Check your RNA quality with excellent speed and accuracy on Lunatic

Význam tématu

Vysoká čistota a přesné stanovení koncentrace RNA jsou nezbytné pro molekulární biologie, biotechnologie i terapeutické aplikace. Kontaminace DNA nebo proteinů může výrazně zkreslit výsledky metod založených na PCR či sekvenování, a proto spolehlivá kontrola kvality vzorku usnadňuje reprodukovatelnost experimentů a zajišťuje validní data.

Cíle a přehled článku

Cílem publikace je představit systém Lunatic pro rychlé a přesné stanovení kvality RNA. Study demonstruje schopnost Lunaticu dekonvolvovat absorbanci RNA od koabsorbujejících nečistot (DNA, proteiny, imidační činidla) a poskytovat spolehlivé informace o skutečné koncentraci a čistotě RNA ve vysokopro­tovém formátu.

Použitá instrumentace

• Lunatic UV/Vis spektrofotometr – mikrofluidní systém pro čtení absorbance vzorků (2 µl)
• High Lunatic plate – destička se 96 vzorky, doba měření až 10 minut

Použitá metodika

• Měření absorbance při 260, 280 a 320 nm pro detekci nukleových kyselin, proteinů a turbidity
• Unmix algoritmus pro dekonvoluci spekter RNA, DNA a proteinů
• Příprava vzorků: purifikovaná RNA z telecí jater, komerční DNA a BSA pro simulaci kontaminace
• Statistické zpracování výsledků v RStudio, odstranění odlehlých hodnot metodou IQR

Hlavní výsledky a diskuse

• Přesnost měření RNA bez přídavných činidel pro šest replik: nízký CV a SD, stabilní baseline spektra.
• Schopnost odhalit a kvantifikovat DNA kontaminaci v rozsahu 5–40 % při konstantní celkové koncentraci: lineární závislost s R2=0,9925.
• Detekce proteinové kontaminace (BSA 10 % a 50 %): Unmix korektně dekonvolvuje spektra a poskytuje skutečnou hodnotu RNA.
• Široký dynamický rozsah stanovení: od 1,2 do 11 000 ng/µl RNA.
• Vysoká propustnost: až 96 vzorků za 5–10 minut bez potřeby kalibračních standardních křivek nebo fluorescenčních činidel.

Přínosy a praktické využití metody

Díky mikrofluidnímu přístupu s minimálním objemem vzorku a dekonvolučním algoritmům je možné bez další přípravy vzorků rychle validovat kvalitu RNA izolátů. Metoda šetří čas i náklady, odstraňuje riziko pipetážních chyb a usnadňuje high-throughput analýzy v akademických i průmyslových laboratořích.

Budoucí trendy a možnosti využití

• Integrace UV/Vis systémů s automatizovanými robotickými platformami pro masivní paralelní zpracování vzorků.
• Rozšíření dekonvolučních algoritmů na další typy biomolekul (např. buněčné lyzáty, proteiny, lipidy).
• Využití v on-line QC výrobních procesů pro RNA-LNP vakcíny a terapeutika.
• Propojení s datovými platformami a LIMS pro centralizovanou správu výsledků a sledovatelnost dat.

Závěr

Lunatic představuje inovativní řešení pro rychlou a přesnou kontrolu kvality RNA. Díky Unmix algoritmům dokáže oddělit signály RNA od nečistot a poskytuje spolehlivá data o koncentraci i čistotě vzorku. Systém šetří čas, snižuje náklady a zvyšuje robustnost experimentů v širokém spektru biologických a terapeutických aplikací.

Reference

1. Chomczynski P. a Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Anal Biochem. 1987;162:156–159.