CHRONECT Proteomics Workstation

Význam tématu

Automatizace přípravy vzorků pro proteomiku je klíčová pro dosažení vysoké reproducibility a throughput při hmotnostní spektrometrické identifikaci a kvantifikaci proteinů. Automatizovaný postup minimalizuje lidské chyby a umožňuje standardizaci experimentů ve výzkumných i rutinních laboratořích.

Cíle a přehled článku

Tento dokument představuje CHRONECT Workstation Proteomics vyvinutou ve spolupráci Max-Delbrück-Centrum a Axel Semrau. Cílem metody je plně automatizovat enzymatické štěpení proteinů v roztoku i přímo v gelu SDS elektroforézy, zvýšit propustnost vzorků a zajistit konzistentní výsledky.

Použitá metodika a instrumentace

Pro přípravu vzorků jsou popsány dva hlavní workflow:

• In solution digest
  • Denaturace proteinů, následné přidání TCEP pro redukci disulfidů (30 min) a CAA pro alkylaci (20 min)
  • První štěpení endopeptidázou Lys C (3 h), naředění pufrem
  • Druhé štěpení trypsinem (10 h) a ukončení TFA
• In gel digest
  • Umístění gelového proužku do vakuové vaničky a intenzivní promytí
  • Redukce TCEP (30 min) a alkylace CAA (20 min)
  • Štěpení trypsinem (10 h) a ukončení TFA

Hlavní instrumentace:

• RTC PAL vzorkovač
• Vakuová vanička pro in gel digest s pumpou
• Software CHRONOS se standardními metodami
• Řídicí datový systém a SOP od Max Delbrück Centra
• Příslušenství a spotřební materiál

Hlavní výsledky a diskuse

Automatizovaný pracovní systém umožnil výrazné zvýšení propustnosti vzorků při zachování vynikající reprodukovatelnosti. Integrace CHRONOS s PAL RTC zjednodušila časovou optimalizaci procesů a minimalizovala riziko kontaminace.

Přínosy a praktické využití metody

Metoda nabízí:

• Vysokou propustnost vzorků
• Plnou automatizaci klíčových preparativních kroků
• Snadné přizpůsobení parametrů pro různé typy vzorků
• Bezpečnost investice díky ověřenému know-how

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další integrace s nanoLC a hmotnostními spektrometry pro úplnou automatizaci od přípravy až po analýzu. Potenciál představuje rozšíření na multiplexní štěpení s různými proteázami a nasazení ve vysoce výkonných protéomických laboratořích.

Závěr

CHRONECT Workstation Proteomics poskytuje robustní a reprodukovatelnou platformu pro automatizovanou enzymatickou přípravu vzorků pro hmotnostní spektrometrii. Díky standardizovaným protokolům a provozní efektivitě je ideální pro laboratoře střední propustnosti.

Reference

Max Delbrück Centrum for Molecular Medicine and Axel Semrau 2017 Product Information CHRONECT Workstation Proteomics