<div>Vědci z&nbsp;VŠCHT Praha přispěli k&nbsp;rozsáhlé studii, která ukázala, že i&nbsp;malá změna v&nbsp;transferové RNA (tRNA) může zásadně ovlivnit, jak buňka čte svou genetickou informaci. Počítačové simulace vysvětlily, proč některé tRNA dokážou ignorovat signál, který za&nbsp;běžných okolností znamená konec syntézy bílkovin. Takové tRNA byly známé u&nbsp;vyšších organismů. Studie však zmapovala, jak běžné jsou tyhle zvláštní tRNA v&nbsp;bakteriích.</div><div>Genetický kód je sada pravidel, podle kterých buňka překládá genetickou informaci během syntézy proteinů. Klíčovou roli v tomto procesu hrají transferové RNA (tRNA), které rozpoznávají malé kousky mRNA, tzv. kodony, prostřednictvím svého antikodonu. Kromě aminokyselinových kodonů existuje jeden startovací kodon a několik terminačních. Terminační kodony nejsou rozpoznávány transferovými RNA, ale specializovanými enzymy, které syntézu proteinu ukončí. Standardní tRNA mají v oblasti tzv. antikodonového stonku pět párů nukleobází. Nedávno se ale ukázalo, že některé organismy nesou funkční tRNA s pouze čtyřmi páry. Tyto „zkrácené" varianty dokážou rozpoznávat i kodony, které by jim podle klasických pravidel neměly odpovídat.Mezinárodní tým pod vedením Biologického centra AV ČR v&nbsp;Českých Budějovicích analyzoval přes 42&nbsp;000&nbsp;bakteriálních genomů a&nbsp;zjistil, že tRNA se&nbsp;čtyřpárovým stonkem se&nbsp;v&nbsp;bakteriích vyskytují překvapivě často. V&nbsp;některých případech tyto varianty pravděpodobně umožňují čtení terminačního kodonu UGA jako aminokyselinu tryptofan. Tento jev byl dosud spojován především s&nbsp;jednobuněčnými eukaryoty.<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://kolar.vscht.cz/">Skupina doc. Koláře </a>z&nbsp;Ústavu fyzikální chemie na&nbsp;VŠCHT Praha se&nbsp;v&nbsp;projektu zaměřila na&nbsp;otázku, jak čtyřpárový stonek mění dekódovací vlastnosti tRNA. K&nbsp;tomu využili atomistické simulace molekulární dynamiky, které umožňují sledovat pohyb každého atomu tRNA v&nbsp;čase.Jakub Žváček, student magisterského programu Datové inženýrství v&nbsp;chemii, připravil celkem devět variant odvoze tryptofanové tRNA z&nbsp;bakterie Escherichia coli: původní typ s&nbsp;pětipárovým stonkem, šest mutantů s&nbsp;rozrušeným horním párem bazí a&nbsp;dvě dříve popsané varianty podporující čtení terminačního kodonu UGA (mutace G24A&nbsp;a A9C). Výsledky simulací ukázaly, že rozrušení horního páru bazí nezpůsobuje rozpad celkové trojrozměrné struktury tRNA. Ta zůstává stabilizována patrovými interakcemi sousedních bazí a&nbsp;nekanonickými vodíkovými vazbami. Klíčový poznatek se&nbsp;ale týká oblasti na&nbsp;rozhraní D-ramena a&nbsp;stonku, jakéhosi kloubu tRNA. U&nbsp;některých mutantů simulace odhalily destabilizaci této oblasti a&nbsp;zvýšenou flexibilitu antikodonového stonku, což připomíná chování známých mutací podporujících čtení terminačních kodonů. Simulace tak poskytly strukturní vysvětlení experimentálních pozorování a&nbsp;pomohly formulovat predikce o&nbsp;tom, které kombinace nukleotidů v&nbsp;rozrušeném páru jsou funkčně relevantní.Studie navrhla rozšíření tzv. superwobble hypotézy o&nbsp;nekanonické C:A&nbsp;párování na&nbsp;třetí pozici kodonu. Pokud se&nbsp;tato hypotéza potvrdí i&nbsp;u dalších typů tRNA, bude mít zásadní dopady na&nbsp;naše chápání toho, jak se&nbsp;genetický kód společný všem známým organismům evolucí formoval.Výsledky byly publikovány v&nbsp;časopise <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="http://academic.oup.com/nar/article/54/7/gkag327/8659125">Nucleic Acids Research</a> (2026, 54, gkag327).<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/VSCHT_Praha_Pocitacove_simulace_osvetlily_jak_neobvykle_t_RNA_meni_pravidla_cteni_genetickeho_kodu_f6de6700a0.jpg" alt="VŠCHT Praha: Počítačové simulace osvětlily, jak neobvyklé tRNA mění pravidla čtení genetického kódu: Molekulární architektura transferové RNA s&nbsp;vyznačeným 5.&nbsp;párem nukleobazí, který má vliv na&nbsp;dekódovací schopnosti antikodonu." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_VSCHT_Praha_Pocitacove_simulace_osvetlily_jak_neobvykle_t_RNA_meni_pravidla_cteni_genetickeho_kodu_f6de6700a0.jpg 245w," sizes="100vw" width="759" height="268"><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/VSCHT_Praha_Pocitacove_simulace_osvetlily_jak_neobvykle_t_RNA_meni_pravidla_cteni_genetickeho_kodu_2_c4296b9015.jpg" alt="VŠCHT Praha: Počítačové simulace osvětlily, jak neobvyklé tRNA mění pravidla čtení genetického kódu: Analýza flexibility antikodonového stonku ukázala, že mutace 5.&nbsp;páru nukleobazí (C27A) umožňující pročítání terminačního kodonu UGA rozvolňuje antikodonový stonek podobně, jako dříve známá Hirschova mutace G24A. Naopak mutace C27U&nbsp;stonek nerozvolňuje, což je v&nbsp;souladu s&nbsp;pozorováním, že v&nbsp;genomech bakterií obsahujících tRNA se&nbsp;čtyřpárovými stonky se&nbsp;tato mutace nevyskytuje." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_VSCHT_Praha_Pocitacove_simulace_osvetlily_jak_neobvykle_t_RNA_meni_pravidla_cteni_genetickeho_kodu_2_c4296b9015.jpg 245w," sizes="100vw" width="759" height="196"><blockquote><h4>Původní článek</h4><h4><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://academic.oup.com/nar/article/54/7/gkag327/8659125">Frequent occurrence and predicted functions of tRNAs with 4-base-pair anticodon stems in bacteria: extended superwobble hypothesis</a></h4>Fadel Fakih, Satish Nandipati, Ambar Kachale, Jiří Heller, Jakub Žváček, Filip Brázdovič, Nawal Al-Chamy, Pragya Tripathi, Zdeněk Paris, Leoš Shivaya Valášek, Michal H Kolář, Vyacheslav Yurchenko, Marek Eliáš, Eugene V Koonin, Julius Lukeš, Anzhelika ButenkoNucleic Acids Research, Volume 54, Issue 7, 24 April 2026, gkag327<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://doi.org/10.1093/nar/gkag327">https://doi.org/10.1093/nar/gkag327</a><h6>licencováno pod <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">CC-BY 4.0</a></h6></blockquote><h4>Abstrakt</h4>Nedávno bylo prokázáno, že tRNATrpCCA se čtyřpárovým antikodonovým stonkem (AS) účinně rozpoznává blízce příbuzný kodon UGA u jednobuněčných eukaryot, například u některých trypanosomatid a nálevníků, a představuje tak nový mechanismus změny významu kodonu. Abychom zjistili, zda se tento mechanismus vyvinul také u bakterií, analyzovali jsme soubor 42 109 genomů, včetně dříve popsaných případů změny významu terminačního kodonu UGA na tryptofan a nově identifikovaného případu v kmeni Patescibacteriota. Ukazujeme, že tRNATrp se čtyřpárovým antikodonovým stonkem se vyskytují u různých bakterií a v některých případech se pravděpodobně podílejí na dekódování kodonů UGA uvnitř čtecího rámce. Zvláště pozoruhodná je endosymbiotická bakterie Candidatus Zinderia insecticola, která obsahuje pouze blízce příbuznou tRNATrpCCA se čtyřpárovým antikodonovým stonkem, zatímco jí chybí jak kanonická tRNATrpCCA s pětipárovým antikodonovým stonkem, tak tRNATrpUCA. Sekundární struktura této tRNATrp se čtyřpárovým antikodonovým stonkem připomíná její eukaryotický protějšek, což naznačuje konvergentní evoluci. Experimentálně jsme potvrdili schopnost tRNATrpCCA se čtyřpárovým antikodonovým stonkem zprostředkovat čtení přes kodon UGA v bakterii Escherichia coli a pomocí simulací molekulární dynamiky jsme navrhli možný mechanismus tohoto jevu. Dále jsme otestovali několik predikcí založených na přijetí dříve vylučované možnosti párování bází C ve třetí pozici kodonu. Tato zjištění přinášejí nové poznatky o strukturní rozmanitosti transferových RNA (tRNA) a rozšiřují naše chápání evoluce genetického kódu.</div>

Počítačové simulace osvětlily, jak neobvyklé tRNA mění pravidla čtení genetického kódu

<h3><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/305">Clarity</a> 10.2 rozšiřuje možnosti řízení přístrojů a vylepšuje práci s MS daty</h3>Nová verze softwaru Clarity 10.2 přináší rozšířené možnosti řízení analytických přístrojů prostřednictvím nových a aktualizovaných ovládacích modulů. Současně dochází k významným vylepšením rozšíření pro hmotnostní spektrometrii (MS), která usnadňují import a export dat a zefektivňují každodenní laboratorní práci.<h4>Hlavní novinky ve verzi Clarity 10.2</h4><ul><li>Nové a aktualizované ovládací moduly přístrojů</li><li>Vylepšený import a export MS dat</li><li>Ukončení podpory zastaralého hardwaru</li></ul><h4>Ovládací moduly přístrojů</h4>Clarity 10.2 rozšiřuje podporu přístrojů o nové ovládací moduly společnosti Annuo pro zařízení AS-3117 a FAS-3823. Aktualizovány byly také ovládací moduly pro přístroje výrobců Sykam a Ecom.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Data_Apex_Instrument_control_modules_5de26782b0.jpg" alt="DataApex: Moduly pro řízení přístrojů" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Data_Apex_Instrument_control_modules_5de26782b0.jpg 228w," sizes="100vw" width="380" height="260"><h4>Vylepšení importu a exportu MS dat</h4>Nová verze přináší výrazné zlepšení výměny dat z hmotnostních spektrometrů, zejména při práci se soubory .cdf.MS přístroje nyní podporují export i import více spektrálních datových sad a nespektrálních signálových dat v rámci jednoho souboru CDF. Import byl rovněž rozšířen o lepší podporu:<ul><li>informací o rovnoměrném vzorkování dat</li><li>hodnot m/z Step</li><li>škálovacích faktorů</li><li>názvů souborů obsahujících znaky mimo standardní ASCII sadu</li></ul>Novinkou je také možnost exportovat jednotlivé chromatografické signály z MS přístrojů prostřednictvím samostatného dialogu Export Chromatogram.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Data_Apex_MS_data_import_export_improvements_a7967a4020.jpg" alt="DataApex: Vylepšení importu a exportu MS dat" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Data_Apex_MS_data_import_export_improvements_a7967a4020.jpg 228w," sizes="100vw" width="378" height="259"><h4>Ukončení podpory zastaralého hardwaru</h4>V souvislosti se změnami bezpečnostních požadavků na ovladače v operačním systému Windows byla v této verzi ukončena podpora některých starších hardwarových zařízení.Podpora již není k dispozici pro:<ul><li>INT7</li><li>INT9</li><li>U-PAD</li><li>U-PAD2</li><li>CB20</li></ul><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Data_Apex_Obsolete_hardware_support_terminated_24d9329419.jpg" alt="DataApex: Ukončení podpory zastaralého hardwaru" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Data_Apex_Obsolete_hardware_support_terminated_24d9329419.jpg 228w," sizes="100vw" width="378" height="259"><blockquote>Kompletní přehled všech změn, oprav a nových funkcí naleznete v dokumentaci k verzi 10.2.👉 <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://www.dataapex.com/version_history?product=1">Zobrazit kompletní seznam změn (changelog)</a></blockquote><h3>Podporované přístroje v Clarity (DataApex) – rychlý přehled</h3>Chromatografický software Clarity podporuje široké spektrum chromatografů a periferních zařízení prostřednictvím digitálního řízení (DD) a analogového sběru dat (A/D) pomocí modulu Colibrick.<h4>Plynové chromatografy (GC)</h4>Digitální integrace přes LAN/RS232 (mnohé přes ICF):<ul><li>Agilent: 5890, 6890, 7890, 8860, 8890, Intuvo 9000</li><li>Shimadzu: GC-2010/2014, Nexis GC-2030</li><li>Thermo Fisher: TRACE 1300/1310</li><li>PerkinElmer: Clarus 400–690</li></ul>Další podporované značky: Dani, Ellutia, Young In Chromass, Apix, Fuli, GOW-MAC (vybrané modely)<blockquote>Poznámka: Většina systémů Agilent 6890–8890 a Intuvo využívá LAN – ICF.</blockquote><h4>HPLC systémy</h4>Plné řízení systému nebo jednotlivých modulů:<ul><li>Agilent 1100–1290 Infinity II (ICF)</li><li>Shimadzu LC-10/20 a Nexera LC-40</li><li>PerkinElmer Flexar / NexSAR</li><li>Knauer Azura / BlueShadow / Smartline</li><li>Hitachi Chromaster / Primaide</li><li>Young In Chromass ChroZen</li><li>Sykam S500–S600, Watrex Streamline, Hanon LC7000–7300</li></ul><h4>HPLC moduly (čerpadla, detektory, termostaty kolon, frakční kolektory)</h4><ul><li>Čerpadla: Agilent 1100–1290, Knauer, Shimadzu, PerkinElmer, Sykam, SSI, Ecom</li><li>Detektory: VWD, DAD (PDA), RID, FLD, ELSD (Agilent, Shimadzu, Knauer, PerkinElmer, Young In Chromass, Ecom aj.)</li><li>Termostaty kolon: Agilent G1316x / G7116x, Shimadzu CTO-20/30/40, Knauer CT2.1, PerkinElmer Flexar</li><li>Frakční kolektory: Knauer FC 6.1, Teledyne FOXY, Ecom ECF 2096, Waters Fraction Collector II</li></ul><h4>Autosamplery</h4><ul><li>Agilent GC ALS (7673/7683/7693/8697), HPLC ALS moduly (G1313A–G7167C)</li><li>Shimadzu AOC-20 / AOC-5000+, SIL-10 / SIL-20 / SIL-40</li><li>CTC Analytics PAL, HTA autosamplery, Spark Alias/UHPLC, Knauer AS 6.1L</li><li>PerkinElmer Flexar / NexSAR</li></ul><h4>Další zařízení</h4><ul><li>GC×GC modulátory (např. GC×GC modulátor Univerzity Karlovy)</li><li>Ventily a přepínací moduly (Agilent, Knauer, Shimadzu, VICI-Valco)</li><li>Odplyňovače, průtokoměry, řídicí jednotky, rozhraní</li><li>LC-MS / GC-MS: Advion Expression CMS, Microsaic 4500 MiD, Markes BenchTOF aj.</li><li>Váhy (EA rozšíření): Mettler Toledo, Sartorius</li></ul><h4>Analogový sběr dat (Colibrick)</h4>Podpora A/D pro starší nebo analogové přístroje:<ul><li>GC: Agilent 5880/4890A, Varian 3xxx/3800/3900, PerkinElmer Clarus, Thermo TRACE, Shimadzu GC-14/9A, Scion 43x/45x/83xx/85xx aj.</li><li>HPLC detektory: Waters 2487/2489, ESA Corona, Hitachi L-series, JASCO FP/UV, Ecom LCD a další</li><li>Elementární a aminokyselinové analyzátory: Carlo Erba/Costech ECS, Biochrom 20/30+</li></ul>

DataApex Clarity chromatografický software verze 10.2 je nyní k dispozici!

Sto dvacet dva odborníků na chromatografii, elektroforézu, hmotnostní spektrometrii a další moderní analytické metody přijelo do Olomouce na čtyřdenní mezinárodní konferenci <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/events/929">Advances in Chromatography and Electrophoresis &amp; Chiranal</a>, která se koná od 15. do 18. června. Letošní ročník je věnován památce významného chemika a bývalého vedoucího katedry analytické chemie profesora Zdeňka Stránského. Během akce byl oceněn také profesor Juraj Ševčík, kterému Česká společnost chemická udělila medaili za dlouholetý přínos vědě, výzkumu, výuce i popularizaci chemie a přírodních věd.„Máme velkou radost, že se nám podařilo do Olomouce přilákat řadu významných osobností analytické chemie. Dosavadní průběh akce hodnotíme velmi pozitivně. Konference nabízí nejen kvalitní odborný program, ale také prostor pro osobní kontakty, diskuzi a navazování nové spolupráce,“ uvedl vedoucí katedry analytické chemie Petr Bednář.<h4>Olomouc hostí špičky analytické chemie</h4>Do Olomouce přijeli účastníci z České republiky, Slovenska, Polska, Německa, Rakouska a Spojených států amerických. Program byl zaměřen především na separační vědy, zejména chromatografii a elektroforézu. Významné místo v něm mají také hmotnostní spektrometrie, metabolomika, lipidomika, proteomika, mikroextrakční techniky a další moderní analytické přístupy.Úvodní plenární přednášku na téma Metabolomics and Lipidomics in Biomedical Research přednesl Michael Laemmerhofer. Mezi další významné přednášející patřili například Wolfgang Lindner, Kevin Schug, Lucie Nováková, František Švec, Christian Neusüß, Václav Kašička, Hans-Dieter Junker, Justyna Płotka-Wasylka, Ondřej Novák nebo Marián Masár.<h4>Moderní analytické metody a výsledky výzkumu</h4>Odborný program zahrnoval přednášky věnované moderním chromatografickým metodám, superkritické fluidní chromatografii, kapilární a mikročipové elektroforéze, multidimenzionálním separacím, metabolomice, lipidomice, proteomice i hmotnostní spektrometrii. Pozornost je věnována také využití datové vědy při vývoji analytických metod, analýze léčiv, biologických a environmentálních vzorků či vývoji dostupného laboratorního vybavení.S výsledky svého výzkumu vystoupil také Ondřej Novák z Laboratoře růstových regulátorů, který představil cílenou analýzu rostlinných hormonů na úrovni jednotlivých buněk, Ivan Petřík se věnoval matricovým efektům při kvantitativní LC–MS analýze a David Friedecký přiblížil využití multiomických přístupů v laboratorní medicíně. Součástí programu byla také posterová sekce, během níž účastníci prezentují a diskutují výsledky svých výzkumných projektů.Letošní ročník si připomenul osobnost profesora Zdeňka Stránského, významného chemika a někdejšího vedoucího katedry analytické chemie, který v loňském roce zemřel. Organizátoři tak ocenili jeho dlouholetou odbornou, pedagogickou a organizační práci i jeho přínos k rozvoji pracoviště.<h4>Juraj Ševčík převzal medaili České společnosti chemické</h4>Jedním z významných okamžiků bylo předání medaile České společnosti chemické profesoru Juraji Ševčíkovi z katedry analytické chemie. Ocenění získal za dlouholetý přínos vědě, výzkumu a výuce a za výrazné aktivity v oblasti popularizace chemie a dalších přírodních věd. Vyzdvižena byla rovněž jeho zásadní role při přípravě a realizaci výstavby nové budovy přírodovědecké fakulty a při vzniku interaktivního muzea vědy Pevnost poznání.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UPOL_Juraj_Sevcik_bc698859ec.jpg" alt="UPOL: Juraj Ševčík" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_UPOL_Juraj_Sevcik_bc698859ec.jpg 208w," sizes="100vw" width="471" height="353">

Mezinárodní konference přivedla do Olomouce 122 odborníků na analytickou chemii

Věda a výzkum

Software

Článek

Produkt

Nejbližší akce

Česká společnost DataApex se od svého založení v roce 1991 věnuje vývoji chromatografického softwaru. DataApex se neustále snaží poskytovat uživatelům efektivní a aktuální nástroje pro zpracování chromatografických dat.

DataApex

Vysoká  škola chemicko-technologická v Praze spojuje tradici s nejmodernějšími nano- a biotechnologiemi a dalšími progresivními směry a obory ve vědě a výzkumu. Spolu s vynikajícím mezinárodním renomé a špičkovým přístrojovým vybavením otevírá každému studentovi možnosti zapojit se do vědeckých projektů dle vlastního výběru, umožňuje zahraniční stáže a je následně vstupenkou k prestižnímu, dobře ohodnocenému uplatnění doma i v zahraničí.

Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

Univerzita Palackého v Olomouci je vysoká škola s dlouhou tradicí. Byla založena již v 16. století a je tak nejstarší vysokou školou na Moravě a druhou nejstarší v České republice. V současnosti představuje moderní vzdělávací instituci se širokou nabídkou studijních oborů a bohatou vědeckou činností.

Univerzita Palackého v Olomouci

Metrohm 915 KF Ti-Touch titrátor (Bazar)

Metrohm 915 KF Ti-Touch – kompaktní volumetrický KF titrátor s dotykovým ovládáním, interní správou dat a příslušenstvím pro okamžité stanovení vody.

Bazar produkty z kategorie Titrace - strana 1

Mohlo by Vás zajímat

Mezinárodní konference přivedla do Olomouce 122 odborníků na analytickou chemii

DataApex Clarity chromatografický software verze 10.2 je nyní k dispozici!

Počítačové simulace osvětlily, jak neobvyklé tRNA mění pravidla čtení genetického kódu