Utilizing the SELECT SERIES Cyclic IMS for High Throughput Plasma Proteomics
Aplikace | 2021 | WatersInstrumentace
Proteomika plazmy je klíčovým přístupem při hledání biomarkerů rakoviny prostaty. Velké kohorty pacientů vyžadují vysoce propustné a reprodukovatelné metody schopné detekovat proteiny v širokém dynamickém rozsahu.
Cílem bylo demonstrovat výkon vysokopropustné analytické chromatografie v kombinaci s iontovou mobilitou pro proteomické profilování plazmy od pacientů s různými stavy léčby rakoviny prostaty a zdravých kontrol.
Vzorky: osm fenotypových bazénů plazmy po tryptickém digestu, injekce 500 ng v triplikátu, randomizované pořadí
Chromatografie: gradient 5 až 35 % organické fáze za 15 minut při teplotě kolony 55 °C a průtoku 150 µl/min
MS akvizice: HDMSE režim, rozsah 50–2000 amu, integrační doba 0,15 s, referenční peptid Glu Fibrinopeptid B každých 120 s
Chromatografická stabilita prokázaná CV retence pod 0,2 % a CV intenzity do 13 % potvrzuje robustnost. Všechny skupiny poskytly kvantifikaci 369 proteinů, s celkovou identifikací 551 proteinů v dynamickém rozsahu pěti řádů. Nezávislá PCA analýza ukázala jasné oddělení fenotypů pacienta.
Metoda umožňuje analýzu stovek až tisíců vzorků s vysokou reprodukovatelností, citlivostí a zároveň dostatečnou průchodností pro klinické kohortní studie.
Očekává se další automatizace přípravy a analýzy vzorků, integrace s jinými omickými daty a aplikace v personalizované medicíně a klinické diagnostice biomarkerů.
Platforma ACQUITY Premier spojená se Select Series Cyclic IMS poskytuje spolehlivou a výkonnou metodu pro vysoko propustné proteomické analýzy plazmy, vhodnou pro rozsáhlé klinické studie.
Iontová mobilita, LC/TOF, LC/HRMS, LC/MS, LC/MS/MS
ZaměřeníProteomika, Klinická analýza
VýrobceWaters
Souhrn
Význam tématu
Proteomika plazmy je klíčovým přístupem při hledání biomarkerů rakoviny prostaty. Velké kohorty pacientů vyžadují vysoce propustné a reprodukovatelné metody schopné detekovat proteiny v širokém dynamickém rozsahu.
Cíle a přehled studie / článku
Cílem bylo demonstrovat výkon vysokopropustné analytické chromatografie v kombinaci s iontovou mobilitou pro proteomické profilování plazmy od pacientů s různými stavy léčby rakoviny prostaty a zdravých kontrol.
Použitá metodika
Vzorky: osm fenotypových bazénů plazmy po tryptickém digestu, injekce 500 ng v triplikátu, randomizované pořadí
Chromatografie: gradient 5 až 35 % organické fáze za 15 minut při teplotě kolony 55 °C a průtoku 150 µl/min
MS akvizice: HDMSE režim, rozsah 50–2000 amu, integrační doba 0,15 s, referenční peptid Glu Fibrinopeptid B každých 120 s
Použitá instrumentace
- ACQUITY Premier I Class PLUS System
- Premier CSH kolona 1,7 µm 2,1×100 mm
- Select Series Cyclic IMS
- MassLynx software
- Progenesis QI for Proteomics
- Metaboanalyst
Hlavní výsledky a diskuse
Chromatografická stabilita prokázaná CV retence pod 0,2 % a CV intenzity do 13 % potvrzuje robustnost. Všechny skupiny poskytly kvantifikaci 369 proteinů, s celkovou identifikací 551 proteinů v dynamickém rozsahu pěti řádů. Nezávislá PCA analýza ukázala jasné oddělení fenotypů pacienta.
Přínosy a praktické využití metody
Metoda umožňuje analýzu stovek až tisíců vzorků s vysokou reprodukovatelností, citlivostí a zároveň dostatečnou průchodností pro klinické kohortní studie.
Budoucí trendy a možnosti využití
Očekává se další automatizace přípravy a analýzy vzorků, integrace s jinými omickými daty a aplikace v personalizované medicíně a klinické diagnostice biomarkerů.
Závěr
Platforma ACQUITY Premier spojená se Select Series Cyclic IMS poskytuje spolehlivou a výkonnou metodu pro vysoko propustné proteomické analýzy plazmy, vhodnou pro rozsáhlé klinické studie.
Reference
- Lennon A et al High Throughput Microbore Ultra high Performance Liquid Chromatography Ion Mobility Enabled Mass Spectrometry Based Proteomics Methodology for the Exploratory Analysis of Serum Samples from Large Cohort Studies J Proteome Res 2021 20 3 1705 1715
- Hughes C Gethings LA Plumb RS Qualitative and Quantitative Performance of Cyclic IMS in Nanoscale Proteomic Experiments Waters Application Note 720007381EN 2021
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
CYCLIC ION MOBILITY ENABLED MASS SPECTROMETER AND APPLICATION TO HIGH THROUGHPUT PLASMA PROTEOMICS
2021|Waters|Postery
CYCLIC ION MOBILITY ENABLED MASS SPECTROMETER AND APPLICATION TO HIGH THROUGHPUT PLASMA PROTEOMICS Christopher J. Hughes1, Lee A. Gethings1, Ammara Muazzam2 and Paul Townsend2 1. Waters Corporation, Wilmslow, UK; 2. University of Manchester, Manchester, UK INTRODUCTION METHODS Prostate cancer is…
Klíčová slova
proteomics, proteomicsims, imscyclic, cyclicpqip, pqipmobility, mobilityplasma, plasmaproteomic, proteomicmetabonanalyst, metabonanalystprogenesistm, progenesistmpca, pcacancer, cancerdisease, diseasethroughput, throughputdata, datadifferent
SERUM PROTEOMICS OF COVID-19 SAMPLES ANALYSED BY LIQUID CHROMATOGRAPHY AND SELECT SERIESTM CYCLICTM ION MOBILITY MASS SPECTROMETER
2023|Waters|Postery
SERUM PROTEOMICS OF COVID-19 SAMPLES ANALYSED BY LIQUID CHROMATOGRAPHY AND SELECT TM TM SERIES CYCLIC ION MOBILITY MASS SPECTROMETER Shaufa Shareef1; Eleanor Matthews1; Leroy B. Martin Iii2; Matthew E. Daly1, 3; Christopher J. Hughes3; Lee Gethings1, 3, 5; Robert Plumb2;…
Klíčová slova
severe, severemild, mildcohort, cohortundepleted, undepletedpatients, patientscyclic, cyclicmortality, mortalityseverity, severityfemale, femalemale, maleheavily, heavilyims, imsproteins, proteinsnormailized, normailizedthankfully
DELVING DEEPER INTO THE METABOLOME WITH CYCLIC IMS, SUB PPM MASS ACCURACY AND HIGH RESOLUTION MASS SPECTROMETRY
2022|Waters|Postery
DELVING DEEPER INTO THE METABOLOME WITH CYCLIC IMS, SUB PPM MASS ACCURACY AND HIGH RESOLUTION MASS SPECTROMETRY Adam M King1; Eleanor Matthews2; Matthew E Daly2; Martin Palmer1; Mike McCullagh1; Lee A Gethings1,2; Angela Simpson2; Stephen Fowler2; Timothy Felton2; Robert Plumb3;…
Klíčová slova
mrt, mrtims, imscyclic, cyclicmass, massseries, seriesmetabolomic, metabolomicerror, erroracetylcarnitine, acetylcarnitineselect, selecthilic, hilicplasma, plasmataurochenodeoxycholate, taurochenodeoxycholateresolution, resolutionseparation, separationimsn
Examining Nanoscale LC Reproducibility with Coupling of the ACQUITY UPLC M- Class System to SELECT SERIES Cyclic IMS
2022|Waters|Aplikace
Application Note Examining Nanoscale LC Reproducibility with Coupling of the ACQUITY™ UPLC MClass System to SELECT SERIES™ Cyclic™ IMS Chris Hughes, Lee A. Gethings, Robert S. Plumb Waters Corporation This is an Application Brief and does not contain a detailed…
Klíčová slova
nanoscale, nanoscaleims, imscyclic, cyclicexamining, examiningcoupling, couplingselect, selectuplc, uplcacquity, acquityseries, seriesclass, classreproducibility, reproducibilitysystem, systemproteomic, proteomicmclass, mclassidentifications
