Proteomics workflow solutions

Význam tématu

Proteomika umožňuje komplexní analýzu proteinového složení vzorků v biologických, klinických i průmyslových aplikacích.
Vyžaduje citlivé, reprodukovatelné a robustní workflow od přípravy vzorku po vysoce výkonnou LC-MS analýzu.

Cíle a přehled

Tento dokument představuje modulární workflow řešení od Thermo Fisher Scientific pro proteomické analýzy.
Nabízí ukázky bottom-up, middle-down a top-down přístupů:

• Bottom-up: peptidové mapování se SMART Digest kity, EASY-Spray a PepMap Neo kolony, µPAC HPLC
• Middle-down: analýza větších peptidů a PTM pomocí MAbPac RP a Double nanoViper PepMap Neo
• Top-down: analýza intact proteinů s MAbPac RP kolonkou a minimálním carry-over

Použitá metodika a instrumentace

• UHPLC/LC-MS: Vanquish Neo UHPLC systém a Orbitrap Exploris 480 MS
• Ionizace: EASY-Spray ion source a µPAC kompatibilní emitery
• Příprava vzorku: SMART Digest Proteinase K kity a AccelerOme automatizace
• Kolony: PepMap Neo C18 (2 µm), µPAC HPLC (50/200 cm), MAbPac RP (PSDVB 4 µm) a Acclaim PepMap trapy
• Spotřební materiál: SureSTART skleněné vialy a uzávěry, WebSeal well plates a sealing tape

Hlavní výsledky a diskuse

• Bottom-up: 1 600 injekcí BSA peptidů na EASY-Spray kolonu po dobu 176 dnů s vysokou reprodukovatelností retencí
• µPAC: flexibilní průtoky 100–1 000 nL/min, analýzy 20–90 min, vysoké rozlišení a kapacita
• Middle-down: MAbPac RP kolony umožňují detekci glykozylace a deamidace s vysokým rozlišením m/z
• Top-down: intact protein analýza s minimálním carry-over (<20 %) a robustní polymerní konstrukcí

Přínosy a praktické využití metody

• Zvýšená citlivost a šířka pokrytí proteomu
• Výrazně vyšší robustnost nanoLC při dlouhodobém provozu
• Rychlá a automatizovaná příprava vzorků
• Široká škála kolón pro různé formáty a průtoky
• Snížení mrtvých objemů díky integrovaným emitérům

Budoucí trendy a možnosti využití

Rozvoj vysoce výkonných nanoLC-MS platforem s AI řízenou optimalizací, pokročilé režimy akvizice DIA, nové stacionární fáze a povrchové úpravy pro vyšší selektivitu, rozšíření proteomických aplikací do klinické diagnostiky a personalizované medicíny.

Závěr

Thermo Fisher nabízí integrovaná a flexibilní workflow řešení pro všechny fáze proteomických analýz. Produkty kombinují vysokou přesnost, citlivost a reprodukovatelnost, což umožňuje výzkumníkům efektivně dosahovat kvalitních a opakovatelných výsledků.

Reference

Původní materiál neobsahuje samostatně citovanou literaturu.