Vědci z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR pronikají do detailů genové transkripce. Popsali dosud neznámý molekulární mechanismus, kterým může začínat přepis genetické informace z deoxyribonukleové kyseliny (DNA) do ribonukleové kyseliny (RNA). Zaměřili se na zvláštní molekuly nazývané alarmony, které se vyskytují v buňkách napříč organismy a jejichž hladina se často zvyšuje při buněčném stresu. Výsledky výzkumu zveřejnil prestižní vědecký časopis Nature Chemical Biology.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_bc2bfffa6c.jpg" alt="ÚOCHB/Tomáš Belloň: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Dr. Hana Cahová, vedoucí vědecké skupiny Chemická biologie nukleových kyselin." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_bc2bfffa6c.jpg 234w," sizes="100vw" width="2000" height="1335"><div>RNA molekuly mohou nést na jednom konci různé chemické modifikace, označované jako tzv. „čepičky“. U eukaryotních organismů, kam patří i lidské buňky, je nejznámější čepička, která se podílí na stabilitě RNA a regulaci jejího dalšího osudu. V posledních letech se však ukazuje, že existují i alternativní, nekanonické RNA čepičky, jejichž vznik a mechanismus připojení k RNA se zatím vymyká lidským znalostem. Mezi ně patří například tzv. alarmonové čepičky, tvořené molekulami dinukleosidpolyfosfátu, alarmonů, které chrání buněčnou RNA ve chvílích, kdy je buňka v ohrožení.Tým <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://cahova.group.uochb.cz/cs">Dr. Hany Cahové</a> se ve své studii zaměřil na RNA polymerázu z bakterií a sledoval, jakým způsobem může tento enzym zahájit transkripci za využití dinukleosidpolyfosfátů (NpNs) místo běžných stavebních bloků RNA. Vědci vůbec poprvé popsali na atomární úrovni, jak může vznikat RNA s alarmonovou čepičkou přímo při zahájení přepisu genu. Navíc pozorovali, že se NpnNs vážou jiným typem párování, než je obvyklé.Na práci se zásadně podílely Valentina Serianni z týmu Hany Cahové, která prokázala schopnost dinukleosidpolyfosfátů zahajovat přepis genu, a Jana Škerlová, která se zaměřila na strukturální analýzu RNA polymerázy a na základě dat z kryogenní elektronové mikroskopie ukázala, jak se molekuly dinukleosidpolyfosfátů váží do aktivního místa RNA polymerázy, tedy do srdce enzymu, kde se genetická informace přepisuje. Jejich studie pomáhá odhalovat procesy, které provázejí přepis genetické informace z DNA do RNA.Hana Cahová k tomu dodává: „Popisujeme něco, co se v buňkách skutečně děje a co nyní dokážeme pozorovat přímo na úrovni jednotlivých molekul. Získáváme tak odpovědi na zásadní otázky týkající se buněčných procesů, například jak se buňky přizpůsobují stresu. Právě RNA totiž přenáší kaskádu informací, které stojí za jakoukoli buněčnou reakcí, např. na stav ohrožení způsobený nedostatkem živin či teplotním šokem.“<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_2_0fe88ff9e9.jpg" alt="ÚOCHB/Tomáš Belloň: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Dr. Tomáš Kouba, vedoucí core facillity skupiny Kryogenní elektronová mikroskopie." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_2_0fe88ff9e9.jpg 234w," sizes="100vw" width="2000" height="1335"><div>Klíčovou roli v projektu sehrála kryogenní elektronová mikroskopie (cryo-EM), kterou vedl Dr. Tomáš Kouba, jeden z autorů článku. „Kryoelektronová mikroskopie umožňuje zmrazit biologické molekuly skoro v jejich přirozené formě a následné získat trojrozměrnou strukturu takových molekul. Díky tomu můžeme nahlédnout přímo do aktivního centra enzymů a sledovat jejich fungování až na atomární úrovni,“ vysvětluje Tomáš Kouba.ÚOCHB vloni otevřel nové <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://cryoem.group.uochb.cz/cs">centrum cryo-EM</a>, které je v českém prostředí unikátní. Špičkové kryogenní elektronové mikroskopy našly zázemí ve speciálně navržené budově a umožňují studium biologických procesů s mimořádnou strukturální přesností.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_3_4d881e7a58.jpg" alt="ÚOCHB: Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace: Tato práce ukazuje, jak malé molekuly NpnN pomáhají bakteriím zahájit přepis genetické informace. Detailní zobrazení pomocí kryogenní elektronové mikroskopie odhaluje, jak se vážou na genetickou šablonu a fungují jako nekanonické „čepičky“ RNA." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UOCHB_Vyzkum_z_UOCHB_odhaluje_dosud_nepoznany_zpusob_prepisu_geneticke_informace_3_4d881e7a58.jpg 245w," sizes="100vw" width="2000" height="1077"><blockquote><h4>Původní článek</h4><h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.nature.com/articles/s41589-025-02134-5#citeas">Molekulární vhled do 5′ zakončení RNA pomocí NpnNs zprostředkovaného bakteriální RNA polymerázou</a></h4>Valentina M. Serianni, Jana Škerlová, Anna Knopp Dubánková, Anton Škríba, Hana Šváchová, Tereza Vučková, Anatolij Filimoněnko, Milan Fábry, Pavlína Řezáčová, Tomáš Kouba &amp; Hana Cahova&nbsp;Nat. Chem. Biol. 21 (2026)<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://doi.org/10.1038/s41589-025-02134-5">https://doi.org/10.1038/s41589-025-02134-5</a><h6>licencováno pod <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">CC-BY 4.0</a></h6></blockquote><h4>Abstrakt</h4>RNA zakončená dinukleosidovými polyfosfáty byla u bakterií i eukaryot objevena teprve nedávno. Pravděpodobný mechanismus tohoto specifického typu zakončení RNA spočívá v přímém začlenění dinukleosidových polyfosfátů RNA polymerázou jako nekanonických iniciačních nukleotidů. Dosud však nebylo známo, jakým způsobem se tyto sloučeniny vážou do aktivního místa RNA polymerázy během zahájení transkripce. V této práci jsme in vitro studovali iniciaci transkripce za použití série DNA templátů v kombinaci s dinukleosidovými polyfosfáty a modelovou RNA polymerázou z bakterie Thermus thermophilus. Zjistili jsme, že místo zahájení transkripce se může lišit v závislosti na kompatibilitě konkrétního templátu a použitého dinukleosidového polyfosfátu. Struktury iniciačních transkripčních komplexů s dinukleosidovými polyfosfáty získané pomocí kryogenní elektronové mikroskopie odhalily, že obě nukleové báze v molekule mohou párovat s DNA templátem. První kódovaný nukleotid se páruje kanonickým Watsonovým–Crickovým způsobem, zatímco druhá nukleová báze se váže nekanonicky prostřednictvím reverzního Watsonova–Crickova párování. Tato práce tak poskytuje strukturní vysvětlení mechanismu, kterým dinukleosidové polyfosfáty zahajují transkripci RNA.</div></div>

Výzkum z ÚOCHB odhaluje dosud nepoznaný způsob přepisu genetické informace

🎤 Přednášející: Michal Belianský<h3>VIZE 2025: Empower Method Validation Manager</h3><h4>Empower Method Validation Manager (MVM): moderní přístup k validaci chromatografických metod</h4>Validace analytických metod je klíčovým požadavkem regulovaných laboratoří v oblasti farmacie, biotechnologií i kontroly kvality. Software Empower Method Validation Manager (MVM) od společnosti Waters představuje komplexní nástroj, který umožňuje provádět validaci chromatografických metod systematicky a plně v souladu s požadavky lékopisů a regulačních autorit.MVM je rozšířením chromatografického datového systému <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/627">Empower</a>, díky čemuž propojuje vývoj, validaci, zpracování dat i reporting do jednoho uceleného workflow.<h4>Automatizované výpočty a System Suitability</h4>Jednou z hlavních výhod Empower MVM je využití automaticky generovaných chromatografických parametrů, jako jsou:<ul><li>rozlišení (Resolution),</li><li>faktor symetrie a tailing,</li><li>počet teoretických pater (Plate Count),</li><li>výška a šířka píku,</li><li>poměr signál/šum (S/N).</li></ul>Tyto parametry jsou vyhodnocovány v souladu s požadavky USP, EP i JP a mohou být přímo použity v rámci testů System Suitability, čímž se minimalizuje riziko manuálních chyb a zvyšuje konzistence výsledků.<h4>Podpora chemických struktur a specifických aplikací</h4>Empower MVM nabízí také rozšíření Chemical Structures, které je integrováno ve spolupráci s ACD/Labs. Díky tomu lze přímo v prostředí Empoweru:<ul><li>kreslit a upravovat chemické struktury,</li><li>vytvářet knihovny sloučenin,</li><li>vkládat struktury do tabulek komponent a zahrnovat je do reportů.</li></ul>Další specializovaná rozšíření pokrývají například:<ul><li>Dissolution – automatizované vyhodnocení disolučních testů včetně výpočtů f1, f2 a Q faktoru,</li><li>GPC/SEC pro polymerní analýzu – výpočty molekulových hmotností (Mw, Mn, Mp, Mz) a kombinaci dat z RI a LS detektorů,</li><li>Sample Weight Importer – přímý přenos hmotností ze vah do Empoweru s plnou auditní stopou.</li></ul><h4>Validace metod krok za krokem v MVM</h4>Empower Method Validation Manager strukturuje validaci do tří hlavních fází:<ol><li>Validation Protocol Definice validačních požadavků, akceptačních kritérií, typů testů a schvalovacích procesů.</li><li>Validation Study Řízení celé validační studie v jednom projektu – akvizice dat, jejich zpracování, statistické výpočty a průběžné hodnocení souladu s kritérii.</li><li>Reporting Automatizovaná tvorba validačních reportů z předdefinovaných šablon, včetně elektronických podpisů a plné sledovatelnosti změn.</li></ol>Software podporuje všechny klíčové validační testy, jako jsou linearita, přesnost, správnost, specificita, LOD/LOQ, opakovatelnost, mezilehlá přesnost, robustnost či stabilita metody<h4>Integrace, migrace dat a monitoring systémů</h4>Součástí ekosystému Empoweru jsou i nástroje pro migraci dat z jiných CDS (např. Agilent ChemStation/OpenLab, Thermo Chromeleon, MassLynx) pomocí modulu Waters Data Converter.Díky platformě <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/1544">waters_connect</a> System Monitoring mají uživatelé přehled o stovkách chromatografických a LC-MS systémů, mohou sledovat jejich stav v reálném čase, dostávat automatické notifikace a efektivně plánovat využití přístrojů, což významně zvyšuje produktivitu laboratoře.<h4>Závěr</h4>Empower Method Validation Manager představuje robustní a regulatorně připravené řešení pro validaci chromatografických metod od A do Z. Automatizace výpočtů, jednotné řízení validačních studií, pokročilé reportingové nástroje a hluboká integrace s CDS Empower činí z MVM silný nástroj pro laboratoře, které kladou důraz na kvalitu dat, efektivitu práce a plnou shodu s regulačními požadavky.

Waters VIZE 2025: Empower Method Validation Manager

V týdnu od 9. února na Vás čekají v oblasti kapalné fáze a především HPLC a LC/MS následující webináře.<blockquote><h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.lcms.cz/webinars">👉 DETAILY A REGISTRACE V SEKCI WEBINÁŘE</a></h4></blockquote><blockquote>👉 Vyhledávejte a filtrujte v největší globální databázi s více než 5 000 GC, HPLC, MS a spektroskopickými webináři.</blockquote><h5>1. SelectScience: High-throughput stability screening strategies for antibody formulation</h5><ul><li>Út, 10. 2. 2026 17:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5807">Registrace</a></li></ul>Webinář představuje využití vysokokapacitních technik DLS/SLS a rychlého DSC screeningu pro urychlení hodnocení stability vysoce koncentrovaných protilátkových formulací.<h5>2. Phenomenex: Big Scale, Big Wins: Prep Chromatography Explained</h5><ul><li>St, 11. 2. 2026 10:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5793">Registrace</a></li></ul>Praktický přehled přenosu analytických metod do preparativní HPLC, včetně limitů preparativních kolon a klíčových aspektů farmaceutických aplikací.<h5>3. ALS Czech Republic: PFAS in Food &amp; Food Contact Material</h5><ul><li>St, 11. 2. 2026 15:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5816">Registrace</a></li></ul>Webinář přináší přehled regulací EU a USA, analytických výzev a osvědčených strategií testování PFAS v potravinách a materiálech pro styk s potravinami.<h5>4. New Food magazine: The Science of Next-Gen Ingredients: Fermentation, Formulation and Function</h5><ul><li>St, 11. 2. 2026 16:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5720">Registrace</a></li></ul>Pohled na fermentační inovace nové generace a jejich roli při vývoji funkčních potravinářských ingrediencí se zlepšenou chutí, funkčností a stabilitou.<h5>5. SCIEX: Accurate Mass Fundamentals – Interpreting and Applying Your Data</h5><ul><li>St, 11. 2. 2026 19:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5772">Registrace</a></li></ul>Třetí díl série zaměřený na interpretaci přesné hmotnosti, potvrzení identity sloučenin a řešení problematických HRMS výsledků v praxi.<h5>6. Agilent Technologies: Process Analytical Techniques: Online HPLC for Real Time Monitoring and Control of Bioprocesses</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 06:30 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5834">Registrace</a></li></ul>Webinář ukazuje využití online PAT HPLC pro téměř reálné monitorování kritických kvalitativních atributů v bioprocesní výrobě.<h5>7. Thermo Fisher Scientific: Introducing the Orbitrap Excedion Pro Hybrid MS</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 11:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5889">Registrace</a></li></ul>Představení nové generace Orbitrap MS s rozšířeným hmotnostním rozsahem, ETD/EThcD fragmentací a robustními workflow pro charakterizaci proteinů.<h5>8. Waters Corporation: Planning Your NuGenesis Upgrade: Insights and Best Practices for a Smooth Transition</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 19:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5833">Registrace</a></li></ul>Doporučení pro upgrade softwaru NuGenesis, přechod na Windows 11 a využití nových dashboardů pro přehled dat v reálném čase.<h5>9. Thermo Fisher Scientific: Comprehensive Analytical Strategies for Peptides Therapeutics and GLP-1 Agonist</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 19:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5814">Registrace</a></li></ul>Komplexní přehled analytických strategií pro peptidová terapeutika a GLP-1 agonisty, zahrnující vývoj metod, kontrolu kvality a LC-MS workflow.<h5>10. Agilent Technologies: Moving from R&amp;D and Limited QC on a UV-Vis-NIR Instrument to Large Scale QC Using an Autosampler</h5><ul><li>Čt, 12. 2. 2026 20:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/2104">Registrace</a></li></ul>Webinář se zaměřuje na rozšíření UV-Vis-NIR analýzy z výzkumu do rutinní kontroly kvality pomocí autosampleru.<h5>11. Agilent Technologies: LC Method Transfer: Hidden Challenges &amp; Absolute Solution</h5><ul><li>Pá, 13. 2. 2026 06:30 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5787">Registrace</a></li></ul>Detailní rozbor skrytých úskalí přenosu LC metod mezi systémy a strategií, jak zajistit robustní a reprodukovatelné výsledky.<h5>12. Altium International (HPST): Příprava vzorků pro analýzu vitamínů rozpustných v tucích – tipy a aplikace</h5><ul><li>Pá, 13. 2. 2026 10:00 CET</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/webinar/5891">Registrace</a></li></ul>Praktické tipy pro přípravu vzorků vitamínů rozpustných v tucích v komplexních lipidových matricích se zaměřením na kvalitu a spolehlivost dat.

Webináře LabRulezLCMS týden 07/2026

Webináře

Přednáška

Věda a výzkum

Video

Článek

Produkt

ÚOCHB AV ČR je přední mezinárodně uznávaná vědecká instituce, jejímž hlavním posláním je základní výzkum v oblasti chemické biologie a medicinální chemie, organické a materiálové chemie, chemie přírodních látek, biochemie a molekulární biologie, fyzikální chemie, teoretické chemie a analytické chemie.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR

Vše ze světa analytické chemie na jednom místě. Propojujeme lidi při řešení jejich problémů. U nás naleznete všechny potřebné informace snadno, rychle a přehledně. Přestaňte hledat a začněte nacházet.

LabRulez

Firmu Waters založil v roce 1958 pan James Waters. Od té doby se společnost Waters specializuje na kapalinovou chromatografii a hmotnostní spektrometrii. Divize TA Instruments působí na poli termální analýzy. V České republice je Waters zastoupen přímou pobočkou, která sídlí v Praze.

Waters Gesellschaft

Technology Networks

Thermo Fisher Scientific

SelectScience

Spectroscopy & Separation Science

To understand biological systems at a functional level, a comprehensive picture of the diverse forms proteins can take is crucial. Top-down mass spectrometry (MS)-based proteomics provides a comprehensive analysis of such proteoforms, but the extraordinary dynamic range of the human proteome has meant that the MS detection of low-abundance proteins has remained an unsolved challenge. New strategies in top-down proteomics for precision medicine enabled by the timsTOF Pro are however helping to change this.
In this webinar, David Roberts will present novel top-down proteomics and nanotechnology approaches for the sensitive enrichment, analysis, and characterization of low-abundance protein biomarkers.
Moreover, David will reveal a first-hand look at how the timsTOF Pro enables in-depth proteomics for the high-throughput proteomic analysis of 3D human induced pluripotent stem cell-derived engineered cardiac tissues assisted by a novel photo-cleavable surfactant, Azo. Lastly, David will demonstrate new native ion mobility MS approaches for the in-depth characterization of native antibody drug conjugates with high sensitivity.
<h3>In this webinar you will learn about:</h3>
<ul>
<li>Top-down proteomics approaches for in-depth biomarker analysis toward precision medicine</li>
<li>How rationally designed nanomaterials can enable the sensitive and specific enrichment of low-abundance proteins</li>
<li>How TIMS enhances intact protein analysis and characterization and enables high-throughput, in-depth proteome coverage</li>
<li>timsTOF Pro-enabled native MS characterization of antibody drug conjugates</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: David S. Roberts (Chemistry PhD Student, Ying Ge Lab and Song Jin Lab, University of Wisconsin-Madison)
</blockquote>

Pixabay/LionFive: Advancing Top-Down Proteomics for Precision Medicine on the timsTOF Pro

Advancing Top-Down Proteomics for Precision Medicine on the timsTOF Pro

Proteomics and metabolomics have become widely adopted techniques, often multi-disciplinary, requiring the collaboration of biologists and medical doctors, of protein chemists, mass spectrometrists and bioinformaticians delivering the value of innovative applications and novel workflows as fresh knowledge on health, disease and biology. This field relies on the scientific community pushing the limits of mass spectrometry (MS) technology to gain understanding in various disease areas that can lead to effective diagnostics, treatments and vaccines. Over this day, we will highlight several of these cutting-edge developments and results in single cell analysis, spatial omics and clinical research deploying artificial intelligence for improved data acquisition and interpretation. Our specialists will also share their recommendations for achieving outmost performance with our instruments and software.
<h5>9:00 BST (10:00 CEST - Prague) | Plenary 1 | Your fast-track to confident results in multi-omics: Thermo Scientific Orbitrap Exploris product family expanded</h5>
<ul>
<li>Speaker: Thomas Moehring, Sr Director Marketing LSMS, Thermo Fisher Scientific</li>
</ul>
<h5>9:30 BST (10:30 CEST - Prague) | Plenary 2 | Latest developments in native ambient mass spectrometry</h5>
<ul>
<li>Speaker: Helen Cooper, Professor of Mass Spectrometry, Deputy Head of School, EPSRC Established Career Fellow, Birmingham University</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Thomas Moehring (Sr Director Marketing LSMS, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Dr. Thomas Moehring studied Chemistry and Environmental Science at the Carl von Ossietzky University Oldenburg, Germany, and completed his Ph.D. project at the Institute of Chemistry and Biology of Marine Environment (ICBM) Oldenburg, Germany.
</blockquote>
<blockquote>
He then became the Team Leader Peptidomics technology at BioVisioN (Hannover, Germany). In 2004 he joined Thermo Fisher Scientific as application/demo chemist, followed by various roles in Product Management.
</blockquote>
<blockquote>
Thomas is currently leading global Product Management efforts for Life Science Mass Spectrometry as Senior Director of Hardware Platform Management.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Helen Cooper (Professor of Mass Spectrometry, Deputy Head of School, EPSRC Established Career Fellow, Birmingham University)
</blockquote>
<blockquote>
Professor Helen J. Cooper is an expert in the gas-phase ion chemistry of peptides and proteins. She is a world-leader in the field of electron capture dissociation mass spectrometry and is responsible for establishing the University of Birmingham as a centre of excellence in mass spectrometry research. Professor Cooper has published extensively in peer-reviewed journals and serves on a number of national and international committees including the Editorial Board for the Journal of the American Society for Mass Spectrometry and the British Mass Spectrometry Society.
</blockquote>

Thermo Scientific: LC-MS User Meeting 2020 - Omics - Plenary Session

LC-MS User Meeting 2020 - Omics - Plenary Session

Proteomics and metabolomics have become widely adopted techniques, often multi-disciplinary, requiring the collaboration of biologists and medical doctors, of protein chemists, mass spectrometrists and bioinformaticians delivering the value of innovative applications and novel workflows as fresh knowledge on health, disease and biology. This field relies on the scientific community pushing the limits of mass spectrometry (MS) technology to gain understanding in various disease areas that can lead to effective diagnostics, treatments and vaccines. Over this day, we will highlight several of these cutting-edge developments and results in single cell analysis, spatial omics and clinical research deploying artificial intelligence for improved data acquisition and interpretation. Our specialists will also share their recommendations for achieving outmost performance with our instruments and software.
<h5>11:00 BST (12:00 CEST - Prague) | Optimal workflows for spatial proteomics on the Orbitrap Eclipse Tribrid Mass Spectrometer</h5>
<ul>
<li>Speaker: Prof. Kathryn Lilley, Research Group Head, University of Cambridge, UK</li>
</ul>
<h5>11:30 BST (12:30 CEST - Prague) | Pushing the Limits of Sensitivity: Micropillar Array-Based Chromatography Coupled to a Quadrupole Orbitrap Mass Spectrometer and FAIMS for Low-Input Proteomics</h5>
<ul>
<li>Speaker: Karl Mechtler, Head of Protein Chemistry Facility bei Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Vienna Biocore Facilities, Austria</li>
</ul>
<h5>12:00 BST (13:00 CEST - Prague) | Mass spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome (Mergner et al Nature 2020)</h5>
<ul>
<li>Speaker: Dr. Julia Mergner, Head of Proteomics, TU - Munich, Germany</li>
</ul>
<h5>12:30 BST (13:30 CEST - Prague) | MS Based Approach for Low Amount Tissue Proteome Profile</h5>
<ul>
<li>Speaker: Alessandro Cuomo, Coordinator Mass Spectrometry Unit, IEO Research - Milano, Italy</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Prof. Kathryn Lilley (Research Group Head, University of Cambridge, UK)
</blockquote>
<blockquote>
Kathryn Lilley is a Professor in the Department of Biochemistry and a member of the Milner Therapeutics Institute.She is also Director of theCambridge Centre for Proteomics, and a Director of Studies at Jesus College.
</blockquote>
<blockquote>
Kathryn&#39;s research specialisesin the development of cutting edge proteomics technologies. Her research group is exploring waysto:
</blockquote>
<ul>
<li>Defineresidents of organelles and protein complexes within cells</li>
<li>Usea combination of high throughput mass spectrometry and pattern recognition methods to define genuine residents of complexes and organelles</li>
<li>Monitor concerted changes in location upon cellular perturbation such as drug treatment, mutation etc.</li>
</ul>
<blockquote>
These methods are being used to locate proteins involved in stem cell pluripotency maintenance both in terms of sub cellular location and involvement in multi protein complexes.
</blockquote>
<blockquote>
She is also interested in what controls the location of proteins in cells and is developing methods to determine the spatial location of translation (where proteins are synthesised).
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Karl Mechtler (Head of Protein Chemistry Facility bei Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Vienna Biocore Facilities, Austria)
</blockquote>
<blockquote>
Main Research Areas
</blockquote>
<ul>
<li>Major topics: Proteomics, Mass Spectrometry, Bioinformatics</li>
<li>Specialized in: Analysis of post-translational modifications, cross-linking mass spectrometry, single cell proteomics</li>
<li>Development of new mass spectrometry methods to increase sensitivity, accuracy and precision of protein identification and quantification.</li>
<li>Development of novel algorithms to increase the number of identified peptides, determine the localization of post-translational modifications and for label-free quantification.</li>
</ul>
<blockquote>
Main Research Achievements
</blockquote>
<ul>
<li>Establishment of the first Proteomics Core Facility in Austria in 2000, which is embedded in the Campus Vienna Biocenter and available to scientists from the Research Institute of Molecular Pathology (IMP), the Institute of Molecular Biotechnology (IMBA) and the Gregor Mendel Institute (GMI) today.</li>
<li>Development of methods for the analysis of post-translational modifications (phosphorylated arginine, glycoproteomics)</li>
<li>Development of different algorithms for qualitative and quantitative MS data analysis (available at http://ms.imp.ac.at), that are increasingly used by proteomics labs world-wide</li>
<li>(Co-)Author of more than 180 publications including contributions in Nature, Cell and Science.</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Dr. Julia Mergner (Head of Proteomics, TU - Munich, Germany)
</blockquote>
<blockquote>
I am a molecular biologist running a newly established proteomic competence center at the hospital campus of the TU Munich. I am applying label-free, tandem-mass-tag and targeted proteomic techniques to study global proteome expression, protein complex compositions and PTM site localizations. The aim of my research is to advance technologies for the detection and quantification of proteins and post-translational modifications using liquid-chromatography-based tandem mass spectrometry.
</blockquote>
<blockquote>
Career
</blockquote>
<blockquote>
Professional experience
</blockquote>
<ul>
<li>2020 – present Head of Proteomics at the Bavarian Center for Biomolecular Mass Spectrometry at Klinikum rechts der Isar (BayBioMS@MRI), TU Munich, Germany</li>
<li>2015 - 2020 Post-Doc at the Chair of Proteomics and Bioanalytics, TU Munich, Germany</li>
<li>Research project “The Arabidopsis proteome”, Proteomic Z-project coordinator for SFB924 “Molecular mechanisms regulating yield and yield stability in plants”</li>
</ul>
<blockquote>
Education
</blockquote>
<ul>
<li>2010 - 2015 PhD in Molecular Biology at the Chair of Plant Systems Biology, TU Munich, Germany</li>
<li>Project “Characterization of DENEDDYLASE1 function in Arabidopsis”</li>
<li>2004 - 2010 Biology training at the Albert-Ludwigs-University Freiburg i. Breisgau, Germany</li>
<li>Diploma thesis “Ontogenetic changes in biomechanics and functional morphology of weeping plants”</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Alessandro Cuomo (Coordinator Mass Spectrometry Unit, IEO Research - Milano, Italy)
</blockquote>
<blockquote>
Alessandro is the Head of <a href="https://www.research.ieo.it/research-and-technology/technological-units/proteomics-unit/">Mass Spectrometry Unit (MSU) at European Institute of Oncology (IEO), Department of Experimental Oncology (DEO).</a>
</blockquote>
<blockquote>
Education and Training
</blockquote>
<ul>
<li>January 2015: Staff Scientist at European Institute of Oncology (IEO)</li>
<li>April-October 2012: Visiting Scientist:Max Plank Institute (MPI)-</li>
</ul>
<blockquote>
M. Mann Lab
</blockquote>
<ul>
<li>October 2008: Post-Doc position: European Institute of Oncology (IEO).</li>
<li>October 2008: Doctor of Philosophy (PhD) in Molecular Medicine (SEMM program- http://www.semm.it).</li>
<li>April 2007- Sept. 2008: Visiting Scientist:Utrecht University (The Netherlands) - A. J. Heck Lab</li>
<li>January 2004-Dec. 2004: Temporary staff: CEINGE Biotechnology Institute, School of medicine Naples.</li>
<li>Oct. 2002-Dec. 2003: Temporary staff: DSTB School of medicine of Udine.</li>
<li>June 2002: B. Sc. (Laurea) Chemistry, University of Naples “Federico II”.</li>
</ul>

Thermo Scientific: LC-MS User Meeting 2020 - Omics - Proteomics Morning Session

LC-MS User Meeting 2020 - Omics/Proteomics Morning Session

Proteomics and metabolomics have become widely adopted techniques, often multi-disciplinary, requiring the collaboration of biologists and medical doctors, of protein chemists, mass spectrometrists and bioinformaticians delivering the value of innovative applications and novel workflows as fresh knowledge on health, disease and biology. This field relies on the scientific community pushing the limits of mass spectrometry (MS) technology to gain understanding in various disease areas that can lead to effective diagnostics, treatments and vaccines. Over this day, we will highlight several of these cutting-edge developments and results in single cell analysis, spatial omics and clinical research deploying artificial intelligence for improved data acquisition and interpretation. Our specialists will also share their recommendations for achieving outmost performance with our instruments and software.
<h5>14:30 BST (15:30 CEST - Prague) | The characterization of antibody fragments by CE-CE-top-down MS/MS</h5>
<ul>
<li>Speaker: Prof. Dr. Christian Neusüß, Faculty of Chemistry, Hochschule Aalen - Aalen, Germany</li>
</ul>
<h5>15:00 BST (16:00 CEST - Prague) | Thermo Scientific™ Proteome Discoverer™ Software 2.5</h5>
<ul>
<li>Speaker: Bernard Delanghe, Product Marketing Manager, Life Sciences Mass Spectrometry, Thermo Fisher Scientific</li>
</ul>
<h5>15:30 BST (16:30 CEST - Prague) | Pushing sensitivity on your Tribrid, Get the most out of your DDA runs</h5>
<ul>
<li>Speaker: Peter Mowlds, Expert Sale Support, Proteomics, EMEA, Thermo Fisher Scientific</li>
</ul>
<h5>15:50 BST (16:50 CEST - Prague) | SureQuant intelligence-driven MS: a new paradigm for targeted quantitation</h5>
<ul>
<li>Speaker: Sega Ndiaye, Expert Sale Support, Proteomics, EMEA, Thermo Fisher Scientific</li>
</ul>
<h5>16:10 BST (17:10 CEST - Prague) | Getting the best out of your FAIMS mobility device</h5>
<ul>
<li>Speaker: Samy Memmi, Expert Sale Support, Proteomics, EMEA, Thermo Fisher Scientific</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Prof. Dr. Christian Neusüß (Faculty of Chemistry, Hochschule Aalen - Aalen, Germany)
</blockquote>
<blockquote>
<ul>
<li>Seit 2009 Studiendekan Masterstudiengang &quot;Analytische und Bioanalytische Chemie&quot;, Hochschule Aalen</li>
</ul>
</blockquote>
<ul>
<li>Seit 2006 Professor für Allgemeine und Analytische Chemie, Hochschule Aalen</li>
<li>2001 - 2006 Wissenschaftlicher Mitarbeiter / Applikationschemiker bei Bruker Daltonik GmbH (Leipzig/Bremen): Anwendung und Methodenentwicklung im Bereich Elektrospray-Massenspektrometrie in Kopplung mit Trenntechniken (HPLC und CE)</li>
<li>1996 - 2001 Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Troposphärenforschung (Leipzig)</li>
<li>Dissertation (2000): Chemische Charakterisierung von größenaufgelösten atmosphärischen Aerosolpartikeln (Universität Leipzig)</li>
<li><a href="https://www.hs-aalen.de/de/users/206/seiten/lebenslauf">1989 - 2001</a></li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Peter Mowlds (Expert Sale Support, Proteomics, EMEA, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Peter is a member of the Expert OMICS team, specializing in proteomics, and primarily focusing on Tribrid platforms. Prior to joining the experts team he worked as a proteomics application specialist and trainer for Northern Europe. Before joining Thermo Fisher Scientific , Peter gained his PhD from NUI Maynooth and carried out postdoctoral research at UCD and Imperial College London.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Sega Ndiaye (xpert Sale Support, Proteomics, EMEA, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
Sega is a member of the OMICS team as an expert in proteomics. His main focus is quantitation and targeted proteomics with all the Orbitrap instruments platform.
</blockquote>
<blockquote>
Before joining Thermo Fisher Scientific, Sega gained is PhD at ESPCI (Industrial Physics and Chemistry Higher Educational Institution) followed by a post doctoral position in the Biopharma industry.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Samy Memmi (Expert Sale Support, Proteomics, EMEA, Thermo Fisher Scientific)
</blockquote>
<blockquote>
My name is Samy Memmi and I am a Sales Support Expert for proteomics applications at Thermo Fisher Scientific.
</blockquote>
<blockquote>
After a first taste during my PhD in Biochemistry at Ghent University, I turned passionate about mass spectrometry for the life sciences while joining the Chromatography and Mass Spectrometry division of the company in 2009.
</blockquote>
<blockquote>
I enjoy foremost the interesting contacts with customers all across Europe, sharing knowledge and helping them facing their challenges with the use of our Orbitrap based technology and software.
</blockquote>
<blockquote>
I currently live near Brussels in Belgium where, outside of work, I stay active by running long distances, road cycling and giving my best in raising 2 teenage girls and a young boy.
</blockquote>

Thermo Scientific: LC-MS User Meeting 2020 - Omics/Proteomics Afternoon Session

LC-MS User Meeting 2020 - Omics/Proteomics Afternoon Session

In this webinar, Dr. Chris Petucci will provide an overview of the University of Pennsylvania Metabolomics Core and how it performs targeted and untargeted LC/MS metabolomics for internal and external research investigators and industry.
One of the platform’s key enabling technologies for in-depth understanding of biological pathways in disease and biomarker discovery is the Thermo Scientific™ Orbitrap ID-X™ Tribrid™ mass spectrometer.
Examples of sample preparation, LC/MS method development, and untargeted metabolomics projects in medical research will be presented to illustrate the power of the Orbitrap ID-X mass spectrometer.
<h3>This webinar will cover the following:</h3>
<ol>
<li>Stable and reproducible sample preparation of cells, biological fluids, and tissues for metabolomics
</li>
<li>Essentials of chromatography theory and practice for high-resolution chromatography of metabolites
</li>
<li>Strengths of the Orbitrap ID-X LC/MS for untargeted metabolomics
</li>
<li>Basics of statistical data analysis of untargeted metabolomics data using Thermo Scientific™ Compound Discoverer™ software
</li>
</ol>
<h3>Who should attend?</h3>
Research scientists in the metabolomics field, especially those who use mass spectrometry, including people who are new to the metabolomics field as well as experts who want to learn more about accurate and precise sample preparation, LC/MS experiments, and data analysis for untargeted metabolomics with the Orbitrap ID-X LC/MS.
<blockquote>
Presenter: Dr. Chris Petucci (Director of the Metabolomics Core, University of Pennsylvania)
</blockquote>
<blockquote>
Chris Petucci received his Ph.D. in analytical chemistry with a focus on mass spectrometry from Purdue University. After his time in drug discovery at Wyeth, he established and became the director of a targeted metabolomics core at the Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute. The core was a major partner with the Southeast Center for Integrated Metabolomics (SECIM) at the University of Florida, one of six National Institutes of Health (NIH) sponsored national centers to spur metabolomics research. He is currently the director of the Penn Metabolomics Core of the Cardiovascular Institute at the Perelman School of Medicine. The core performs targeted and untargeted metabolomics assays for biomarker discovery to serve internal and external research investigators, including industry.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Moderator: Charlie Carter (Editorial Team, SelectScience)
</blockquote>
<blockquote>
Charlie studied neuroscience at the University of Bristol, UK, before completing a Masters in Science Communication. As a member of the Editorial team, Charlie plays an integral role in shaping the content on SelectScience.
</blockquote>

SelectScience: Essential technology for sub-ppm mass accuracy and high-resolution untargeted metabolomics

Essential technology for sub-ppm mass accuracy and high-resolution untargeted metabolomics

There is increased concern regarding the authenticity of basmati rice throughout the world. For years, traders have been passing off a lesser quality rice as the world&#39;s finest long-grained, aromatic rice, basmati, in key markets like the US, Canada and the EU.
In this on-demand webinar, we describe a proof of principle method to assess the authenticity of basmati rice using the latest advancements in high resolution GC-MS and informatics technologies. Volatile compounds of interest were extracted from heated dry rice via SPME and headspace. Following a generic GC separation, detection was performed using a SYNAPT G2-Si MS run in HDMSE mode. Collection of a HDMSE dataset offers a high level of specificity owing to the orthogonal nature of the ion mobility separation to the GC separation.
Progenesis QI, the latest OMICS informatics package from Waters, is designed to utilize the 4-dimensional data produced during a SYNAPT G2-Si HDMSE acquisition. Initially, alignment of all injections was performed followed by the unique peak co-detection process resulting in the same number of analyte measurements in every sample and no missing values. Data from all isotopes and adducts of a parent compound were then deconvoluted giving a single robust and accurate quantitative measurement for that parent compound. The peak picking and deconvolution algorithms ensure a high quality compound table where adducts and isotopes are grouped with the parent m/z. Compounds of interest from the rice samples were highlighted using various multivariate statistical techniques such as PCA and identified using elucidation tools and relevant database searches within the software platform.
This workflow has general applicability to many areas of discovery OMICS and food research where biomarkers differentiating between two or multiple groups are required.
<h3>What will I learn?</h3>
<ul>
<li>An experimental workflow to evaluate the authenticity of foodstuffs</li>
<li>A basic workflow for the discovery of volatile biomarkers between multiple groups of samples</li>
<li>The basics of HDMSE data independent acquisition</li>
<li>How Progenesis QI is used to analyze metabolomics data</li>
</ul>
<h3>Who should attend?</h3>
<ul>
<li>Food research scientists</li>
<li>Metabolomics research scientists</li>
<li>Biomarker research scientists</li>
</ul>
<blockquote>
Presenter: Robert Tonge, Ph.D. (Senior Product Manager, OMICS Informatics, Waters Corporation)
</blockquote>
<blockquote>
Dr Robert Tonge is Senior Product Manager for OMICS Informatics at Waters Corporation, Manchester UK. Robert has been at Waters for 4 years in both Product Development and Field Marketing and has approaching 20 years experience in OMICS science. He trained initially in Biochemistry and Toxicology before moving to &#39;Big Pharma&#39; where he worked in Discovery and Translational Research across a wide variety of disease areas from cancer, cardiovascular disease and infection research.
</blockquote>
<blockquote>
Presenter: Gareth Cleland, Ph.D. (Principal Scientist, Food &amp; Environmental Business, Waters Corporation)
</blockquote>
<blockquote>
Dr Gareth Cleland is a Principal Scientist within the Food and Environment Business Operations at Waters Headquarters, USA. Following his Chemistry studies, he started his professional career working as a Development Chemist for a small coatings company in Oxfordshire, UK. He joined Waters Corporation in 2002 and has held various roles within the organization, both UK and US based, over the last 12 years.
</blockquote>

Pixabay/Trung Hieu Dang: Discovery OMICS and Progenesis QI for Food Authenticity Testing

LCMS webináře se zaměřením na OMICS - strana 26