Počátky firmy Watrex Praha jsou spjaty s firmou Waters Division of Millipore. Firma Watrex byla založena v roce 1990 Milanem Minárikem, jako první soukromá firma reprezentující zahraničního výrobce chromatografických přístrojů na území tehdejší ČSFR. Po dosažení vedoucí pozice v prodeji HPLC přístrojů na domácím trhu, přesáhl rozvoj firmy jak po personální stránce, tak i šíří aktivit omezený rámec obchodního zastoupení firmy Waters a proto byl kontrakt s touto firmou ukončen a od druhé poloviny roku 1991 se firma Watrex profilovala do standardní podoby distributora chromatografických přístrojů a příslušenství. Uzavřela postupně distributorské kontrakty s firmami LDC Analytical (pozdější TSP a nynější Thermo), Rheodyne, Jour Research, Hewlett-Packard (nyní Agilent), Macherey Nagel, Supelco, Grom/Alltech/Grace, Shodex, Tosoh, Polymer Laboratories, Knauer, Sunchrom, ILS, GL Science, Optimize, SMI LabHut, Spark Holland, LabAlliance, Sequant, FasTech Dr. Maisch, Radleys, Purite a dalšími.

V roce 1993 společnost přesídlila do vlastního objektu v Hošťálkově ulici č. 42, v Praze 6, následně byla vybudována aplikační laboratoř, zahájena výroba počítačů, založena leasingová divize a importní oddělení pro dovoz chemikálií a laboratorních přístrojů. V roce 1994 se firma Watrex dostala prodejem 22 HPLC systémů na první příčku v České republice a po několik dalších let si tuto pozici udržovala. V roce 1995 byla založena dceřiná firma Watrex Bratislava s.r.o., která otevřela vstup na slovenský trh a o rok později Watrex International v New Yorku. Na konci milénia byl zahájen vývoj a výroba přístrojů. Nejprve to byly doplňkové komponenty pro LC, jako např. solvent saver, column oven, automatic valve station, ion suppressor, popřípadě softwarové řízení LC modulů, později chromatografické přístroje čítající čerpadla a detektory pod vlastní značkou DeltaChrom™.

Na konci devadesátých let byly též zahájeny činnosti vývoje a výroby zařízení mimo oblast kapalinové chromatografie. Jednalo se o laboratorní zařízení na přípravu čisté vody, automatické dávkovače, dilutory, řizené teplotní lázně a inkubátory. Jako nezvýznamnější z těchto projektů byl v roce 2002 úspěšně dokončen vývoj robotického manipulátoru Caddy™ pro DNA sekvenátor MegaBACE firmy Amersham Biosciences a do konce roku 2003 bylo prodáno 23 robotů do zemí EU, USA, Australie a Taiwanu. Tento manipulátor dostal řadu ocenění (Zlatý Chemtec 2003, Inovace roku 2003).

V roce 2012 se společnost stěhuje do nových prostor moderní budovy Carolina Centrum v Praze 6 - Ruzyni. Získává tím nové prostory pro výrobní aktivity a významné rozšíření aplikační laboratoře. V roce 2015 spouští vývoj nové řady chromatografických přístrojů. Pod obchodním názvem Watrex Streamline™ představuje HPLC sestavu na výstavě u příležitosti konání mezinárodní konference HPLC 2017 v Praze. Ve stejném roce představuje na domácí výstavě LABOREXPO unikátní systém pro recyklační HPLC. Přístroj repetto™, který je založen na technologii vyvinuté ve Watrexu (EU patent č. EP3396372) získává ocenění výstavy v kategorii analytický přístrojů.

Strategie společnosti Watrex je založena na vysoké odbornosti vedoucích manažerů, kteří mají úspěšnou praxi ve vědeckých a výzkumných institucích. Ze třinácti pracovníků firmy je pět doktorů či inženýrů, 2 s kvalifikací CSc. nebo Ph.D. Mezi roky 1990-2000 zorganizoval Watrex celkem 10 mezinárodních setkání pod názvem "Pražský chromatografický seminář", na kterých se v roli lektorů vystřídala značná část světové chromatografické elity. Ve stejnou dobu bylo zahájeno několik odborných spoluprací, které následně vedly k vědeckému programu čítajícím řadu výzkumných projektů. Od roku 2007 se společnost Watrex účastnila celkem 6ti grantových projektů v oblasti aplikovaného a průmyslového výzkumu podporovaného Technologickou agenturou ČR a Ministerstvem průmyslu ČR z toho 5x v roli hlavního řešitele.