence. Hodnocení aktivit v oblasti pokročilých in vitro a in silico přístupů ve vývoji léčiv (VZ5) přednesl <strong>doc. Tomáš Smutný</strong>. Mezi hlavními řečníky vystoupili se svými plenárními přednáškami například <strong>prof. Martin Hrubý </strong>s příspěvkem o stimul-citlivých polymerech pro biomedicínské aplikace nebo <strong>prof. František Švec</strong>, který se věnoval otázce využití monolitů v superkritické fluidní chromatografii pro separaci velkých biologicky aktivních molekul.</p><p><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_2_vyrocni_mezinarodni_konference_NETPHARM_prof_Frantisek_Svec_0b7cb8a321.jpg" alt="Mgr. Martina Kopecká Jurčeková: 2. výroční mezinárodní konference NETPHARM - prof. František Švec" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_2_vyrocni_mezinarodni_konference_NETPHARM_prof_Frantisek_Svec_0b7cb8a321.jpg 234w," sizes="100vw" width="1200" height="800"></p><p>Významným přínosem byla účast členů <strong>Mezinárodní vědecké rady (ISAB) </strong>pod vedením <strong>prof. Marii da Conceição</strong> z univerzity v Portu. V rámci zvaných přednášek představili tito uznávaní odborníci nejnovější světové trendy: <strong>prof. Kevin A. Schug</strong> (University of Texas at Arlington) se věnoval charakterizaci pokročilých lékových forem, <strong>prof. Igor Lacík</strong> (Slovenská akademie věd) hovořil o využití polymerů v léčbě diabetu, <strong>prof. Søren Bak</strong> (University of Copenhagen) představil rostlinné přírodní produkty jako biopesticidy nové generace a <strong>prof. Michael Lämmerhofer</strong> (University of Tübingen) rozebral význam metabolomiky a lipidomiky v biomedicínském výzkumu.</p><p><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_prof_Kevin_A_Schug_b31db2c431.jpg" alt="Mgr. Martina Kopecká Jurčeková: prof. Kevin A. Schug" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_prof_Kevin_A_Schug_b31db2c431.jpg 234w," sizes="100vw" width="1200" height="800"></p><h4><strong>Konkrétní výsledky: 110 publikací a investice do infrastruktury</strong></h4><p>Projekt NETPHARM, financovaný z Operačního programu Jan Amos Komenský (OP JAK), dosáhl k začátku roku 2026 významných milníků:</p><ul><li><strong>Interdisciplinární odborný tým: </strong>Do výzkumné činnosti bylo v rámci projektu zapojeno přes 200 výzkumníků z řad zkušených i začínajících vědců.</li><li><strong>Publikační činnost: </strong>Bylo vyprodukováno <strong>110 odborných publikací</strong>, z nichž většina spadá do kategorie Q1.</li><li><strong>Publicita, diseminace výsledků:</strong> Počet odborných příspěvků na mezinárodních konferencích (195) již nyní o 38 % překračuje původní plán.</li><li><strong>Infrastruktura: </strong>Do výzkumných laboratoří bylo pořízeno <strong>16 špičkových přístrojů</strong> v celkové hodnotě 37,5 milionu korun, včetně rentgenového difraktometru, konfokální mikroskopie či výpočetního serveru.</li><li><strong>Audit: </strong>Úspěšně proběhla kontrola na místě ze strany MŠMT, která potvrdila hospodárnost využití dotačních prostředků.</li></ul><h4><strong>Strategická doporučení pro budoucnost</strong></h4><p>Na konferenci navázalo 17. dubna 3. zasedání rady ISAB v historických prostorách Karolina v Praze. Rada ocenila dynamiku spolupráce mezi institucemi, jako jsou <strong>Univerzita Karlova FaF UK a LF HK</strong>), <strong>VŠCHT, ústavy AV ČR (ÚOCHB a ÚMCH) a MU/CEITEC</strong>. Pro zbývající polovinu projektu odborníci doporučili ještě silnější zaměření na mezinárodní mobilitu projektových týmů, posílení synergií mezi jednotlivými týmy a zrychlení procesu podávání patentových přihlášek a zaměření na soft skills juniorních pracovníků.</p><p><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_3_zasedani_rady_ISAB_0121b9b78d.jpg" alt="Mgr. Martina Kopecká Jurčeková: 3. zasedání rady ISAB" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_3_zasedani_rady_ISAB_0121b9b78d.jpg 208w," sizes="100vw" width="1200" height="900"></p><p><strong>Networking a podpora talentů</strong> Kromě intenzivního vědeckého bloku nechyběl ani neformální program, který zahrnoval prohlídku Kudowy-Zdrój a společnou večeři. Důležitou součástí bylo <strong>ocenění nejlepších posterových prezentací</strong> mladých vědců, které podtrhuje důraz projektu na výchovu nové generace farmaceutických expertů. Mezi oceněnými byli <strong>Ing. Anna Tvrdá, Mgr. Mária Bajnoková a Mary Angelia Alfred, M.Sc.</strong></p><p><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_oceneni_nejlepsich_posterovych_prezentaci_37ba838bed.jpg" alt="Mgr. Martina Kopecká Jurčeková: Ocenění nejlepších posterových prezentací" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Mgr_Martina_Kopecka_Jurcekova_oceneni_nejlepsich_posterovych_prezentaci_37ba838bed.jpg 234w," sizes="100vw" width="1200" height="800"></p><blockquote><p>„<i>Projekt NETPHARM je v polovině své cesty a jasně ukazuje, že budování celostátní platformy excelence má smysl. Naše vědecké výstupy i modernizovaná pracoviště tvoří silný základ pro inovace, které v budoucnu přímo ovlivní kvalitu farmaceutické péče,</i>“ zhodnotil setkání odborný manažer projektu <strong>prof. Petr Pávek.</strong></p></blockquote>

2. výroční mezinárodní konference NETPHARM

<div><p><strong>Profesorka Michaela Rumlová, vedoucí pracoviště Národního institutu virologie a bakteriologie na VŠCHT Praha (a prorektorka pro doktorské studium), autorka licencovaného patentu na testy antiretrovirotik a laureátka Ceny předsedkyně GA ČR za HIV výzkum je od roku 2026 řešitelkou bilaterálního projektu INTER-EXCELLENCE II „Buněčné faktory regulující export a balení nesestřižené retrovirové RNA“. V rozhovoru vysvětluje, jak retroviry, jako například HIV, „hacknou“ buňku, aby dostaly svůj vlastní genom z jádra do cytoplasmy, a následně na místo, kde je specificky zabalen do vznikajících virových částic &nbsp;– což je klíčový krok pro replikaci viru. Její tým spolupracuje s NIH (National Institutes of Health) a Rockefeller University s cílem objasnit na modelovém opičím retroviru mechanismy, které mohou v budoucnu pomoci odhalit nová zranitelná místa replikačního cyklu a zároveň objasnit související buněčné procesy.</strong></p></div><div><h5><strong>O čem je váš projekt a co je jeho cílem?</strong></h5><p>Retroviry, jako například HIV, jsou viry, které mají genetickou informaci ve formě RNA, ale po vstupu do buňky ji umí přepsat do DNA a vložit do genomu hostitele. Aby se mohly množit, potřebují dostat svou genetickou informaci v podobě nesestřižené RNA z jádra do cytosolu, kde slouží jednak jako předloha pro tvorbu virových proteinů a jednak jako genom nových virových částic. To je hodně neobvyklé, protože buňka si velmi pečlivě hlídá, které RNA molekuly smí jádro opustit. Běžné buněčné RNA kódující proteiny, tzv. mediátorové mRNA, musí před exportem projít sestřihem, tj. zpracováním, kdy se určité úseky z mRNA odstraní. Když tento proces selže, je mRNA, která si tyto úseky ponechává, v rámci kontroly kvality v jádře zadržena a následně degradována. Retrovirům se tyto kontrolní buněčné mašinérie podařilo obelstít, a jejich nesestřižená RNA do cytoplasmy prochází.</p><p>Náš projekt se zaměřuje na identifikaci buněčných proteinů, které retrovirům v tomto kroku pomáhají, &nbsp;a na mechanismus, jakým se během RNA transportu tyto proteinové komplexy navázané na virovou RNA mění. Cílem je pochopit, jak virus využívá buněčné mechanismy ve svůj prospěch a jak tato cesta souvisí s dalším osudem RNA — tedy s její translací i zabalením do nových virových částic.</p><h5><strong>Proč je tento export nesestřižené RNA tak důležitý pro replikaci retrovirů?</strong></h5><p>Protože tato RNA má pro virus dvojí význam. Jednak slouží jako informační předloha, podle níž se v cytoplasmě syntetizují virové proteiny, a jednak představuje samotný genetický materiál, který se musí zabalit do nových virových částic. Virus nutně potřebuje zabalit svůj RNA genom v nesestřižené formě, protože pouze tato RNA nese důležité sekvence, bez nichž by další replikace viru nebyla možná.</p><p><strong>Zjednodušeně řečeno:</strong> virus potřebuje dostat z jádra úplnou kopii svého genetického návodu. Jakmile je virová RNA v cytoplasmě, může být využita jako předloha pro syntézu virových proteinů a část těchto RNA molekul je vybrána a vložena do nové částice jako genom. Nás zajímá, jak virus donutí buňku, aby propustila z jádra z jejího pohledu „nehotovou, tedy nesestřiženou virovou RNA. A také to, jak buňka a virus společně — i když z pohledu buňky nechtěně — určují, která molekula RNA bude přeložena do proteinů a která bude zabalena jako genom. To je jeden z klíčových, ale stále ne zcela pochopených bodů retrovirové replikace.</p><h5><strong>V čem si myslíte, že váš projekt zaujal porotu MŠMT nejvíce?</strong></h5><p>Myslím, že rozhodující byla kombinace několika faktorů. Jednak oponenty zaujal hlavně samotný vědecký problém – zkoumáme mechanismus, který je pro retroviry klíčový, ale stále není dostatečně objasněný a může mít přesah i do regulace buněčných mechanismů. Vedle toho hrála roli i kvalita týmu, silná spolupráce s <strong>NIH </strong>a<strong> Rockefeller University</strong> a použití moderních metod, které nám umožní sledovat virovou RNA opravdu detailně. Důležité také bylo, že projekt má jasné cíle a realistický plán.</p><h5><strong>Jak výzkum přispěje k vývoji nových léků proti retrovirovým infekcím?</strong></h5><p>Je důležité říct, že jde především o základní výzkum. Nevyvíjíme přímo nový lék, ale snažíme se na molekulární úrovni pochopit krok, bez něhož se virus neobejde. Teprve když přesně pochopíme mechanismus těchto dějů v buňce a zjistíme, které buněčné faktory jsou pro export nesestřižené RNA skutečně zásadní a jak fungují, budeme moci lépe určit, které interakce nebo mechanismy představují potenciálně zranitelná místa. Podobné mechanismy spojené s exportem nesestřižené mRNA se objevují i při některých onemocněních, například v nádorových buňkách, takže přínos našeho výzkumu vidím hlavně v tom, že zpřesní mapu těchto patologických procesů v buňce a retroviry nám v tom pomáhají. Takže naše práce na retrovirech nám ukazuje nejen to, jak funguje virus, ale i to, jak funguje samotná buňka.</p><h5><strong>Co má na starost váš tým na VŠCHT a co američtí partneři? Jak spolupráce probíhá?</strong></h5><p>Na VŠCHT realizujeme hlavní experimentální část projektu: pracujeme s buněčnými kulturami, virovými modely, a využíváme biochemické přístupy (od imunochemických po mikroskopii), které nám umožňují sledovat virovou RNA a identifikovat její buněčné partnery. Ve spolupráci s kolegy z <strong>National Institutes of Health (NIH, Frederick)</strong> rozvíjíme postupy pro sledování RNA v živých buňkách (single-particle tracking), což nám umožní vidět její pohyb v prostoru a čase. S kolegy z <strong>Rockefeller University</strong> pak pracujeme na metodách, které pomohou přesně mapovat místa RNA, na něž se buněčné proteiny váží (metody iCLIP). Obě tyto spolupráce jsou pro nás velmi cenné, protože nejde jen o sdílení dat, ale i o přenos zkušeností a detailního know-how.</p><h5><strong>Kdo kromě vaší skupiny a USA týmů na projektu spolupracuje?</strong></h5><p>V rámci VŠCHT pracujeme s Ústavem biotechnologie a Ústavem biochemie a mikrobiologie. Externě spolupracujeme s kolegy z<strong> Ústavu organické chemie a biochemie (ÚOCHB AV ČR)</strong>, a z <strong>CEITEC</strong>. U takového tématu je propojení různých expertiz velmi důležité. Potřebujete kombinovat virologii, buněčnou biologii, biochemii, zobrazovací metody i moderní přístupy ke studiu RNA-proteinových interakcí. Právě to dává projektu šanci odpovědět na otázky, které jedna laboratoř sama pokrýt nemůže.</p><h5><strong>Je v plánu na projekt navázat? Přivedl nové tváře, případně uvítáte posilu?</strong></h5><p>Ano, určitě. U základního výzkumu to často funguje tak, že jedna zodpovězená otázka vám otevře několik dalších. Na kvalitně naměřených a správně interpretovaných datech se dá stavět, to je to, co vědce posouvá dál. Už teď je zřejmé, že téma exportu a balení retrovirové RNA má širší souvislosti a že nám může ukázat obecnější principy fungování RNA v buňce. Doufáme také, že projekt bude atraktivní i pro studenty, protože propojuje klasickou molekulární biologii, biochemii a virologii s vysoce moderními biotechnologickými metodami. Už teď na projektu pracují studenti v rámci svých &nbsp;bakalářských a diplomových projektů.</p><h5><strong>Jaký osobní moment vás motivoval k dlouhodobému zkoumání retrovirových částic?</strong></h5><p>K retrovirům jsem se dostala už během diplomové práce na začátku devadesátých let, kdy jsem na ÚOCHB pracovala na inhibitorech HIV-1 proteasy. Byla to doba, kdy AIDS ještě nebylo možné účinně léčit, a výzkum retrovirů měl úplně jiný rozměr. Už od těchto počátků mě fascinovalo, jak může tak relativně malý a jednoduchý virus obelstít evolučně vysoce optimalizované buněčné procesy a obrátit je ve svůj prospěch. A to mě nepřestalo zajímat dodnes. Retroviry jsou z vědeckého hlediska mimořádně zajímavé – vždyť si jen vezměme využití jejich enzymu – reverzní transkriptasy, bez kterého by se dnes neobešla žádná diagnostická ani výzkumná laboratoř na světě – nebylo by totiž možné diagnostikovat RNA viry jako SARS-CoV-2, virus chřipky či HIV pomocí RT-PCR testů nebo například produkovat rekombinantní lidské proteiny v bakteriálních buňkách.</p></div>

Cesta nesestřižené RNA: Profesorka Rumlová studuje, jak retroviry „hackují“ buňky

<p><strong>Leishmanióza je jedním z&nbsp;nejrozšířenějších parazitárních onemocnění na světě. Výzkumu leishmanií, které nemoc způsobují, i&nbsp;jejich přenašečům se věnuje už více než tři&nbsp;dekády laboratoř profesora Petr Volfa z&nbsp;Přírodovědecké fakulty UK. Jeho laboratoří prošly za tu dobu desítky studujících, včetně Kateřiny Růžičkové. Ta se před časem do týmu vrátila po rodičovské dovolené a&nbsp;hned se intenzivně zapojila do výzkumu, který odhalil proteiny, jež při&nbsp;přenosu parazita hrají klíčovou roli. Tento poznatek by mohl stát na začátku vývoje účinných metod, které by zpomalily nebo dokonce zastavily šíření nemoci a&nbsp;ochránily zdraví milionů lidí.</strong></p><p><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UK_Forum_Hynek_Glos_Katerina_Ruzickova_Nasli_jsme_slabinu_parazita_2_c6c6e92f83.jpg" alt="UK Forum/Hynek Glos: Kateřina Růžičková: Našli jsme slabinu parazita " srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UK_Forum_Hynek_Glos_Katerina_Ruzickova_Nasli_jsme_slabinu_parazita_2_c6c6e92f83.jpg 234w," sizes="100vw" width="1000" height="667"></p><p>Ze všech parazitárních onemocnění je <strong>úmrtnost na leishmaniózu druhá nejvyšší </strong>po malárii, ročně leishmanióza postihne stovky tisíc lidí. Různé formy nemoci vyvolává <strong>rod parazitických prvoků Leishmania</strong>, který je přenášen bodavým hmyzem na člověka i&nbsp;na jiné savce. Vyskytuje se v&nbsp;tropických a&nbsp;subtropických pásech<strong> Afriky, Asie, Střední a&nbsp;Jižní Ameriky i&nbsp;Evropy s&nbsp;potenciálem šíření dále na sever</strong>. Nejčastěji se projevuje jako kožní onemocnění, po kterém napadenému zůstanou po těle nevzhledné jizvy. <strong>Viscerální leishmanióza</strong>, kterou způsobují <strong>druhy leishmanií</strong>, jež napadají vnitřní orgány hostitele, je však<strong> život ohrožující</strong>. Diagnostika není úplně jednoduchá, vyžaduje kombinaci různých metod včetně odběru kostní dřeně nemocného. Léčba není o&nbsp;nic snazší, neléčená však často končí smrtí nemocného. Ročně se jí podle odhadů WHO nakazí mezi<strong> 50 až 90 tisíci lidmi</strong>. Nejrozšířenější je v<strong>&nbsp;Brazílii, Indii a&nbsp;východní Africe</strong>.</p><h4><strong>Světově unikátní chov</strong></h4><p>Už řadu let vědecká komunita usiluje o&nbsp;<strong>vyvinutí vakcíny</strong> či&nbsp;jiných opatření, která by šíření leishmaniózy zastavila. Soustředí se na studium samotných parazitů i&nbsp;jejich přenašečů, mezi které patří především flebotomové – drobný dvoukřídlý bodavý hmyz. Více než tři&nbsp;desetiletí se tématu věnuje i&nbsp;laboratoř, kterou na PřF UK vybudoval <strong>profesor Petr Volf</strong>. Kontinuitou výzkumu, světově unikátním chovem mnoha druhů flebotomů a&nbsp;řadou zásadních vědeckých výsledků se řadí jeho laboratoř k&nbsp;mezinárodní špičce.</p><p><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UK_Forum_Hynek_Glos_Katerina_Ruzickova_Nasli_jsme_slabinu_parazita_63b1f32a21.jpg" alt="UK Forum/Hynek Glos: Kateřina Růžičková: Našli jsme slabinu parazita " srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UK_Forum_Hynek_Glos_Katerina_Ruzickova_Nasli_jsme_slabinu_parazita_63b1f32a21.jpg 234w," sizes="100vw" width="1000" height="667"></p><p>K&nbsp;jeho týmu se už jako bakalářská studentka připojila také <strong>Kateřina Růžičková</strong> (tehdy ještě Pružinová), a&nbsp;přenašečům leishmanií později věnovala i&nbsp;svou dizertační práci zaměřenou na vývoj parazita v&nbsp;trávicím traktu flebotomů. Po obhájení se rozhodla pro vědeckou „přestávku“, aby se mohla věnovat rodině a&nbsp;svému právě narozenému synovi. Po rodičovské dovolené se však vrátila a&nbsp;zapojila se do výzkumu, na kterém Volfův&nbsp;tým spolupracuje s&nbsp;laboratoří molekulárního biologa <strong>Jacka Suntera z&nbsp;Oxford Brookes University</strong>.</p><p>Společně se jim podařilo prokázat, že při&nbsp;přenosu parazita během sání flebotoma na hostiteli hraje nepostradatelnou roli několik proteinů, které zprostředkovávají přichycení bičíku na stomodeální valvu přenašeče. Stačí, aby jeden z&nbsp;proteinů chyběl, a&nbsp;k&nbsp;produktivnímu přenosu nedojde.</p><p><i>„Naši&nbsp;kolegové v&nbsp;Oxfordu jsou špičkoví v&nbsp;molekulární biologii a&nbsp;genetických modifikacích. Dokáží připravit mutantní linie leishmanií, ale nemají je jak a&nbsp;na čem otestovat in vivo. V&nbsp;tom jsme pro ně unikátními partnery my. Poslali nám mutanty se zablokovanými geny pro proteiny zvané KIAP a&nbsp;my jsme v&nbsp;našich chovech sledovali, co to udělá ve flebotomech. Výsledek nás&nbsp;všechny překvapil svou jednoznačností. Ukázalo se, že bez těchto proteinů se leishmanie nejsou schopny navázat na stomodeální valvu v&nbsp;trávicím traktu flebotoma. To je klíčový krok – pokud se parazit nenaváže, při&nbsp;dalším sání se na hostitele v&nbsp;dostatečném množství nepřenese,“</i> vysvětlila Kateřina Růžičková.</p><p>Výsledky jednotlivých studií pak oba týmy společně publikovaly v&nbsp;těch nejprestižnějších vědeckých časopisech, v&nbsp;roce 2024 v <i><strong>Nature Communication</strong></i>, loni pak v <i><strong>Trends in Parasitology</strong></i>. V&nbsp;současné době pracují na další studii.</p><p><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UK_Forum_Hynek_Glos_Katerina_Ruzickova_Nasli_jsme_slabinu_parazita_3_54c05da97c.jpg" alt="UK Forum/Hynek Glos: Kateřina Růžičková: Našli jsme slabinu parazita " srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UK_Forum_Hynek_Glos_Katerina_Ruzickova_Nasli_jsme_slabinu_parazita_3_54c05da97c.jpg 234w," sizes="100vw" width="1000" height="667"></p><h4><strong>Zastavit šíření</strong></h4><p>Jejich dosavadní poznání otevírá teoreticky možnou cestu k&nbsp;takzvaným „transmission-blocking“ strategiím, které by mohly zabránit dokončení vývoje a&nbsp;přenosu onemocnění už v&nbsp;těle přenašeče, čímž by se postupně snižovalo rozšíření parazita. Stěžejní část výzkumu v&nbsp;pražské laboratoři&nbsp;odpracovala Kateřina Růžičková jako vědkyně, která se do laboratoře vrátila po rodičovské dovolené na částečný úvazek, bez ambicí zakládat vlastní výzkumnou skupinu i&nbsp;bez ohromujících zahraničních zkušeností. Šla tak zcela vědomě proti současnému trendu.</p><p><i>„Vím, že kvůli tomu mám ve svém životopise ‚černý puntík. V&nbsp;dnešním systému se kvalita vědce často posuzuje podle toho, jestli byl nejméně rok, lépe dva v&nbsp;zahraničí. Já jsem z&nbsp;rodinných důvodů neodjela. Kvůli tomu jsem měla v&nbsp;podstatě zavřené dveře k&nbsp;juniorským grantům. Na druhou stranu jsem díky setrvání v&nbsp;jedné laboratoři&nbsp;získala extrémní specializaci. Metody, které dělám, ovládám velmi rychle a&nbsp;precizně. Jsem specialistka, která sice nemá ideální životopis pro grantové agentury, ale produkuje výsledky, pro které k&nbsp;nám jezdí i&nbsp;z&nbsp;Oxfordu. Je otázka, jestli by věda neměla více uznávat i&nbsp;tyto expertní role, nejen ty ‚manažersko-vůdčí‘,“</i> podotkla. A&nbsp;zdůrazňuje, že v&nbsp;tuzemských laboratořích právě pozice zkušených vědců a&nbsp;vědkyň, kteří dělají konkrétní kvalitní laboratorní práci, často chybí.<i> „Když si tým sestavíte ze studentů, stále jen někoho zaučujete. Kontinuita výzkumu a&nbsp;zkušenosti začnou chybět, což se nakonec propíše i&nbsp;do výsledků laboratoře,“</i> podotkla.</p><p><i>„Jsem ráda, že Petr Volf si toto uvědomuje a&nbsp;dává prostor i&nbsp;vědcům a&nbsp;vědkyním, kteří primárně netouží jen po vlastních grantech a&nbsp;vedení skupiny, ale chtějí zůstat u&nbsp;té ryzí laboratorní práce. Jeho tým je navíc velice vstřícný i&nbsp;vůči&nbsp;rodičům. Často se říká, že matky s&nbsp;malými dětmi jsou handicapované, ale já vidím opak. Máme mnohem lepší ‚skills‘ v&nbsp;organizaci času a&nbsp;vnímání zodpovědnosti. Profesor Volf nám dává obrovskou svobodu a&nbsp;důvěru – není podstatné, kolik hodin tu sedím, ale jestli mám výsledky. Všechny tyto okolnosti vedly k&nbsp;tomu, že jsem mohla u&nbsp;vědy zůstat a&nbsp;zároveň vést spokojený rodinný život.“</i></p><blockquote><h5><strong>RNDr. Kateřina Růžičková, Ph.D.</strong></h5><p>Absolventka Přírodovědecké fakulty UK. Už jako studentka se připojila k týmu profesora Petra Volfa, který na Katedře parazitologie vede Laboratoř biologie hmyzích vektorů. V současné době působí v této laboratoři jako vědecká pracovnice. Zabývá se studiem vývoje parazitů rodu Leishmania ve flebotomech. Spolu se svým manželem pečuje o sedmiletého syna.</p></blockquote>

Kateřina Růžičková: Našli jsme slabinu parazita 

Osobnosti

Popularizace

Věda a výzkum

Článek

Patří z hlediska vědecké činnosti mezi špičkové instituce v České republice. Každoročně z našich laboratoří vychází více než stovka prací, které se daří publikovat v nejprestižnějších vědeckých časopisech a naši pracovníci jsou autory celé řady patentů a vynálezů.

Farmaceutická fakulta Univerzity Karlovy v Hradci Králové

Vysoká  škola chemicko-technologická v Praze spojuje tradici s nejmodernějšími nano- a biotechnologiemi a dalšími progresivními směry a obory ve vědě a výzkumu. Spolu s vynikajícím mezinárodním renomé a špičkovým přístrojovým vybavením otevírá každému studentovi možnosti zapojit se do vědeckých projektů dle vlastního výběru, umožňuje zahraniční stáže a je následně vstupenkou k prestižnímu, dobře ohodnocenému uplatnění doma i v zahraničí.

Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

Reportáže, rozhovory, zprávy o vědeckých projektech a studentských akcích ... Jsme online informační bránou Univerzity Karlovy.

Forum: magazín Univerzity Karlovy

Agilent Technologies

Bruker

Thermo Fisher Scientific

SelectScience

Wiley

SCIEX

Evosep Biosystems

<p><strong>Unlock new perspectives with our accurate mass 101 webinar series.</strong></p>
<p>Accelerate your workflows and expand your knowledge around accurate mass with these informative webinars.</p>
<p>In this webinar series, SCIEX applications scientists will explain the benefits of using accurate mass, sample analysis, instrument operation and data processing in real-time.</p>
<p>Get the inside scoop and register today!</p>
<h3><strong>Accurate mass 101: non-targeted analysis</strong></h3>
<p>Join us for this webinar to see how to discover the unknown using non-targeted analysis. We will showcase workflows and strategies to drive success with suspect screening and non-target identification. Discover the ability to identify peaks of interest and confidently identify unknown compounds.</p>


SCIEX: Accurate mass 101: non-targeted analysis

Accurate mass 101: non-targeted analysis

SCIEX applications scientists will explain the benefits of using accurate mass, sample analysis, instrument operation and data processing in real-time.

<p><strong>Unleash the power of DIA and enable the exploration of complex biological systems with unprecedented depth and precision for large-scale quantitative protein analysis combined with short methods on the Evosep One.</strong></p>
<h3><strong>Global proteomics with Evosep and DIA-PASEF</strong></h3>
<p>Recent progress in liquid chromatography and mass spectrometry, as well as sample preparation and search algorithms for spectra deconvolution and identification, plays an important role in bringing proteomics to the forefront of drug discovery and development. Nanoflow liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry is one of the most essential elements in a proteomics workflow. The four dimensional ion detection achieved with the latest generation of Bruker’s trapped ion mobility spectrometers led to superior speed and sensitivity. Evosep One liquid chromatography platform offers speed and robustness while maintaining, even exceeding previously achieved performance level with high-performing nano LC systems. We share here some results only possible with this combination of LC-MS and dia-PASEF.</p>
<blockquote>
<p><strong>Presenter:</strong> Anh Reynolds (Scientist, Bristol Myers Squibb)</p>
</blockquote>
<h3><strong>Extending sensitivity limits with Evosep and Slice-PASEF</strong></h3>
<p>Sensitivity improvements in LC-MS proteomics have recently led to exciting new applications, such as comprehensive proteomic profiling of single cells or 2-dimensional proteomics of tissue slices. In this talk, I will describe Slice-PASEF, a new acquisition technology for timsTOF instruments, which, in combination with the DIA-NN data analysis software, provides a fold-change signal boost. When paired with the Evosep system, Slice-PASEF allows to achieve high sensitivity in robust high-throughput workflows, paving a way for accessible sensitive proteomics on a large scale.</p>
<blockquote>
<p><strong>Presenter:</strong> Vladim Demichev (Group Leader, Quantitative ProteomicS, Charité – Universitätsmedizin Berlin)</p>
</blockquote>


Pixabay/sethink: Revolutionizing proteomics with Evosep-DIA

Revolutionizing proteomics with Evosep-DIA

Global proteomics with Evosep and DIA-PASEF & Extending sensitivity limits with Evosep and Slice-PASEF.

<p>Dear user and other PaSER interested customers,</p>
<p>You are hereby invited to our 2nd Virtual PaSER Workshop. A lot of new possibilities has been introduced since last time – including, but not limited to PaSER Novor for de novo sequencing of dda-PASEF® data on the PaSER Box as well as TIMS DIA-NN 2.0 -which will be demonstrated during this Workshop. Data virtualization has been a requested feature – and this is now possible with Mass Dynamics for PaSER. Not limited to above – stay tuned for even more approaching features, we will discuss as well.</p>
<h3><strong>The tentative agenda looks like this:</strong></h3>
<h5><strong>1:00 – 1:15 pm:  Introduction</strong></h5>
<ul>
<li>Willy Bjørklund</li>
</ul>
<h5><strong>1:15 – 1: 35pm:  New Applications on the timsTOF Platform</strong></h5>
<ul>
<li>Lars Kristensen (Field Application Specialist)</li>
</ul>
<h5><strong>1:35 – 1:55 pm:  PaSER as a bioinformatic platform - what’s new and what’s coming</strong></h5>
<ul>
<li>Jonathan Krieger (Software R&amp;D Department)</li>
</ul>
<h5><strong>5 minute break</strong></h5>
<h5><strong>2:00 – 2:20 pm: Live Demo/workshop of PaSER</strong></h5>
<ul>
<li>Tharan Srikumar (Software R&amp;D Department)</li>
</ul>
<h5><strong>2:20 – 2:50 pm: Mass Dynamics</strong></h5>
<ul>
<li>Mark Condina and Giuseppe Infusini</li>
</ul>
<h5><strong>2:50 – 3:10 pm: Questions and discussions</strong></h5>
<h5><strong>3:10 – 3:15 pm:  Conclusion</strong></h5>
<ul>
<li>Willy Bjørklund</li>
</ul>
<p>We aim for a lively interaction so take the timing as an indication. Please feel free to share with colleagues or others you think could benefit from attending this workshop. Looking forward to “meet”</p>


Bruker Virtual PaSER Workshop

Dear user and other PaSER interested customers, You are hereby invited to our 2nd Virtual PaSER Workshop. 

<p><strong>This webinar will focus on untargeted LC/MS Omics solutions that will provide the biological insights needed to produce meaningful results. An emphasis will be spent on an End-to-End HILIC metabolomics workflow for our LC/Q-TOF platform.</strong></p>
<p>This includes automate sample preparation for cells and plasma, a Bio LC that is fit for purpose for metal sensitive analysis, robust and transferable HILIC chromatography, the 6546 LC/Q-TOF data independent analysis of samples, with an ID workflow that includes a new HILIC PCDL with 500 core metabolism analytes with spectra and retention time annotation.</p>
<p>For unknowns not found in Agilent PCDLs, SIRIUS/CSI:FingerID which uses AI predict structure from spectra and conducts online identification search will be demonstrated. A complementary targeted multi-omics workflow will be briefly mentioned before sharing the new Ion Mobility and ExD technologies for high end LC/MS Omics investigations.</p>
<blockquote>
<p><strong>Presenter:</strong> Karen E. Yannell (Omics Workflow Specialist, Agilent Technologies)</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>Karen E. Yannell is an Omics Workflow Specialist at Agilent Technologies. She is an expert in small molecule high throughput analysis by triple quadrupole (TQ) and quadrupole time-of-flight (Q-TOF) mass spectrometry for applied markets. Her recent work has focused on developing targeted metabolomics methods and routine Q-TOF workflows for both expert and non-expert users alike. Previously, Karen worked on forensic, metabolomics, and biomarker discovery applications with ambient ionization sources. She received her PhD in Analytical Chemistry from Purdue University where studied under the advisement of Prof. R. Graham Cooks. </p>
</blockquote>
<blockquote>
<p><strong>Presenter:</strong> Dr. Martin Graf-Utzmann (Editor, Wiley Analytical Science, Moderator)</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>Dr. Martin Graf-Utzmann has a Ph.D. in Theoretical Chemistry and is an editor for Wiley Analytical Science. His interests are mainly Laboratory Automation, Digitalization, and Lab Equipment.</p>
</blockquote>


Wiley Analytical Science: Jump Start Your LC/Q-TOF Omics Investigation with Reliable Workflows

Jump Start Your LC/Q-TOF Omics Investigation with Reliable Workflows

This webinar will focus on untargeted LC/MS Omics solutions that will provide the biological insights needed to produce meaningful results.

Your LC/Q-TOF Omics Investigation with Reliable Workflows

<p><strong>This year we invite you to ignite your mind to Be Curious about what Ion chromatography (IC) can do with its versatility in many detections across the IC application spectrum to improve your workflows and solve challenges.</strong></p>
<p>During this three day virtual event, learn from a panel of experts how the latest IC applications are helping colleagues achieve breakthroughs, and walk away with valuable information on how advancements in IC can increase laboratory analytical capabilities. </p>
<p>Although each day is convenient for a specific region, you can attend any session on any day. All sessions and workshops will be available for on-demand viewing after the event concludes.</p>
<h3><strong>Day 1 Agenda | April 18 | North and South America</strong></h3>
<p>Discover IC column development, and where it’s headed with mass spectrometry, as they can be an integral detection for carbohydrate profiling and environmental metabolites characterization. Learn how standalone IC can solve industrial samples and degradation products with comprehensive IC information, all at once.</p>
<h5><strong>11:30 EDT: Opening Plenary: The Past, Present, and Future of IC Column Development</strong></h5>
<ul>
<li>Alexandra Zatirakha (Thermo Fisher Scientific, IC/SP R&amp;D, Sunnyvale)</li>
</ul>
<h5><strong>12:30 EDT: Characterizing Carbohydrate Degradation Products from Bacteroides Thetaiotaomicron to Understand Bacterial Dextran Utilization in the Gut</strong></h5>
<ul>
<li>Neil Rumachik (Thermo Fisher Scientific, IC/SP R&amp;D, Sunnyvale)</li>
<li>Fiona Cuskin (Newcastle University, UK)</li>
</ul>
<h5><strong>1:30 PM EDT: Toward Comprehensive Chemical Characterization of Metabolomic Using Orbitrap Fusion Tribrid Mass Spectrometer Coupled with Ion and Liquid Chromatography Techniques: Dissolved Organic Matter as an Example</strong></h5>
<ul>
<li>Hussain Abdulla (Department of Physical and Environmental Sciences, Texas A&amp;M University-Corpus Christi)</li>
</ul>
<h5><strong>2:30 PM EDT: The Use of Ion Chromatography in the Monitoring of Degradation Products from the Electrochemical Treatment Of Organic Compounds</strong></h5>
<ul>
<li>Emily Tossi (Federal University of Rio Grande do Norte)</li>
</ul>
<h5><strong>3:30 PM EDT: Ion Chromatography as a Tool for Industrial Problem Solving</strong></h5>
<ul>
<li>Isaac Negrete and Stephen Fosdick (Dow)</li>
</ul>
<h5><strong>4:30 PM EDT: Workshop: Everything, Everywhere, All at Once IC!</strong></h5>
<ul>
<li>Kelly Femrite (IC/SP Product Support, Sunnyvale)</li>
<li>Carl Fisher (IC/SP Product Marketing, Sunnyvale)</li>
<li>Criss Corchard-Keeler (Service Marketing Manager, CMD/MOL Thermo Fisher Scientific)</li>
</ul>


Thermo Fisher Scientific: IC Symposium 2023

IC Symposium 2023 - Day 1

Join us for the 2023 Global IC Symposium! North and South America

<p><strong>This year we invite you to ignite your mind to Be Curious about what Ion chromatography (IC) can do with its versatility in many detections across the IC application spectrum to improve your workflows and solve challenges.</strong></p>
<p>During this three day virtual event, learn from a panel of experts how the latest IC applications are helping colleagues achieve breakthroughs, and walk away with valuable information on how advancements in IC can increase laboratory analytical capabilities. </p>
<p>Although each day is convenient for a specific region, you can attend any session on any day. All sessions and workshops will be available for on-demand viewing after the event concludes.</p>
<h3><strong>Day 3 Agenda | April 20 | Asia Pacific</strong></h3>
<p>Expand the world of electrochemistry applications and IC hyphenation with high-resolution mass spectrometry and understand how Inductively Coupled Plasma Spectrometry can speciate isotopes while simplifying Pharmacopeia QC analysis and keeping your IC in top-notch condition.</p>
<h5><strong>11:00 AM SGT: Opening Plenary: Electrochemical Detection and Its Application in Ion Chromatography</strong></h5>
<ul>
<li>Yan Liu (Thermo Fisher Scientific, IC/SP R&amp;D, Sunnyvale)</li>
</ul>
<h5><strong>12:00 PM SGT: Application of Anion Chromatography Coupled High-Resolution Mass Spectrometry to Increase Cellular Metabolite Coverage</strong></h5>
<ul>
<li>Vinzenz Hofferek (McConville Lab, Department of Biochemistry and Pharmacology)</li>
</ul>
<h5><strong>1:00 PM SGT: Analysis of Anhydrosugars and Xylooligosaccharides by Ion Chromatography with Electrospray Lithium Cationisation-Triple Quadrupole Tandem Mass Spectrometry</strong></h5>
<ul>
<li>Dr. Estrella Sanz Rodriguez (Natural Products Analysis, Australian Centre for Research on Separation Science (ACROSS), University of Tasmania)</li>
</ul>
<h5><strong>2:00 PM SGT: You Gotta Keep ‘Em Separated: Novel IC Applications for Subsequent Isotopic Analyses by Rapid and/or Hyphenated Techniques</strong></h5>
<ul>
<li>Dr. Brandon Mahan (College of Science and Engineering, James Cook University)</li>
<li>Grace Manestar (IsoTropics PhD Candidate)</li>
</ul>
<h5><strong>3:00 PM SGT: Use of Ion Chromatography in Pharmaceutical Quality Control</strong></h5>
<ul>
<li>Catherine Frankis and Stella Planou (Reading Scientific Services Ltd., Reading Science Centre, Whiteknights Campus)</li>
</ul>
<h5><strong>4:00 PM SGT: Tips on Keeping Your Ion Chromatography in Top-Notch Condition</strong></h5>
<ul>
<li>Ryan Ong (Thermo Fisher Scientific, IC/SP Application Sales Support, Singapore)</li>
</ul>


IC Symposium 2023 - Day 3

Join us for the 2023 Global IC Symposium! Day 3 | Asia Pacific.

<p><strong>A novel spatial technique, DISCO-MS, combines whole-organ/whole-organism clearing and imaging, deep-learning-based image analysis, robotic tissue extraction, and ultra-high-sensitivity mass spectrometry with the Bruker timsTOF instrument family. This combination enables DISCO-MS to perform unbiased proteome analysis of preclinical and clinical tissues from quantity-limited materials after unbiased imaging of entire specimens in 3D.</strong></p>
<p>In this webinar, you will learn about a new experimental approach that combines whole tissue clearing, dia-PASEF®, and trapped ion mobility spectrometry (TIMS) mass spectrometry to analyze the spatial proteome of complex tissue structures. The webinar will detail how with this technique, researchers were able to:</p>
<ul>
<li>Analyze the proteome of preclinical and clinical tissues after identification of regions of interest using 3D imaging, followed by robotic tissue extraction</li>
<li>Achieve early unbiased detection and characterization of subtle tissue perturbations across pathologies</li>
<li>Benefit from the use of ultra-high sensitivity and robust timsTOF mass spectrometers</li>
</ul>
<h5>Key learning objectives</h5>
<ul>
<li><strong>Discover the new experimental approach that combines whole tissue clearing, dia-PASEF®, and TIMS mass spectrometers can be used to analyze the spatial proteome of complex tissue structures</strong></li>
<li><strong>Understand how researchers were able to analyze the proteome of specific tissue regions following 3D imaging to enable robotic tissue extraction</strong></li>
<li><strong>Learn about the unparalleled sensitivity and robustness the timsTOF platform offers with 4D-Proteomics™ which enables researchers to delve deeper into proteome analysis and gain greater insights</strong></li>
</ul>
<blockquote>
<p><strong>Presenter:</strong> Dr. Harsharan Singh Bhatia (Institute for Tissue Engineering and Regenerative Medicine (iTERM))</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>Dr. Harsharan Singh Bhatia is the Omics technologies team leader at the Institute for Tissue Engineering and Regenerative Medicine (iTERM), Helmholtz Munich. He completed his Ph.D. at the University of Freiburg, Germany, studying the neuroprotective role of dietary antioxidants. Bhatia worked as a postdoctoral researcher at UCLA, where he investigated the impact of dietary manipulations on rodent behavior. He later returned to the University of Freiburg to work as a research associate at the University Clinic, exploring epigenetic factors&#39; regulation of microglial function. In 2017, Bhatia joined iTERM to study chronic neuroinflammation using DISCO tissue clearing and spatial-omics tools.</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p><strong>Presenter:</strong> Jemima Arnold (Editorial Team, SelectScience)</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>Jemima studied Cellular and Molecular Medicine at the University of Bristol, UK, and as a member of the Editorial team, she now plays an integral role in shaping the content on SelectScience.</p>
</blockquote>


SelectScience: Spatial proteomics in three-dimensional intact specimens

Spatial proteomics in three-dimensional intact specimens

A new experimental approach that combines whole tissue clearing, dia-PASEF®, and TIMS MS to analyze the spatial proteome of complex tissue structures.

<ul>
<li><p>Wait what?! Who knew!? There are so many things that a mass spec can do.</p>
</li>
<li><p>I&#39;ve used it for years, yes this may be true.</p>
</li>
<li><p>I&#39;ve processed some samples, more than a few.</p>
</li>
<li><p>But between me and you, I had no idea all the things it could do!</p>
</li>
<li><p>From sample prep to separation, you just won&#39;t believe…</p>
</li>
<li><p>All of the tips and tricks we have up our sleeve.</p>
</li>
<li><p>So, take a few minutes, about 15 should do.</p>
</li>
<li><p>And learn all the things your mass spec can do.</p>
</li>
</ul>
<p><strong>An easy to follow guide detailing how to set MS scan parameters for an LCMS experiment will be presented.  Scan speeds for reproducible quantitation, chromatographic resolution, retention time definition, proper threshold adjustment for optimum datafile size, and how this can result in faster processing times will all be discussed.</strong></p>
<blockquote>
<p><strong>Presenter:</strong> Rebecca Glaskin, Ph.D. (LC/MS Application Scientist, Agilent Technologies, Inc.)</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>Rebecca Glaskin is an LC/MS Application Scientist at Agilent with a focus on BioPharma applications supporting the LC-Q/TOF and IM-QTOF platforms. Prior to joining Agilent, Rebecca received her Ph.D. in analytical chemistry from Indiana University in the lab of Professor David Clemmer. While there she designed and constructed home-built instruments, pushing the limits of the mobility resolution that can be obtained with a circular drift tube for the separation of biomolecules (peptides, proteins, carbohydrates, and metabolites). While there, she also studied hydrogen/deuterium exchange of proteins in the gas-phase as a function of time and pressure. Rebecca then went to Boston University as a Postdoctoral Associate in the lab of Professor Catherine Costello to develop a database containing collision cross section values for glycans, peptides, and glycopeptides utilizing Agilent Technologies 6560 IM-QTOF. This database can be used to determine how the collision cross section is altered with the addition of individual saccharide units. The trendlines obtained from this database will be used to predict collision cross sections for glycopeptides based on the conformation and structure of the specific glycoform.</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p><strong>Presenter:</strong> Jim Lau, PhD (HRAMS LC/MS Application Engineer, Agilent Technologies, Inc.)</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>Jim Lau received his Ph.D. From the University of Colorado. There he worked in the laboratories of Peter Albersheim and Robert Shapiro. This work involved the structure elucidation of plant natural products and, in particular, elucidating the structures of oligosaccharides derived from plant cell wall polysaccharides. This work was done in the early days of LCMS and made use of DLI-LCMS and (at the time) recently invented Thermospray-LCMS.</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>After the completion of his Ph.D., Jim joined Hewlett-Packard to work on LCMS ionization techniques with Paul Goodley during the early days of Electrospray-LCMS. He then moved to work on field applications and collaborations with Hewlett-Packard’s LCMS customers. More than 30 years later, Jim continues to work with Agilent’s customers in High Resolution Accurate Mass applications of LCMS. While involved in many areas of HRAMS LCMS, his recent work has focused on the area of Screening/Qual&amp;Quant of small molecules and on the high throughput confirmation of oligonucleotide synthesis.</p>
</blockquote>


Agilent Technologies: How to set MS Scan Parameters for your LCMS Experiment

How to set MS Scan Parameters for your LCMS Experiment

An easy to follow guide detailing how to set MS scan parameters for an LCMS experiment will be presented.

<p>Targeted workflows are particularly interesting for identifying established biomarkers in various applications. The focus on these workflows, coupled with technological advancements, is continually expanding the boundaries of high-throughput targeted analysis.</p>
<h3><strong>Next Generation of absolute protein Quantitation in Biological Matrixes; higher multiplexicity while faster, robust and sensitive</strong></h3>
<ul>
<li><strong>Presenter:</strong> Dr. Christoph Borchers (Mcgill university)</li>
</ul>
<p>The accurate and rapid determination of protein concentrations using multiplexed multiple reaction monitoring (MRM) with isotope-labeled internal standards has the potential to revolutionize biochemistry and medical sciences. The combination of an Evosep One LC with an Agilent QQQ6495C allows a several-fold reduction of analysis time while maintaining high multiplexicity. As an example, we show the use of a multi-protein method for the absolute quantitation of 270 proteins, combined with metabolomics and Artificial Intelligence (AI), to analyze the plasma of a COVID cohort for prediction of survival. Moreover, optimization of the Evosep/6495C combination allowed adaptation of the 270-protein MRM method to a 24-minute gradient, thus doubling the throughput compared to before.</p>
<h3><strong>Development of a LC-MS/MS Method for Measurement of Fusion Sarcoma Proteins in Plasma</strong></h3>
<ul>
<li><strong>Presenter:</strong> Phd. AnThony Maus (Clinical Mass Spec. Development Laboratory, Mayo Clinic)</li>
</ul>
<p>Sarcoma is general term for a group of over 70 cancers that are classified using genomic techniques to identify characteristic gene fusions in tumor tissues. However, this technique requires relatively invasive biopsies and is not conducive to monitoring disease progression or response to treatment. Measurements of fusion protein biomarkers in plasma would overcome these limitations. We sought to develop an LC-MS/MS method capable of performing these measurements by conducting discovery experiments on cell lines with an EvoSep coupled to an Exploris 480 mass spectrometer. Using these data, we developed a targeted method and performed measurements in plasma samples.</p>


Targeted Workflows

Targeted workflows are particularly interesting for identifying established biomarkers in various applications.

Targeted LC/MS Workflows

<p>Webinar in collaboration with the Polish Society of Metabolomics.</p>
<h3><strong>14:00 - 14:20 Benefits of Trapped Ion Mobility Spectrometry (TIMS) for Metabolomics and Lipidomics</strong></h3>
<ul>
<li><strong>Presenter:</strong> Dr. Stefanie Wernisch ( Business Development Manager Metabolomics/Multiomics, Bruker Daltonics Bremen, Germany)</li>
</ul>
<p>After revolutionizing the area of proteomics, trapped ion mobility spectrometry (TIMS) is now conquering the fields of metabolomics and lipidomics. Bruker&#39;s unique timsTOF technology addresses the complexity of biological samples by adding an orthogonal dimension of separation before mass spectrometric analysis, thus reducing the complexity of MS/MS data and improving annotation confidence for untargeted analysis. The ability to determine Collisional Cross Sections (CCS) can further aid identification and outlier detection in lipidomics studies.</p>
<h3><strong>14:20 - 14:40 SpatialOMx® for in-depth 4D-Lipidomics™</strong></h3>
<ul>
<li><strong>Presenter:</strong> Dr. Janina Oetjen (Application Specialist MALDI Imaging, Bruker Daltonics Bremen, Germany)</li>
</ul>
<p>The combined possibilities of ESI and MALDI in one instrument enables powerful SpatialOMx® applications. In short, ion mobility-based annotation can connect confident LC-TIMS-MS/MS identification with meaningful spatial information from MALDI Imaging, specifically in the field of lipidomics. Further, segmentation results based on lipid imaging can define specific regions of interest for subsequent, in-depth analysis. Thus, the information content of MALDI Imaging can be enhanced with SpatialOMx® workflows on the timsTOF fleX platform.</p>
<h3><strong>14:40 - 15:00 Application Round-up: 4D-Metabolomics™ and 4D-Lipidomics™</strong></h3>
<ul>
<li><strong>Presenter:</strong> Dr. Matthias Szesny (Application Scientist Metabolomics, Bruker Daltonics Bremen, Germany)</li>
</ul>
<p>We will highlight the capabilities of the timsTOF platform and introduce new applications, method developments, and software solutions in the field of metabolomics and lipidomics. Those help scientists gain a faster and deeper understanding of diverse research areas such as health and disease as well as agriculture.</p>


Bruker: Expanding the Horizons of 4D-Metabolomics and 4D-Lipidomics

Expanding the Horizons of 4D-Metabolomics and 4D-Lipidomics

Benefits of TIMS for Metabolomics and Lipidomics. SpatialOMx for in-depth 4D-Lipidomics, Application Round-up: 4D-Metabolomics and 4D-Lipidomics.

LCMS webináře se zaměřením na LC/HRMS - strana 40