Identification of Acinetobacter Species Using MicrobialTrack

Význam tématu

Metoda MALDI-TOF MS představuje rychlý a cenově efektivní přístup k identifikaci mikroorganismů v klinické a potravinářské praxi. Přesná diferenciace druhů v rámci A. calcoaceticus-baumannii (ACB) komplexu je klíčová pro správné stanovení rizika nozokomiálních infekcí a volbu antimikrobiální terapie.

Cíle a přehled studie

Cílem bylo ověřit schopnost softwaru MicrobialTrack cloudového řešení identifikovat čtyři druhy ACB komplexu (A. baumannii, A. calcoaceticus, A. nosocomialis a A. pittii) na souborech 33 kmenů včetně referenčních.

Použitá metodika a instrumentace

Střevní kultury byly pěstovány na Heart Infusion Agar při 30 °C po dobu 20 hodin. Po úpravě kyselinou mravenčí a smíchání s matricí CHCA byly vzorky analyzovány na MALDI-TOFMS AXIMA Performance v lineárním pozitivním režimu v rozsahu m/z 2 000–20 000. Spektra byla vyhodnocena v cloudové službě MicrobialTrack se dvěma databázemi („All“ a „Reps“) při výchozí prahové hodnotě šumu 0,0002.

Hlavní výsledky a diskuse

Ze 159 pořízených spekter obstáhlo 156 dat s nejvyšší spolehlivostí identifikace, tři body byly klasifikovány jako nízká spolehlivost. Shoda s taxonomickými údaji z kulturálních sbírek dosáhla 98,7 %. Hlavní vrcholy spekter odpovídaly teoretickým hmotnostem proteinů odvozených z genomu, přičemž více než polovina identifikovaných signálů byla reprezentována ribozomálními proteiny, které slouží jako spolehlivé taxonomické markery.

Přínosy a praktické využití metody

MicrobialTrack umožňuje přesnou detekci a označení individuálních proteinových signálů v porovnání s genomicky predikovanými hmotnostmi. Cloudové prostředí zjednodušuje nasazení bez potřeby lokálního softwaru. Metoda zlepšuje identifikaci klinicky významných bakterií, jejichž rozlišení bylo dříve náročné.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se rozšíření databází o další proteiny a mikroorganismy, integrace s genomickými a proteomickými platformami a plná automatizace pracovních postupů. Cloudová analytika může být doplněna o mobilní a terénní aplikace pro okamžitou diagnostiku.

Závěr

Analýza spekter ACB komplexu pomocí MicrobialTrack přinesla vysokou přesnost identifikace i u druhů obtížně rozlišitelných konvenčními metodami. Kombinace MALDI-TOF MS s genomicky predikovanými hmotnostmi proteinů představuje perspektivní nástroj pro mikrobiologická a klinická pracoviště.

Reference

1. Nithichanon A, Kewcharoenwong C, Da-oh H, Surajinda S, Khongmee A, Koosakunwat S, Wren BW, Stabler RA, Brown JS, Lertmemongkolchai G. Acinetobacter nosocomialis causes as severe disease as Acinetobacter baumannii in Northeast Thailand: Underestimated role of A. nosocomialis in Infection. Microbiol Spectr. 10(6):e02836-22 (2022).
2. Sekiguchi Y, Teramoto K, Tourlousse DM et al. A large-scale genomically predicted protein mass database enables rapid and broad-spectrum identification of bacterial and archaeal isolates by mass spectrometry. Genome Biol. 24, 257 (2023).