Milí zákazníci,
k Vánocům pro vás máme dárek s názvem FreeLAB - inovativní open source projekt pro vaši laboratoř umožňující automatický sběr dat nejen z přístrojů Agilent Technologies. Chceme vám umožnit lépe nahlížet na vaše data, odhalit souvislosti, dát možnost zapomenout na psaní laboratorního deníku a získat statistické údaje o analýzách napříč laboratoří. Pomocí automatického parseru lze importovat také konečné analytické výsledky. A to není zdaleka vše!
FreeLAB, je open source webová aplikace provozována v interní síti laboratoře, která se primárně zaměřuje na sběr dat z různých laboratorních softwarů s cílem umožnit uživatelům přístup k přehledné statistice analýz a dalším užitečným funkcím poptávaným přímo analytiky v laboratořích. Je vytvořena společností HPST, s.r.o., a je distribuována pod licencí GNU GPL.
<h3>Funkce:</h3>
<ul>
<li>Statistika analýz pro přístroje a projekty</li>
<li>Interní publikační systém (Wiki)</li>
<li>Inventář chemikálií, standardů, kolon a vybavení</li>
<li>Sdílený laboratorní kalendář</li>
<li>Automatický parser dat txt, csv, xml,...</li>
<li>Neomezené možnosti customizace</li>
</ul>
Více informací, demo a možnost stažení naleznete na na <a href="https://freelab.hpst.cz">webu freelab</a>
<h3>Výchozí podpora SW</h3>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/648938502b2c47d9a2c609955dad5259/obrazek.png" alt="Open Source LIMS FreeLAB"/>
<ul>
<li>OpenLAB CDS 2.x</li>
<li>OpenLAB ChemStation</li>
<li>MassHunter for GCMS</li>
<li>Third Party SW (via Automatic Parser)</li>
</ul>
Případné dotazy nám prosím napište na <a href="https://community.hpst.cz/t/freelab-general">forum</a> projektu FreeLAB nebo emailem na michal.novotny@hpst.cz
Tým HPST, s.r.o.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/f2744a456ff346ac933abf0c1fb8bad2/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Example Network Scheme"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/056eb8bc84d84342b049ea70b627a5d1/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/608ee2c12c8842139b317bfa5017bb38/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/9022a774c97142b2b6fa1684a0fc9f5c/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/15c967ad6e4b4d8398f591f5a0270386/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/23f6f26c3dc5455faf3f30f7643551ea/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/9c512f0d098945b18ea9f303a06a70c0/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>

Open Source LIMS od HPST, s.r.o.

Software, který pomáhá vědcům z celého světa urychlit práci a usnadnit cestu k vlastním objevům, expanduje z badatelské do komerční sféry. <a href="https://lcms.cz/articles?search=Tom%C3%A1%C5%A1+Pluskal">Dr. Tomáš Pluskal</a>, který vede v <a href="https://lcms.cz/companies/62">ÚOCHB</a> vlastní <a href="https://pluskal.group.uochb.cz/cs">vědeckou skupinu</a>, spolu s dalšími kolegy založili firmu mzio. Navazují tím na velmi úspěšný a dosud dobrovolnický projekt MZmine, který urychluje a zjednodušuje interpretaci biologických a chemických analýz a do něhož přispívají výzkumníci z celého světa.
Společnost <a href="https://mzio.io/">mzio</a> nabízí software, který dokáže najednou zpracovat data ze všech typů přístrojů využívaných v laboratořích hmotnostní spektrometrie. V současnosti se tyto technologie rozvíjejí raketovým tempem a dat získaných jejich prostřednictvím přibývá. Využít tyto informace je ovšem čím dál složitější. Každý přístroj totiž pracuje s jiným formátem a uspořádáním dat a výzkumné týmy tak musejí pochopit a zvládnout řadu softwarových nástrojů pro jejich interpretaci. Projekt mzio s nabídkou jediného univerzálního nástroje pro ně proto znamená významné ulehčení.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Od_vedeckeho_projektu_ke_globalnimu_byznysu_Firma_mzio_se_snazi_zlepsit_analyzu_dat_v_laboratorich_hmotnostni_spektrometrie_Tym_mzio_zleva_Dr_Tomas_Pluskal_Dr_Robin_Schmid_ed2f73c896.jpg" alt="ÚOCHB: Tým *mzio* (zleva): Dr.Tomáš Pluskal, Dr. Robin Schmid, Dr. Ansgar Korf, Dr. Steffen Heuckeroth a Ludger Rothues."/>
Vedení mzio má k dispozici analýzy, ze kterých vyplývá, že celosvětově vydávají pracoviště hmotnostní spektrometrie za software zhruba 300 milionů dolarů ročně. Podle Tomáše Pluskala je reálné, že si jejich firma z tohoto koláče ukousne nezanedbatelnou část.
„Naše firma je ukázkou úspěšného propojení akademického prostředí a komerce. Vývoj softwaru MZmine průběžně publikovaly renomované vědecké časopisy, včetně Nature Biotechnology a Nature Communications. S orientací v biotechnologickém byznyse nám zase hodně pomohlo inovativní centrum při ÚOCHB i&amp;i Prague, které pomáhá nadějným vědeckým objevům na svět,“ říká Tomáš Pluskal.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Od_vedeckeho_projektu_ke_globalnimu_byznysu_Firma_mzio_se_snazi_zlepsit_analyzu_dat_v_laboratorich_hmotnostni_spektrometrie_mzio_6727f00493.jpg" alt="ÚOCHB: Od vědeckého projektu ke globálnímu byznysu. Firma *mzio* se snaží zlepšit analýzu dat v laboratořích hmotnostní spektrometrie."/>
<a href="https://mzio.io/">Společnost mzio</a> kromě něj zakládají další tři kolegové. Robin Schmid a Steffen Heuckeroth přicházejí přímo z akademického prostředí, zatímco výkonný ředitel mzio Ansgar Korf přišel z firmy vyrábějící hmotnostní spektrometry. Kromě toho vstoupil do vedení firmy i hlavní investor, německý obchodník s realitami Ludger Rothues.
V rámci svých služeb nabízí mzio kromě samotného softwaru MZmine i uživatelskou podporu a konzultace. Pro zákazníky z akademického prostředí je ovšem celý balíček stále zdarma a také zdrojové kódy softwaru zůstávají otevřené průběžným úpravám nadšených dobrovolníků. Vědci z celého světa tak mají i dál šanci využívat tento nástroj ke zpracování, analyzování a porovnávání gigabajtů dat o molekulách naměřených pomocí hmotnostní spektrometrie.
<blockquote>
Web společnosti mzio: <a href="https://mzio.io/">mzio.io</a>
</blockquote>

Od vědeckého projektu ke globálnímu byznysu. Firma mzio se snaží zlepšit analýzu dat v laboratořích hmotnostní spektrometrie

DataApex Clarity <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/1009">PDA modul</a> je volitelné rozšíření, které se používá ke zpracování dat získaných z vybraných detektorů fotodiodového pole (DAD/PDA). Spektrální data spolu s chromatogramy dodávají analýze analytických dat třetí rozměr. Toto rozšíření rozšiřuje možnosti software Clarity tím, že poskytuje interaktivní spektrální analýzu, analýzu čistoty píků a identifikaci sloučenin, která je založena na vyhledávání ve spektrální knihovně. Data PDA lze zobrazit v sadě volitelných zobrazení včetně 3D vykreslení.Všechna data jsou uložena v jediném souboru; chromatogram při libovolné vlnové délce nebo dokonce jen spektrum lze po analýze jednoduše vyvolat k přezkoumání. UV-VIS spektra, získaná pomocí PDA detektoru, lze interaktivně vybrat ze signálu chromatogramu pro vizuální kontrolu a porovnání. Spektra lze také použít pro stanovení čistoty píků, optimalizaci vlnových délek a identifikaci složek prostřednictvím spektrálních knihoven.<ul><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/library?manufacturerItems=58&amp;search=pda+extension">Modul PDA</a> je volitelný, plně integrovaný doplněk <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://lcms.cz/products/305">softwaru Clarity</a>.</li><li>Lze jej objednat jako součást nového softwaru nebo jako rozšíření stávajícího softwaru.</li><li>Režim LC-PDA lze zvolit pro jakýkoli LC přístroj v rámci stanice.</li><li>Rozšíření PDA je rovněž kompatibilní se softwarem Clarity Offline.</li></ul><figure class="image"><img style="aspect-ratio:1206/534;" src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Data_Apex_PDA_Extension_776dbd48dd.jpg" alt="DataApex - PDA rozšíření pro software Clarity" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Data_Apex_PDA_Extension_776dbd48dd.jpg 245w," sizes="100vw" width="1206" height="534"></figure><h4>Funkce</h4><ul><li>Data z PDA detektoru: data z analýzy jsou uložena do jednoho souboru; může být uložen chromatogram s libovolnou vlnovou délkou nebo pouze spektrum. UV-VIS spektra, získaná pomocí PDA detektoru, lze interaktivně vybrat ze signálu chromatogramu pro vizuální kontrolu a porovnání. Spektra lze také použít pro stanovení čistoty píků, optimalizaci vlnových délek a identifikaci složek prostřednictvím spektrálních knihoven.</li><li>Zobrazení PDA: Zobrazení PDA je přizpůsobitelné; najednou lze zobrazit až čtyři zobrazení (možná zobrazení: Isoplot, Chromatogram, Spektra, 3D zobrazení, Peak Purity, Peak Purity Spectra, Library Spectra Search a Spectral Library). Uživatel může snadno extrahovat chromatografické signály z dat PDA a určit optimální vlnovou délku detekce pro každý pík.</li><li>Metoda PDA: Metoda Clarity PDA zahrnuje možnost vyhledávání spektrální knihovny a analýzu čistoty píků.</li><li>Čistota píku: Tato analýza pomáhá odhalit skryté nečistoty. Čistota se vypočítá z 5 nebo všech spekter v rámci píku. Křivka podobnosti se zobrazí v okně PDA. Analýzu Peak Purity lze optimalizovat nastavením vlastních preferencí týkajících se prahu čistoty, omezení vlnové délky a prahu absorbance.</li><li>Spektrální knihovna: Software Clarity porovnává spektra píků se spektry neomezeného počtu spektrálních knihoven. Spektra uložená ve spektrální knihovně obsahují retenční časy a parametry analýzy. Vyhledávání ve spektrální knihovně může provádět automatickou identifikaci integrovaných/kalibrovaných složek (píků). Vyhledávání v knihovně lze omezit pomocí okna RT a rozsahu vlnových délek. K dispozici je také možnost korekce pozadí.</li><li>Import/export dat: Spektrální data lze importovat/exportovat v textových formátech ASCII do softwaru Clarity nebo z něj.</li><li>Přehledy: Uživatelé mohou snadno zahrnout možnosti PDA, jako jsou data 3D Display, Isoplot, Spektra, Peak Purity a výsledky vyhledávání v knihovně, do zpráv pomocí intuitivního dialogového okna Report Setup.</li><li>Ovládání přístroje: K dispozici jsou řídicí moduly (p/n A24) pro přístroje Agilent, Shimadzu, Knauer a Duratec DAD (od května 2007). Další řídicí moduly pro jiné detektory PDA lze vyvinout na vyžádání.</li></ul><img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Data_Apex_The_PDA_Window_displays_four_views_organized_in_splitters_8c614fb6f0.jpg" alt="DataApex - Náhled rozšíření PDA - čtyři různá zobrazení" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Data_Apex_The_PDA_Window_displays_four_views_organized_in_splitters_8c614fb6f0.jpg 191w," sizes="100vw" width="1098" height="896"><h4>Specifikace</h4><ul><li>Číslo modulu: A29</li><li>Příbuzné produkty:&nbsp;<ul><li>Clarity (p/n C50) - vyžadováno</li><li>Clarity offline (p/n C59)</li><li>LC Control (p/n A24) - viz seznam dostupných detektorů PDA na www.dataapex.com.</li></ul></li></ul>

DataApex PDA - rozšíření o modul detektorů s fotodiodovým polem pro software Clarity

Webináře

Aplikace

Akademie

Osobnosti

Plasty

Životní prostředí

Potraviny

Vody

Zdraví

Přednáška

Vědecký článek

Rozhovor

Toxikologie

Popularizace

Věda a výzkum

Software

Covid-19

Kariéra

Article

Video

Článek

Laboratoře

Různé

Produkt

Poster

Nejbližší akce

Typ novinky

Zaměření

Česká společnost DataApex se od svého založení v roce 1991 věnuje vývoji chromatografického softwaru. DataApex se neustále snaží poskytovat uživatelům efektivní a aktuální nástroje pro zpracování chromatografických dat.

DataApex

Je autorizovaným distributorem společnosti Agilent Technologies pro Českou republiku v oblastech chromatografie (GC, HPLC, UHPLC, kapilární elektroforéza) a hmotnostní spektrometrie (GC/MS, LC/MS, CE/MS), disolučních aparátů, molekulární (UV-Vis, UV-Vis-NIR, fluorescence, FTIR analyzátory a mikroskopy) a atomové spektroskopie (ICP-OES, ICP-MS, AAS), a v neposlední řadě také v oblasti molekulární biologie a genomiky (analýza nukleových kyselin a proteinů, microarray skenery a skla, PCR & RT-PCR, qPCR, řešení pro NGS, reagencie pro mutagenezi a klonování, sondy FISH a další).

Altium International

ÚOCHB AV ČR je přední mezinárodně uznávaná vědecká instituce, jejímž hlavním posláním je základní výzkum v oblasti chemické biologie a medicinální chemie, organické a materiálové chemie, chemie přírodních látek, biochemie a molekulární biologie, fyzikální chemie, teoretické chemie a analytické chemie.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR

Moderní elektroanalytické metody (Cena Metrohm 2026)

ALS Kurz Analýzou HYDRAULICKÝCH a TURBÍNOVÝCH olejů k větší efektivitě výroby

Praktický kurz ŠKOLA HPLC

Big Scale, Big Wins: Prep Chromatography Explained

High-throughput stability screening strategies for antibody formulation

PFAS in Food & Food Contact Material

LCMS novinky se zaměřením na software - strana 3