LCMS
Další informace
WebinářeO násKontaktujte násPodmínky užití
LabRulez s.r.o. Všechna práva vyhrazena. Obsah dostupný pod licencí CC BY-SA 4.0 Uveďte původ-Zachovejte licenci.
Autor
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR
ÚOCHB AV ČR je přední mezinárodně uznávaná vědecká instituce, jejímž hlavním posláním je základní výzkum v oblasti chemické biologie a medicinální chemie, organické a materiálové chemie, chemie přírodních látek, biochemie a molekulární biologie, fyzikální chemie, teoretické chemie a analytické chemie.
Tagy
Článek
Různé
Video
Logo of LinkedIn

Nová zobrazovací metoda biologických vzorků pomůže vědcům a lékařům rychleji identifikovat například rakovinné tkáně

St, 13.12.2023
| Originální článek z: ÚOCHB AV ČR/Veronika Sedláčková
Software, který výrazně urychluje a zjednodušuje popis chemických látek v tkáních.
Video placeholder
  • Foto: ÚOCHB/Tomáš Belloň: Nová zobrazovací metoda biologických vzorků pomůže vědcům a lékařům rychleji identifikovat například rakovinné tkáně
  • Video: IOCB Prague: Nová zobrazovací metoda pomůže rychleji identifikovat například rakovinné tkáně

Vědci sdružení kolem mezinárodního projektu MZmine vedeného Dr. Robinem Schmidem a Dr. Tomášem Pluskalem z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR nabídli světové vědecké komunitě software, který výrazně urychluje a zjednodušuje popis chemických látek v tkáních. Tento nástroj umožňuje badatelům molekuly s jistotou identifikovat i zobrazovat jejich přítomnost v orgánech. Nové algoritmy šetří čas strávený v laboratoři a zároveň zprostředkují podrobné informace o dějích například v nádorech nebo zánětech. Článek o nové metodě vyšel ve vlivném vědeckém časopise Nature Communications.

Na vývoji softwaru SIMSEF (spatial ion mobility-scheduled exhaustive fragmentation) spolupracuje Robin Schmid z ÚOCHB s kolegy ze skupiny prof. Uweho Karsta z univerzity v německém Münsteru. Důležité je i zapojení vývojářů nejmodernějšího hmotnostního spektrometru TimsTOF fleX od společnosti Bruker Daltonics. Toto sofistikované zařízení umožňuje objasnit složení molekul pomocí měření pohyblivosti iontů na vysoké úrovni.

„Až dosud mohli vědci pomocí hmotnostního spektrometru zjistit, jaký je chemický vzorec sledované molekuly, ovšem když se pak podívali do databáze a snažili se tuto látku identifikovat, bylo to velmi obtížné. Vzorek totiž může obsahovat velké množství různých lipidů a jejich kombinací, které se biologicky často značně liší. Teď je díky novému algoritmu možné nahlédnout do nitra molekuly, zjistit, z čeho se skládá, a dokonce porovnat obrázky mezi sebou,“ vysvětluje Robin Schmid. Tímto způsobem lze získat například i tak podstatnou informaci, že určitá část mozku obsahuje odlišný typ lipidu než jiná část tohoto orgánu. A taky, že se tento konkrétní lipid nevyskytuje v žádné jiné tkáni.

ÚOCHB/Tomáš Belloň: Nová zobrazovací metoda biologických vzorků pomůže vědcům a lékařům rychleji identifikovat například rakovinné tkáně: Robin Schmid

SIMSEF vznikl ve spolupráci s lékařskými odborníky z německých a švýcarských univerzit. Pro ně je důležité zejména to, že se urychluje detekování klinických biomarkerů pro diagnostiku. Dozvědět se velmi rychle například, zda mají co do činění s lipidem či metabolitem, který se nachází pouze v nádorové tkáni, hraje zásadní roli v rozhodování o další léčbě. A to do značné míry ovlivňuje její úspěšnost.

Nový algoritmus je součástí otevřeného softwaru MZmine, který od roku 2005 pomáhá odborníkům po celém světě analyzovat data z hmotnostní spektrometrie. Důležitým členem týmu MZmine a hlavním vývojářem algoritmů SIMSEF i prvním autorem článku právě publikovaného v časopise Nature Communications je Steffen Heuckeroth z Ústavu anorganické a analytické chemie na univerzitě v Münsteru. Dodává k tomu: „Náš článek neobsahuje žádný konkrétní objev v oblasti biologie. Ovšem naše metoda, o které informujeme, pomůže mnoha vědcům zlepšit a urychlit jejich práci, což prostor pro nové objevy otevírá.“

ÚOCHB/Tomáš Belloň: Nová zobrazovací metoda biologických vzorků pomůže vědcům a lékařům rychleji identifikovat například rakovinné tkáně

„Podle mě je vždycky úžasné, když dalším lidem nejen umožníme vylepšovat pracovní podmínky pro jejich výzkum, ale taky o něm komunikovat s ostatními vědci. Díky zpětné vazbě ze strany vědecké komunity v MZmine se posouvají i samotné výsledky bádání,“ doplňuje Robin Schmid z ÚOCHB.

„O strojovém učení a umělé inteligenci dnes mluví všichni. Naši kolegové z týmu Tomáše Pluskala ji už využívají k řešení velmi specifických problémů ve výzkumu i klinické praxi,“ podotýká ředitel ÚOCHB, profesor Jan Konvalinka.

Třetí generace MZmine3, o níž na jaře 2023 informoval časopis Nature Biotechnology, dokáže zpracovat tisíce vzorků za hodinu. Nově vyvinuté algoritmy tohoto mezinárodního projektu dál rozšiřují jeho stávající možnosti, včetně kombinování dat z analytických a zobrazovacích metod, což dosud žádný akademický, ani komerční software neumožňoval.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR
 

Mohlo by Vás zajímat

Analysis of Per- and Polyfluoroalkyl Substances in Fast Food Packaging by LC-MS/MS Method

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Potraviny a zemědělství

Watrex product catalog 2024

Brožury a specifikace
| 2024 | Watrex Praha
Instrumentace
HPLC, GPC/SEC, Příprava vzorků, LC kolony, Spotřební materiál
Výrobce
Watrex Praha
Zaměření
Ostatní

IMPACT OF HPLC INSTRUMENTATION ON NON- SPECIFIC ADSORPTION OF PEPTIDES

Postery
| 2024 | Waters (Analytica)
Instrumentace
HPLC
Výrobce
Waters
Zaměření
Proteomika

Determination of Nitrosamine Impurities and NDSRI in Anti-diabetic Drugs on Shimadzu LCMS-8060NX

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Farmaceutická analýza

Ochrana zdrojů pitných vod: Inovativní řešení problematiky výskytu pesticidů v krajině

Ostatní
| 2024 | ALS Czech Republic
Instrumentace
LC/MS, GC/MSD
Výrobce
Zaměření
Životní prostředí
 

Podobné články


Článek | Produkt

Představujeme: Revoluční platformu iontových chromatografů Thermo Scientific™ Dionex™ Inuvion™ z pohledu aplikací!

Systém Thermo Scientific Dionex Inuvion si můžete nakonfigurovat tak, aby vyhovoval konkrétním analytickým a finančním požadavkům, a podle potřeby jej snadno rekonfigurovat.
Pragolab
more

Článek | Nejbližší akce

Pozvánka na Laborexpo - stánek SHIMADZU

Přijďte se podívat na stánek SHIMADZU v rámci veletrhu LABOREXPO ve dnech 5. a 6. června. Jaké přístroje nebo program pro Vás na stánku č. C29 připravujeme?
SHIMADZU Handels GmbH - organizační složka
more

Článek | Produkt

Altium: Akční nabídka květen - srpen 2024

Akční nabídka květen - srpen 2024 od Altium International. Se slevou 30 % si můžete pořídit HPLC kolony, GC kolony, produkty pro úpravu vzorku, různé typy vialek, AdvanceBio Spin Columns, stříkačky.
Altium International
more

Článek | Nejbližší akce

Přednáška LABOREXPO 2024: Spektrofotometry NanoDrop: precizní analýza vzorků proteinů a DNA v mikroobjemech (M.G.P.)

Zveme Vás na přednášku Martina Kuthana (M.G.P. spol. s r.o.) Spektrofotometry NanoDrop: precizní analýza vzorků proteinů a DNA v mikroobjemech, ve čtvrtek 6. 6. v čase 11:30 - 11:50 hod.
LabRulez
more
 

Mohlo by Vás zajímat

Analysis of Per- and Polyfluoroalkyl Substances in Fast Food Packaging by LC-MS/MS Method

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Potraviny a zemědělství

Watrex product catalog 2024

Brožury a specifikace
| 2024 | Watrex Praha
Instrumentace
HPLC, GPC/SEC, Příprava vzorků, LC kolony, Spotřební materiál
Výrobce
Watrex Praha
Zaměření
Ostatní

IMPACT OF HPLC INSTRUMENTATION ON NON- SPECIFIC ADSORPTION OF PEPTIDES

Postery
| 2024 | Waters (Analytica)
Instrumentace
HPLC
Výrobce
Waters
Zaměření
Proteomika

Determination of Nitrosamine Impurities and NDSRI in Anti-diabetic Drugs on Shimadzu LCMS-8060NX

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Farmaceutická analýza

Ochrana zdrojů pitných vod: Inovativní řešení problematiky výskytu pesticidů v krajině

Ostatní
| 2024 | ALS Czech Republic
Instrumentace
LC/MS, GC/MSD
Výrobce
Zaměření
Životní prostředí
 

Podobné články


Článek | Produkt

Představujeme: Revoluční platformu iontových chromatografů Thermo Scientific™ Dionex™ Inuvion™ z pohledu aplikací!

Systém Thermo Scientific Dionex Inuvion si můžete nakonfigurovat tak, aby vyhovoval konkrétním analytickým a finančním požadavkům, a podle potřeby jej snadno rekonfigurovat.
Pragolab
more

Článek | Nejbližší akce

Pozvánka na Laborexpo - stánek SHIMADZU

Přijďte se podívat na stánek SHIMADZU v rámci veletrhu LABOREXPO ve dnech 5. a 6. června. Jaké přístroje nebo program pro Vás na stánku č. C29 připravujeme?
SHIMADZU Handels GmbH - organizační složka
more

Článek | Produkt

Altium: Akční nabídka květen - srpen 2024

Akční nabídka květen - srpen 2024 od Altium International. Se slevou 30 % si můžete pořídit HPLC kolony, GC kolony, produkty pro úpravu vzorku, různé typy vialek, AdvanceBio Spin Columns, stříkačky.
Altium International
more

Článek | Nejbližší akce

Přednáška LABOREXPO 2024: Spektrofotometry NanoDrop: precizní analýza vzorků proteinů a DNA v mikroobjemech (M.G.P.)

Zveme Vás na přednášku Martina Kuthana (M.G.P. spol. s r.o.) Spektrofotometry NanoDrop: precizní analýza vzorků proteinů a DNA v mikroobjemech, ve čtvrtek 6. 6. v čase 11:30 - 11:50 hod.
LabRulez
more
 

Mohlo by Vás zajímat

Analysis of Per- and Polyfluoroalkyl Substances in Fast Food Packaging by LC-MS/MS Method

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Potraviny a zemědělství

Watrex product catalog 2024

Brožury a specifikace
| 2024 | Watrex Praha
Instrumentace
HPLC, GPC/SEC, Příprava vzorků, LC kolony, Spotřební materiál
Výrobce
Watrex Praha
Zaměření
Ostatní

IMPACT OF HPLC INSTRUMENTATION ON NON- SPECIFIC ADSORPTION OF PEPTIDES

Postery
| 2024 | Waters (Analytica)
Instrumentace
HPLC
Výrobce
Waters
Zaměření
Proteomika

Determination of Nitrosamine Impurities and NDSRI in Anti-diabetic Drugs on Shimadzu LCMS-8060NX

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Farmaceutická analýza

Ochrana zdrojů pitných vod: Inovativní řešení problematiky výskytu pesticidů v krajině

Ostatní
| 2024 | ALS Czech Republic
Instrumentace
LC/MS, GC/MSD
Výrobce
Zaměření
Životní prostředí
 

Podobné články


Článek | Produkt

Představujeme: Revoluční platformu iontových chromatografů Thermo Scientific™ Dionex™ Inuvion™ z pohledu aplikací!

Systém Thermo Scientific Dionex Inuvion si můžete nakonfigurovat tak, aby vyhovoval konkrétním analytickým a finančním požadavkům, a podle potřeby jej snadno rekonfigurovat.
Pragolab
more

Článek | Nejbližší akce

Pozvánka na Laborexpo - stánek SHIMADZU

Přijďte se podívat na stánek SHIMADZU v rámci veletrhu LABOREXPO ve dnech 5. a 6. června. Jaké přístroje nebo program pro Vás na stánku č. C29 připravujeme?
SHIMADZU Handels GmbH - organizační složka
more

Článek | Produkt

Altium: Akční nabídka květen - srpen 2024

Akční nabídka květen - srpen 2024 od Altium International. Se slevou 30 % si můžete pořídit HPLC kolony, GC kolony, produkty pro úpravu vzorku, různé typy vialek, AdvanceBio Spin Columns, stříkačky.
Altium International
more

Článek | Nejbližší akce

Přednáška LABOREXPO 2024: Spektrofotometry NanoDrop: precizní analýza vzorků proteinů a DNA v mikroobjemech (M.G.P.)

Zveme Vás na přednášku Martina Kuthana (M.G.P. spol. s r.o.) Spektrofotometry NanoDrop: precizní analýza vzorků proteinů a DNA v mikroobjemech, ve čtvrtek 6. 6. v čase 11:30 - 11:50 hod.
LabRulez
more
 

Mohlo by Vás zajímat

Analysis of Per- and Polyfluoroalkyl Substances in Fast Food Packaging by LC-MS/MS Method

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Potraviny a zemědělství

Watrex product catalog 2024

Brožury a specifikace
| 2024 | Watrex Praha
Instrumentace
HPLC, GPC/SEC, Příprava vzorků, LC kolony, Spotřební materiál
Výrobce
Watrex Praha
Zaměření
Ostatní

IMPACT OF HPLC INSTRUMENTATION ON NON- SPECIFIC ADSORPTION OF PEPTIDES

Postery
| 2024 | Waters (Analytica)
Instrumentace
HPLC
Výrobce
Waters
Zaměření
Proteomika

Determination of Nitrosamine Impurities and NDSRI in Anti-diabetic Drugs on Shimadzu LCMS-8060NX

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Farmaceutická analýza

Ochrana zdrojů pitných vod: Inovativní řešení problematiky výskytu pesticidů v krajině

Ostatní
| 2024 | ALS Czech Republic
Instrumentace
LC/MS, GC/MSD
Výrobce
Zaměření
Životní prostředí
 

Podobné články


Článek | Produkt

Představujeme: Revoluční platformu iontových chromatografů Thermo Scientific™ Dionex™ Inuvion™ z pohledu aplikací!

Systém Thermo Scientific Dionex Inuvion si můžete nakonfigurovat tak, aby vyhovoval konkrétním analytickým a finančním požadavkům, a podle potřeby jej snadno rekonfigurovat.
Pragolab
more

Článek | Nejbližší akce

Pozvánka na Laborexpo - stánek SHIMADZU

Přijďte se podívat na stánek SHIMADZU v rámci veletrhu LABOREXPO ve dnech 5. a 6. června. Jaké přístroje nebo program pro Vás na stánku č. C29 připravujeme?
SHIMADZU Handels GmbH - organizační složka
more

Článek | Produkt

Altium: Akční nabídka květen - srpen 2024

Akční nabídka květen - srpen 2024 od Altium International. Se slevou 30 % si můžete pořídit HPLC kolony, GC kolony, produkty pro úpravu vzorku, různé typy vialek, AdvanceBio Spin Columns, stříkačky.
Altium International
more

Článek | Nejbližší akce

Přednáška LABOREXPO 2024: Spektrofotometry NanoDrop: precizní analýza vzorků proteinů a DNA v mikroobjemech (M.G.P.)

Zveme Vás na přednášku Martina Kuthana (M.G.P. spol. s r.o.) Spektrofotometry NanoDrop: precizní analýza vzorků proteinů a DNA v mikroobjemech, ve čtvrtek 6. 6. v čase 11:30 - 11:50 hod.
LabRulez
more
Další projekty
Sledujte nás
Další informace
WebinářeO násKontaktujte násPodmínky užití
LabRulez s.r.o. Všechna práva vyhrazena. Obsah dostupný pod licencí CC BY-SA 4.0 Uveďte původ-Zachovejte licenci.