Evaluation of high dynamic range MS1 acquisition methods on a Hybrid Orbitrap mass spectrometer.

Význam tématu

V proteomice je klíčové dosáhnout širokého dynamického rozsahu, aby bylo možné spolehlivě detekovat a kvantifikovat jak vysoce, tak nízce zastoupené proteiny v komplexních vzorcích. Tradiční MS1 plné skeny mohou selhávat při nízkém iontovém toku, což omezuje citlivost a přesnost kvantifikace vzácných peptidů. Implementace metod pro zvýšení dynamického rozsahu (HDR) nabízí významné zlepšení signál-šum poměru u slabých signálů a rozšiřuje možnosti analýzy v biomedicínském výzkumu i průmyslové kontrole kvality.

Cíle a přehled studie

Cílem studie bylo vyhodnotit novou matice snímání pro HDR MS1 skenování na hybridním Orbitrap Exploris 480 hmotnostním spektrometru. Pomocí datově nezávislé akvizice (DIA) v shotgun proteomice autoři porovnali klasické MS1 plné skeny s HDR MS1 skeny, zaměřili se na přesnost kvantifikace nízkých a středních intenzit peptidů a celkový počet detekovaných signálů.

Použitá metodika a instrumentace

• Vzorek: Thermo Scientific Pierce HeLa Digest Standard (20 µg/vial) v 0,1 % formiové kyselině.
• Separace: Aurora Ultimate 25 cm × 75 µm, Vanquish Neo UHPLC, gradient 6–28 % B (40 min), 28–50 % B (12,5 min), průtok 250 nl/min.
• Hmotnostní spektrometr: Orbitrap Exploris 480, zdroj EASY-Spray, plné skeny při rozlišení 120 000.