Vědci z Univerzity Pardubice mají další publikaci v prestižním časopise Nature Communications
- Foto: UPCE: Vědci z Univerzity Pardubice mají další publikaci v prestižním časopise Nature Communications
- Video: FChT Pardubice: Prestižní ERC grant pro výzkum rakoviny (autor Milan Reinberk, DiS. - FChT)
Vědci z Univerzity Pardubice (UPCE) jsou součástí skupiny výzkumníků, která navrhla nejlepší postupy pro statistické zpracování a vizualizaci dat z analýzy lipidů. Publikace, na které se podíleli analytičtí chemici týmu prof. Michala Holčapka z Fakulty chemicko-technologické UPCE, shrnuje nejlepší postupy a nástroje v programovacích jazycích pro statistické zpracování a vizualizaci dat. Tento týden ji otiskl prestižní časopis Nature Communications.
UPCE: Vědci z Univerzity Pardubice mají další publikaci v prestižním časopise Nature Communications
Multidisciplinární tým výzkumníků z oblasti lipidomiky, metabolomiky, programování a statistické analýzy připravil rozsáhlý přehledový článek, který shrnuje postupy a nástroje v programovacích jazycích R a Python. Lipidomika a metabolomika založená na hmotnostní spektrometrii patří v současnosti k nejrychleji rostoucím „omics“ technologiím. Jejich využití přináší zásadní biologické poznatky a generuje rozsáhlé soubory dat. To však klade vysoké nároky na správnou statistickou analýzu a vizualizaci. Nedostatek odborníků schopných data efektivně zpracovávat vytváří výraznou překážku pro plné využití potenciálu těchto metod.
„Původně jsem chtěl, aby můj doktorand Jakub Idkowiak jen shrnul jím používané R skripty pro vizualizaci dat, aby je mohli použít ostatní členové mojí skupiny. Postupně se tento původní záměr díky Jakubově iniciativě mnohonásobně rozšířil, až to vyústilo v tento shrnující článek, na kterém se podílelo 20 spoluautorů z 19 institucí v 5 zemích,“ uvedl prof. Michal Holčapek z Fakulty chemicko-technologické Univerzity Pardubice.
Na základě četných diskusí na konferencích a zkušeností z recenzní činnosti autoři identifikovali potřebu uceleného a snadno srozumitelného přehledu dostupných nástrojů. Jejich návrh poskytuje vědcům na všech úrovních odbornosti přístup k ověřeným, robustním a uživatelsky přívětivým řešením, která jsou v současnosti rozptýlena napříč různými platformami.
Důležitým výstupem práce je GitBook knihovna, která obsahuje rozsáhlou databázi kódů pro vizualizaci a statistické zpracování dat včetně návodu na jejich použití: Omics Data Visualization in R and Python.
Tento projekt reaguje i na rostoucí poptávku odborné komunity. Na mezinárodních konferencích o lipidomice a metabolomice patří školení a přednášky o využití R pro statistické zpracování a vizualizaci dat mezi nejnavštěvovanější a vzbuzují velký zájem i interakci na sociálních sítích.
Pro vědecký tým prof. Holčapka, který se věnuje analýze lipidů více než dvacet let, je to už pátá publikace v časopise Nature Communications v posledních 5 letech. Skupina analytických chemiků z Univerzity Pardubice se dostala mezi světové vědecké práce poprvé s komentářem popisujícím problémy v reportování lipidomických dat z jiné publikace. Druhou publikovanou prací byl objev metody pro detekci rakoviny slinivky z pouhé krve, který byl založený na analýze lipidů. Tento objev analytických chemiků publikovaný v roce 2022 patří dle databáze Web of Science mezi 1 % nejcitovanějších článků v oboru biologie a biochemie. Na metodu získala univerzita evropský patent a společná firma Lipidica nyní provádí klinické testování.
